Pladias platform: Technical description of the database structure

. 2022 ; 10 () : e80167. [epub] 20220401

Status PubMed-not-MEDLINE Jazyk angličtina Země Bulharsko Médium electronic-ecollection

Typ dokumentu časopisecké články

Perzistentní odkaz   https://www.medvik.cz/link/pmid35437400

BACKGROUND: Digitising and aggregating local floristic data is a critical step in the study of biodiversity. The integrative web-based platform Pladias, designed to cover a wide range of data on vascular plants, was recently developed in the Czech Republic. The combination of occurrence data with species characteristics opens many opportunities for data analysis and synthesis. NEW INFORMATION: This article describes the relational structure of the Pladias database service (PladiasDB) and the context of the platform architecture. The structure is relatively complex, as our goal was to cover: (i) species occurrence records, including their management, validation and export of revised species distribution maps, (ii) data on species characteristics with quality control tools using defined data types and (iii) separate user interfaces (UI) for professionals and the general public. We discuss the approaches chosen to model individual elements in PladiasDB and summarise the experience gained during the first five years of operation of the Pladias platform.

Zobrazit více v PubMed

Group Access to Biological Collection Data Task. Access to biological collection data (ABCD), version 2.06. http://tdwg.org/standards/115

Celko J. Joe Celko's Trees and Hierarchies in SQL for Smarties. 2nd Edition. Morgan Kaufmann; 2012. 296.

Chytrý M., Kočí M., Šumberová K., Sádlo J., Krahulec F., Hájková P., et al. Vegetace České republiky 1. Travinná a keříčková vegetace. Academia; Praha: 2007.

Chytrý Milan, Danihelka Jiří, Kaplan Zdeněk, Wild Jan, Holubová Dana, Novotný Petr, Řezníčková Marcela, Rohn Martin, Dřevojan Pavel, Grulich Vít, Klimešová Jitka, Lepš Jan, Lososová Zdeňka, Pergl Jan, Sádlo Jiří, Šmarda Petr, Štěpánková Petra, Tichý Lubomír, Axmanová Irena, Bartušková Alena, Blažek Petr, Chrtek Jr Jindřich, Fischer M Felícia M., Guo Wen-Yong, Herben Tomáš, Janovský Zdeněk, Konečná Marie, Kühn Ingolf, Moravcová Lenka, Petřík Petr, Pierce Simon, Prach Karel, Prokešová Helena, Štech Milan, Těšitel Jakub, Těšitelová Tamara, Večeřa Martin, Zelený David, Pyšek Petr. Pladias Database of the Czech Flora and Vegetation. Preslia. 2021;93(1):1–87. doi: 10.23855/preslia.2021.001. DOI

Danihelka J., Chrtek Jr. Jindřich, Kaplan Z. Checklist of Vascular Plants of the Czech Republic. Preslia. 2012;84(3):647–811.

Danihelka Jiří, Chytrý Milan, Kučera Jan, Palice Zdeněk. History of Botanical Research in the Czech Republic. In: Chytrý M, Danihelka J, Kaplan Z, Pyšek P (Eds) Flora and Vegetation of the Czech Republic, Springer, Cham. 2017:25–87. doi: 10.1007/978-3-319-63181-3_2. DOI

Ehrendorfer F., Hamann U. Forschläge zu einer Floristischen Kartierung von Mitteleuropa. Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft. 1965;78:35–50.

Hejný S., Slavík B., editors. Květena České socialistické republiky. Vol. 1. Academia; Praha: 1988.

Kaplan Z, Danihelka J, Štěpánková J., Bureš P, Zázvorka J, Hroudová Z, Ducháček M, Grulich V., Řepka R., Dančák M., Prančl J., Šumberová K., Wild J., Trávníček B. Distributions of Vascular Plants in the Czech Republic. Part 1. Preslia. 2015;87(4):417–500.

Kaplan Z., Danihelka J., Chrtek Jr. Jindřich, Kirschner J., Kubát K., Štech M., Štěpánek J., editors. Klíč ke květeně České republiky. Ed. 2. Academia; Praha: 2019.

Kaplan Zdeněk, Danihelka Jiří, Dřevojan Pavel, Řepka Radomír, Koutecký Petr, Grulich Vít, Wild Jan. Distributions of Vascular Plants in the Czech Republic. Part 10. Preslia. 2021;93(3):255–304. doi: 10.23855/preslia.2021.255. DOI

Kennedy J., Hyam R., Kukla R., Paterson T. Standard Data Model Representation for Taxonomic Information. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2006;10(2):220–230. doi: 10.1089/omi.2006.10.220. PubMed DOI

Kubát K., Hrouda L., Chrtek Jr. Jindřich, Kaplan Z., Kirschner J., Štěpánek J., editors. Klíč ke květeně České republiky. Academia; Praha: 2002.

Merali Zeeya, Giles Jim. Databases in Peril. Nature. 2005;435(7045):1010–1011. doi: 10.1038/4351010a. PubMed DOI

Novotný Petr, et al. Pladias DB Database Schema. OSF. February. 2022;3 doi: 10.17605/OSF.IO/VJ6RT.. DOI

Patterson D. J., Faulwetter S., Shipunov A. Principles for a Names-based Cyberinfrastructure to Serve all of Biology. Zootaxa. 2008;1950(1):153–163. doi: 10.11646/zootaxa.1950.1.12. DOI

Skalický V. In: Květena České socialistické republiky [Flora of the Czech Socialist Republic] Hejný S., Slavík B., Chrtek J., Tomšovic P., Kovanda M, editors. Vol. 1. Academia; Praha: 1988. Regionálně fytogeografické členění [Regional phytogeographic division]

Wild Jan, Chytrý Milan, Novotný Petr, Rohn Martin, Šulc Václav, Brůna Josef, Chobot Karel, Ekrt Libor, Holubová Dana, Knollová Ilona, Kocián Petr, Štech Milan, Štěpánek Jan, Zouhar Václav, Kaplan Zdeněk, Danihelka Jiří, Petřík Petr. Plant Distribution Data for the Czech Republic Integrated in the Pladias Database. Preslia. 2019;91(1):1–24. doi: 10.23855/preslia.2019.001. DOI

Najít záznam

Citační ukazatele

Nahrávání dat ...

    Možnosti archivace