Cíle: Od prosince roku 2022 je pozorován v České republice zvýšený výskyt invazivního onemocnění způsobeného Streptococcus pyogenes s posunem klinické prezentace a věkové hranice postižených osob. Invazivní onemocnění se projevují ve srovnání s předchozími roky častěji u dětí do 18 let věku a dosud zdravých dospělých středního věku. Zvýšil se počet izolátů S. pyogenes získaných z primárně sterilních míst, jako je hemokultura, mozkomíšní mok, pleurální výpotek, kloubní punktát a sekční materiál. Rutinním stanovováním typu genu emm bylo zjištěno, že převažujícím emm typem S. pyogenes je emm1. V období od ledna 2023 do července 2023 46 % všech izolátů S. pyogenes z invazivních onemocnění odpovídalo typu emm1. Globálně rozšířená sublinie M1UK je charakterizována ve srovnání s historickými kmeny iGAS typu emm1 odlišnou expresí sedmi genů, mezi které patří i gen streptokokového pyrogenního toxinu A (speA). Cílem studie je stanovit, zda ve větší míře toxigenní sublinie M1UK je spojena se zvýšeným výskytem invazivního onemocnění v České republice. Metody: Celogenomová sekvenace 41 izolátů S. pyogenes izolovaných v České republice v letech 2018 a 2019 a od prosince 2022 do května 2023 od pacientů s invazivním onemocněním byla provedena přístrojem MiSeq (Illumina). Bioinformatická analýza byla provedena volně dostupnými online nástroji Bacterial and Viral Bioinformatics Resource Center. Výsledky: Na základě dat celogenomové sekvenace 41 izolátů S. pyogenes typu emm1 izolovaných od pacientů s invazivním infekčním onemocněním v období let 2018 a 2019 a od prosince 2022 do května 2023 bylo zjištěno, že mezi invazivními kmeny S. pyogenes typu emm1 převládá od prosince 2022 do května 2023 v České republice sublinie M1UK. Závěr: Důvod rozšíření sublinie M1UK v České republice na konci roku 2022 a v první polovině roku 2023 není zcela zřejmý, ale může být spojen se sníženou imunitou v souvislosti s omezeným přenosem GAS během lockdownů, zvláště u dětí. Dalším faktorem, který mohl přispět k vysokému výskytu invazivních infekčních onemocnění, je sezonní cirkulace respiračních virů.

Aims: Since December 2022, an increase in invasive disease caused by Streptococcus pyogenes has been observed in the Czech Republic, with a shift in the clinical presentation and age of patients. Unlike in previous years, invasive disease is more common in children and adolescents under 18 years of age and in previously healthy middle-aged adults. An increase has been noticed in the number of S. pyogenes isolates from primarily sterile sites such as haemoculture, cerebrospinal fluid, pleural effusion fluid, joint fluid, and postmortem specimens. Routine emm gene typing revealed emm1 to be the predominant emm type of S. pyogenes. Between January 2023 and July 2023, 46% of all S. pyogenes isolates from invasive cases were assigned to the emm1 type. The globally spread M1UK sublineage is characterized by differences in the expression of seven genes, including the streptococcal pyrogenic toxin A (speA) gene, compared to historical emm1 iGAS strains. The aim of this study is to determine whether the more toxigenic M1UK sublineage is associated with the increase in invasive disease in the Czech Republic. Methods: Whole genome sequencing of 41 S. pyogenes isolates from patients with invasive disease recovered in the Czech Republic in 2018 and 2019 and from December 2022 to May 2023 was performed using the MiSeq instrument (Illumina). Bioinformatics analysis was performed using freely available online tools the Bacterial and Viral Bioinformatics Resource Center. Results: Based on whole genome sequencing data of 41 emm1 isolates of S. pyogenes from patients with invasive infectious disease recovered in 2018 and 2019 and from December 2022 to May 2023, the M1UK sublineage was found to be predominant from December 2022 to May 2023. Conclusion: The reason for the spread of the M1UK sublineage in the Czech Republic late in 2022 and in the first half of 2023 is not entirely clear, but it may be related to reduced immunity due to limited GAS transmission during lockdowns, especially in children. Another factor that may have contributed to the high incidence of invasive infectious diseases is the seasonal circulation of respiratory viruses.

3 lékařská fakulta Univerzity Karlovy Praha

Státní zdravotní ústav Centrum epidemiologie a mikrobiologie Národní referenční laboratoř pro streptokokové nákazy

Prevalence of the M1UK sublineage among emm1 Streptococcus pyogenes invasive strains isolated in the Czech Republic from December 2022 to May 2023

Citace poskytuje Crossref.org