PURPOSE: Preimplantation genetic testing for monogenic disorders (PGT-M) allows early diagnosis in embryos conceived in vitro. PGT-M helps to prevent known genetic disorders in affected families and ensures that pathogenic variants in the male or female partner are not passed on to offspring. The trend in genetic testing of embryos is to provide a comprehensive platform that enables robust and reliable testing for the causal pathogenic variant(s), as well as chromosomal abnormalities that commonly occur in embryos. In this study, we describe PGT protocol that allows direct mutation testing, haplotyping, and aneuploidy screening. METHODS: Described PGT protocol called OneGene PGT allows direct mutation testing, haplotyping, and aneuploidy screening using next-generation sequencing (NGS). Whole genome amplification product is combined with multiplex PCR used for SNP enrichment. Dedicated bioinformatic tool enables mapping, genotype calling, and haplotyping of informative SNP markers. A commercial software was used for aneuploidy calling. RESULTS: OneGenePGT has been implemented for seven of the most common monogenic disorders, representing approximately 30% of all PGT-M indications at our IVF centre. The technique has been thoroughly validated, focusing on direct pathogenic variant testing, haplotype identification, and chromosome abnormality detection. Validation results show full concordance with Sanger sequencing and karyomapping, which were used as reference methods. CONCLUSION: OneGene PGT is a comprehensive, robust, and cost-effective method that can be established for any gene of interest. The technique is particularly suitable for common monogenic diseases, which can be performed based on a universal laboratory protocol without the need for set-up or pre-testing.

• MeSH
• aneuploidie MeSH
• blastocysta patologie   MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• lidé MeSH
• mutace genetika   MeSH
• preimplantační diagnóza * metody   MeSH
• těhotenství MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• cílená molekulární terapie metody   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• individualizovaná medicína * metody   trendy   MeSH
• lidé MeSH
• nádory * diagnóza   terapie   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• Klíčová slova
• Ivosidenib, tipiracil,
• MeSH
• analýza přežití MeSH
• bevacizumab terapeutické užití   MeSH
• cholangiokarcinom * farmakoterapie   prevence a kontrola   MeSH
• isocitrátdehydrogenasa antagonisté a inhibitory   fyziologie   genetika   MeSH
• klinické zkoušky, fáze III jako téma MeSH
• kolorektální nádory * farmakoterapie   prevence a kontrola   MeSH
• lidé MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• multicentrické studie jako téma MeSH
• trifluridin terapeutické užití   MeSH
• výchova a vzdělávání MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• novinové články MeSH

Cancer is a genetic disease induced by mutations in DNA, in particular point mutations in important driver genes that lead to protein malfunctioning and ultimately to tumorigenesis. Screening for the most common DNA point mutations, especially in such genes as TP53, BRCA1 and BRCA2, EGFR, KRAS, or BRAF, is crucial to determine predisposition risk for cancer or to predict response to therapy. In this review, we briefly depict how these genes are involved in cancer, followed by a description of the most common techniques routinely applied for their analysis, including high-throughput next-generation sequencing technology and less expensive low-throughput options, such as real-time PCR, restriction fragment length polymorphism, or high resolution melting analysis. We then introduce benefits of electrochemical biosensors as interesting alternatives to the standard methods in terms of cost, speed, and simplicity. We describe most common strategies involved in electrochemical biosensing of point mutations, relying mostly on PCR or isothermal amplification techniques, and critically discuss major challenges and obstacles that, until now, prevented their more widespread application in clinical settings.

• MeSH
• biosenzitivní techniky * MeSH
• bodová mutace MeSH
• DNA genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• nádory * diagnóza   genetika   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• přehledy MeSH

Zvyšující se výskyt antibiotických rezistencí patří k závažným problémům 21.století. Výskyt bakteriálních kmenů rezistentních k antibiotikům následně zužuje spektrum vhodných antibiotik použitelných pro léčbu i běžných bakteriálních infekcí nebo pro prevenci jejich výskytu, např. v chirurgii. Čistírny odpadních vod, nemocnice, ale i potravinový řetězec patří k ohniskům, kde nejčastěji dochází ke vzniku či šíření nových i stávajících kmenů bakterií rezistentních k antibiotikům a genů rezistence k antibiotikům. Ke stanovení antibiotických rezistencí se v laboratořích standardně používají fenotypové kultivační metody, které jsou však náročné na čas i práci a částečně i přesnou interpretaci výsledků. Z tohoto důvodu jsou hledány rychlejší alternativní metody detekce bakterií rezistentních k antibiotikům nebo přímo genů rezistence k antibiotikům. Příkladem alternativní metody detekce bakterií rezistentních k antibiotikům je například použití fenotypové metody využívající hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice s průletovým analyzátorem pro stanovení producentů beta-laktamas. Zrychlení a zároveň větší přesnost detekce poskytují genotypové metody. Pomocí polymerasové řetězové reakce lze přímo detekovat a kvantifikovat geny rezistence k antibiotikům. Pro další zrychlení a vyšší specifitu detekce amplikonů z PCR lze použít mikročipy. Metody masivního paralelního sekvenování poskytují ucelenou informaci o rezistomu daného prostředí. Umožňují sekvenovat DNA amplikony či jednotlivé molekuly DNA pro detekci determinant antibiotické rezistence. Metody masivního paralelního sekvenování mají potenciál nahradit konvenční charakterizaci patogenů a umožňují detekci všech mikroorganismů ve vzorku (včetně obtížně kultivovatelných či nekultivovatelných mikroorganismů).

The increasing occurrence of antibiotic resistance is one of the major problems of the 21st century. The occurrence of bacterial strains resistant to antibiotics subsequently narrows the spectrum of suitable antibiotics usable for the treatment of common bacterial infections or for the prevention of their occurrence, e.g., in surgery. Wastewater treatment plants, hospitals, and also the food chain belong to the hotspots, where the emergence and spread of new or existing strains of antibiotic resistant bacteria and antibiotic resistance genes occur most frequently. Phenotypic culture methods are routinely used in laboratories to determine antibiotic resistance, but they are laborious and time-consuming and the interpretation of exact results is also difficult. For this reason, faster alternatives for the detection of antibiotic resistant bacteria or even antibiotic resistance genes are sought. Such an example of an alternative method for the detection of antibiotic resistant bacteria is the use of the matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry phenotypic method to identify the beta-lactamase producers. Genotype methods provide faster analysis and, at the same time, more accurate detection. Antibiotic resistance genes can be directly detected and quantified by polymerase chain reaction. Microarrays can be used to further speed up and increase the specificity of PCR amplicons detection. Massive parallel methods provide comprehensive information on the resistoma of the specific environment. They facilitate sequencing of individual DNA molecules or amplicons to detect determinants of antibiotic resistance. Massive parallel methods have the potential to replace conventional pathogen characterization and allow the detection of all microorganisms in a sample (including difficult-to-cultivate or noncultivable microorganisms).

• MeSH
• antibiotická rezistence * genetika   MeSH
• mikrobiální testy citlivosti metody   MeSH
• mikrobiologické techniky * klasifikace   metody   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů metody   MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• Klíčová slova
• projekt Enigma, software Floxgen,
• MeSH
• genetická terapie etika   MeSH
• genomika * etika   přístrojové vybavení   trendy   MeSH
• individualizovaná medicína trendy   MeSH
• lidé MeSH
• medicína založená na důkazech trendy   MeSH
• sekvenování celého genomu metody   přístrojové vybavení   MeSH
• úhradový mechanismus MeSH
• umělá inteligence MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   přístrojové vybavení   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• novinové články MeSH
• rozhovory MeSH

16S rRNA amplicon sequencing or, more recently, metatranscriptomic analysis are currently the only preferred methods for microbial profiling of samples containing a predominant ratio of human to bacterial DNA. However, due to the off-target amplification of human DNA, current protocols are inadequate for bioptic samples. Here we present an efficient, reliable, and affordable method for the bacteriome analysis of clinical samples human DNA content predominates. We determined the microbiota profile in a total of 40 human biopsies of the esophagus, stomach, and duodenum using 16S rRNA amplicon sequencing with the widely used 515F-806R (V4) primers targeting the V4 region, 68F-338R primers and a modified set of 68F-338R (V1-V2M) primers targeting the V1-V2 region. With the V4 primers, on average 70% of amplicon sequence variants (ASV) mapped to the human genome. On the other hand, this off-target amplification was absent when using the V1-V2M primers. Moreover, the V1-V2M primers provided significantly higher taxonomic richness and reproducibility of analysis compared to the V4 primers. We conclude that the V1-V2M 16S rRNA sequencing method is reliable, cost-effective, and applicable for low-bacterial abundant human samples in medical research.

• MeSH
• biopsie MeSH
• gastrointestinální trakt MeSH
• geny rRNA MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiota * genetika   MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• dilatační kardiomyopatie genetika   MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• hypertrofická kardiomyopatie genetika   MeSH
• lidé MeSH
• restriktivní kardiomyopatie genetika   MeSH
• sekvenování exomu metody   MeSH
• srdeční selhání * genetika   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• MeSH
• genetické testování * metody   MeSH
• lidé MeSH
• polymorfismus genetický genetika   MeSH
• sekvenční analýza metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   trendy   MeSH
• vzácné nemoci genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

We compared minimal/measurable residual disease (MRD) levels evaluated by routinely used real-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR) patient-specific assays and by next-generation sequencing (NGS) approach in 780 immunoglobulin (IG) and T-cell receptor (TR) markers in 432 children with B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia treated on the AIEOP-BFM ALL 2009 protocol. Our aim was to compare the MRD-based risk stratification at the end of induction. The results were concordant in 639 of 780 (81.9%) of these markers; 37 of 780 (4.7%) markers were detected only by NGS. In 104 of 780 (13.3%) markers positive only by qPCR, a large fraction (23/104; 22.1%) was detected also by NGS, however, owing to the presence of identical IG/TR rearrangements in unrelated samples, we classified those as nonspecific/false-positive. Risk group stratification based on the MRD results by qPCR and NGS at the end of induction was concordant in 76% of the patients; 19% of the patients would be assigned to a lower risk group by NGS, largely owing to the elimination of false-positive qPCR results, and 5% of patients would be assigned to a higher risk group by NGS. NGS MRD is highly concordant with qPCR while providing more specific results and can be an alternative in the front line of MRD evaluation in forthcoming MRD-based protocols.

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie * diagnóza   genetika   terapie   MeSH
• dítě MeSH
• genová přestavba MeSH
• hodnocení rizik MeSH
• imunoglobuliny genetika   MeSH
• lidé MeSH
• pre-B-buněčná leukemie * diagnóza   genetika   terapie   MeSH
• receptory antigenů T-buněk genetika   MeSH
• reziduální nádor diagnóza   genetika   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH