AIM: Transbronchial cryobiopsies are increasingly used for the diagnosis of interstitial lung disease (ILD), but there is a lack of published information on the features of specific ILD in cryobiopsies. Here we attempt to provide pathological guidelines for separating usual interstitial pneumonia (UIP) of idiopathic pulmonary fibrosis (IPF), fibrotic hypersensitivity pneumonitis (FHP) and connective tissue disease-associated ILD (CTD-ILD) in cryobiopsies. METHODS: We examined 120 cryobiopsies from patients with multidisciplinary discussion (MDD)-established CTD-ILD and compared them to a prior series of 121 biopsies from patients with MDD-established IPF or FHP. RESULTS: A non-specific interstitial pneumonia (NSIP) pattern alone was seen in 36 of 120 (30%) CTD-ILD, three of 83 (3.6%) FHP and two of 38 (5.2%) IPF cases, statistically favouring a diagnosis of CTD-ILD. The combination of NSIP + OP was present in 29 of 120 (24%) CTD-ILD, two of 83 (2.4%) FHP and none of 38 (0%) IPF cases, favouring a diagnosis of CTD-ILD. A UIP pattern, defined as fibroblast foci plus any of patchy old fibrosis/fibrosis with architectural distortion/honeycombing, was identified in 28 of 120 (23%) CTD-ILD, 45 of 83 (54%) FHP and 27 of 38 (71%) IPF cases and supported a diagnosis of FHP or IPF. The number of lymphoid aggregates/mm2 and fibroblast foci/mm2 was not different in IPF, CTD-ILD or FHP cases with a UIP pattern. Interstitial giant cells supported a diagnosis of FHP or CTD-ILD over IPF, but were infrequent. CONCLUSIONS: In the correct clinical/radiological context the pathological findings of NSIP, and particularly NSIP plus OP, favour a diagnosis of CTD-ILD in a cryobiopsy, but CTD-ILD with a UIP pattern, FHP with a UIP pattern and IPF generally cannot be distinguished.

• MeSH
• biopsie metody   MeSH
• dospělí MeSH
• idiopatická plicní fibróza patologie   komplikace   diagnóza   MeSH
• intersticiální plicní nemoci * patologie   diagnóza   komplikace   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• nemoci pojiva * komplikace   patologie   diagnóza   MeSH
• plíce patologie   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

CONTEXT.—: Non-smooth muscle uterine sarcomas are mostly represented by low-grade endometrial stromal sarcoma. However, several other rare, distinct types of uterine sarcoma are recognized, including high-grade endometrial stromal sarcoma, tumors with kinase fusions, uterine tumors resembling ovarian sex cord tumors, soft tissue-type sarcoma, and emerging entities such as KAT6A/B-rearranged tumors. The landscape of uterine sarcomas has changed, mostly because of the increasing knowledge concerning their molecular aberrations. OBJECTIVE.—: To offer a comprehensive review of the literature focusing on fusions occurring in tumors other than smooth muscle mesenchymal uterine tumors with respect to their type, frequency, and overlap between diagnostic categories and entities. DATA SOURCES.—: The data were mined from the PubMed/MEDLINE database covering the time period from January 1988 to June 2023. In total, 156 studies focusing on the problematics of fusions occurring in non-smooth muscle mesenchymal uterine tumors were selected, and thus became the basis for this review. CONCLUSIONS.—: One hundred ten fusions were identified in 703 tumors. The diagnostic significance of the molecular aberrations occurring in these tumors can be unclear in some cases. This can be related to the rare aberrations with a limited number of reported cases. Additionally, even well-known aberrations considered as specific for a certain distinct entity can occur in other lesions, the biological behavior and clinical significance of which can differ substantially.

• MeSH
• endometriální stromální nádory genetika   patologie   diagnóza   MeSH
• endometriální stromální sarkom genetika   patologie   MeSH
• fúze genů MeSH
• lidé MeSH
• nádory dělohy * genetika   patologie   diagnóza   MeSH
• sarkom genetika   patologie   diagnóza   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• přehledy MeSH

Penile squamous cell carcinoma (pSCC) is a rare tumour with a variable prognosis. More prognostic markers linked to mutational signatures and the tumour immune microenvironment are needed. A cohort made up of 165 invasive pSCC was retrospectively analysed using formalin-fixed, paraffin-embedded tumour tissue, focusing on tumour mutational burden (TMB), programmed death ligand 1 (PD-L1) expression, microsatellite instability (MSI), the number of tumour infiltrating lymphocytes (TILs) expressing cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4 (CTLA4), HPV status determined by p16 immunohistochemistry, and several traditional histopathological variables. High TMB (>10 mut/Mb) was associated with high PD-L1 expression (TPS 50-100%), and HPV-negative status. High PD-L1 expression was linked to HPV negativity, a high number of intratumoural CTLA4+ cells, and brisk lymphocytic infiltrate. High TMB was a significant predictor of shorter overall survival (OS) in both univariate and multivariate analysis when using a median cut-off value of 4.3 mut/Mb, but not when using an arbitrary cut-off of 10 mut/Mb. Low CTLA4+ cell infiltration at the tumour invasion front was a marker of shorter OS and cancer-specific survival in both univariate and multivariate analysis. PD-L1 expression had no significant impact on prognosis. Only two cases were MSI high. The results support the hypothesis of two aetiological pathways in pSCC cancerogenesis: (1) SCC linked to HPV infection characterised by low TMB, less common PD-L1 expression, and a lower number of TILs; and (2) SCC linked to chronic inflammation leading to a high number of acquired mutations (high TMB), HPV negativity, increased neoantigen production (i.e., PD-L1), and high immune cell infiltration.

• MeSH
• antigen CTLA-4 MeSH
• antigeny CD274 metabolismus   MeSH
• infekce papilomavirem * komplikace   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové mikroprostředí MeSH
• nádory penisu * genetika   MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• spinocelulární karcinom * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Tuberkulom mozku a tuberkulózní absces patří mezi vzácné ložiskové formy tuberkulózy postihující centrální nervový systém. Jejich klinická a morfologická prezentace může napodobit primární i sekundární mozkový tumor či bakteriální absces a být tak zdrojem diagnostických rozpaků. Cílem této práce je prezentovat kazuistiky dvou pacientů se solitárním ložiskem tuberkulózního původu a úskalí jeho diagnostiky. I přes dosud klesající incidenci tuberkulózy v ČR lze očekávat, že se s tímto onemocněním budeme nadále setkávat u pacientů na imunosupresivní terapii a obyvatel migrujících z endemických zemí. S ohledem na jejich relativně dobrou kurabilitu by tuberkulózní ložiska neměla být opomenuta v rámci diferenciální diagnostiky intracerebrálních expanzivních lézí.

Brain tuberculomas and tuberculous abscesses are rare focal manifestations of central nervous system tuberculosis. Their clinical and morphological presentation may mimic brain tumors or bacterial abscesses, and therefore be a source of diagnostic ambiguity. The goal of our presentation is to demonstrate two case reports of patients with a solitary lesion of tuberculous origin, and related diagnostic pitfalls. Despite the decrease in tuberculosis incidence in the Czech Republic, it is obvious that physicians may continue to encounter patients with immunosuppressive therapy and migrants from endemic regions. Regarding their relatively favorable therapeutic outcome, focal tuberculous lesions should be considered in the differential diagnosis of intracerebral expansions.

• MeSH
• antikonvulziva terapeutické užití   MeSH
• antituberkulotika terapeutické užití   MeSH
• biopsie MeSH
• dospělí MeSH
• hormony kůry nadledvin terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• magnetická rezonanční tomografie metody   MeSH
• počítačová rentgenová tomografie metody   MeSH
• senioři MeSH
• smrt MeSH
• stereotaktické techniky MeSH
• tuberkulom intrakraniální * diagnóza   terapie   MeSH
• tuberkulóza diagnóza   patologie   terapie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

Colorectal cancer (CRC) is a leading global cause of illness and death. There is a need for identification of better prognostic markers beyond traditional clinical variables like grade and stage. Previous research revealed that abnormal expression of cytokeratin 7 (CK7) and loss of the intestinal-specific Special AT-rich sequence-binding protein 2 (SATB2) are linked to poor CRC prognosis. This study aimed to explore these markers' prognostic significance alongside two extraintestinal mucins (MUC5AC, MUC6), claudin 18, and MUC4 in 285 CRC cases using immunohistochemistry on tissue microarrays (TMAs). CK7 expression and SATB2-loss were associated with MUC5AC, MUC6, and claudin 18 positivity. These findings suggest a distinct "non-intestinal" immunohistochemical profile in CRC, often right-sided, SATB2-low, with atypical expression of CK7 and non-colorectal mucins (MUC5AC, MUC6). Strong MUC4 expression negatively impacted cancer-specific survival (hazard ratio = 2.7, p = 0.044). Genetic analysis via next-generation sequencing (NGS) in CK7 + CRCs and those with high MUC4 expression revealed prevalent mutations in TP53, APC, BRAF, KRAS, PIK3CA, FBXW7, and SMAD4, consistent with known CRC mutation patterns. NGS also identified druggable variants in BRAF, PIK3CA, and KRAS. CK7 + tumors showed intriguingly common (31.6%) BRAF V600E mutations corelating with poor prognosis, compared to the frequency described in the literature and databases. Further research on larger cohorts with a non-colorectal immunophenotype and high MUC4 expression is needed.

• MeSH
• dospělí MeSH
• fenotyp MeSH
• fosfatidylinositol-3-kinasy třídy I genetika   metabolismus   MeSH
• imunohistochemie * MeSH
• keratin-7 metabolismus   genetika   MeSH
• kolorektální nádory * genetika   patologie   metabolismus   mortalita   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mucin 4 genetika   metabolismus   MeSH
• mucin 5AC genetika   metabolismus   MeSH
• mucin 6 genetika   metabolismus   MeSH
• mutace MeSH
• nádorové biomarkery * genetika   metabolismus   MeSH
• prognóza MeSH
• protoonkogenní proteiny B-Raf genetika   MeSH
• protoonkogenní proteiny p21(ras) genetika   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• transkripční faktory MeSH
• vazebné proteiny DNA v oblastech připojení k matrix * genetika   metabolismus   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Background: Recent studies have suggested that pathogenic variants of the DICER1 gene could be a driver of alterations in some pediatric thyroid nodules, but data are still limited. The aim of this study was to detect variants in the DICER1 gene in a large cohort of pediatric thyroid nodules and then correlate them with clinicopathological data, with a focus on the disease prognosis in patients with thyroid carcinoma. Methods: This retrospective cohort study consisted of 350 pediatric and young adult patients (aged 2-21 years) with thyroid nodules, from whom 275 fresh-frozen thyroid nodule samples and 92 fine-needle aspiration biopsy (FNAB) samples were collected. After an analysis of variants in major genetic alterations of thyroid tumors, variants in the DICER1 gene were identified using next-generation sequencing and multiplex ligation-dependent probe amplification methods. Peripheral blood was analyzed from patients with DICER1-positive tumors. The results of genetic analysis were then correlated with clinicopathological data. Results: Variants in the DICER1 gene were detected in a total of 24/350 (6.9%; 95%CI [4.4;10.0]) pediatric and young adult patients, respectively, in 10/119 (8.4%; [4.1;14.9]) patients with benign fresh-frozen tissue, in 8/141 (5.7%; [1.9;9.5]) with papillary thyroid carcinoma (PTC) and in 6/86 (7.0%; [4.1;14.6]) patients with FNAB. No other gene alteration was found in DICER1-positive samples. Germline DICER1 variants were identified in 11/24 (45.8%; [25.6;67.2]) patients. Two somatic (biallelic) variants in the DICER1 gene were found in 9/24 (37.5%; [18.8;59.4]) thyroid nodules. Somatic deletions of at least 3 Mbp long were revealed in 2/24 (8.3%; [1.0;27.0]) cases. DICER1-positive PTCs were significantly associated with the follicular subtype of PTC (p = 0.001), encapsulation (p = 0.006) and were larger in size (p = 0.035), but with no extrathyroidal extension (p = 0.039), and less frequent lymph node metastases (p = 0.003) compared with DICER1-negative PTCs. Patients with DICER1-positive PTC had an excellent response to treatment in 75% of cases. Conclusions: Variants of the DICER1 gene are frequently found in the thyroid nodules of pediatric and young adult patients. In our patients, DICER1-positive PTCs showed low invasiveness. Our findings support considering more conservative management for DICER1-positive low-risk PTCs.

• MeSH
• DEAD-box RNA-helikasy * genetika   MeSH
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• nádory štítné žlázy * genetika   patologie   MeSH
• papilární karcinom štítné žlázy genetika   patologie   MeSH
• předškolní dítě MeSH
• prognóza MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• ribonukleasa III * genetika   MeSH
• tenkojehlová biopsie MeSH
• uzle štítné žlázy * genetika   patologie   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• lidé MeSH
• nádory mozku * diagnóza   MeSH
• neurodegenerativní nemoci diagnóza   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• úvodní články MeSH

Standardy molekulárně-patologického testování se s pátým vydáním WHO klasifikace nádorů centrálního nervového systému razantně mění. Významnou změnou je zapojení molekulárně genetického testování a využívání komplexního přístupu v diagnostice. Některé typy nádorů pro své správné zařazení vyžadují vyšetření molekulárního profilu. Nejčastěji jde o vyšetření jednonukleotidových mutací, delecí a kodelecí, fúzí, případně metylací. Molekulární metody rozšiřují diagnostické spektrum založené na histopatologickém a imunohistochemickém zhodnocení. Využívají se molekulární metody, jako je PCR, Sangerovo sekvenování, I­‐FISH, MLPA a/nebo NGS. Zcela zásadní je pro diagnostiku úzká spolupráce vyšetřujícího neuropatologa, molekulárního genetika a neuroonkologa, bez níž může dojít nesprávně užitými postupy k významnému poškození pacienta.

The standards of molecular-pathological testing are transforming with the fifth edition of the WHO classification of central nervous system tumors. A significant change involves incorporating molecular genetic testing and adopting a comprehensive diagnostic approach. Certain tumors require examining the molecular profile for accurate classification, typically analyzing single nucleotide variants, deletions, codeletions, fusions, or methylation. Molecular methods extend the diagnostic spectrum beyond histopathological and immunohistochemical assessments, using techniques like PCR, Sanger sequencing, I-FISH, MLPA, and/or NGS. Collaboration among neuropathologists, molecular geneticists, and neurooncologists is crucial for accurate diagnosis and preventing potential harm to patients.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• imunohistochemie MeSH
• lidé MeSH
• metylace DNA MeSH
• multiplexová polymerázová řetězová reakce MeSH
• mutace genetika   MeSH
• nádory centrálního nervového systému * diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

V roce 2009 se metoda masivního paralelního sekvenování (NGS) prokázala jako velmi účinný nástroj při identifikaci variant, které souvisí s mnoha neurodegenerativními nemocemi. Množství genetických dat mělo významný dopad na klinickou diagnózu a zároveň významně přispělo k objevu molekulárních mechanismů, které jsou základem těchto onemocnění. Nicméně objasnění rolí nalezených variant identifikovaných NGS, a zejména variant nejasného významu (VUS), je náročné a je zcela klíčová spolupráce genetika, neurologa a neuropatologa. Vytvoření konsenzuálních postupů a vývoj veřejných genomických/fenotypových databází jsou proto zásadní pro usnadnění sdílení a ověřování údajů. Práce poskytuje systematický přehled nejčastějších mutací u neuropatologicky diagnostikovaných pacientů s neurodegenerativním onemocněním a shrnuje techniky genetické diagnostiky a význam bioinformatiky při interpretaci výsledků neurodegenerativních onemocnění na příkladu 5 zajímavých kazuistik.

In 2009, next-generation sequencing (NGS) proved to be a very powerful tool in identifying variants associated with many neurodegenerative diseases. Whole-exome sequencing and whole-genome sequencing are effective for identifying variants in new or unexpected genes responsible for inherited diseases, while targeted sequen­cing is useful in detecting variants in previously known disease-associated genes. The wealth of genetic data provided by NGS has had a significant impact on clinical diagnoses while contributing to these discoveries of the molecular mechanisms underlying disease. However, eluciding the roles of the found variants identified by NGS, and especially the variants of unclear significance (VUS), is challenging and the cooperation of a geneticist, a neurologist and a neuropathologist is absolutely key. The establishment of consensus guidelines and the development of public genomic/phenotypic databases are therefore essential to facilitate data sharing and validation. In this review article, we will provide a systematic overview of the most frequent mutations in neuropathologically diagnosed patients with neurodegenerative diseases and summarize genetic diagnostic techniques and the importance of bioinformatics in the interpretation of neurodegenerative disease results.

• MeSH
• Alzheimerova nemoc diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• amyotrofická laterální skleróza diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• Creutzfeldtova-Jakobova nemoc diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• frontotemporální lobární degenerace diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• genetická predispozice k nemoci genetika   MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• Gerstmannova-Strausslerova-Scheinkerova nemoc diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• neurodegenerativní nemoci * diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

The amyloid cascade hypothesis postulates that extracellular deposits of amyloid β (Aβ) are the primary and initial cause leading to the full development of Alzheimer's disease (AD) with intracellular neurofibrillary tangles; however, the details of this mechanism have not been fully described until now. Our preliminary data, coming from our day-to-day neuropathology practice, show that the primary location of the hyperphosphorylated tau protein is in the vicinity of the cell membrane of dystrophic neurites. This observation inspired us to formulate a hypothesis that presumes an interaction between low-density lipoprotein receptor-related protein 1 (LRP1) and fibrillar aggregates of, particularly, Aβ42 anchored at the periphery of neuritic plaques, making internalization of the LRP1-Aβ42 complex infeasible and, thus, causing membrane dysfunction, leading to the tauopathy characterized by intracellular accumulation and hyperphosphorylation of the tau protein. Understanding AD as a membrane dysfunction tauopathy may draw attention to new treatment approaches not only targeting Aβ42 production but also, perhaps paradoxically, preventing the formation of LRP1-Aβ42.

• MeSH
• Alzheimerova nemoc * metabolismus   patologie   etiologie   MeSH
• amyloidní beta-protein * metabolismus   MeSH
• buněčná membrána metabolismus   MeSH
• fosforylace MeSH
• lidé MeSH
• peptidové fragmenty metabolismus   MeSH
• protein 1 související s LDL-receptory * metabolismus   MeSH
• proteiny tau * metabolismus   MeSH
• tauopatie * metabolismus   patologie   etiologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• přehledy MeSH