BACKGROUND: Pneumococcal conjugate vaccines (PCVs) that are ten-valent (PCV10) and 13-valent (PCV13) became available in 2010. We evaluated their global impact on invasive pneumococcal disease (IPD) incidence in all ages. METHODS: Serotype-specific IPD cases and population denominators were obtained directly from surveillance sites using PCV10 or PCV13 in their national immunisation programmes and with a primary series uptake of at least 50%. Annual incidence rate ratios (IRRs) were estimated comparing the incidence before any PCV with each year post-PCV10 or post-PCV13 introduction using Bayesian multi-level, mixed-effects Poisson regressions, by site and age group. All site-weighted average IRRs were estimated using linear mixed-effects regression, stratified by product and previous seven-valent PCV (PCV7) effect (none, moderate, or substantial). FINDINGS: Analyses included 32 PCV13 sites (488 758 cases) and 15 PCV10 sites (46 386 cases) in 30 countries, primarily high income (39 sites), using booster dose schedules (41 sites). By 6 years after PCV10 or PCV13 introduction, IPD due to PCV10-type serotypes and PCV10-related serotype 6A declined substantially for both products (age <5 years: 83-99% decline; ≥65 years: 54-96% decline). PCV7-related serotype 19A increases before PCV10 or PCV13 introduction were reversed at PCV13 sites (age <5 years: 61-79% decline relative to before any PCV; age ≥65 years: 7-26% decline) but increased at PCV10 sites (age <5 years: 1·6-2·3-fold; age ≥65 years: 3·6-4·9-fold). Serotype 3 IRRs had no consistent trends for either product or age group. Non-PCV13-type IPD increased similarly for both products (age <5 years: 2·3-3·3-fold; age ≥65 years: 1·7-2·3-fold). Despite different serotype 19A trends, all-serotype IPD declined similarly between products among children younger than 5 years (58-74%); among adults aged 65 years or older, declines were greater at PCV13 (25-29%) than PCV10 (4-14%) sites, but other differences between sites precluded attribution to product. INTERPRETATION: Long-term use of PCV10 or PCV13 reduced IPD substantially in young children and more moderately in older ages. Non-vaccine-type serotypes increased approximately two-fold to three-fold by 6 years after introduction of PCV10 or PCV13. Continuing serotype 19A increases at PCV10 sites and declines at PCV13 sites suggest that PCV13 use would further reduce IPD at PCV10 sites. FUNDING: Bill & Melinda Gates Foundation as part of the WHO Pneumococcal Vaccines Technical Coordination Project.

• MeSH
• celosvětové zdraví * MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• incidence MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• novorozenec MeSH
• pneumokokové infekce * prevence a kontrola   epidemiologie   MeSH
• pneumokokové vakcíny * aplikace a dávkování   MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• séroskupina MeSH
• Streptococcus pneumoniae * klasifikace   imunologie   MeSH
• vakcíny konjugované aplikace a dávkování   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• novorozenec MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

BACKGROUND: Widespread use of pneumococcal conjugate vaccines (PCVs) has reduced vaccine-type invasive pneumococcal disease (IPD). We describe the serotype distribution of IPD after extensive use of ten-valent PCV (PCV10; Synflorix, GSK) and 13-valent PCV (PCV13; Prevenar 13, Pfizer) globally. METHODS: IPD data were obtained from surveillance sites participating in the WHO-commissioned Pneumococcal Serotype Replacement and Distribution Estimation (PSERENADE) project that exclusively used PCV10 or PCV13 (hereafter PCV10 and PCV13 sites, respectively) in their national immunisation programmes and had primary series uptake of at least 70%. Serotype distribution was estimated for IPD cases occurring 5 years or more after PCV10 or PCV13 introduction (ie, the mature period when the serotype distribution had stabilised) using multinomial Dirichlet regression, stratified by PCV product and age group (<5 years, 5-17 years, 18-49 years, and ≥50 years). FINDINGS: The analysis included cases occurring primarily between 2015 and 2018 from 42 PCV13 sites (63 362 cases) and 12 PCV10 sites (6806 cases) in 41 countries. Sites were mostly high income (36 [67%] of 54) and used three-dose or four-dose booster schedules (44 [81%]). At PCV10 sites, PCV10 serotypes caused 10·0% (95% CI 6·3-12·9) of IPD cases in children younger than 5 years and 15·5% (13·4-19·3) of cases in adults aged 50 years or older, while PCV13 serotypes caused 52·1% (49·2-65·4) and 45·6% (40·0-50·0), respectively. At PCV13 sites, PCV13 serotypes caused 26·4% (21·3-30·0) of IPD cases in children younger than 5 years and 29·5% (27·5-33·0) of cases in adults aged 50 years or older. The leading serotype at PCV10 sites was 19A in children younger than 5 years (30·6% [95% CI 18·2-43·1]) and adults aged 50 years or older (14·8% [11·9-17·8]). Serotype 3 was a top-ranked serotype, causing about 9% of cases in children younger than 5 years and 14% in adults aged 50 years or older at both PCV10 and PCV13 sites. Across all age and PCV10 or PCV13 strata, the proportion of IPD targeted by higher-valency PCVs beyond PCV13 was 4·1-9·7% for PCV15, 13·5-36·0% for PCV20, 29·9-53·8% for PCV21, 15·6-42·0% for PCV24, and 31·5-50·1% for PCV25. All top-ten ranked non-PCV13 serotypes are included in at least one higher-valency PCV. INTERPRETATION: The proportion of IPD due to serotypes included in PCVs in use was low in mature PCV10 and PCV13 settings. Serotype distribution differed between PCV10 and PCV13 sites and age groups. Higher-valency PCVs target most remaining IPD and are expected to extend impact. FUNDING: Bill & Melinda Gates Foundation as part of the WHO Pneumococcal Vaccines Technical Coordination Project.

• MeSH
• celosvětové zdraví MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• očkovací programy MeSH
• pneumokokové infekce * prevence a kontrola   epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• pneumokokové vakcíny * aplikace a dávkování   MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři MeSH
• séroskupina * MeSH
• Streptococcus pneumoniae * klasifikace   imunologie   MeSH
• vakcíny konjugované aplikace a dávkování   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• antibakteriální látky aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• pneumokokové infekce * diagnóza   farmakoterapie   prevence a kontrola   MeSH
• pneumokokové vakcíny aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• pneumonie pneumokoková diagnóza   farmakoterapie   MeSH
• Streptococcus pneumoniae MeSH
• vakcinace MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

Cíl: Předkládáme analýzu celogenomových dat izolátů Streptococcus pneumoniae sérotypů 8 a 22F izolovaných v České republice z invazivního pneumokokového onemocnění (IPO) v období 2014–2020. Proti těmto sérotypům působí nové vícevalentní pneumokokové konjugované vakcíny (PCV). Sérotypy 8 a 22F jsou co do četnosti na předních pozicích v působení IPO v České republice v recentním období. České izoláty S. pneumoniae byly porovnány se zahraničními izoláty ze stejného období a stejných sérotypů, které byly dostupné v mezinárodní databázi PubMLST. Materiál a metody: Pro studii byly vybrány izoláty z IPO v České republice z období 2014–2020 sérotypu 8 (22 izolátů) a sérotypu 22F (21 izolátů). Byla zvolena metoda celogenomová sekvenace (WGS), analýzy a vzájemné porovnání genomů proběhlo s využitím mezinárodní databáze PubMLST. Výsledky: Většina studovaných českých izolátů sérotypu 8 patří do dvou hlavních subpopulací. První subpopulace, ve které dominují izoláty ST-53, je součástí vysoce početné skupiny geneticky blízkých evropských i neevropských izolátů, které jsou na fylogenetické síti zřetelně odděleny. Druhá subpopulace českých izolátů sérotypu 8 (s dominancí ST-404) je geneticky variabilnější a na celosvětové fylogenetické síti tvoří samostatnou linii, v níž se nevyskytují žádné jiné evropské izoláty. České izoláty sérotypu 22F představují homogenní populaci s naprostou převahou ST-433, která patří do geneticky blízké evropské populace. Závěr: Analýza WGS dat izolátů z IPO sérotypů 8 a 22F poskytla detailní pohled na vzájemné genetické vztahy českých populací těchto sérotypů. Zároveň také umožnila porovnání českých populací s odpovídajícími populacemi z ostatních evropských i neevropských zemí. Získané výsledky prohlubují znalosti o šíření genetických linií působících IPO v České republice v postvakcinačním období a jsou podkladem ke zhodnocení vhodnosti zavedení nových vícevalentních PCV v České republice.

Aim: An analysis is presented of whole genome data of Streptococcus pneumoniae serotypes 8 and 22F isolated in the Czech Republic from invasive pneumococcal disease (IPD) in 2014–2020. New multivalent pneumococcal conjugate vaccines (PCVs) are effective against these serotypes. Recently, serotypes 8 and 22F have been among the leading causes of IPD in the Czech Republic. S. pneumoniae isolates from the Czech Republic were compared with those of the same serotypes recovered in other countries in the same period and available in the international database PubMLST. Material and methods: Isolates from IPD of serotypes 8 (22 isolates) and 22F (21 isolates) recovered in the Czech Republic in 2014–2020 were subjected to whole genome sequencing (WGS). The genomes were analysed and compared using the international database PubMLST. Results: Most of the studied Czech serotype 8 isolates belong to two main subpopulations. The first subpopulation, dominated by ST-53 isolates, is part of a highly abundant group of genetically close European and non-European isolates that are clearly separated on the phylogenetic network. The second subpopulation of Czech serotype 8 isolates (dominated by ST-404) is more genetically variable and forms a separate lineage on the global phylogenetic network, with no other European isolates. Czech isolates of serotype 22F are a homogeneous population with a clear predominance of ST-433, which belongs to a genetically close European population. Conclusion: The analysis of WGS data of IPD isolates of serotypes 8 and 22F provided a detailed insight into the genetic relationships between the Czech populations of these serotypes. It also allowed comparison of the Czech populations with the matched populations from other European and non-European countries. The obtained results add to the body of knowledge about the spread of genetic lineages causing IPD in the Czech Republic in the post-vaccination period and provide a basis for considering whether the use of the new multivalent PCVs in the Czech Republic would be beneficial.

• MeSH
• genom bakteriální MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• pneumokokové infekce epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• sekvenování celého genomu metody   MeSH
• séroskupina MeSH
• Streptococcus pneumoniae * genetika   izolace a purifikace   klasifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Klíčová slova
• skórovací systém CURB 65, skorovací systém PSI,
• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   klasifikace   terapeutické užití   MeSH
• C-reaktivní protein analýza   MeSH
• komorbidita * MeSH
• lidé MeSH
• pneumokokové vakcíny * MeSH
• pneumonie pneumokoková * diagnostické zobrazování   diagnóza   farmakoterapie   prevence a kontrola   MeSH
• senioři MeSH
• Streptococcus pneumoniae patogenita   účinky léků   MeSH
• vakcíny konjugované terapeutické užití   MeSH
• výzkumný projekt MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

• Klíčová slova
• Vaxneuvance,
• MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• pneumokokové infekce epidemiologie   prevence a kontrola   MeSH
• pneumokokové vakcíny * aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• Streptococcus pneumoniae patogenita   MeSH
• vakcinace metody   MeSH
• vakcíny konjugované aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Streptococcus pneumoniae (pneumokok) je grampozitivní kok vyvolávající jak neinvazivní, tak invazivní infekční onemocnění. Onemocnění vyvolaná pneumokokem mohou být preventabilní očkováním. Invazivní pneumokoková onemocnění (IPO) musí splňovat mezinárodní definici případu, jsou hlášena na národní i mezinárodní úrovni a v řadě zemí, včetně České republiky, jsou sledována v programu surveillance. Důležitou součástí surveillance IPO je sledování vyskytujících se sérotypů, hodnocení četnosti jednotlivých sérotypů v čase a v relaci k probíhajícím vakcinačním programům. Ve světe i v České republice je u pneumokoků stále častěji prováděna metoda celogenomové sekvenace (whole genome sequencing, WGS), která umožňuje určování sérotypu pneumokoků ze sekvenačních dat, dále přesnou analýzu jejich genetických vztahů a studium genů obsažených v jejich genomu. Celogenomová sekvenace umožňuje získávat spolehlivá a mezinárodně srovnatelná sekvenační data, která lze snadno sdílet. Sekvenační data jsou analyzována pomocí bioinformatických nástrojů, které vyžadují znalosti z oblasti přírodních věd s důrazem na genetiku a znalosti z oblasti bioinformatiky. V publikaci jsou představeny některé možnosti analýzy pneumokoka, kterými jsou sérotypizace, multilokusová sekvenační typizace (MLST), ribozomální MLST (rMLST), core genome MLST (cgMLST), whole genome MLST (wgMLST), single nucleotide polymorphism (SNP) analýza, určení Global Pneumococcal Sequence Cluster (GPSC), stanovení genů virulence a genů antibiotické rezistence. U metody WGS je prezentována strategie její aplikace v Evropě a realizace v praxi. Analýza pneumokoků metodou WGS představuje zlepšení v provádění surveillance IPO, kdy je sérotyp určován molekulárně geneticky, jsou prováděny další podrobnější typizace, získaná data lze snadno mezinárodně porovnávat a lze lépe hodnotit účinnost vakcinačních programů.

Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) is a Gram-positive coccus causing both non-invasive and invasive infectious diseases. Pneumococcal diseases are vaccine preventable. Invasive pneumococcal diseases (IPD) meeting the international case definition are reported nationally and internationally and are subject to surveillance programmes in many countries, including the Czech Republic. An important part of IPD surveillance is the monitoring of causative serotypes and their frequency over time and in relation to ongoing vaccination programmes. In the world and in the Czech Republic, whole genome sequencing (WGS) is increasingly used for pneumococci, which allows for serotyping from sequencing data, precise analysis of their genetic relationships, and the study of genes present in their genome. Whole-genome sequencing enables the generation of reliable and internationally comparable data that can be easily shared. Sequencing data are analysed using bioinformatics tools that require knowledge in the field of natural sciences with an emphasis on genetics and expertise in bioinformatics. This publication presents some options for pneumococcal analysis, i.e., serotyping, multilocus sequence typing (MLST), ribosomal MLST (rMLST), core genome MLST (cgMLST), whole genome MLST (wgMLST), single nucleotide polymorphism (SNP) analysis, assignment to Global Pneumococcal Sequence Cluster (GPSC), and identification of virulence genes and antibiotic resistance genes. The WGS strategies and applications for Europe and WGS implementation in practice are presented. WGS analysis of pneumococci allows for improved IPD surveillance, thanks to molecular serotyping, more detailed typing, generation of internationally comparable data, and improved evaluation of the effectiveness of vaccination programmes.

• MeSH
• molekulární biologie metody   MeSH
• multilokusová sekvenční typizace klasifikace   metody   MeSH
• pneumokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• sekvenování celého genomu * metody   normy   MeSH
• séroskupina MeSH
• sérotypizace klasifikace   metody   MeSH
• Streptococcus pneumoniae * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• techniky typizace bakterií klasifikace   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

• MeSH
• kombinace amoxicilinu a kyseliny klavulanové terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• orbitocelulitida * diagnóza   etiologie   terapie   MeSH
• předškolní dítě MeSH
• Streptococcus pneumoniae izolace a purifikace   účinky léků   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

• Klíčová slova
• Vaxneuvance,
• MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• pneumokokové infekce * diagnóza   farmakoterapie   komplikace   prevence a kontrola   MeSH
• pneumokokové vakcíny * aplikace a dávkování   terapeutické užití   MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři MeSH
• Streptococcus pneumoniae patogenita   MeSH
• Check Tag
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Akutní zánět středouší (otitis media acuta, OMA) patří stále k nejobvyklejším onemocněním u dětí. Článek se zaměřuje na jednotlivé bakteriální původce OMA u dětí, jejich charakteristiku, změny v čase, stav rezistence a doporučené postupy léčby OMA na základě aktuálních dat.

Acute otitis media (AOM) is still one of the most common diseases in children. The article focuses on the individual bacterial agents of AOM in children, their characteristics, changes over time, the state of resistance and recommended management for the treatment of AOM based on current data.

• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   klasifikace   terapeutické užití   MeSH
• dítě MeSH
• Haemophilus influenzae patogenita   účinky léků   MeSH
• lidé MeSH
• Moraxella catarrhalis patogenita   účinky léků   MeSH
• otitis media * etiologie   farmakoterapie   mikrobiologie   MeSH
• penicilin V farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• peniciliny farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
• Streptococcus pneumoniae patogenita   účinky léků   MeSH
• Streptococcus pyogenes patogenita   účinky léků   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH