BsoBI is a type II restriction endonuclease belonging to the EcoRI family. There is only one previously published X-ray structure for this endonuclease: it shows a homodimer of BsoBI completely encircling DNA in a tunnel. In this work, molecular dynamics simulations were employed to elucidate possible ways in which DNA is loaded into this complex prior to its cleavage. We found that the dimer does not open spontaneously when DNA is removed from the complex on the timescale of our simulations (~ 0.5 μs). A biased simulation had to be used to facilitate the opening, which revealed a possible way for the two catalytic domains to separate. The α-helices connecting the catalytic and helical domains were found to act as a hinge during the separation. In addition, we found that the opening of the BsoBI dimer was influenced by the type of counterions present in the environment. A reference simulation of the BsoBI/DNA complex further showed spontaneous reorganization of the active sites due to the binding of solvent ions, which led to an active-site structure consistent with other experimental structures of type II restriction endonucleases determined in the presence of metal ions.

• Klíčová slova
• Conformational change, Enzyme opening, Metadynamics, Molecular dynamics,
• MeSH
• DNA metabolismus   MeSH
• katalytická doména MeSH
• konformace proteinů MeSH
• restrikční endonukleasy typu II metabolismus   MeSH
• simulace molekulární dynamiky * MeSH
• výpočetní biologie MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Názvy látek
• CYCGRG-specific type II deoxyribonucleases MeSH Prohlížeč
• DNA MeSH
• restrikční endonukleasy typu II MeSH

• MeSH
• frekvence genu MeSH
• iontové kanály MeSH
• mapování chromozomů veterinární   MeSH
• mitochondriální proteiny MeSH
• polymerázová řetězová reakce veterinární   MeSH
• polymorfismus délky restrikčních fragmentů MeSH
• prasata genetika   MeSH
• restrikční endonukleasy typu II metabolismus   MeSH
• transportní proteiny genetika   MeSH
• uncoupling protein 3 MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Názvy látek
• CYCGRG-specific type II deoxyribonucleases MeSH Prohlížeč
• iontové kanály MeSH
• mitochondriální proteiny MeSH
• restrikční endonukleasy typu II MeSH
• transportní proteiny MeSH
• uncoupling protein 3 MeSH

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie genetika   MeSH
• DNA primery MeSH
• DNA vazebné proteiny genetika   MeSH
• genetická vazba MeSH
• genetické markery MeSH
• histonlysin-N-methyltransferasa MeSH
• krysa rodu Rattus genetika   MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 11 genetika   MeSH
• mapování chromozomů * MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• polymorfismus délky restrikčních fragmentů MeSH
• protoonkogenní protein MLL MeSH
• protoonkogeny * MeSH
• restrikční endonukleasy typu II metabolismus   MeSH
• transkripční faktory * MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• krysa rodu Rattus genetika   MeSH
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Research Support, U.S. Gov't, P.H.S. MeSH
• Názvy látek
• CYCGRG-specific type II deoxyribonucleases MeSH Prohlížeč
• DNA primery MeSH
• DNA vazebné proteiny MeSH
• genetické markery MeSH
• histonlysin-N-methyltransferasa MeSH
• KMT2A protein, human MeSH Prohlížeč
• Mllt1 protein, rat MeSH Prohlížeč
• protoonkogenní protein MLL MeSH
• restrikční endonukleasy typu II MeSH
• transkripční faktory * MeSH