Pacienti s nešpecifickými zápalovými ochoreniami čreva vykazujú významné odlišnosti vo fenotypových prejavoch ochorenia ako aj odpovedi na liečbu. Výrazná interindividuálna variabilita liečebnej odozvy viedla v posledných rokoch k výskumným iniciatívam zameraným na identifikáciu genetických markerov schopných prispieť k optimalizácii liečebných stratégií. Do klinickej praxe sa implementovalo napríklad vyšetrovanie prediktívnych markerov tiopurínmi-indukovanej myelosupresie. Na druhej strane, markery súvisiace s novšími liečebnými možnosťami, akou je napríklad biologická liečba, sa v bežnej praxi zatiaľ nevyužívajú. Článok ponúka prehľad pokrokov na poli farmakogenetiky IBD, sumarizuje známe farmakogenetické markery ako aj tzv. kandidátne gény a zaoberá sa ich perspektívnym využitím v personalizácii liečby IBD.

Patients with inflammatory bowel diseases show significant differences in phenotypic manifestation as well as responses to treatment. Significant interindividual variability in therapeutic response has led in recent years to research initiatives aimed at identifying genetic markers capable of optimizing the treatment. For example, investigation of predictive markers of thiopurine-induced myelosuppression has been implemented into clinical practice. On the other hand, markers related to new treatment options such as biological treatment are not yet used in common clinical practice. The article offers an overview of advances in the field of IBD pharmacogenetics, summarizes known pharmacogenetic markers as well as the candidate genes and their prospective use in the personalization of IBD treatment.

• MeSH
• dítě MeSH
• farmakogenetika * klasifikace   metody   MeSH
• genetické markery genetika   MeSH
• glukokortikoidy farmakologie   genetika   klasifikace   terapeutické užití   MeSH
• idiopatické střevní záněty * diagnóza   farmakoterapie   genetika   klasifikace   MeSH
• individualizovaná medicína metody   MeSH
• inhibitory TNF farmakologie   klasifikace   terapeutické užití   MeSH
• kyseliny aminosalicylové farmakologie   klasifikace   terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• mutace genetika   MeSH
• puriny farmakologie   klasifikace   terapeutické užití   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

PURPOSE: Crohn's disease is a chronic gastrointestinal inflammatory disease with possible extraintestinal symptoms. There are predisposing genetic factors and even monogenic variants of the disorder. One of the possible genetic factors are variants of the DUOX2 gene. The protein product of the DUOX2 gene is a dual oxidase enzyme producing H2O2 in the bowel. Reduced H2O2 levels impact mucosal homeostasis and contribute to the development of inflammatory bowel disease. Thus far, only 19 patients with IBD with the DUOX2 variants have been described. METHODS: Here we present a case report of an adolescent female diagnosed at eleven years of age with IBD that was subsequently reclassified as Crohn's disease. She was treated with immunosuppressants and biological therapy but experienced additional complications. Her peripheral blood lymphocyte DNA was studied using massive parallel sequencing. Detected variants were functionally studied. RESULTS: Whole exome sequencing found two novel DUOX2 gene variants: a de novo variant c.3646C>T; p.R1216W and a maternally inherited variant c.3391G>A; p.A1131T which were initially classified as variants of unknown significance. However, follow-up functional studies demonstrated that both DUOX2 variants led to impaired H2O2 generation, which led to their reclassification to the likely pathogenic class according to the ACMG.net. Therefore, we conclude that these variants are causative for the disease. CONCLUSIONS: Identifying novel variants in patients with Crohn's disease and their families is important for precision medicine approaches and understanding of the pathogenesis of likely "monogenic" rare forms of inflammatory bowel disease.

• MeSH
• Crohnova nemoc * genetika   MeSH
• duální oxidázy genetika   MeSH
• idiopatické střevní záněty * genetika   MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• peroxid vodíku MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH

Lupénka je chronické zánětlivé neinfekční onemocnění kůže s multifaktoriální etiologií. Může se vyskytovat spolu s jinými imunitně zprostředkovanými onemocněními, včetně nespecifických střevních zánětů. Naše chápání základních patogenetických mechanismů se v posledních desetiletích zásadně prohloubilo a rozvíjí se společně s novými léčebnými postupy zaměřenými na dráhy a prozánětlivé cytokiny, které jsou popisovány v souvislosti s onemocněním. Psoriáza a IBD (Inflammatory bowel disease) se z pohledu patogeneze významně překrývají, ale existují i rozdíly, které mají vliv na terapii.

Psoriasis is a chronic inflammatory non-infectious skin disease with a multifactorial etiology. It can occur along with other immune-mediated diseases, including non-specific intestinal inflammation. Our understanding of the underlying pathogenetic mechanisms has deepened substantially in recent decades and is developing together with new therapies targeting pathways and pro-inflammatory cytokines that have been described in association with the disease. Psoriasis and IBD not only have significant overlap, but there are also differences that affect therapy.

• MeSH
• biologická terapie metody   MeSH
• dermatologické látky terapeutické užití   MeSH
• humanizované monoklonální protilátky terapeutické užití   MeSH
• idiopatické střevní záněty * genetika   komplikace   MeSH
• lidé MeSH
• psoriáza * farmakoterapie   komplikace   patofyziologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• MeSH
• biologická terapie * ekonomika   etika   MeSH
• idiopatické střevní záněty * chirurgie   diagnóza   farmakoterapie   genetika   MeSH
• lidé MeSH
• reprodukční chování účinky léků   MeSH
• rodičovství psychologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• rozhovory MeSH

Narativní přehledový článek se zabývá tematikou predikace a prevence zánětlivých střevních onemocnění (IBD). Při stále se zvyšující celkové incidenci, nízké přirozené mortalitě a zvyšující se délce dožití lze předpokládat, že prevalence brzy dosáhne 1 %. Vzhledem k nákladům na léčbu tak IBD představují, a do budoucna stále více budou, velký zdravotní problém. Díky pokrokům v porozumění některých mechanizmů při rozvoji IBD se začíná zlepšovat jejich predikce. To otvírá nové pole pro případné terapeutické zásahy ještě v době, kdy se obraz IBD plně nerozvine. Jsou popsány některé zásadní predikční modely a teoreticky je pojednáno o některých již běžících a budoucích možných preventivních programech.

This narrative review summarizes data on prediction and prevention of inflammatory bowel disease (IBD). With increasing incidence, low natural mortality and increasing life expectancy, we can expect IBD that prevalence will soon reach about 1%. This in combination with high therapeutic costs means that IBD represent a significant health problem, which is expected to increase in the near future. The identification of IBD development mechanisms has led to an increasing prediction accuracy. This is opening a new field for therapeutic interventions in early stages of IBD development. We describe some of the essential prediction models and prevention programs that are under way or could be introduced in future.

• MeSH
• idiopatické střevní záněty * genetika   imunologie   prevence a kontrola   MeSH
• lidé MeSH
• prevalence MeSH
• rizikové faktory MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

The gut microbiome exhibits extreme compositional variation between hominid hosts. However, it is unclear how this variation impacts host physiology across species and whether this effect can be mediated through microbial regulation of host gene expression in interacting epithelial cells. Here, we characterize the transcriptional response of human colonic epithelial cells in vitro to live microbial communities extracted from humans, chimpanzees, gorillas, and orangutans. We find that most host genes exhibit a conserved response, whereby they respond similarly to the four hominid microbiomes. However, hundreds of host genes exhibit a divergent response, whereby they respond only to microbiomes from specific host species. Such genes are associated with intestinal diseases in humans, including inflammatory bowel disease and Crohn's disease. Last, we find that inflammation-associated microbial species regulate the expression of host genes previously associated with inflammatory bowel disease, suggesting health-related consequences for species-specific host-microbiome interactions across hominids.

• MeSH
• Bacteria genetika   MeSH
• druhová specificita MeSH
• epitelové buňky metabolismus   MeSH
• exprese genu genetika   MeSH
• feces mikrobiologie   MeSH
• fylogeneze MeSH
• Gorilla gorilla mikrobiologie   MeSH
• Hominidae genetika   mikrobiologie   MeSH
• idiopatické střevní záněty genetika   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiota genetika   MeSH
• Pan troglodytes mikrobiologie   MeSH
• Pongo mikrobiologie   MeSH
• regulace genové exprese genetika   MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• střevní mikroflóra genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Research Support, N.I.H., Extramural MeSH

Primary sclerosing cholangitis (PSC) frequently associates with inflammatory bowel diseases (IBD), in particular ulcerative colitis (UC) and colorectal cancer. Although different clinical course and features (higher carcinogenic potential) suggest that IBD in PSC represents disease entity distinct to IBD without hepatobiliary component underlying molecular mechanisms remain unknown. In this project we will analyze transcriptome of colon biopsy samples collected in a prospective study of patients diagnosed with PSC without UC, UC without PSC, PSC with concurrent UC, and control group. Using whole-genome transcriptome profiling, we will identify expression signatures of the different diagnoses and corroborate these further in expanded patient cohorts. In parallel we will characterize available experimental PSC mouse models with respect to alterations in colonic tissues and genes identified in the transcriptome analysis. Understanding the mechanism involved in pathogenesis of UC in PSC will help to define new targets for disease screening and strategies for its prevention and treatme...

Primární sklerózující cholangitida (PSC) je často asociována s idiopatickými střevními záněty (IBD) a to zejména ulcerózní kolitidou (UC) a kolorektálním karcinomem. Odlišný klinický průběh a další charakteristiky, jako zvýšený karcinogenní potenciál, naznačují, že PSC-UC představuje specifický podtyp IBD, který se liší od IBD bez hepatobiliární komponenty. Molekulární mechanismy vedoucí k tomuto rozdílnému klinickému obrazu nejsou v současnosti známy. V tomto projektu se v prospektivní studii zaměříme na zjištění změn v transkriptomu bioptických vzorků tlustého střeva, odebraných pacientům s PSC bez UC, UC bez PSC a PSC-UC a kontrolního souboru. Pomocí celogenomové analýzy transkriptomu určíme unikátní expresní signatury, které budou dále potvrzeny na rozšířených kohortách pacientů. Souběžně budeme charakterizovat dostupné myší modely PSC s ohledem na změny střevní sliznice a geny identifikované v transkriptomové analýze. Pochopení mechanismu patogeneze PSC-UC je významné pro definování nových cílů v diagnostice, prevenci a léčbě tohoto závažného onemocnění.

• MeSH
• biologické markery MeSH
• idiopatické střevní záněty genetika   MeSH
• lidé MeSH
• modely nemocí na zvířatech MeSH
• myši MeSH
• prognóza MeSH
• sklerozující cholangitida genetika   komplikace   MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• myši MeSH
• zvířata MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• biologická terapie MeSH
• Crohnova nemoc diagnostické zobrazování   patologie   MeSH
• idiopatické střevní záněty * diagnostické zobrazování   farmakoterapie   genetika   klasifikace   komplikace   patologie   MeSH
• kojení škodlivé účinky   MeSH
• komorbidita MeSH
• komplikace těhotenství * farmakoterapie   patologie   MeSH
• kritické hodnoty laboratorních vyšetření MeSH
• lidé MeSH
• puriny terapeutické užití   MeSH
• riziko MeSH
• těhotenství MeSH
• ultrasonografie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

We lack a holistic understanding of the genetic programs orchestrating embryonic colon morphogenesis and governing damage response in the adult. A window into these programs is the transcriptomes of the epithelial and mesenchymal cell populations in the colon. Performing unbiased single-cell transcriptomic analyses of the developing mouse colon at different embryonic stages (embryonic day 14.5 [E14.5], E15.5, and E18.5), we capture cellular and molecular profiles of the stages before, during, and after the appearance of crypt structures, as well as in a model of adult colitis. The data suggest most adult lineages are established by E18.5. We find embryonic-specific gene expression profiles and cell populations that reappear in response to tissue damage. Comparison of the datasets from mice and human colitis suggests the processes are conserved. In this study, we provide a comprehensive single-cell atlas of the developing mouse colon and evidence for the reactivation of embryonic genes in disease.

• MeSH
• analýza jednotlivých buněk MeSH
• buněčná diferenciace MeSH
• embryo savčí metabolismus   MeSH
• idiopatické střevní záněty genetika   patologie   MeSH
• kolitida genetika   MeSH
• kolon embryologie   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• mezoderm embryologie   MeSH
• modely nemocí na zvířatech MeSH
• myši inbrední C57BL MeSH
• stanovení celkové genové exprese * MeSH
• střevní sliznice embryologie   metabolismus   patologie   MeSH
• vývojová regulace genové exprese MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Prevalence of inflammatory bowel disease (IBD), a chronic inflammatory disorder of the gut, has been on the rise in recent years-not only in the adult population but also especially in pediatric patients. Despite the absence of curative treatments, current therapeutic options are able to achieve long-term remission in a significant proportion of cases. To this end, however, there is a need for biomarkers enabling accurate diagnosis, prognosis, and prediction of response to therapies to facilitate a more individualized approach to pediatric IBD patients. In recent years, evidence has continued to evolve concerning noncoding RNAs (ncRNAs) and their roles as integral factors in key immune-related cellular pathways. Specific deregulation patterns of ncRNAs have been linked to pathogenesis of various diseases, including pediatric IBD. In this article, we provide an overview of current knowledge on ncRNAs, their altered expression profiles in pediatric IBD patients, and how these are emerging as potentially valuable clinical biomarkers as we enter an era of personalized medicine.

• MeSH
• biologické markery analýza   MeSH
• Crohnova nemoc genetika   MeSH
• dítě MeSH
• genetické markery genetika   MeSH
• idiopatické střevní záněty genetika   MeSH
• individualizovaná medicína trendy   MeSH
• lidé MeSH
• nekódující RNA analýza   MeSH
• signální transdukce genetika   MeSH
• transkriptom MeSH
• ulcerózní kolitida genetika   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Research Support, N.I.H., Extramural MeSH
• úvodní články MeSH