Izolace podmíněně patogenních mykobakterií (PPM) z klinických vzorků je v posledních letech čím dál častější. Tyto organizmy příležitostně způsobující infekce u lidí se volně vyskytují v životním prostředí. Klasická diagnostika mykobakteriálních infekcí je založena na přímém mikroskopickém vyšetření a kultivaci. V dnešní době jsou k dispozici také molekulární nástroje umožňující rychlejší a přesnější diagnostiku PPM infekcí. Tyto metody umožňují detekci a identifikaci PPM přímo v klinických materiálech, ačkoli primárně jsou stále používány kultivační přístupy. Pro účely přesné a rychlé identifikace PPM je nejčastěji používána sekvenční analýza vybraných cílových genů (např. 16S rRNA, rpoB nebo hsp65), která má několik technických omezení. Tento článek si klade za cíl shrnout dostupné algoritmy, využívající sekvenční analýzu, používané pro detekci NTM a také přiblížit technické problémy a omezení spojené s použitím této metody.

The isolation of potentially pathogenic mycobacteria (PPM) from clinical specimens has become very frequent in the last years. Such organisms are typically environmental and occasionally pathogenic for humans. Standard diagnosis of mycobacterial infections relies on direct examination and culture. Nowadays, molecular tools are available, allowing quicker accurate diagnosis. Detection of PPM can be performed directly from clinical samples, although in most cases identification is carried out after isolation. Sequencing of genomic targets (such as 16S rRNA, rpoB or hsp65) allows accurate and quick identifications but has some technical limitations. Problems concerning sequencing analysis used for PPM identification together with description of available algorithms for PPM identification are the major objectives of this review.

Výzkumný ústav veterinárního lékařství v v i Brno

Methods used to detect mycobacterioses in humans - assessment of advantaes and disadvantages of mycobacterial identification by sequencing analysis

Literatura