Chimeric antigen receptor (CAR) T-cell is a cutting edge technology for targeted cell therapy of oncologic diseases. Promising clinical results were reported for hematological malignancies, but the results in solid tumors are not that encouranging yet. Here we propose to validate protocols for the production of CAR T-cells against solid tumor antigens under cGMP rules. We will focus mainly on target antigens GD2, PSMA, and PSCA. Standard operation protocols and analytical certificates will be presented to the State Institute for Drug Control for their approval. The consortium of three prominent research facilities will participate on this project: (i) International Clinical Research Center of St. Anne's University Hospital Brno (FNUSA-ICRC), (ii) Centre for Biomedical Image Analysis at Masaryk University Brno (MU-CBIA), and (iii) Institute of Hematology and Blood Transfusion in Prague (UHKT). Our main aim is to establish production of CAR T-cells for anti-solid tumor therapy which can be translated into clinical applications.

T lymfocyty s chimerickým antigenním receptorem (CAR) představují nejmodernější technologii v cílené buněčné terapii onkologických onemocnění. Slibné klinické výsledky byly publikovány v léčbě hemato-onkologických malignit, avšak výsledky v léčbě solidních nádorů nejsou zatím tak povzbudivé. V navrhovaném projektu se budeme věnovat validaci protokolů pro výrobu CAR T-lymfocytů proti solidním nádorům v režimu správné laboratorní praxe. Zaměříme se hlavně na cílové antigeny GD2, PSMA a PSCA. Standardní operační protokoly a analytické certifikáty budou předány Státnímu ústavu pro kontrolu léčiv ke schválení. Na projektu budou spolupracovat tři špičková výzkumná pracoviště: (i) Mezinárodní centrum klinického výzkumu Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně, (ii) Centrum analýzy biomedicínského obrazu na Masarykově Univerzitě v Brně (MU-CBIA) a (iii) Ústav hematologie a krevní transfuze v Praze (ÚHKT). Naším hlavním cílem je zavést technologii výroby CAR T-lymfocytů pro cílenou buněčnou terapii solidních tumorů a tím umožnit přenos do klinické praxe.

• Klíčová slova
• advanced therapy medicinal products, solid tumors, T-lymfocyty, T-cells, solidní tumory, Chimerický antigenní receptor, Správná laboratorní praxe, Přípravky moderní terapie, Chimeric antigen receptor, Current Good Manufacturing Practice,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Myelodysplastic syndrome (MDS) is a heterogeneous group of clonal diseases with ineffective hematopoiesis and a higher risk of transformation to acute myeloid leukemia. The early stages of MDS can be considered a premalignant condition with relatively good prognosis. Despite this, some patients experience disease progression and shorten the overall survival time. In this project, we will focus on the identification of specific mutations at the time of diagnosis in patients with low risk MDS that would predict the disease progression. We will perform a mutational screening in retrospective paired samples of progressing patients and those without progression. We will carry out a prospective mutational study in patients with detected unfavorable mutations and monitor the dynamics of mutational burden using sensitive droplet digital PCR. To complete background of the progression process, we will perform a comparative analysis of mRNA expression profiles of patients' serial samples. Introduced methods will refine the patient's prognosis, allow progression prediction and optimize treatment

Myelodysplastický syndrom (MDS) je heterogenní skupina klonálních onemocnění s neefektivní hematopoézou a se zvýšeným rizikem transformace do akutní myeloidní leukemie. Časné fáze MDS se dají považovat za premaligní stav s relativně dobrou prognózou. Navzdory tomu, u části pacientů dojde k progresi nemoci a zkrácení celkové doby přežití. V tomto projektu se zaměříme na identifikaci molekulárních markerů, které by predikovaly progresi onemocnění u pacientů s MDS s nízkým rizikem v době diagnózy. Plánujeme provést mutační skríning retrospektivních párových vzorků pacientů s a bez progrese. Na základě zjištěných markerů progrese provedeme prospektivní mutační studii u pacientů s detekovanými nepříznivými mutacemi a budeme sledovat dynamiku mutační zátěže pomocí citlivé metody droplet digitální PCR. Pro kompletnější obraz progrese provedeme také komparativní analýzu mRNA expresních profilů sériových vzorků pacientů. Zavedené metody zpřesní prognózu pacienta, umožní předvídat progresi a optimalizovat léčbu

• Klíčová slova
• myelodysplastický syndrom, myelodysplastic syndrome, progression, progrese, mutační analýza, expresní profilování, mutation analysis, expression profiling,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Atherosclerosis and thrombosis are underlying causes of acute coronary syndrome and stroke. In clinical practice, several markers (such as LDL, HDL cholesterol, glycaemia, C-reactive protein etc.) of elevated risk are available, however, translation of the population risk to personal risk is rather questionable. For this reason, additional information to explain such condition is of a great interest. Advanced instrumental technique represented by high performance liquid chromatography coupled to high-resolution tandem mass spectrometry will enable, based on chemometric assessment fingerprints of metabolome components, to identify the differences between patients ́ groups that are not evident when employing conventionally measured parameters. Blood samples will be obtained from patients with acute and subacute phase of acute coronary syndrome and stroke. The relationship between the generated data and the degree of oxidative stress will be searched. The possibly detected changes may represent the interface between the atherosclerosis and thrombosis.

Ateroskleróza a trombóza jsou podkladem akutního koronárního syndromu a cévní mozkové příhody. V klinické praxi se ke stratifikaci rizika používají různé markery (LDL, HDL cholesterol, glykémie, C-reaktivní protein atd.), nicméně transformace populačního do individuálního rizika může být diskutabilní. Přes „normální“ hodnoty těchto markerů je stále přítomno riziko příhody. Pokročilé techniky reprezentované ultraúčinnou kapalinovou chromatografií spojenou s tandemovou vysokorozlišovací hmotnostní spektrometrií umožní, na základě chemometricky vyhodnocených záznamů ́fingerprintů ́ složek metabolomu, hledání rozdílů mezi skupinami pacientů, které se v základních, běžně měřených parametrech, významně neliší. Vzorky krve budou odebírány pacientům v akutní a subakutní fází akutního koronárního syndromu a cévní mozkové příhody a budou srovnávány s kontrolní skupinou. Výsledky budou vztaženy ke stupni oxidačního stresu. Provedený předběžný screening ukázal změny především na úrovni lipidomu, které mohou reprezentovat spojnici mezi aterosklerózou a aterotrombózou.

• Klíčová slova
• ateroskleróza, atherosclerosis, oxidační stres, oxidative stress, cévní mozková příhoda, Akutní koronární syndrom, Acute coronary syndrome, Hmotnostní spektrometrie, Mass Spectrometry, aterotrombóza, lipidomika, fibrinogen, atherothrombosis, acute stroke, lipidomics, fibrinogen,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The aim is to identify the prognostic factors in patients with head and neck squamous cell carcinoma ( HNSCC) to improve the predictivity of the clinical response to the available therapeutic options. A comprehensive comparative analysis of infiltrating and circulating cells of the immune system will be done in patients with HPV-associated and non-associated tumors. A specific aim of this study is to consider the role of the immunosuppressive regulatory CD4+ T cells and PD-1+CD8+ T cells and their newly identified subtypes, and the importance of the expression of the pro-angiogenic VEGF. The predictive potential of the level of expression of specific molecules in epithelial tumor cells and tumor-associated plasmacytoid dendritic cells (pDCs) will be studied. One hundred retrospective paraffin-embedded biopsy specimens and cca 150 prospective fresh biopsy tissue specimens and blood samples from HNSCC patients will be investigated by multicolor immunohistochemistry, PCR, mass cytometry, and function tests. Peripheral blood parameters of immunity will also be monitored after therapy.

Naším cílem je stanovení prognostických faktorů u pacientů se spinocelulárním karcinomem hlavy a krku (HNSCC) ve snaze zlepšit předpověď klinické odpovědi na současné léčebné postupy. Provedeme komplexní srovnávací analýzu infiltrujících a cirkulujících buněk imunitního systému u pacientů s nádorem HNSCC, asociovaným či neasociovaným s papilomavirovou infekcí. Konkrétním cílem naší studie je vyhodnotit roli imunosupresivních regulačních CD4+ T buněk a PD-1+CD8+ T buněk a jejich nově stanovených podtypů a význam exprese proangiogenního faktoru VEGF. Bude posouzen i prognostický význam úrovně exprese specifických molekul v epiteliálních nádorových buňkách a v plasmacytoidních dendritických (pDC) buňkách sdružených s nádorem. Sto bioptických vzorků zalitých do parafinu bude vyšetřeno retrospektivně a přibližně 150 vzorků čerstvých bioptických tkání a krve od pacientů s HNSCC bude vyšetřeno prospektivně pomocí metod imunohistochemie, PCR, hmotnostní cytometrie a funkčních testů. Imunitní parametry v periferní krvi budou sledovány u pacientů i po léčbě.

• Klíčová slova
• prognóza, nádor, imunita, immunity, dutina ústní, orofarynx, oral cavity, oropharynx, tumors, dendritické buňky, dendritic cells, lidské papilomaviry, Tregulační buňky, human papillomaviruses, Tregulatory cells, prognosis,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Eighty percent of adult population is infected with BK polyomavirus (BKV). After primary infection which usually occurs in childhood, virus establish lifelong persistency in kidney with occasional reactivation. While in immunocompetent subject the infection or reactivation is clinically inapparent, in immunocompromised patients may cause severe complications. Reactivation BKV is observed in about 30% kidney transplant recipients, uncontrolled infection may lead to polyomavirus nephropathy (PVAN) and loss of graft. The factors affecting progression of infection are not yet well understood. The aim of this study is evaluate the genetic variation of BKV, as well as prevalence of various BKV genotypes and the type-specific antibodies in kidney donors and recipients and clarify risk factors for the progression of BKV infection and for the development of PVAN.

Polyomavirem BK (BKV) je infikováno 80% dospělé populace. Po primární infekci, která proběhne většinou v dětství, zůstává virus celoživotně latentní v ledvinách, může však opakovaně docházet k jeho reaktivaci. Zatímco u imunokompetentních jedinců jsou primoinfekce či reaktivace klinicky inaparentní, u imunodeficientních pacientů mohou způsobit závažné komplikace. K reaktivaci BKV dochází asi u 30 % příjemců ledviny, nekontrolovaná infekce může vést ke vzniku polyomavirové nefropatie (PVAN) a ke ztrátě štěpu. Faktory ovlivňující progresi infekce nejsou dosud zcela jasné. Cílem této studie je stanovit genetickou variabilitu BKV, stejně jako výskyt jednotlivých genotypů BKV a typově specifických protilátek u dárců a příjemců ledvin, a objasnit rizikové faktory progrese BKV infekce a rozvoje PVAN.

• Klíčová slova
• genetická variabilita, genetic variability, kidney transplantation, transplantace ledvin, antibodies, BK polyomavirus, polyomavirová nefropatie, BKV sérotyp, protilátky, BK polyomavirus, polyomavirus-associated nephropathy, BKV serotype,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Long non-coding RNAs (lncRNAs) regulate hematopoietic lineage differentiation at almost every stage and their abnormal expression may contribute to various hematopoietic disorders. They may become useful diagnostic and prognostic markers contributing to detection of the MDS progression and increase of the patients' survival, and even potential therapeutic targets in future. In the proposed project, genome-wide screening of lncRNA levels in MDS patients will be employed to compare expression profiles between various risk groups of patients with the aim to find lncRNAs with significantly different levels and relevance to MDS diagnostics. Because the knowledge about individual lncRNAs is often limited to the simple transcript annotation, the causes, roles and consequences of deregulated lncRNAs in the pathogenesis of MDS will be studied by experimental and computational approaches.

Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) regulují diferenciaci krevních buněk na mnoha úrovních a jejich abnormální exprese tak přispívá k různým hematopoetickým onemocněním. LncRNA se mohou ukázat jako významné diagnostické a prognostické markery přispívajícími k včasné detekci progrese MDS a zlepšení přežití pacientů, či se mohou v budoucnu stát potenciálními terapeutickými cíli. V navrhovaném projektu budou prováděna celogenomová vyšetření hladin lncRNAs u pacientů s MDS a srovnání expresních profilů mezi různými skupinami pacientů s cílem najít lncRNAs s výrazně odlišnými hladinami a potenciálním využitím v diagnostice MDS. Protože znalosti o jednotlivých lncRNA jsou často limitovány na pouhou anotaci transkriptu, budou v rámci projektu dále studovány příčiny, role a důsledky deregulovaných lncRNA pro patogenezi MDS pomocí experimentálních a výpočetních přístupů.

• Klíčová slova
• biomarkery, biomarkers, myelodysplastický syndrom, dlouhé nekódující RNA, exprese, expression, integrace dat, data integration, myelodysplastic syndromes, long non-coding RNA,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The aim of the proposed project is to analyse risk factors contributing to recently recorded elevation in number of cases of haemorrhagic cystitis (HC) in oncohematological patients after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) what could help to find subjects at high risk of this type of morbidity. The main analysed factor will include the type of used posttransplant immunosuppressive prevention of GvHD, connection with haploidentical HSCT and association with BKV and AdV infection and the state of antiviral cellular immune response. Analysis of anti-viral effector T cells in HC patients with BK or AdV infection will result in determination of protective levels of anti-viral effector T cells and in characterisation of phenotype, functional activity and antigenic specificity of T cells responsible for virological and clinical response. The results of the study are essential for adoption and optimization of protocols for expansion of T cells for immunotherapy of opportunistic viral infections that endanger adult and children HSCT patients.

Cílem je analyzovat rizikové faktory zodpovědné za růst případů hemoragické cystitidy (HC) u onkohematologických pacientů po alogenní transplantaci hematopoetických kmenových buněk (HSCT), což by mělo pomoci při hledání osob s vysokým rizikem HC. Hlavními analyzovanými faktory budou typ imunosupresivní terapie pro prevenci reakce štěpu proti hostiteli (GvHD) aplikované po transplantaci, spojitost s haploidentickou HSCT, přítomnost infekce viry BKV a AdV a stav protivirové buněčné imunity. Analýza anti-virové specifické T buněčné odpovědi u pacientů s HC s infekcí BKV a AdV umožní určit protektivní hladinu anti-virových efektorových T buněk a charakterizovat fenotyp, funkční aktivitu a antigenní specifitu T buněk odpovědných za virologickou a klinickou odpověď. Výsledky studie jsou nepostradatelné pro zavedení a optimalizaci protokolů pro expanzi antivirových T buněk využitelných pro adoptivní imunoterapii oportunních virových infekcí ohrožujících dospělé i dětské pacienty po transplantaci HSCT.

• Klíčová slova
• haploidentická transplantace kmenových buněk, hemoragická cystitida, BKV, adenovirus, protektivní buněčná imunita, T buňka, haploidentical stem cell transplantation, haemorrhagic cystitis, BKV, adenovirus, protective cellular response, effector T cell,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Anal cancer is one of the malignancies with the rising incidence, especially at specific populations of men who have sex with men (MSM) and HIV positive patients. In these groups incidence reaches up 131 cases per 100 thousand inhabitants. Due to steeply increasing number of HIV positive patients in the Czech Republic (CR), whose vast majority belongs to MSM, early diagnosis of precancerous lesions is an essential prerequisite in the fight against this disease. Anal cancer is in its etiology and biological behavior very similar to cervical cancer, therefore the investigative and screening procedures are virtually identical. Currently used cytology in the anal area is not among the highly sensitive nor specific methods of investigation. DNA methylation appears to be a new method having already confirmed efficiency in screening of cervical cancer. This research should therefore validate DNA methylation as a potential new diagnostic and screening method for anal cancer and compare its sensitivity and specificity with established screening methods in immunocompetent and immunosuppress...

Anální karcinom (AK) patří mezi malignity se stoupající incidencí, hlavně ve specifických populacích mužů, kteří mají sex s muži (MSM), a HIV pozitivních pacientů. V těchto skupinách je incidence až 131 případů na 100 000 obyvatel. Vzhledem k rostoucímu počtu HIV pozitivních pacientů nejen v České Republice, zejména u MSM, je včasná diagnostika prekanceróz základním předpokladem v boji s tímto onemocněním. AK je svou etiologií a biologickým chováním velmi podobný karcinomu děložního hrdla, proto i vyšetřovací a screeningové postupy jsou téměř identické. Základem je klinické vyšetření a cytologická analýza stěru sliznice. Anální cytologie nepatří mezi vysoce senzitivní ani specifická vyšetření. Naopak metylace DNA tumor-supresorových genů se takovou metodou být zdá, s již potvrzenou efektivitou ve screeningu karcinomu děložního hrdla. Tento výzkum by měl ověřit metylaci DNA jako novou diagnostickou a potencionální screeningovou metodu pro AK a porovnat její senzitivitu a specifitu s již zavedenými vyšetřovacími metodami u imunokompetentních i imunosuprimovaných pacientů.

• Klíčová slova
• DNA methylation, DNA metylace, screening, screening, HIV, HIV, anální karcinom, HPV detekce, anální cytologie, MSM, anoskopie, anal carcinoma, HPV detection, anal cytology, MSM, anoscopy,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR