Candidate virus studies have indicated a role of viruses in initiating islet autoimmunity leading to type 1 diabetes, but no unbiased sequencing of all virus populations (virome) of the gut has been performed in this context. Our aim is to investigate the association of gut virome composition with islet autoimmunity using next-generation sequencing (NGS) followed by confirmation with specific PCR tests from stool and blood. The Finnish DIPP and Norwegian MIDIA studies will together provide samples from 50 young prediabetic children who developed early islet autoimmunity, and from two controls matched to each case. The virome will be characterized by NGS from stool samples collected at five time points before islet autoimmunity. The obtained virus signatures will be tested by a highly multiplexed set of specific PCR assays in stool and also in corresponding blood samples. Statistical analysis will utilize mixed effects logistic regression models. The use of two distinct high-risk cohorts renders the study a unique robustness for detection of causative virus associations.

Testování kandidátních virů ukázalo jejich roli při iniciaci ostrůvkové autoimunity vedoucí k diabetu 1. typu, ale dosud při výzkumu této problematiky nebylo použito sekvenování nové generace (NGS) všech virových populací (tzv. viromu) ve střevě. Naším cílem je zkoumat asociaci složení lidského střevního viromu s ostrůvkovou autoimunitou právě pomocí NGS kombinovaného se specifickými PCR testy. Finská studie DIPP a norská MIDIA poskytnou dohromady vzorky od 50 dětí s časnou ostrůvkovou autoimunitou a od dvou kontrol ke každému z případů. Střevní virom bude charakterizován pomocí NGS ze vzorků stolice odebraných v pěti časových bodech před ostrůvkovou autoimunitou; potvrzení hlavních nálezů bude provedeno pomocí PCR. Navíc budou testovány virové sekvenční signatury v nukleových kyselinách extrahovaných z krve odebrané ve třech časových bodech před ostrůvkovou autoimunitou. Data budou analyzována pomocí logistické regrese se smíšenými efekty. Použití dvou rozdílných vysokorizikových kohort považujeme za unikátní z hlediska robustnosti pro detekci případné kauzální asociace viru.

The human gut virome, viruses in blood and the development of islet autoimmunity in two Nordic birth cohorts at a high risk of type 1 diabetes

Doba řešení: 2015-2018

Obsahuje literaturu