S rozvojem standardu HTML5, podpory Javascriptu ve verzi EcmaScript6 a CSS stylů napříč prohlížeči a platformami je možné vyvíjet webové aplikace, které se svojí interaktivitou blíží, nebo i předčí klasické aplikace pro PC. S tímto rozvojem se taktéž rozšířila celá řada tzv. frameworků (React JS, Angular JS, Aurelia, Polymer, VUE), která doplňuje a ulehčuje tvorbu interaktivních aplikací, nicméně každý z těchto frameworků používá mírně jiné přístupy a komponenty v nich vytvořené lze obtížně znovu použít při použití jiných frameworků. Webové komponenty (web components) se prosazují pomalu jako standardní forma sdílení interaktivních prvků moderních webových aplikací. V tomto příspěvku představíme knihovnu "Bodylight.js web components", je distribuována dle standardu Web components. Představuje tzv. vlastní elementy, kterými lze obohatit HTML stránku, WIKI zdroj nebo dokumentaci v Markdownu apod. o prvky, které webový simulátor vybaví numerickým řešičem modelu, propojí proměnné modelu s animací a propojí jednodušší grafy s proměnnými modelu a vstupní tlačítka a posuvníky s měnitelnými parametry modelu.
Computational systems biology provides multiple formalisms for modelling of biochemical processes among which the rule-based approach is one of the most suitable. Its main advantage is a compact and precise mechanistic description of complex processes. However, state-of-the-art rule-based languages still suffer several shortcomings that limit their use in practice. In particular, the elementary (low-level) syntax and semantics of rule-based languages complicate model construction and maintenance for users outside computer science. On the other hand, mathematical models based on differential equations (ODEs) still make the most typical used modelling framework. In consequence, robust re-interpretation and integration of models are difficult, thus making the systems biology paradigm technically challenging. Though several high-level languages have been developed at the top of rule-based principles, none of them provides a satisfactory and complete solution for semi-automated description and annotation of heterogeneous biophysical processes integrated at the cellular level. We present the second generation of a rule-based language called Biochemical Space Language (BCSL) that combines the advantages of different approaches and thus makes an effort to overcome several problems of existing solutions. BCSL relies on the formal basis of the rule-based methodology while preserving user-friendly syntax of plain chemical equations. BCSL combines the following aspects: the level of abstraction that hides structural and quantitative details but yet gives a precise mechanistic view of systems dynamics; executable semantics allowing formal analysis and consistency checking at the level of the language; universality allowing the integration of different biochemical mechanisms; scalability and compactness of the specification; hierarchical specification and composability of chemical entities; and support for genome-scale annotation.
- MeSH
- algoritmy MeSH
- biochemické jevy * MeSH
- biologické modely * MeSH
- jazyk (prostředek komunikace) MeSH
- lidé MeSH
- počítačová simulace * MeSH
- programovací jazyk MeSH
- proteiny chemie klasifikace metabolismus MeSH
- software * MeSH
- systémová biologie * MeSH
- teoretické modely MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Po zkušenostech s modelováním velkých systémů lidské fyziologie jsme navrhli způsob jak propojit modelování hydrauliky kapalin se standardními komponenty jazyka Modelica. V Modelica Standard Library (MSL) je hydraulická „fluid doména“ poměrně dobře rozpracována v komponentech Modelica. Fluid i Modelica.Media... Naše propojení spočívá v definování kompatibilních knihovních balíčků pro definování tělesných tekutin jako alternativních médií a zároveň v definování konverzí mezi našimi konektory a tím pádem i se všemi komponenty v knihovnách Chemical a Physiolibrary. Vzniká tak plně modulární přístup, kde je možné navzájem kombinovat média i různé komponenty z našich i ze standardních knihoven jazyka Modelica. Tímto způsobem je pak možné reprezentovat i složité modely, které detailně integrují chemickou, buněčnou, tkáňovou i systémovou úroveň.
Vytvořili jsme novou technologii tvorby webových simulátorů BodyLight.js, která kombinuje moderní internetové technologie (JavaScript, ECMA6, HTML5, WebAssembly), moderní na rovnicích založený modelovací jazyk (Modelica), nové standardizované rozhraní simulačních modelů (Functional Mock-up Interface, verze 2), simulační runtime běžící v prohlížeči, využívají technologii WebAssembly a grafické vizualizace, vytvářené pomocí Adobe Animate... Na tvorbu finální aplikace jsme napsali nástroj nazvaný Composer, který umožňuje vizuální tvorbu webových stránek, propojení interaktivních animací a ovládacích prvků (posuvníků, tlačítek a přepínačů) se simulačním modelem do výsledné výukové aplikace. Simulátor je realizován jako interaktivní graf či obrázek propojený se simulačním modelem v pozadí. Výsledkem je webová aplikace s interaktivními simulátory spustitelnými přímo v internetovém prohlížeči.
Každý badatel čas od času čelí problému správného výběru statistické metody, která by měla být aplikována, aby vhodně analyzovala jeho data. Naší snahou je zjednodušit tento proces ve smyslu vytvoření webové aplikace, která nabízí pomocnou ruku výzkumníkovi, který řeší statistickou analýzu ve své práci. Aplikace je vytvořena pomocí jazyka R a jednoho z jeho balíčků, Shiny, a je volně dostupná online. R je otevřený programovací jazyk a prostředí věnované zejména statistickým výpočtům a následným grafickým náhledům. Aplikace je dostupná na R-serveru 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy na http://shiny.statest.cz:3838/statisticke_nastroje/ a je založena na vývojovém diagramu navigujícím k aplikovatelné statistické metodě. Integrovaný vývojový diagram umožňuje výzkumníkovi vybrat nejvhodnější statistickou metodu ve smyslu průchodu diagramem krok po kroku tak, jak výzkumník dělá rozhodnutí odpovídáním na kladené otázky. Po určení nejvhodnější metody je přímým odkazem přesměrován na záložku aplikace, která nabízí provedení dané metody nad daty, která badatel do aplikace nahrál. Poskytnutí uživatelsky přátelské aplikace a vývojového diagramu mapujícího rozhodovací proces potenciálních statistických metod a vybírající tu nejvhodnější považujeme za cestu, jak tento proces zjednodušit. Přímé spojení – pomocí odkazu – mezi návrhem metody a záložkou s její realizací může zlepšit uživatelský komfort.
Many hospitals and medical clinics have been using a wearable sensor in its health care system because the wearable sensor, which is able to measure the patients' biometric information, has been developed to analyze their patients remotely. The measured information is saved to a server in a medical center, and the server keeps the medical information, which also involves personal information, on a cloud system. The server and network devices are used by connecting each other, and sensitive medical records are dealt with remotely. However, these days, the attackers, who try to attack the server or the network systems, are increasing. In addition, the server and the network system have a weak protection and security policy against the attackers. In this paper, it is suggested that security compliance of medical contents should be followed to improve the level of security. As a result, the medical contents are kept safely.
- MeSH
- algoritmy MeSH
- ambulantní monitorování přístrojové vybavení MeSH
- biometrie MeSH
- chorobopisy MeSH
- cloud computing * MeSH
- důvěrnost informací MeSH
- elektronické zdravotní záznamy MeSH
- internet MeSH
- lékařská informatika přístrojové vybavení MeSH
- lidé MeSH
- poskytování zdravotní péče MeSH
- programovací jazyk MeSH
- sběr dat MeSH
- ukládání a vyhledávání informací metody MeSH
- zabezpečení počítačových systémů * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
While much has been written about the clinical document architecture and the challenges on semantic interoperability, the modelling of content and the implementation, little attention has been paid to the representation of the medical payload in CDA documents and its implications on usability and accessibility. The authors compare different methods to display CDA documents in a cross enterprise environment on the example of the Austrian national patient health record system. Strategies and decisions as well as technological approach and security implications are presented. Finally, a combination of PDF/A-3 and attached CDA document is proposed as a best practice method for future implementations.
BACKGROUND: The Immunoglobulins (IG) and the T cell receptors (TR) play the key role in antigen recognition during the adaptive immune response. Recent progress in next-generation sequencing technologies has provided an opportunity for the deep T cell receptor repertoire profiling. However, a specialised software is required for the rational analysis of massive data generated by next-generation sequencing. RESULTS: Here we introduce tcR, a new R package, representing a platform for the advanced analysis of T cell receptor repertoires, which includes diversity measures, shared T cell receptor sequences identification, gene usage statistics computation and other widely used methods. The tool has proven its utility in recent research studies. CONCLUSIONS: tcR is an R package for the advanced analysis of T cell receptor repertoires after primary TR sequences extraction from raw sequencing reads. The stable version can be directly installed from The Comprehensive R Archive Network ( http://cran.r-project.org/mirrors.html ). The source code and development version are available at tcR GitHub ( http://imminfo.github.io/tcr/ ) along with the full documentation and typical usage examples.
- MeSH
- imunoglobuliny genetika MeSH
- lidé MeSH
- programovací jazyk MeSH
- receptory antigenů T-buněk genetika imunologie MeSH
- sekvenční analýza DNA metody MeSH
- software * MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Ako jednoducho zložiť funkčný matematický fyziologický model a nezašpiniť si ruky algebricko-numerickými výpočtami? Odpoveďou je použitie jazyka Modelica a knižnice Physiolibrary (www.physiolibrary.org), ktorá vám poskytne najpotrebnejšie zákony z chemickej, hydraulickej, osmotickej, či tepelnej domény v podobe grafických komponentov. Tieto komponenty sú navrhnuté na veľmi intuitívne použitie. Ich grafické prepájanie spája premenné na rovnosť a s Kirchhoffovými zákonmi toku. Vznikajú tak schémy akýchsi fyziologických obvodov, kde každá z daných domén má svoje úsilie (v elektrickom obvode - napätie) a tok (v elektrickom obvode - prúd). Chemická doména má koncentráciu a tok látky, hydraulická má tlak a objemový tok, tepelná má teplotu a tok tepelnej energie a osmotická doména má osmolaritu a membránou prepustený objemový tok. Všetky ukážky (allosterický model hemoglobínu; cirkuláciu krvi; bunky v hypo/hyper-tonickom prostredí; model tepelných tokov v tele) je možné namodelovať takmer výhradne použitím myši (drag&drop). Výnimkou je snáď len zadávanie parametrov jednotlivým použitiam daných knižničných bločkov. A to je dokonca možné v rôznych „fyziologických“ fyzikálnych jednotkách a systém sám zabezpečí ich kompatibilitu i v prípade prepájania s ľubovoľnou inou knižnicou v jazyku Modelica. Najväčším fyziologickým modelom využívajúci knižnicu Physiolibrary je model HumMod Golem Edition, ktorý pri kompilácii hlási 90tis. skalárnych rovníc, 5tis. parametrov a 131 diferenciálnych stavov. Nie je nutné odvodzovať stále dokola tú istú sústavu rovníc, ani za každú cenu zminimalizovať počet premenných. A už vôbec nie optimalizovať výpočty na rýchlosť či pamäť. Ukazuje sa, že tieto zautomatizovateľné veci zvládajú kompilátory a prostredia jazyka Modelica veľmi dobre. Navyše sú používané a dobre otestované i v technickom vývoji a v priemysle.
Citizen science projects store an enormous amount of information about species distribution, diversity and characteristics. Researchers are now beginning to make use of this rich collection of data. However, access to these databases is not always straightforward. Apart from the largest and international projects, citizen science repositories often lack specific Application Programming Interfaces (APIs) to connect them to the scientific environments. Thus, it is necessary to develop simple routines to allow researchers to take advantage of the information collected by smaller citizen science projects, for instance, programming specific packages to connect them to popular scientific environments (like R). Here, we present rAvis, an R-package to connect R-users with Proyecto AVIS (http://proyectoavis.com), a Spanish citizen science project with more than 82,000 bird observation records. We develop several functions to explore the database, to plot the geographic distribution of the species occurrences, and to generate personal queries to the database about species occurrences (number of individuals, distribution, etc.) and birdwatcher observations (number of species recorded by each collaborator, UTMs visited, etc.). This new R-package will allow scientists to access this database and to exploit the information generated by Spanish birdwatchers over the last 40 years.
- MeSH
- biodiverzita MeSH
- časové faktory MeSH
- databáze faktografické * MeSH
- dobrovolní pracovníci MeSH
- ekologie metody MeSH
- internet MeSH
- populační dynamika MeSH
- programovací jazyk MeSH
- ptáci * MeSH
- software * MeSH
- výpočetní biologie metody MeSH
- výzkumný projekt MeSH
- zeměpis MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Španělsko MeSH
