Od léta 2013, kdy jsme ve Zprávách CEM naposled referovali o aktuálních taxonomických změnách v rodu Staphylococcus, bylo popsáno pět dalších nových stafylokoků. V červenci 2013 byl v International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) popsán druh S. jettensis, který byl následně v lednu 2014 reklasifikován jako třetí poddruh S. petrasii. Tento nový poddruh S. petrasii subsp. jettensis se stejně jako další poddruhy S. petrasii vyskytuje v humánním klinickém materiálu. V letošním lednu byl publikován popis dalších dvou druhů S. argenteus a S. schweitzeri. Oba druhy jsou koaguláza pozitivní a fenotypově i fylogeneticky jsou velmi blízké druhu S. aureus. Aktuálně byly v IJSEM přijaty do tisku popisy dalších dvou nových stafylokoků. V březnu byl akceptován popis celkem již devátého stafylokoka popsaného českými autory, S. petrasii subsp. pragensis, izolovaného z humánního klinického materiálu. Dalším, zatím posledním popsaným druhem, je S. argensis, izolovaný v Německu z říčního sedimentu. V současnosti zahrnuje rod Staphylococcus 49 různých druhů, 9 druhů má dva poddruhy, jeden tři a jeden čtyři poddruhy.
Since the summer of 2013 when changes to the taxonomy of the genus Staphylococcus were last reported, five novel staphylococcal species have been described. In July 2013, the species S. jettensis was proposed in the International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) but was reclassified into the third subspecies of S. petrasii in January 2014. Similarly to other subspecies of S. petrasii, the novel subspecies S. petrasii subsp. jettensis is found in human clinical specimens. In January 2015, two novel staphylococcal species, S. argenteus and S. schweitzeri, were described. They are both coagulase positive and phenotypically and phylogenetically close to the species S. aureus. The manuscripts describing two additional staphylococcal species have been accepted for publication in IJSEM in 2015. In March 2015, the description of the ninth novel staphylococcal species proposed by Czech authors, S. petrasii, subsp. pragensis, isolated from human clinical material, was accepted for publication. Another, the most recent novel staphylococcal species is S. argensis isolated from river sediment in Germany, the proposal of which was accepted for publication in IJSEM in May 2015. Currently, the genus Staphylococcus includes 49 different species, with nine species having two subspecies, one species having three subspecies, and one species having four subspecies.
- MeSH
- deoxyribonukleasa EcoRI * klasifikace MeSH
- lidé MeSH
- ribotypizace využití MeSH
- Staphylococcus * klasifikace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- Clostridioides difficile izolace a purifikace patogenita MeSH
- ELISA metody využití MeSH
- kolitida diagnóza etiologie terapie MeSH
- metronidazol analogy a deriváty škodlivé účinky terapeutické užití MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody využití MeSH
- pulzní gelová elektroforéza metody využití MeSH
- ribotypizace metody využití MeSH
- rizikové faktory MeSH
- vankomycin aplikace a dávkování škodlivé účinky terapeutické užití MeSH
- virulence genetika imunologie účinky léků MeSH
The Staphylococcus strains acquired from scrapings from hospital environments were identified to the species level based on their biochemical properties. From the monitored sample the Staphylococcus epidermidis strains were selected for more accurate typing and tested on their virulence factor and ribotyped. The biotyping of S. epidermidis did not show any considerable intraspecific variation of these isolates and there were no atypical reactions, with the exception of three strains (out of 33). In contrast, the results of ribotyping showed greater heterogeneity of strains and unequivocally demonstrated the relation between the ribotype and the place of sample drawing. In addition to this fact, the found ribotypes repeat in the same environment in the long-term which suggests the occurrence and persistence of the same strains of conditionally pathogenic bacteria in hospital environment. We showed that ribotyping is a suitable method for precise and reliable detection of some coagulase-negative staphylococci.
- MeSH
- fenotyp MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- infekce spojené se zdravotní péčí etiologie genetika mikrobiologie MeSH
- koagulasa antagonisté a inhibitory izolace a purifikace MeSH
- lidé MeSH
- ribotypizace metody využití MeSH
- Staphylococcus epidermidis cytologie genetika izolace a purifikace MeSH
- Staphylococcus haemolyticus genetika izolace a purifikace MeSH
- Staphylococcus hominis cytologie genetika izolace a purifikace MeSH
- techniky typizace bakterií metody využití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- MeSH
- anaplasmóza MeSH
- Escherichia coli genetika izolace a purifikace růst a vývoj MeSH
- flagelin genetika izolace a purifikace MeSH
- gastrointestinální trakt fyziologie mikrobiologie MeSH
- genetické markery genetika imunologie MeSH
- interpretace statistických dat MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody využití MeSH
- ribotypizace metody využití MeSH
- savci genetika mikrobiologie růst a vývoj MeSH
- sekvenční analýza DNA metody využití MeSH
Cíl: Prostudování genetické příbuznosti českých multirezistentních kmenů Acinetobacter baumannii a epidemických klonů ze severozápadní Evropy. Metodika: Studovaný soubor zahrnoval 70 epidemiologicky nesouvisejících multirezistentních kmenů, izolovaných v českých nemocnicích v letech 1991-2001,8 referenčních kmenů pro epidemické klony I a II ze severozápadní Evropy (Dijkshoorn L, et al. J Clin Microbiol 1996;34:1519-25) a kontrolní skupinu 15 citlivých českých kmenů. Kmeny byly studovány pomocí ribotypizace, AFLP fingerprintingu, biotypizace a vyšetřeny na citlivost k 11 antibiotikům diskovým difúzním testem (ampicilin + sulbaktam, piperacilin, ceftazidim, imipenem, ko-trimoxazol, ofloxacin, gentamycin, tobramycin, amikacin, netilmicin a tetracyklin). Výsledky: Pomoci numerické analýzy AFLP profilů a ribotypů byly české multirezistentní kmeny klasifikovány do klonu I (n = 41), klonu II (n = 21) a heterogenní skupiny ostatních kmenů (n = 8). Citlivé kmeny byly genotypově a fenotypově heterogenní a ostře odlišené od klonu I a II. Kmeny náležející k témuž klonu měly shodné nebo podobné ribotypy, odlišné od ribotypů ostatních kmenů. Kmeny klonu I náležely k biotypům U (n = 24), 6 (n = 15) a 12 (n = 1) a byly v průměru rezistentní k 7 antibiotikům; kmeny klonu II patřily k biotypu 2 a byly v průměru rezistentní k 6 antibiotikům. Závěr. České multirezistentní kmeny A. baumannii patřily převážně do dvou klonálních uskupení, prokázaných u nemocničních epidemických kmenů ze severozápadní Evropy. Skupiny A a B, dříve popsané v České republice, jsou podmnožinami těchto klonů (klonu I resp. Klonu II). Oba klony zahrnovaly epidemické i sporadické kmeny, vyskytující se nejméně od roku 1991 v České republice. Dlouhodobé panevropské rozšířeni a vnitřní typová diverzita klonů naznačuje, že jde o relativně stará uskupení, zahrnující geografické subklony. Vysoce rezistentní české kmeny klonu I náležející k biotypu 11 představují pravděpodobně jeden z těchto subklonů.
Objectives: To investigate genetic relatedness of multiresistant hospital Acinetobacter baumannii strains from the Czech Republic and epidemic A. baumannii clones from north-western Europe. Methods: Seventy epidemiologically unrelated multiresistant strains isolated in Czech hospitals between 1991 and 2001, 8 reference strains of epidemic clones 1 and II from north-western Europe (Dijkshoorn L, et al. J Clin Microbiol 1996;34:1519-25) and 15 control susceptible Czech strains were studied by AFLP fingerprinting, ribotyping with HindIII and HincII and biotyping and were tested for susceptibility to 11 antibiotics (ampicillin +sulbactam, piperacillin, ceftazidime, imipenem, co-trimoxazole, ofloxacin, gentamicin, tobramycin, amikacin, netilmicin and tetracycline) using disk diffusion test. Results: Based on numerical analysis of AFLP fingerprints and ribotypes, the Czech multiresistant strains were classified into clone (n = 41), clone II (n = 21) or a heterogeneous group of other strains (n = 8). The susceptible strains were genotypically and phenotypically heterogeneous and distinct from those of clones I and II. The strains of the same clone had identical or similar ribotypes not found in the other strains. Clone I strains belonged to biotypes 11 (n = 24), 6 (n = 15) or 12 (n = 1) and were resistant, on average to seven antibiotics; clone II strains were of biotype 2 and were resistant, on average to six antibiotics. Conclusions: The Czech multiresistant A. baumannii strains belonged mostly to two clonal lineages previously recognized among strains from north-western European hospitals. Groups A and B recently described in the Czech Republic are subgroups of these clones (clone I and clone II, respectively). Both clones comprise outbreak and sporadic strains isolated from all over the Czech Republic since 1991. Paneuropean spread over a long time and intraclonal type diversity indicate that the clones are relatively old groups with a number of geographical subclones. One of these is probably represented by highly resistant Czech clone I strains belonging to biotype 11.
