Akutní lymfoblastická leukémie (ALL) je nejčastějším maligním onemocněním u dětí. Prognóza těchto pacientů se neustále zlepšuje i díky přesnější diagnostice a sledování minimální reziduální nemoci (MRN) pomocí průtokové cytometrie. V předkládaném projektu vyvineme automatické nástroje na analýzu velkého počtu multidimenzionálních cytometrických dat, které umožní kategorizaci leukémií dle jejich imunofenotypu s ohledem na přežití a další klinické charakteristiky pacientů. Popis vývoje imunofenotypu leukémií v průběhu léčby umožní optimalizaci detekce MRN. Imunofenotyp leukémií dále zkombinujeme s celogenomovými daty, abychom stanovili relevanci genetických aberací a jejich vliv na fenotyp. Tato integrální analýza povede ke zlepšení diagnostiky specifických maligních onemocnění, predikce prognózy dětských pacientů s ALL i k racionalizaci nákladů zahrnutých metod.; Acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the most frequent cancer in children. Its improving outcome depends on accurate diagnosis and minimal residual disease (MRD) monitoring as done by flow cytometry. In proposed project we will develop automatic tools usable in clinical setting to analyse large numbers of multidimensional flow cytometry datasets. This will allow for clinical relevant categorisation of leukemias based on their immunophenotypes (LAIPs) with respect to outcome and other clinical features. Likewise better description of LAIPs dynamics and changes under treatment will allow for optimisation of MRD detection. Moreover, we will use whole genome data to associate genetic traits to immunophenotypes. Such integrative analysis will provide insights into relevance of genetic aberrations and their propagation into phenotype. Thus ultimately the combined analysis will lead to improvement of diagnostic of specific cancer subtypes and to better prediction of treatment outcome as well as rationalisation of costs of involved methods.

• MeSH
• Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma MeSH
• Phenomics MeSH
• Genomics MeSH
• Flow Cytometry MeSH
• Neoplasm, Residual MeSH
• Whole Genome Sequencing MeSH
• RNA-Seq MeSH

• Conspectus
• Pediatrie
• NML Fields
• pediatrie
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR