BACKGROUND: T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) represents a rare and clinically and genetically heterogeneous disease that constitutes 10-15% of newly diagnosed pediatric ALL cases. Despite improved outcomes of these children, the survival rate after relapse is extremely poor. Moreover, the survivors must also endure the acute and long-term effects of intensive therapy. Although recent studies have identified a number of recurrent genomic aberrations in pediatric T-ALL, none of the changes is known to have prognostic significance. The aim of our study was to analyze the cytogenomic changes and their various combinations in bone marrow cells of children with T-ALL and to correlate our findings with the clinical features of the subjects and their treatment responses. RESULTS: We performed a retrospective and prospective comprehensive cytogenomic analysis of consecutive cohort of 66 children (46 boys and 20 girls) with T-ALL treated according to BFM-based protocols and centrally investigated cytogenetics and immunophenotypes. Using combinations of cytogenomic methods (conventional cytogenetics, FISH, mFISH/mBAND, arrayCGH/SNP and MLPA), we identified chromosomal aberrations in vast majority of patients (91%). The most frequent findings involved the deletion of CDKN2A/CDKN2B genes (71%), T-cell receptor (TCR) loci translocations (27%), and TLX3 gene rearrangements (23%). All chromosomal changes occurred in various combinations and were rarely found as a single abnormality. Children with aberrations of TCR loci had a significantly better event free (p = 0.0034) and overall survival (p = 0.0074), all these patients are living in the first complete remission. None of the abnormalities was an independent predictor of an increased risk of relapse. CONCLUSIONS: We identified a subgroup of patients with TCR aberrations (both TRA/TRD and TRB), who had an excellent prognosis in our cohort with 5-year EFS and OS of 100%, regardless of the presence of other abnormality or the translocation partner. Our data suggest that escalation of treatment intensity, which may be considered in subsets of T-ALL is not needed for nonHR (non-high risk) patients with TCR aberrations.

• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Fetal intracranial hemorrhage represents a rare event with an estimated prevalence of 1:10 000 pregnancies. We report a patient diagnosed prenatally with intracranial hemorrhage and ventriculomegaly carrying a novel, previously unreported, likely pathogenic variant in COL4A1. At the gestational age of 27 weeks, dilation of lateral ventricles was detected during a routine prenatal ultrasound scan, confirmed by prenatal MRI at 30 + 3 weeks of gestation. Prenatal examinations included amniocentesis with conventional G-band karyotyping and arrayCGH, and maternal testing for TORCH and parvovirus B19 infections. Virtual gene panel based on whole-exome sequencing data was performed postnatally. At the age of 2.5 months, the patient manifested epileptic seizures that remain difficult to control. Postnatal MRI showed partial thalamic fusion and polymicrogyria, in addition to severe enlargement of lateral ventricles, multiple deposits of hemosiderin in cerebral and cerebellar hemispheres, and thin optic nerve and chiasma. Virtual gene panel based on whole-exome sequencing data led to a detection of a de novo previously unreported in-frame deletion NM_001845.5:c.4688_4711del in COL4A1 located in the highly conserved NC1 domain initiating collagen helix assembly. The presented case lies one a more severe end of the COL4A1 mutation-related disease spectrum, manifesting as fetal intracranial bleeding, malformation of cortical development, drug-resistant epilepsy, and developmental delay.

• MeSH
• hydrocefalus * MeSH
• intrakraniální krvácení MeSH
• kojenec MeSH
• kolagen typu IV genetika   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• plod MeSH
• polymikrogyrie * genetika   MeSH
• těhotenství MeSH
• Check Tag
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Chromozomové aberace hrají významnou roli v patogenezi a vývoji chronické lymfocytární leukemie (CLL), charakterizují průběh onemocnění a mají vliv na volbu léčebné strategie. Mezi změny se známým prognostickým významem patří delece oblastí 11q, 13q, 17p a trizomie chromozomu 12. V poslední době je velmi diskutován význam dalších rekurentních cytogenetických aberací, jako jsou např. zmnožení 2p, delece 6q21, duplikace 8q24, přestavby 14q32 a komplexní karyotyp. Chromozomové aberace detekujeme metodami klasického G-pruhování, fluorescenční in situ hybridizací (FISH) a v některých případech doplňující metodou array komparativní genomické hybridizace (arrayCGH). Zavedení metody sekvenování nové generace (NGS) vedlo v posledních letech k identifikaci genových mutací (zejména TP53, NOTCH1, SF3B1 a BIRC3), které zpřesnily stratifikaci pacientů a ovlivňují volbu léčebné strategie. Prognostické a prediktivní modely vzniklé kombinací všech uvedených metod by do budoucna měly lépe vypovídat o dynamice průběhu onemocnění a klonálním vývoji a měly by vést ke zpřesnění stanovení odpovědi na léčbu a přežití nemocných.

Chromosomal aberrations play an important role in the pathogenesis and development of chronic lymphocytic leukaemia (CLL). They characterize the course of the disease and influence decisions regarding treatment. Aberrations with well-known prognostic significance include deletions of regions 11q, 13q, 17p and trisomy of chromosome 12. The importance of other recurrent cytogenetic abnormalities, such as duplications of 2p or 8q24, deletion of 6q21, translocations of 14q32 and complex karyotype have recently come under closer scrutiny. Chromosome aberrations are detected by classical G-banding, fluorescent in situ hybridization (FISH) and in some cases by contemporary array comparative genomic hybridization (arrayCGH). The implementation of next generation sequencing (NGS) has helped identify new gene mutations (particularly TP53, NOTCH1, SF3B1 and BIRC3), which refine patient stratification and influence the choice of treatment strategy. In future, prognostic and predictive models resulting from the combination of all mentioned methods will better reflect disease dynamics and clonal evolution and lead to a more accurate assessment of treatment response and survival.

• Klíčová slova
• FISH,
• MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• chronická lymfatická leukemie * genetika   MeSH
• cytogenetika metody   MeSH
• lidé MeSH
• prognóza MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

We present a case report of a patient relapsing after anti-CD38 treatment (daratumumab). The phenotype of the disease changed during this treatment, and the myeloma clone became CD38 negative and daratumumab refractory. We expected clonal shift, however, based on immunophenotyping, cytogenetics and arrayCGH; the clone was identical as before daratumumab-based treatment with the exception of CD38 negativity. We suggest that the downregulation or loss of CD38 might be an epigenetic "escape mechanism" of malignant plasma cells from antibody-based treatment. The aim of our study was to point out the pitfalls of immunophenotyping and cytogenetics in both assessing the minimal residual disease and clone detection after monoclonal antibody-based therapy.

• MeSH
• antigeny CD38 antagonisté a inhibitory   metabolismus   MeSH
• biologické markery MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• cytogenetické vyšetření MeSH
• imunofenotypizace MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mnohočetný myelom diagnóza   farmakoterapie   genetika   metabolismus   MeSH
• monoklonální protilátky MeSH
• prognóza MeSH
• protokoly protinádorové kombinované chemoterapie terapeutické užití   MeSH
• recidiva MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

Využití čipových technologií,cytogenetiky a molekulární genetiky pro studium genových a chromozomových změn v nádorovém genomu jedinců s MGUS, AMM, SMM a PCL s cílem porozumět roli genetických změn a aberací při progresi/relapsu a selhání léčby: a)cytogeneticky, metodami FISH a arrayCGH s vysokým rozlišením vyšetřovat genom nemocných s MGUS, AMM, SMM a PCL; b)metodou arrayCGH analyzovat DNA izolovanou z CD138+ plazmocytů s cílem určit nebalancované a kryptické změny; c)studovat aberace chromozomu X, především geny UTX a NUDT11 a chromozomu 1; d)analýza t(4;14) s vyhodnocením počtu kopií a lokalizací genů MMSET a FGFR3; e)analyzovat výskyt aberací genu c-Myc; f)vytypovat znaky podskupiny MGUS s „vysokým rizikem“ maligní transformace v MM; g)analyzovat vztah genových a chromozomových změn se stratifikací MM dle ISS, stupněm/trváním léčebné odezvy, s hladinami NF-kappaB, HGF, osteopontinu, syndecanu-1,DKK-1, poměru RANKL/OPG, MIP-1alfa, ICTP v séru a HLC a vyčlenit „vysoce rizikové“podskupiny MM.; The use of chip technologies, cytogenetic and molecular cytogenetic methods for a study of genetic and chromosomal changes in the cancer genome of individuals with MGUS, AMM, SMM and PCL aimed at understanding the role of genetic changes and aberrations in progression/relapse and treatment failure: a) cytogenetic study of the genome of patients using FISH and high-resolution arrayCGH; b) array CGH analysis of DNA isolated from CD138+ plasma cells aimed at determination of unbalanced and cryptic changes; c) study of aberrations of the X chromosome, mainly UTX and NUDT11 genes, and chromosome 1; d) analysis of t(4;14) and assessment of the MMSET and FGFR3 genes; e) analysis of the frequency of c-Myc gene aberrations; f) identification of features of the MGUS subgroup with high risk of malignant transformation; g)relationship of genetic and chromosomal changes with ISS MM stratification levels of NF-kappaB,DKK-1,RANKL/OPG,MIP-1alpha and HLC pairs.

• MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• cytogenetika MeSH
• lidské chromozomy X MeSH
• lidské chromozomy, pár 1 MeSH
• mnohočetný myelom diagnóza   terapie   MeSH
• monoklonální gamapatie nejasného významu MeSH
• nádorový supresorový protein p53 MeSH
• prognóza MeSH
• recidiva MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• spektrální karyotypizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Využití čipových technologií a metod molekulární genetiky pro studium genových změn v nádorovém genomu nemocných s CLL s cílem určit genetické změny prognostického významu a tyto poznatky využít ke studiu role a významu genetických změn v patogenezi onemocnění a cílené léčbě "šité na míru". Projekt bude: A) metodou arrayCGH s oligonukleotidovými, SNPs a chromosomově specifickými čipy analyzovat genom nemocných s CLL v době diagnózy a průběhu onemocnění B) pomocí metod molekulární cytogenetiky mapovat zlomová místa na chromosomech 6, 11 a 13 C) pomocí molekulárně genetických metod (např. RT-PCR, Q-RT-PCR, HRMC) sledovat expresi vybraných genů včetně miRNA D) pomocí analýzy proteinů sledovat signální dráhy odpovědi na poškozenou DNA E) pomocí analýzy klinických dat chceme co nejpřesněji prognosticky charakterizovat nepříznivé podskupiny nemocných a najít pro ně optimální léčebný přístup využívající cílenou léčbou šitou na míru; To use chip technologies and molecular genetic methods in the study of gene changes in the tumor genome of patients with CLL to determine genetic changes of a prognostic significance and to acquire knowledge applied in studying the role and impact of genetic changes in the pathogenesis of CLL. Based on the knowledge: A) the arrayCGH method with oligonucleotide, SNPs and chromosome-specific chips will be used to analyze the genome of CLL patients at diagnosis and in the course of the disease B) arrayCGH and FISH with specific probes will be used for mapping the breakpoints in patients with changes on chromosomes 6, 11 and 13 C) molecular genetic methods (e.g. RT-PCR, Q-RT-PCR, sequencing) will be used to study expression of selected genes and other potential candidate genes D) the protein analysis will be used to follow signaling pathways of DNA damage response (DDR) E) clinical data will be analyzed to obtain detailed clinically prognostic characteristics of the analyzed subgroups of patients

• MeSH
• chronická lymfatická leukemie terapie   MeSH
• cytogenetika MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• poškození DNA MeSH
• prognóza MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Mucin and mucin-like material are features of mucinous tubular and spindle renal cell carcinoma (MTS RCC) but are rarely seen in papillary renal cell carcinoma (PRCC). We reviewed 1311 PRCC and identified 7 tumors containing extracellular and/or intracellular mucinous/mucin-like material (labeled as PRCCM). We analyzed these using morphological, histochemical, immunohistochemical, and molecular genetic methods (arrayCGH, FISH). Clinical data were available for six of the seven patients (five males and one female, age range 61-78 years). Follow-up was available for four patients (2-4 years); one patient died of widespread metastases. Tumor size ranged from 3 to 5 cm (mean 3.8). Of all cases, histological architecture showed a predominantly papillary pattern. Mucin or mucin-like was extracellular in one, intracellular in three, and both intra/extracellular in three cases. All tumors were positive for AMACR, vimentin, and OSCAR, while CK7 was positive in four. Mucicarmine stain was positive in all cases, PAS in six and Alcian blue in three cases. Five tumors were positive for MUC 1, but none were positive for MUC 2, MUC 4, or MUC 6. In only four cases, genetic analysis could be performed. Gain of chromosomes 7 and 17 was found in two cases; gain of 17 only was found in one case. Loss of heterozygosity of 3p was found in one case together with polysomy of chromosomes 7 and 17. No abnormalities of VHL, fumarate dehydrogenase, and TFE3 genes were detected. We conclude that PRCCM is a rare but challenging subtype of RCC that deserves to be further studied. In all the tumors, the mucin-like material was found in those stained with mucicarmin, but other conventional and immunohistochemical stains did not reveal consistent features of a single mucin. The molecular-genetic profile of these tumors was most consistent with that of typical papillary RCC, although one case had mixed genetic features of papillary and clear RCC. PRCCM has metastatic potential, as evidenced by one case with widespread metastases. It remains to be determined whether PRCCM represents a unique tumor subtype, deserving to be distinguished from other subtypes of PRCC.

• MeSH
• antigeny nádorové metabolismus   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   MeSH
• imunohistochemie metody   MeSH
• karcinom z renálních buněk genetika   metabolismus   patologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• muciny analýza   MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• nádory ledvin genetika   metabolismus   patologie   MeSH
• papilární karcinom patologie   MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Předmětem projektu je zdokonalení detekce instability DNA, vedoucí k chromozomálním aberacím somatických buněk, gamet a embryí po úspěšné onkologické léčbě, jejíž důsledkem je narušení preimplantačního a embryonálního vývoje a dysfertilita. Použité metody umožní detekci submikroskopichých chromozomálních aberací a tím zjištění stupně genotoxicity onkologické léčby, rizik hormonální terapie nerespektující genotyp hormonálních receptorů a rizika kryoprezervace gamet, embryí a gonád u pacientů s karcinomem ovaria, testes, dětí a dospívajících s hematologickými malignitami či solidními nádory. Polarizační mikroskopií budou studovány sekundární účinky instability na vakuolizaci hlaviček spermií, poškození oocytárních membrán a dělícího vřeténka, které jsou asociovány s rizikem chromosomálních aneuploidií u embrya. ArrayCGH umožní zachytit submikroskopické delece, duplikace a aneuploidie, i na úrovni jedné embryonální buňky či gamety, a tak zdokonalit preimplantační diagnostiku všech chromozomů.; The main aim of the project is detection of DNA instability resulting in chromosomal aberrations of somatic cells, gametes, embryos, disturbances of preimplantation and embryonal development associated with dysfertility. Utilised methods will detect submicroscopic chromosomal aberrations, thereby assessing the degree of genotoxicity, effects of oncological therapy, nonindividualised FSH variant-based hormonal therapy in IVF, risks of gamete / embryo / gonad cryopreservation in patients with ovarian / testicular carcinomas and in children with hematological malignancies or solid tumors. Using polarization microscopy we will study secondary effects of instability on the vacuolization of the sperm head, impairment of oocyte membranes or mitotic spindle, which leads to chromosomal aneuploidies. Single-cell arrayCGH will detect deletions, duplications and aneuploidies, thereby assuring efficacious preimplantation diagnostics at the level of all chromosomes.

• MeSH
• androgenní receptory MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• gonadální dysgeneze MeSH
• infertilita MeSH
• kryoprezervace MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• lékařská onkologie MeSH
• multiplexová polymerázová řetězová reakce MeSH
• polymorfismus genetický MeSH
• poškození DNA MeSH
• preimplantační diagnóza MeSH
• protaminy MeSH
• receptory FSH MeSH
• receptory LH MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• gynekologie a porodnictví
• reprodukční lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Studium genetických změn v buňkách nádorového genomu nemocných s DLBCL metodami arrayCGH, Q-RT-PCR a imunohistochemie. Doplnění o výsledky klasické cytogenetiky a molekulární cytogenetiky k získání komplexního pohledu na chromosomové a genové změny. a) Na základě předběžných výsledků laboratorně a klinicky detailně analyzovat kandidátní oblasti a geny v nich lokalizované: chromosom 2p a geny REL a BCL11A, chromosom 9p a gen JAK2, chromosom 3 a gen FOXP1, chromosom 8 a gen CMYC, chromosom 18q a gen BCL2.b) Pomocí Q-RT-PCR určit expresi vybraných genů a porovnat se změnami genových kopií. c) Doplnit genetická vyšetření imunohistochemickou detekcí vybraných proteinů a dalších markerů, ke zpřesnění prognostické stratifikace a zařazení heterogenních podskupin DLBCL. d) Na základě komplexnosti vyšetření získat výsledky, které dovolí přesnější stratifikaci nemocných do prognostických podskupin a využítí těchto poznatků pro rutinní klinickou praxi včetně cílené léčby.; The study of genetic changes in cells of the tumor genome of patients with DLBCL using the array CGH, Q-RT-PCR and immunohistochemistry methods to acquire a comprehensive view of genetic changes. a) Based on preliminary results, to perform detailed laboratory and clinical analyses of candidate regions and genes located in them: chromosome 2p and the REL and BCL11A genes, chromosome 9p and the JAK2 gene, chromosome 3 and the FOXP1 gene, chromosome 8 and the CMYC gene, and chromosome 18q and the BCL2 gene. b) To use Q-RT-PCR to determine expression of selected genes and compare this with copy number changes. c) To complete genetic tests with immunohistochemical detection of selected proteins and other markers to refine prognostic stratification and definition of heterogeneous subtypes of DLBCL. d) Based on the comprehensive examinations, to acquire results enabling more precise stratification of patients and the application of these findings in routine clinical practice including targeted therapy.

• MeSH
• cílená genová oprava MeSH
• difúzní velkobuněčný B-lymfom genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• imunohistochemie MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• prognóza MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH