Cíl: Zjistit výskyt potenciálně patogenních druhů babesií pro člověka v klíšťatech a v krvi psů a jelenů ve vybraných regionech České republiky. Prevalenci Babesia spp. v klíšťatech porovnat s výskytem jiných patogenů přenášených klíšťaty jako Borrelia spp., Anaplasma spp., Rickettsia spp. Materiál a metody: Vzorky klíšťat byly jednotlivě homogenizovány, ze vzorků klíšťat a krve živočichů provedena izolace DNA. Detekce Babesia spp. byla stanovena metodou PCR 18S rRNA genu a sekvenační analýzou PCR produktů určeny jednotlivé druhy babesií. Výsledky: V letech 2014–2016 byla analyzována klíšťata a krev psů a jelenů na různých místech České republiky. Ze souboru 675 klíšťat Ixodes ricinus dosahovala pozitivita na přítomnost Babesia spp. hodnot od 0,0 do 3,3 %. Sekvenační analýzou byly v klíšťatech identifikovány druhy Babesia venatorum, Babesia microti (patogenní druhy pro člověka) a druh Babesia capreoli. Prevalence Babesia spp. v klíšťatech byla v porovnání s výskytem jiných patogenů jako Borrelia burgdorferi s. l. (29,3 %), Anaplasma phagocytophilum (4,9 %) nižší a srovnatelná s Rickettsia spp. (1,6 %). U třetiny pozitivních klíšťat na babesie byla zjištěna koinfekce s Borrelia burgdorferi s. l. (B. venatorum – Borrelia garinii, Borrelia afzelii a B. microti – B. afzelii). Ze 109 vzorků krve psů bylo 3,7 % pozitivních na Babesia spp. s výskytem druhů Babesia gibsoni a Babesia vulpes. Z 50 vzorků krve jelenů z přírodního ekosystému dosahovala pozitivita 4,0 %. Identifikován byl druh Babesia divergens, nejvíce patogenní druh Babesia spp. pro člověka. Z 80 vzorků krve jelenů chovaných na farmách bylo pozitivních 5,0 % s výskytem druhu Babesia odocoilei. Nukleotidové sekvence babesií způsobujících humánní babesiózu byly zaslány do genové banky a přijaty pod čísly ON892053 (B. venatorum), ON892061 (B. microti), ON892067 (B. divergens). Závěr: Metodou PCR 18S rRNA genu a sekvenací amplikonů byly na území České republiky detekovány tři druhy babesií patogenních pro člověka: B. divergens, B. venatorum, B. microti. Výskyt těchto druhů babesií znamená potenciální riziko onemocnění babesiózou, zejména pro asplenické a imunokompromitované pacienty. Zjištěné koinfekce s Borrelia burgdorferi s. l. mohou být příčinou komplikovaného průběhu onemocnění.
Aim: To determine the occurrence of species of Babesia potentially pathogenic for humans in ticks and in the blood of dogs and deer in selected regions of the Czech Republic. To compare the prevalence of Babesia spp. in ticks with that of other tick-borne pathogens, such as Borrelia spp., Anaplasma spp., and Rickettsia spp. Material and Methods: Tick samples were individually homogenized. DNA was isolated from tick samples and animal blood. The detection of Babesia spp. was based on PCR of the 18S rRNA gene, and the identification to the species level was done by sequencing analysis of the PCR products. Results: In 2014–2016, ticks and blood of dogs and deer collected in various areas of the Czech Republic were analyzed. In a set of 675 Ixodes ricinus ticks, the positivity rate for Babesia spp. varied from 0.0 to 3.3 %. The species Babesia venatorum, Babesia microti (both pathogenic for humans), and Babesia capreoli were identified in ticks by sequencing analysis. The prevalence of Babesia spp. in ticks compared to that of other pathogens such as Borrelia burgdorferi s. l. (29.3 %) or Anaplasma phagocytophilum (4.9 %) was lower and comparable to that of Rickettsia spp. (1.6 %). Co-infection with Borrelia burgdorferi s.l (B. venatorum – Borrelia garinii, Borrelia afzelii, and B. microti – B. afzelii) was found in a third of Babesia spp. positive ticks. Out of 109 dog blood samples, 3.7 % were positive for Babesia spp., specifically Babesia gibsoni and Babesia vulpes. Of 50 blood samples of wild deer from the natural ecosystem, the positivity rate reached 4.0 %. The species Babesia divergens, a major human pathogen, was identified. Out of 80 blood samples from farmed deer, 5.0 % were positive for the species Babesia odocoilei. Nucleotide sequences of the agents causing human babesiosis were deposited in the gene bank under accession numbers ON892053 (B. venatorum), ON892061 (B. microti), and ON892067 (B. divergens). Conclusions: Using PCR of the 18S rRNA gene and amplicon sequencing, three species of Babesia causing human babesiosis were detected in the Czech Republic: B. divergens, B. venatorum, and B. microti. Babesia spp. pathogenic for humans pose a potential risk especially in asplenic and immunocompromised patients. The detected co-infections with Borrelia spp. can be the cause of a complicated course of the disease.
- MeSH
- Babesia mikrobiologie MeSH
- babezióza * epidemiologie krev přenos MeSH
- Borrelia burgdorferi MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- klíšťata * mikrobiologie MeSH
- koinfekce diagnóza přenos MeSH
- krev mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- nemoci přenášené klíšťaty epidemiologie přenos prevence a kontrola MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- psi * mikrobiologie MeSH
- vysoká zvěř * krev mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- psi * mikrobiologie MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Standardy molekulárně-patologického testování se s pátým vydáním WHO klasifikace nádorů centrálního nervového systému razantně mění. Významnou změnou je zapojení molekulárně genetického testování a využívání komplexního přístupu v diagnostice. Některé typy nádorů pro své správné zařazení vyžadují vyšetření molekulárního profilu. Nejčastěji jde o vyšetření jednonukleotidových mutací, delecí a kodelecí, fúzí, případně metylací. Molekulární metody rozšiřují diagnostické spektrum založené na histopatologickém a imunohistochemickém zhodnocení. Využívají se molekulární metody, jako je PCR, Sangerovo sekvenování, I‐FISH, MLPA a/nebo NGS. Zcela zásadní je pro diagnostiku úzká spolupráce vyšetřujícího neuropatologa, molekulárního genetika a neuroonkologa, bez níž může dojít nesprávně užitými postupy k významnému poškození pacienta.
The standards of molecular-pathological testing are transforming with the fifth edition of the WHO classification of central nervous system tumors. A significant change involves incorporating molecular genetic testing and adopting a comprehensive diagnostic approach. Certain tumors require examining the molecular profile for accurate classification, typically analyzing single nucleotide variants, deletions, codeletions, fusions, or methylation. Molecular methods extend the diagnostic spectrum beyond histopathological and immunohistochemical assessments, using techniques like PCR, Sanger sequencing, I-FISH, MLPA, and/or NGS. Collaboration among neuropathologists, molecular geneticists, and neurooncologists is crucial for accurate diagnosis and preventing potential harm to patients.
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční MeSH
- imunohistochemie MeSH
- lidé MeSH
- metylace DNA MeSH
- multiplexová polymerázová řetězová reakce MeSH
- mutace genetika MeSH
- nádory centrálního nervového systému * diagnóza genetika patologie MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární * metody MeSH
- lidé MeSH
- molekulární patologie * metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- úvodní články MeSH
- úvodníky MeSH
- Klíčová slova
- test MammaPrint,
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody přístrojové vybavení MeSH
- fixace tkání MeSH
- genetické testování * metody přístrojové vybavení MeSH
- klinické laboratoře organizace a řízení zákonodárství a právo MeSH
- klinické zkoušky, fáze III jako téma MeSH
- lidé MeSH
- metody pro přípravu analytických vzorků MeSH
- nádory prsu * diagnóza genetika MeSH
- staging nádorů MeSH
- stanovení celkové genové exprese metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- novinové články MeSH
Global impact of COVID-19 pandemic has heightened the urgency for efficient virus detection and identification of variants such as the Q57H mutation. Early and efficient detection of SARS-CoV-2 among densely populated developing countries is paramount objective. Although RT-PCR assays offer accuracy, however, dependence on expansive kits and availability of allied health resources pose an immense challenge for developing countries. In the current study, RT-LAMP based detection of SARS-Cov-2 with subsequent confirmation of Q57H variant through ARMS-PCR was performed. Among the 212 collected samples, 134 yielded positive results, while 78 tested negative using RT-LAMP. Oropharyngeal swabs of suspected individuals were collected and processed for viral RNA isolation. Isolated viral RNA was processed further by using either commercially available WarmStart Master Mix or our in house developed LAMP master mix separately. Subsequently, the end results of each specimen were evaluated by colorimetry. For LAMP assays, primers targeting three genes (ORF1ab, N and S) were designed using PrimerExplorer software. Interestingly, pooling of these three genes in single reaction tube increased sensitivity (95.5%) and specificity (93.5%) of LAMP assay. SARS-CoV-2 positive specimens were screened further for Q57H mutation using ARMS-PCR. Based on amplicon size variation, later confirmed by sequencing, our data showed 18.5% samples positive for Q57H mutation. Hence, these findings strongly advocate use of RT-LAMP-based assay for SARS-CoV-2 screening within suspected general population. Furthermore, ARMS-PCR also provides an efficient mean to detect prevalent mutations against SARS-Cov-2.
- MeSH
- COVID-19 * diagnóza MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- lidé MeSH
- pandemie MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- RNA virová genetika MeSH
- SARS-CoV-2 * genetika MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- testování na COVID-19 MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Nivolumab v kombinaci s nízkou dávkou ipilimumabu přinesly robustní a dlouhodobý klinický přínos se zvládnutelným bezpečnostním profilem u dříve léčených pacientů s metastatickým kolorektálním karcinomem (mCRC) s vysokou mikrosatelitovou nestabilitou/defektem mismatch repair proteinů (MSI-H/dMMR) při mediánu sledování 13,4 a 25,4 měsíců v multikohortové studii fáze 2 CheckMate 142. Na ASCO 2022 byla prezentována data účinnosti a bezpečnosti 5letého sledování. Účinek léčby potvrzují i zkušenosti v klinické praxi a konkrétní případ pacienta.
Nivolumab in combination low-dose ipilimumab has provided a robust and long-term clinical benefit with a manageable safety profile in previously treated patients with metastatic colorectal carcinoma (mCRC) harboring high microsatellite instability/mismatch repair protein deficiency (MSI-H/dMMR) with a median follow-up of 13.4 and 25.4 months in the phase-2 multicohort CheckMate 142 study. The 5-year follow-up data on the efficacy and safety were presented at ASCO 2022. The effect of treatment has also been confirmed by clinical experience and a particular patient case.
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- inhibitory kontrolních bodů terapeutické užití MeSH
- ipilimumab aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- kolorektální nádory * diagnóza patologie terapie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- metastázy nádorů farmakoterapie MeSH
- mikrosatelitní nestabilita MeSH
- nivolumab aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- protinádorové látky imunologicky aktivní aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- protokoly antitumorózní kombinované chemoterapie aplikace a dávkování terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
Hydatidózní mola je nejčastější formou gestační trofoblastické nemoci. Jedná se o abnormálně utvářenou placentární tkáň s charakteristickými změnami karyotypu, vznikající při poruchách fertilizace. Klíčovou úlohu v patogenezi kompletní i parciální hydatidózní moly hraje přítomnost abundantní genetické informace otcovského původu. Tyto léze se vyznačují poměrně širokým spektrem morfologických změn, které nemusí být zejména v časných stádiích gravidity plně vyjádřeny. Některé změny lze navíc pozorovat i u nemolárních konceptů, které na rozdíl od hydatidózní moly postrádají jakékoli riziko maligní nádorové transformace. Přesto, že konvenční histologické vyšetření stále sehrává v diagnostice klíčovou úlohu, je vhodné jej doplnit dalšími metodami, které jednotlivé léze spolehlivě rozliší. Přesná diagnostika molárních gravidit má význam nejen pro stanovení správného terapeutického postupu, ale získaná data mohou přispět i k dalšímu výzkumu těchto patologických jednotek.
Hydatidiform mole is the most common form of gestational trophoblastic disease. It is an abnormally formed placental tissue with characteristic changes in karyotype, arising in fertilization disorders. The presence of abundant paternal genetic information plays a key role in the pathogenesis of complete and partial hydatidiform moles. These lesions are characterized by a relatively wide spectrum of morphological changes that may not be fully expressed, especially in the early stages of pregnancy. In addition, some changes can be observed in non-molar gravidities, which, unlike hydatidiform moles, lack any risk of malignant transformation. Although conventional histological examination still plays a key role in the diagnosis, it should be supplemented by other methods that reliably differentiate individual lesions. Accurate diagnosis of molar gravidities is important not only for determining the correct therapeutic approach, but the obtained data may also contribute to further research of these pathological entities.
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- genetické testování metody MeSH
- lidé MeSH
- mola hydatidosa * diagnóza patologie MeSH
- těhotenství MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Východiska: Molekulární klasifikace přináší zásadní změny do diagnosticko-léčebného algoritmu u pacientek s karcinomem endometria (endometrial cancer – EC). Cílem sdělení je analýza prvních zkušeností se zavedením molekulárního testování do reálné klinické praxe. Materiál a metody: Od května 2021 je ve FN Brno u všech pacientek s nově diagnostikovaným EC v rámci standardního histopatologického vyšetření stanovován také imunohistochemicky status proteinů p53 a mismatch repair (MMR). U tumorů nesplňujících klinická kritéria pro nízké riziko a vždy při průkazu deficience MMR nebo mutace p53 je prováděno také molekulárně genetické testování genu POLE. U každé pacientky je vyhodnoceno riziko recidivy podle nejnovějších guidelines z roku 2020 a na jeho základě doporučen další postup. Všem pacientkám s MMR-deficientními tumory a/nebo pozitivní rodinnou anamnézou je doporučena také genetická konzultace. Výsledky: Do analýzy bylo od května 2021 do května 2022 zařazeno celkem 85 pacientek s mediánem věku 66 let. MMR-deficientní tumory mělo 22 pacientek (26 %) a p53-mutované tumory 8 pacientek (9 %). U žádné ze 40 pacientek v nenízkém riziku s provedenou analýzou mutačního stavu genu POLE nebyl prokázán ultramutovaný typ tumoru. Celkem 46 (51 %) pacientek mělo v době diagnózy nízké riziko, 2 pacientky (2 %) střední, 14 pacientek (16 %) vyšší střední a 20 pacientek (24 %) vysoké riziko recidivy. Celkem 6 pacientek (7 %) bylo diagnostikováno s pokročilým nebo metastatickým onemocněním. Medián doby od operace po projednání na multidisciplinární komisi byl 21 dní (8–36). Celkem 76 pacientek (90 %) absolvovalo léčbu v plném rozsahu v souladu s rizikem recidivy. Z 18 pacientek s dostupnými výsledky genetického vyšetření byla u 4 (22 %) prokázána hereditární forma onemocnění. Závěr: Racionálně indikované molekulární testování kombinující imunohistochemické analýzy proteinů MMR i p53 u všech pacientek s EC a sekvenační analýzu genu POLE u pacientek v nenízkém riziku recidivy je v běžné praxi proveditelné a neprodlužuje dobu nutnou pro rozhodnutí o adjuvantní léčbě.
Background: Molecular classification has brought significant changes in the management of endometrial cancer (EC). In this article, we aim to analyze our first experience with an implementation of molecular testing into daily clinical practice. Materials and methods: In all newly diagnosed EC, the status of mismatch repair (MMR) and p53 proteins has been evaluated immunohistochemically as a part of the routine histopathological examination since May 2021. In tumors that do not meet clinical criteria for a low risk and those with MMR deficiency or p53 mutation, the molecular genetic testing of the POLE gene is performed as well. Recommendations for adjuvant treatment or follow-up are subsequently made based on the risk of recurrence. Genetic counselling is proposed to all patients with MMR-deficient tumors or family history of cancer. Results: A total of 85 patients with newly diagnosed EC between May 2021 and May 2022 were enrolled in the analysis. The median age was 66 years. The results of molecular testing were as follows: 22 (26%) MMR-deficient, 8 (9%) p53-mutated and none POLE-ultramutated of those 40 tumors with performed POLE sequencing. A total of 46 (51%) patient had a low risk, 2 (2%) intermediate, 14 (16%) high-intermediate and 20 (24%) patients had a high risk of recurrence. Advanced or metastatic diseases were diagnosed in 6 (7%) patients. The median time between surgery and multidisciplinary tumor board decision was 21 days (8–36). A total of 76 (90%) patients underwent the whole treatment plan according to the recurrence risk. At the time of analysis, the results of genetic testing were available in 18 patients and revealed 4 (22%) carriers of a pathogenic variant in any of the genes associated with Lynch syndrome. Conclusion: Molecular testing combining immunohistochemical analyses of MMR and p53 proteins in all newly diagnosed EC patients with sequencing analysis of POLE in those with non-low-risk disease is feasible and does not prolong the time needed for treatment decision.
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- geny p53 MeSH
- klinická studie jako téma MeSH
- lidé MeSH
- nádory endometria * diagnóza genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
