Radiolabelled puromycin analogues will allow the quantification of protein synthesis through nuclear medicine-based imaging. A particularly useful application could be the non-invasive longitudinal visualisation of mycobacterial activity through direct quantification of puromycin binding. This study assesses the value of [68Ga]Ga-DOTA-puromycin in the visualisation of mycobacteria through positron emission tomography combined with magnetic resonance imaging (μPET/MRI). The radiopharmaceutical was produced by previously published and validated methods. [68Ga]Ga-DOTA-Puromycin imaging was performed on severe immunodeficient mice infected with Bacille Calmette-Guérin-derived M. Bovis (BCG). Acute and chronic infection stages were examined by μPET/MRI. A follow-up group of animals acted as controls (animals bearing S. aureus-derived infection and sterile inflammation) to assess tracer selectivity. [68Ga]Ga-DOTA-puromycin-μPET/MRI images revealed the acute, widespread infection within the right upper shoulder and armpit. Also, [68Ga]Ga-DOTA-puromycin signal sensitivity measured after a 12-week period was lower than that of [18F]FDG-PET in the same animals. A suitable correlation between normalised uptake values (NUV) and gold standard histopathological analysis confirms accurate tracer accumulation in viable bacteria. The radiopharmaceutical showed infection selectivity over inflammation but accumulated in both M. Bovis and S. Aureus, lacking pathogen specificity. Overall, [68Ga]Ga-DOTA-puromycin exhibits potential as a tool for non-invasive protein synthesis visualization, albeit without pathogen selectivity.

• MeSH
• heterocyklické sloučeniny monocyklické chemie   MeSH
• magnetická rezonanční tomografie * metody   MeSH
• Mycobacterium bovis * MeSH
• mykobakteriózy diagnostické zobrazování   mikrobiologie   MeSH
• myši SCID MeSH
• myši MeSH
• organokovové sloučeniny MeSH
• pozitronová emisní tomografie * metody   MeSH
• radiofarmaka * chemie   MeSH
• radioizotopy galia * MeSH
• tuberkulóza diagnostické zobrazování   mikrobiologie   metabolismus   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• myši MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Úvod: Infekce krčních uzlin netuberkulózními mykobakteriemi (NTM), dříve označované i jako atypické mykobakteriální infekce, se u dětí v České republice řadí ke vzácným onemocněním. V současnosti je patrna narůstající incidence, zřejmě vlivem ukončení celoplošné kalmetizace v listopadu 2010. Cíl studie: Podat přehled klinického obrazu, diagnostických možností a terapeutického přístupu u dětí s postižením krčních uzlin netuberkulózními mykobakteriemi. Metodika: Retrospektivně zpracovaný soubor dětí s potvrzenou infekcí léčených na Klinice otorinolaryngologie a chirurgie hlavy a krku FN Hradec Králové od 2010 do 2021. Zařazovacím kritériem byl průkaz původce onemocnění (netuberkulózní mykobakterie) kultivačním vyšetřením nebo molekulárně biologickou metodou (PCR). Výsledky: Celkem bylo zařazeno 19 dětí s průměrným věkem 26 měsíců (rozmezí 12–42 měsíců; SD 7,27). Nejčastějším prokázaným patogenem bylo Mycobacterium avium (n = 16). Kultivační vyšetření bylo pozitivní v 84 % (n = 16) případů, PCR testování bylo pozitivní u 47 % pacientů (n = 9). Všechny děti ze souboru podstoupily jak chirurgickou, tak antibiotickou léčbu. Nejčastěji užívanými antibiotiky byla kombinace makrolidového antibiotika (klaritromycin) s antituberkulotikem (rifampicin). U šesti dětí byla provedena incize spolu s drenáží ložiska a pro trvání zánětu následovala kompletní exstirpace patologické tkáně v celkové anestezii. Celkem 15 dětí podstoupilo probatorní exstirpaci patologické krční uzliny. Blokové disekce infikované tkáně jsme provedli u sedmi dětí pro reziduální zánět. Závěr: Optimální léčbou netuberkulózní mykobakteriální lymfonoditidy je exstirpace postižené uzliny a okolních zánětlivě změněných tkání společně s antibiotickou terapii klaritromycinem a rifampicinem.

Introduction: Nontuberculous mycobacterial (NTM) infection of lymph nodes in young children is a rare disease. The increasing incidence has been observed after termination of vacciation in Czech Republic in November 2010. Aim of the study: To provide an overview of the clinical picture, diagnostic options and therapeutic approach in children with neck lymph nodes affected by non-tuberculous mycobacteria. Methods: Retrospective cohort study of patients with confirmed NTM infection treated at the Clinic of Otorhinolaryngology and Head and Neck Surgery of Faculty Hospital Hradec Kralove from 2010 to 2021. The inclusion criterion was proof of the causative agent of the disease (nontuberculous mycobacteria) by culture or molecular biological technique (PCR). Results: A total of 19 children with an average age of 26 months (range 12–42, SD 7.27) were enrolled. The most frequent pathogen was Mycobacterium avium (N = 16). Culture examination was positive in 84% (N = 16) of cases, PCR was positive in 47% of patients (N = 9). All children from the group underwent both surgical and antibiotic treatment. The most frequently used antibiotics were a combination of a macrolide antibiotic (clarithromycin) with an antituberculotic drug (rifampicin). In 6 children, an incision was made along with drainage of the lesion and for the duration of the inflammation a complete extirpation of the pathological tissue under general anaesthesia followed. A total of 15 children underwent probatory extirpation of the pathological neck lymph node. We performed block dissections of the infected tissue in 7 children for residual inflammation. Conclusion: The most effective treatment of the infection seems to be the exstirpation of all affected lymph nodes with surrounding tissue and combination of antibiotic (macrolide) with antituberculotic agent (rifampicin).

• MeSH
• antibakteriální látky terapeutické užití   MeSH
• farmakoterapie statistika a číselné údaje   MeSH
• kojenec MeSH
• krk mikrobiologie   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• lymfatické uzliny mikrobiologie   patologie   MeSH
• mykobakteriózy * diagnostické zobrazování   mikrobiologie   patologie   terapie   MeSH
• otorinolaryngologické chirurgické výkony statistika a číselné údaje   MeSH
• otorinolaryngologické nemoci diagnostické zobrazování   mikrobiologie   patologie   terapie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• předškolní dítě MeSH
• statistika jako téma MeSH
• Check Tag
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• klinická studie MeSH

Počet diagnostikovaných onemocnění vyvolaných netuberkulózními mykobakteriemi u predisponovaných jedinců zůstává v České republice každoročně konstantní. Jejich klinické uplatnění je variabilní a závisí na vlastnostech konkrétního druhu, jeho přítomnosti a kvantity v bezprostředním okolí člověka. Mezi nejčastější klinicky zaznamenávané druhy patří Mycobacterium avium, M. kansasii a M. xenopi. Nejvýznamnějším zdrojem M. avium je rašelina a z ní odvozené produkty. Sekundárně osídluje teplovodní systémy, které jsou velice rizikové z hlediska expozice (především vířivky). M. kansasii je stále přítomno ve vodách v oblastech ovlivněných průmyslovou a důlní činností. Jeho recentně vyčleněné genetické varianty jsou obvykle zcela bez klinického významu, nicméně mohou být přítomny jako kontaminace ve zdravotnických přípravcích. M. xenopi trvale osídluje většinu teplovodních systémů a jeho praktická všudypřítomnost ovlivňuje správné diagnostické závěry u nejasného nálezu při zobrazovacích metodách. Iniciace antibiotické léčby, která nemusí být vždy úspěšná, by měla probíhat na základě komplexního posouzení stavu pacienta, nálezu a jeho progrese. Ani výsledky laboratorních vyšetření nemusí být při rozhodování vždy směrodatné.

The annual number of diagnosed diseases caused by non-tuberculous mycobacteria in predisposed individuals remains constant in the Czech Republic. Their clinical characteristics vary depending on the properties of the causative species and its presence and quantity in the immediate environment of the patient. The most common clinically relevant species are Mycobacterium avium, M. kansasii, and M. xenopi. The most important source of M. avium is peat and products derived from it. M. avium may colonise warm water systems, posing a high risk of exposure to users (jacuzzi users in particular). M. kansasii is still present in waters of areas affected by industrial and mining activities. Its recently isolated genetic variants are mostly of no clinical significance but may be present as contaminants in medical preparations. M. xenopi permanently colonises most warm water systems, and its practical ubiquity makes difficult the interpretation of ambiguous findings on imaging. The antibiotic treatment, which may not always be successful, should be initiated after a comprehensive assessment of the patient’s condition, imaging data, and disease progression. Similarly, the results of laboratory tests may not always be authoritative in decision making.

• MeSH
• lidé MeSH
• morbidita MeSH
• Mycobacterium avium komplex izolace a purifikace   klasifikace   patogenita   MeSH
• Mycobacterium kansasii izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• Mycobacterium xenopi izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• Mycobacterium klasifikace   patogenita   MeSH
• mykobakteriózy * diagnóza   etiologie   farmakoterapie   klasifikace   mikrobiologie   přenos   MeSH
• netuberkulózní mykobakterie izolace a purifikace   klasifikace   patogenita   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Mycobacterium marinum patří mezi pomalu rostoucí, netuberkulózní (environmentální, atypická) mykobakterie se zoonotickým potenciálem. Vyskytuje se ve vodním prostředí a vyvolává onemocnění u ryb a jiných vodních živočichů označované jako mykobakteriózy. U lidí vyvolává primárně kožní onemocnění, které bývá nejčastěji lokalizováno na horních končetinách. Onemocnění se objevuje nejčastěji v souvislosti s akvarijním prostředím, a proto také bývá označováno jako „fish tank granuloma“. Léčba je, jako v případě všech mykobakteriálních onemocnění, komplikovaná a zdlouhavá. Pro definitivní určení patogenního agens by vždy mělo být provedeno vyšetření biologického materiálu laboratoří specializujících se na diagnostiku mykobakteriálních onemocnění. Zásadním bodem pro diagnostiku je správné odebrání vzorku a také posouzení anamnézy pacienta. Základními laboratorními metodami jsou kultivace a mikroskopie. Pro zařazení do druhu jsou nejčastěji využívány moderní biologické metody, jako hmotnostní spektrofotometrie (MALDI), polymerázová řetězová reakce (PCR), hybridizační sondy nebo sekvenování.

Mycobacterium marinum is a slowly growing non-tuberculous (environmental, atypical) mycobacterium with zoonotic potential. It occurs in the aquatic environment and causes diseases in fish and other aquatic animals known as mycobacterioses. In humans, it primarily causes skin infections, which are most commonly located in the upper limbs. The disease commonly appears in connection with the aquarium environment and is thus referred to as fish tank granuloma. As with all mycobacterial diseases, treatment is complicated and lengthy. For a definitive determination of the pathogen, biological materials should always be examined in a laboratory specializing in diagnosing mycobacteria. Critical for the right diagnosis is proper sample collection and assessment of the patient’s history. To detect mycobacteria, culture and microscopy are generally used. Species are identified using modern biological methods such as mass spectrometry (MALDI), polymerase chain reaction, hybridization probes or sequencing.

• MeSH
• diagnostické techniky a postupy MeSH
• klinické laboratorní techniky metody   MeSH
• lidé MeSH
• Mycobacterium marinum izolace a purifikace   patogenita   růst a vývoj   MeSH
• mykobakteriózy * diagnóza   etiologie   mikrobiologie   MeSH
• nemoci zvířat diagnóza   etiologie   mikrobiologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Mycobacterioses represent a global health problem and rapid diagnostic improvements are urgently required. Mycobacteria-specific fluorescence and bioluminescence phenomena have been found to be useful for a wide range of mycobacteria-focused research. Here, we present a critical survey of the most promising techniques in this field and the potential of new methods under investigation. These approaches include acid-fast staining, intrinsic fluorescence of the coenzyme F420, fluorogenic substrates (e.g., β-lactamase-sensitive coumpounds) and recombination of mycobacteria or mycobacteriophages. Probably the most interesting and emerging host-inspecting approach is in vivo imaging. Detection of fluorescence in vivo, however, is complicated by light scattering, light absorption, and autofluorescence, caused by the tissues. Despite this, many of these systems show promise as the foundations for improved rapid analysis and imaging of mycobacterial infections, both in vitro and in vivo.

• MeSH
• barvení a značení MeSH
• fluorescence MeSH
• lidé MeSH
• luminiscenční měření MeSH
• Mycobacterium tuberculosis chemie   fyziologie   MeSH
• mykobakteriózy diagnóza   diagnostické zobrazování   mikrobiologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

BCG vakcína poskytuje ochranu najmä proti závažným hematogénne diseminovaným formám tuberkulózy, ale nie proti najčastejšie sa vyskytujúcej pľúcnej forme ochorenia. Jedným z dôvodov ukončenia BCG vakcinácie boli aj komplikácie po tomto očkovaní. Rozdeľujú sa na lokálne, regionálne a diseminované, vyskytujú sa v menej závažnej forme u imunokompetentných a v závažnej až letálnej forme u pacientov s imunodeficitom. Autori vo svojej práci sledovali 178 pacientov s BCG lymfadenitídou, s abscesom v mieste očkovania a s diseminovanou BCG-itídou. Výsledky: V súbore bolo 160 pacientov s lymfadenitídami, 17 pacientov s abscesmi a 1 pacient s diseminovanou BCG-itídou. V skupine lymfadenitíd najväčšie zastúpenie mali lymfadenitídy axilárne – 85 % pacientov, až 74,4 % pacientov malo postihnutú 1 alebo 2 LU. Pri sledovaní jednotlivých markerov imunity autori nepotvrdili poruchu fagocytárnej aktivity, v hodnotách imunoglobulínov bol signifikantne významný pokles IgA u pacientov s komplikáciou po očkovaní oproti zdravej kohorte. Markery celulárnej imunity nepreukázali závažný celulárny imunodeficit, ale pri porovnávaní so zdravou kohortou sme zistili signifikantne nižšie hodnoty CD19 B-lymfocytov. U jedného pacienta sme potvrdili 100-násobne zvýšené hodnoty IFNγ, následne bola potvrdená homozygotná mutácia 523delT génu IFNGR1. Záver: Väčšina detí s lokálnou komplikáciou po BCG vakcinácii nemá potvrdenú poruchu imunity, ale u detí s primárnym imunodeficitom môže mať komplikácia po BCG vakcinácii fatálny priebeh. Nakoľko vieme diagnostikovať deficit IFNGR1, vieme predísť jednej z najťažších komplikácií. Kľúčové slová: BCG vakcinácia, komplikácie po BCG vakcinácii, mykobaktérie, primárny imunodeficit, Mendeliánska vnímavosť voči mykobakteriálnym ochoreniam

BCG vaccine provides the protectivity mainly against the serious disseminated forms of tuberculosis, not against the most frequent pulmonary tuberculosis. One of the reasons of canceling the BCG vaccination were complications connected with vaccination. They are divided in local, regional and disseminated and are not serious in immunocompetent people, but could be fatal in people with serious immunodeficiency. The authors observed 178 patients with BCG lymphadenitis, abscess in the vaccination site and disseminated BCG-itis. Results: Ther were 160 patients with BCG lymphadenitis, 17 patients with the absces in th vaccination site and 1 patient with disseminated complication. The more frequent were lymphadenitis axillaris – 85%, 74.4% had 1 or 2 enlarged or suppurative lymph nodes. Authors didn´t confirm the serious disorder in phagocytosis, in the immunoglobulins levels there were significantly lower levels of IgA in patients with complications against the healthy children. The markers of cellular imunity didn´t confirmed the serious cellular imunodeficiency, but in comparison with healthy group we found out the significantly lower levels of CD19 B-lymphocytes. In all the examinated group we had one patients with extremely high levels of IFNγ, in this patients was the homozygous mutation 523delT of the gene for IFNGR1 confirmed. Conclusion: Most of the children with local BCG complications has no immunodeficiency, but in children with primary immunodeficiency the complication after BCG vaccination could have a fatal progression. Since we are now able to diagnose the IFNGR1 deficiency, we know to prevent one of the most serious complications.. Key words: BCG vaccination, complication after BCG vaccination, mycobacterium, primary imunodeficiency, Mendelian susceptibility to mycobacterial diseases

• Klíčová slova
• primární imunodeficit, Mendeliánská vnímavost k mykobakteriálním nemocem,
• MeSH
• absces diagnóza   etiologie   MeSH
• antituberkulotika terapeutické užití   MeSH
• BCG vakcína * imunologie   škodlivé účinky   MeSH
• genetická predispozice k nemoci * genetika   MeSH
• genetické nemoci vrozené genetika   MeSH
• interferon gama genetika   MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• lymfadenitida etiologie   imunologie   MeSH
• mykobakteriózy farmakoterapie   genetika   imunologie   mikrobiologie   MeSH
• novorozenec MeSH
• prospektivní studie MeSH
• receptory interferonů * genetika   nedostatek   MeSH
• syndrom MeSH
• syndromy imunologické nedostatečnosti * komplikace   MeSH
• tuberkulóza genetika   imunologie   mikrobiologie   prevence a kontrola   MeSH
• Check Tag
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• novorozenec MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

Nontuberculous mycobacteria (NTM) are potentially pathogenic agents commonly found in natural ecosystems, while food is considered to be another source of NTM for humans. We investigated a total of 92 tissue samples of freshwater fish and fish products: fish directly obtained from ponds (n=25), retail fresh (n=23) and frozen fish (n=23) and smoked fish products (n=21). Culture examination for the presence of mycobacteria was positive in 11 (11.9%) from all the examined samples. The 15 obtained isolates were identified as Mycobacterium fortuitum (n=5), M. immunogenum (n=2), M. phocaicum/ mucogenicum (n=1), M. neoaurum (n=2), M. peregrinum (n=2), M. porcinum (n=1) and M. senegalense/houstonense/conceptionense (n=2). NTM DNA was found in one (4.0%) sample of fresh fish from ponds and in 60.9% and 91.3% of retail fresh and frozen fish, respectively. None of the smoked fish products contained NTM DNA. The results of our study suggest that freshwater fish and fish products, especially retail frozen fish, might be a reservoir of NTM for humans, and proper handling and treatment before consumption of such products is recommended.

• MeSH
• DNA analýza   metabolismus   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární typizace MeSH
• mražené potraviny analýza   ekonomika   mikrobiologie   MeSH
• Mycobacterium fortuitum klasifikace   růst a vývoj   izolace a purifikace   metabolismus   MeSH
• Mycobacterium klasifikace   růst a vývoj   izolace a purifikace   metabolismus   MeSH
• mykobakteriózy mikrobiologie   MeSH
• potrava z moře (živočišná) analýza   ekonomika   mikrobiologie   MeSH
• potraviny konzervované analýza   ekonomika   mikrobiologie   MeSH
• rybí výrobky analýza   ekonomika   mikrobiologie   MeSH
• ryby metabolismus   mikrobiologie   MeSH
• sladká voda MeSH
• zdroje nemoci MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Mycobacteriosis is a progressive disease of a wide range of wild and captive, marine and freshwater fish species. Conventional detection of fish Mycobacteria is based on histopathology, culture, and biochemical characteristics. The present study analyzed the occurrence of Mycobacteria in clinically ill ornamental fish of different species, from different places of India. In first group, 60 fish were examined for presence of granulomatous inflammation and acid-fast bacteria. Thirty-eight (63.34 %) fish were positive for granulomatous inflammations. Presences of acid-fast bacteria were detected in 27 (45 %) fish having granulomatous inflammation and in two (3.33 %) fish without granulomatous inflammation. In total, AFB were found in 29 (48.34 %) of the 60 fish examined. In second group, 20 fish having granulomatous inflammation, 12 (60 %) samples were positive using Ziehl-Neelsen (Z-N) staining and 11 (55 %) of them were culture positive. Eight (40 %) samples were Z-N negative but two (10 %) of them were culture positive. In total, 13 (65 %) of the 20 examined fish were culture positive. On the basis of biochemical tests and 16S rRNA sequencing, 13 isolates were identified: five as Mycobacterium fortuitum, five as Mycobacterium gordonae, and three as Mycobacterium chelonae. In comparison of two decontamination methods, 2 % HCl treatment was better than 4 % NaOH treatment. Mycobacteria recovery from decontaminated samples was significantly high on Lowenstein-Jensen medium compared to Middlebrook 7H11 agar and Stonebrink (SB) media. The disease is transmissible from fish to fish and also from fish to human, so the significance of Mycobacteria in ornamental fish should not be overlooked.

• MeSH
• DNA bakterií chemie   genetika   MeSH
• histocytochemie MeSH
• mikroskopie MeSH
• Mycobacterium chelonae klasifikace   genetika   izolace a purifikace   fyziologie   MeSH
• Mycobacterium fortuitum klasifikace   genetika   izolace a purifikace   fyziologie   MeSH
• mykobakteriózy mikrobiologie   patologie   veterinární   MeSH
• nemoci ryb mikrobiologie   patologie   MeSH
• netuberkulózní mykobakterie klasifikace   genetika   izolace a purifikace   fyziologie   MeSH
• ribozomální DNA chemie   genetika   MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• ryby mikrobiologie   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Indie MeSH

Izolace podmíněně patogenních mykobakterií (PPM) z klinických vzorků je v posledních letech čím dál častější. Tyto organizmy příležitostně způsobující infekce u lidí se volně vyskytují v životním prostředí. Klasická diagnostika mykobakteriálních infekcí je založena na přímém mikroskopickém vyšetření a kultivaci. V dnešní době jsou k dispozici také molekulární nástroje umožňující rychlejší a přesnější diagnostiku PPM infekcí. Tyto metody umožňují detekci a identifikaci PPM přímo v klinických materiálech, ačkoli primárně jsou stále používány kultivační přístupy. Pro účely přesné a rychlé identifikace PPM je nejčastěji používána sekvenční analýza vybraných cílových genů (např. 16S rRNA, rpoB nebo hsp65), která má několik technických omezení. Tento článek si klade za cíl shrnout dostupné algoritmy, využívající sekvenční analýzu, používané pro detekci NTM a také přiblížit technické problémy a omezení spojené s použitím této metody.

The isolation of potentially pathogenic mycobacteria (PPM) from clinical specimens has become very frequent in the last years. Such organisms are typically environmental and occasionally pathogenic for humans. Standard diagnosis of mycobacterial infections relies on direct examination and culture. Nowadays, molecular tools are available, allowing quicker accurate diagnosis. Detection of PPM can be performed directly from clinical samples, although in most cases identification is carried out after isolation. Sequencing of genomic targets (such as 16S rRNA, rpoB or hsp65) allows accurate and quick identifications but has some technical limitations. Problems concerning sequencing analysis used for PPM identification together with description of available algorithms for PPM identification are the major objectives of this review.

• Klíčová slova
• mykobakterie, molekulární mikrobiologie, 16S rRNA,
• MeSH
• lidé MeSH
• Mycobacterium genetika   klasifikace   MeSH
• mykobakteriózy mikrobiologie   MeSH
• sekvenční analýza MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

The isolation of nontuberculous mycobacteria (NTM) from clinical specimens has become very common in recent years. Such organisms are typically environmental and occasionally pathogenic for humans and animals. Standard diagnosis of mycobacterial infections relies on direct examination and culture. However, molecular tools are now available which allow quicker and more accurate diagnosis. Detection of NTM can be performed directly from clinical samples, although identification is mostly carried out after isolation. Sequencing of genomic targets (such as 16S rRNA, ITS, rpoB or hsp65) allows accurate and rapid identification, but has some technical limitations. A brief summary of the molecular methods available for NTM identification and a discussion of the problems associated with the use of sequencing analysis together with a description of available algorithms for NTM identification are the major objectives of this review.

• MeSH
• algoritmy MeSH
• bakteriální RNA analýza   genetika   MeSH
• DNA bakterií analýza   genetika   MeSH
• genom bakteriální MeSH
• lidé MeSH
• mykobakteriózy diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• netuberkulózní mykobakterie klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• RNA ribozomální 16S analýza   genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• techniky typizace bakterií metody   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH