OCTN1 variant L503F is associated with familial and sporadic inflammatory bowel disease
Jazyk angličtina Země Velká Británie, Anglie Médium print-electronic
Typ dokumentu časopisecké články, práce podpořená grantem
PubMed
21122496
DOI
10.1016/j.crohns.2009.09.003
PII: S1873-9946(09)00099-3
Knihovny.cz E-zdroje
- MeSH
- běloši genetika MeSH
- Crohnova nemoc genetika MeSH
- DNA izolace a purifikace MeSH
- dospělí MeSH
- genetická predispozice k nemoci MeSH
- genetické asociační studie MeSH
- genetické testování MeSH
- haplotypy MeSH
- idiopatické střevní záněty genetika MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus MeSH
- kohortové studie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- polymorfismus délky restrikčních fragmentů MeSH
- proteiny přenášející organické kationty genetika MeSH
- rozložení podle pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- symportéry MeSH
- ulcerózní kolitida genetika MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Pennsylvania MeSH
- Názvy látek
- DNA MeSH
- proteiny přenášející organické kationty MeSH
- SLC22A4 protein, human MeSH Prohlížeč
- symportéry MeSH
PURPOSE: A two-allele haplotype of TC (OCTN1 rs1050152 and OCTN2 -207G→C) is associated with Crohn's disease (CD). The association has been replicated in different populations, but also failed in some studies. The present study is to replicate the association of OCTN1 rs1050152 and examine another variant rs272879 with familial and sporadic inflammatory bowel disease (IBD) in a cohort from central Pennsylvania, USA. METHODS: The study samples (n=465) included 212 inflammatory bowel disease patients (CD=115, UC=97), including 103 familial (CD=55, UC=46) and 111 sporadic (CD=60, UC=51) IBD, 139 non-IBD family members from a familial IBD registry, and 114 unrelated healthy controls. A total of 12 OCTN1 variants within exonic sequences were examined. Two nonsynonymous SNPs, rs1050152 (L503F) and rs272879 (L395V) were genotyped by a PCR-based RFLP/cRFLP method and statistically analyzed. These samples with an additional 141 unrelated healthy samples were also genotyped for rs1050152 using the SNPlex™ Genotyping System. RESULTS: The OCTN1 rs1050152 is associated with CD (OR=1.745, 95% CI=1.019-2.990, χ²=4.129, p=0.042) and with IBD (OR=1.68, 95% CI=1.052-2.676, χ²=4.732, p=0.030); while the variant rs272879 is not associated with IBD, CD or ulcerative colitis (UC). The distribution of the rs1050152 variant showed a high level of the T allele in male UC (OR=2.585, 95% CI=1.139-5.869, p=0.023) and IBD (OR=2.039, 95% CI=1.024-4.059, p=0.042) patients, and in female CD patients (OR=2.329, 95% CI=1.038-5.226, ρ value=0.039). CONCLUSION: The present results replicated the association of the OCTN1 rs1050152 (L503F) variant with CD and IBD overall. A weak gender-specific effect of rs1050152 (L503F) on male UC and female CD was observed.
Citace poskytuje Crossref.org