V krátkém přehledu je pojednáno o základních metodách čtení pořadí jednotlivých bází v molekule DNA. Podrobněji je popsáno tzv. Sangerovo sekvenování, které je v současnosti zdaleka nejrozšířenější klasickou metodou. Detailně je osvětlen princip určení pořadí bází pomocí tvorby fragmentů se známou koncovou bází prostřednictvím terminační syntézy DNA a možnosti separace a detekce získaných produktů. Krátce jsou též zmíněny některé alternativní metodiky. Dále je vysvětlen postup při analýze získaných sekvenačních dat, možné výstupy z těchto dat a také omezení a možná úskalí Sangerovy sekvenační analýzy.

In this article the basic methods of reading nucleotide sequences in DNA molecules are summarized. Sanger sequencing is described most thoroughly as it is the most frequent routine method currently being utilized. The article describes in detail the principle of sequence determination through the production of fragments with a known end base using chain termination synthesis of DNA and ways of separation and detection of the fragments. Some alternative methods of sequencing are mentioned in short. Basic approaches of analyzing sequence data are explained as well as different outcomes, obstacles and challenges.

Bioptická laboratoř s r o Plzeň

Šiklův ústav patologie LF UK a FN Plzeň

Sequencing – classical method