Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis
Jazyk angličtina Země Švýcarsko Médium print-electronic
Typ dokumentu časopisecké články, práce podpořená grantem
PubMed
29258075
DOI
10.1159/000484524
PII: 000484524
Knihovny.cz E-zdroje
- Klíčová slova
- Catheter, Complex sample, Mixed chromatogram, PCR denaturing gradient gel electrophoresis, RipSeq Mixed,
- MeSH
- Bacteria klasifikace genetika izolace a purifikace MeSH
- denaturační gradientová gelová elektroforéza metody MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- diagnostické techniky urologické MeSH
- DNA bakterií MeSH
- lidé MeSH
- moč chemie mikrobiologie MeSH
- močové katétry mikrobiologie MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- software * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Názvy látek
- DNA bakterií MeSH
Complex samples are a challenge for sequencing-based broad-range diagnostics. We analysed 19 urinary catheter, ureteral Double-J catheter, and urine samples using 3 methodological approaches. Out of the total 84 operational taxonomic units, 37, 61, and 88% were identified by culture, PCR-DGGE-SS (PCR denaturing gradient gel electrophoresis followed by Sanger sequencing), and PCR-DGGE-RM (PCR- DGGE combined with software chromatogram separation by RipSeq Mixed tool), respectively. The latter approach was shown to be an efficient tool to complement culture in complex sample assessment.
Citace poskytuje Crossref.org
