Distinct rpsC single nucleotide polymorphism lineages of Flavescence dorée subgroup 16SrV-D phytoplasma co-infect Vitis vinifera L
Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium print-electronic
Typ dokumentu časopisecké články, práce podpořená grantem
- MeSH
- bakteriální proteiny genetika MeSH
- DNA bakterií chemie genetika MeSH
- DNA fingerprinting MeSH
- fylogeneze MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus * MeSH
- molekulární sekvence - údaje MeSH
- nemoci rostlin mikrobiologie MeSH
- Phytoplasma klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- polymorfismus délky restrikčních fragmentů MeSH
- ribozomální DNA genetika MeSH
- ribozomální proteiny genetika MeSH
- RNA ribozomální 16S genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- sekvenční homologie MeSH
- shluková analýza MeSH
- Vitis mikrobiologie MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Itálie MeSH
- Názvy látek
- bakteriální proteiny MeSH
- DNA bakterií MeSH
- ribozomální DNA MeSH
- ribozomální proteiny MeSH
- RNA ribozomální 16S MeSH
During a survey on grapevine yellows disease complex in vineyards of Lombardy region (northern Italy), phytoplasmas associated with Flavescence dorée disease were identified in symptomatic grapevines. Polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analyses of 16S rDNA revealed the prevalence of phytoplasmal subgroup 16SrV-D. Bioinformatic analyses of nucleotide sequences of rplV and rpsC genes, amplified from 16SrV-D phytoplasma infected grapevines and cloned, underscored the presence of five confirmed rpsC single nucleotide polymorphism (SNP) lineages, determined by different combination of SNPs at nucleotide positions 29, 365, 680, and 720 of rpsC gene. Virtual and actual RFLP analyses with the enzyme TaqI validated the presence of these SNPs. Co-infections by up to four distinct rpsC SNP lineages of 16SrV-D phytoplasma were found in grapevines. These results could open new perspectives for the study of the ecology and the epidemiology of Flavescence dorée.
Zobrazit více v PubMed
Mol Cell Probes. 2002 Jun;16(3):197-208 PubMed
Int J Syst Evol Microbiol. 2009 Oct;59(Pt 10):2582-93 PubMed
J Appl Microbiol. 2007 Dec;103(6):2325-30 PubMed
Int J Syst Evol Microbiol. 2004 Mar;54(Pt 2):337-347 PubMed
Nucleic Acids Res. 2003 Jul 1;31(13):3784-8 PubMed
Int J Syst Evol Microbiol. 2008 Jun;58(Pt 6):1448-57 PubMed
J Biol Chem. 1994 Dec 23;269(51):32678-84 PubMed
DNA Cell Biol. 2002 Jul;21(7):527-34 PubMed
Int J Syst Evol Microbiol. 2007 Aug;57(Pt 8):1855-1867 PubMed
J Bacteriol. 1992 Apr;174(8):2606-11 PubMed
Mutat Res. 1991 Jul;249(1):169-76 PubMed
Appl Environ Microbiol. 2007 Jun;73(12):4001-10 PubMed
Annu Rev Microbiol. 2000;54:221-55 PubMed
Phytopathology. 2004 Aug;94(8):842-9 PubMed
Nucleic Acids Res. 2003 Jul 1;31(13):3497-500 PubMed
Brief Bioinform. 2004 Jun;5(2):150-63 PubMed
Folia Microbiol (Praha). 2009;54(1):37-42 PubMed
Int J Syst Evol Microbiol. 2004 Jul;54(Pt 4):1243-1255 PubMed
GENBANK
EF608223, EF608224, EF608225, EF608227, EF608228
