Cíle: Cílem této studie bylo ověření RT-LAMP testů za účelem nahrazení RT PCR testů pro diagnostiku SARS-CoV-2. Typ studie: Metodická studie. Název a sídlo pracoviště: Ústav laboratorní medicíny, Oddělení klinické biochemie, Fakultní nemocnice Ostrava. Metody: Studie zahrnovala 1018 vzorků anonymizovaných pacientů. Izolace virové RNA byla provedena za použití izolačního kitu Automated RNA Isolation Kit na pipetovací stanici Bravo firmy Agilent. Vyizolované vzorky RNA byly použity k detekci viru SARS-CoV-2 pomocí metody RT-PCR za použití diagnostické soupravy COVID-19 Multiplex RT-PCR a metody RT-LAMP pomocí diagnostické soupravy AUMED RT-LAMP Assay SARS-CoV- 2. Výsledky: Metodou RT-PCR bylo detekováno 32.1 % pozitivních vzorků a 67.9 % negativních vzorků. Vedle toho metodou RT-LAMP bylo detekováno 27.9 % pozitivních vzorků a 72.1 % negativních vzorků. Ze 327 pozitivních vzorků identifikovaných pomocí RT-PCR bylo metodou RT-LAMP identifikováno pouze 247 vzorků, 80 vzorků bylo falešně negativních. Z toho vyplývá, že rozdíl mezi metodami je 11.6 %. Test RT-LAMP vykazuje 94.5% specificitu a 75.5% senzitivitu. Obě testované metody vykazují velmi dobrou shodu (k = 0,725) Závěr: Testovaná metoda RT-LAMP, na rozdíl od RT-PCR, není za současných podmínek vhodná pro stanovení SARSCoV-2

Objectives: The aim of this study was to verify whether the RT-LAMP assay for SARS-CoV-2 determination can replace the RT-PCR assay. Design: Methodological study. Settings: Institute of Laboratory Medicine, Department of Clinical Biochemistry, University Hospital Ostrava. Material and methods: The study included 1018 samples of anonymized patients. Viral RNA isolation was performed using the Automated RNA Isolation Kit using an Agilent Bravo pipetting station. The isolated RNA samples were used to detect the virus by RT-PCR using the COVID-19 Multiplex RT-PCR Kit and reverse transcription and loop-mediated isothermal amplification (RT LAMP) using the AUMED test RT-LAMP Assay SARS-CoV-2. Results: 32.1 % of positive samples and 67.9 % of negative samples were detected by the RT-PCR method. In addition, 27.9 % of positive samples and 72.1 % of negative samples were detected by RT-LAMP method. Of the 327 positive samples identified by RT PCR, 247 samples were true positive, but 80 samples were false negative. It follows that the discrepancy of both tested methods was found to be 11.6 %. The RT-LAMP assay showed 94.50% specificity and 75.54% sensitivity. There was a substantial agreement between the two testing methods (k = 0.725). Conclusions: The tested RT-LAMP method, unlike RT-PCR, is not suitable for SARS-CoV-2 determination under current conditions.

Blood Centre University Hospital Ostrava Ostrava Czech Republic

Department of Biomedical Sciences Faculty of Medicine University of Ostrava Ostrava Czech Republic

Institute of Laboratory Medicine University Hospital Ostrava Ostrava Czech Republic

Literatura