Východisko. Detekce mutací v 15. exonu APC genu u pacientů s familiární adenomatózní polypózou je prováděna pomocí Protein Truncation Testu (PTT) na základě přítomnosti zkráceného proteinu. Citlivost metody je omezena schopností detekovat polypeptid o určité minimální velikosti. Cílem práce je zvýšit citlivost pro sledování výskytu mutací v tomto úseku za použití denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE). Metody a výsledky. Vyšetření bylo provedeno na souboru 122 pacientů, u nichž skrínink celého APC genu neodhalil přítomnost žádné mutace. Soubor byl rozdělen na dvě nezávislé skupiny:15A a 15A+15B (51, resp. 71 vyšetřovaných). Vzorky DNA všech pacientů byly testovány za použití DGGE. Pozitivní nálezy byly ověřeny sekvenací příslušných úseků na automatickém sekvenátoru. Ve skupině 15A nebyla ve sledovaném úseku nalezena mutace u žádného z pacientů (0 %). U skupiny 15A+15B byl zjištěn polymorfizmus u 1 (1,4 %) pacienta a 4 (5,63 %) pacienti se stop mutací. Závěry. Metoda DGGE se ukázala jako účinná technika pro detekci mutací v počáteční oblasti 15. exonuAPC genu. Umožňuje odhalit jakoukoli změnu v řetězci DNA (viz záchyt polymorfizmu). Tímto vhodně doplňuje vlastnosti PTT pro výzkum celého 15. exonu.

Background. Protein Truncation Test (PTT) was used to detect mutations in exon 15 of the APC gene in patients with Familial Adenomatous Polyposis. This method is limited by its ability to detect polypetide chains up to a certain minimum length. The aim of this study was to increase the sensitivity of detection of mutations in this region by using the technique of Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE). Methods and Results. Study were performed on 122 patients without detected mutations in the APC gene. The patients were divided into two independent groups 15A and 15A+15B (with 51 and 71 patients respectively). All the patients were tested with the DGGE and the positive findings were confirmed with sequencing. No mutation was detected in the group 15A (0 %). In group 15A+15B one (1,4 %) polymorphism and four (5,63 %) patients with nonsense mutations were detected. Conclusions. DGGE is an effective method for detecting mutations in the first part of exon 15 of APC gene. It allows detecting any change in DNA strand. DGGE complements PTT in scanning of the whole exon 15 of APC gene.

Ústav lékařské genetiky a fetální medicíny LF UP a FN Olomouc

Increased sensitivity for detection of mutations in exon 15 of the APC gene in patients with familial adenomatous polyposis

Zvýšení citlivosti pro detekci mutací v 15. exonu APC genu u pacientů s familiární adenomatózní polypózou = Increased sensitivity for detection of mutations in exon 15 of the APC gene in patients with familial adenomatous polyposis

Increased sensitivity for detection of mutations in exon 15 of the APC gene in patients with familial adenomatous polyposis

Lit: 15

Souhrn: eng