Building of RNA and DNA double helices into electron density
Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium print-electronic
Typ dokumentu srovnávací studie, časopisecké články, práce podpořená grantem, Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S., validační studie
PubMed
18560149
DOI
10.1107/s0907444908007075
PII: S0907444908007075
Knihovny.cz E-zdroje
- MeSH
- DNA chemie MeSH
- konformace nukleové kyseliny * MeSH
- krystalografie rentgenová MeSH
- molekulární modely MeSH
- párování bází MeSH
- počítačová simulace MeSH
- RNA chemie MeSH
- software MeSH
- statická elektřina MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S. MeSH
- srovnávací studie MeSH
- validační studie MeSH
- Názvy látek
- DNA MeSH
- RNA MeSH
A method has been developed that automatically fits double-helical regions into the electron density of nucleic acid structures. Rigid fragments consisting of two Watson-Crick base pairs and three pairs of phosphate groups in the A-type or B-type conformation are positioned into the electron density by phased rotation and translation functions. The position and orientation of the localized double-helical fragments are determined by phased refinement. The method has been tested by building double-helical regions of nine RNA structures of variable crystallographic resolution and polynucleotide length and is available for free use.
Citace poskytuje Crossref.org
