V tomto sdělení popisujeme národní infrastrukturu výzkumných biobank BBMRI_CZ. Infrastruktura byla založena Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy a stala se partnerem evropské infrastruktury biobank BBMRI. Infrastruktura je navržena jako síť biobank, které skladují vzorky získané od asociovaných zdravotnických institucí. Biobanky sestávají z dlouhodobého úložiště (různé typy tkání klasifikované podle diagnózy, peroperační sérum, genomová DNA, RNA) a krátkodobého úložiště (séra pacientů odebíraná v čase). Diskutujeme způsob práce infrastruktury, který musí odpovídat její distribuované povaze: získávání vzorků musí být doprovázeno extrakcí dat z nemocničních informačních systémů a tato data musejí být katalogizována v centrálním indexu pro potřeby vyhledávání. Jelikož BBMRI_CZ slouží pouze pro potřeby vědy a výzkumu, jsou data před uložením do indexu anonymizována. Index je poté k dispozici registrovaným výzkumným pracovníkům, kteří mohou o vybrané vzorky podat žádosti správcům biobank. Článek poskytuje přehled struktury dat uložených v indexu. Diskutujeme také monitorovací systém biobank, který je do BBMRI_CZ začleněn pro dohled nad dodržováním kvality uskladnění vzorků.
We introduce the national research biobanking infrastructure, BBMRI_CZ. The infrastructure has been founded by the Ministry of Education and became a partner of the European biobanking infrastructure BBMRI.eu. It is designed as a network of individual biobanks where each biobank stores samples obtained from associated healthcare providers. The biobanks comprise long term storage (various types of tissues classified by diagnosis, serum at surgery, genomic DNA and RNA) and short term storage (longitudinally sampled patient sera). We discuss the operation workflow of the infrastructure that needs to be the distributed system: transfer of the samples to the biobank needs to be accompanied by extraction of data from the hospital information systems and this data must be stored in a central index serving mainly for sample lookup. Since BBMRI_CZ is designed solely for research purposes, the data is anonymised prior to their integration into the central BBMRI_CZ index. The index is then available for registered researchers to seek for samples of interest and to request the samples from biobank managers. The paper provides an overview of the structure of data stored in the index. We also discuss monitoring system for the biobanks, incorporated to ensure quality of the stored samples.
- Klíčová slova
- biobanka, výzkum rakoviny,
- MeSH
- banky biologického materiálu * organizace a řízení MeSH
- biomedicínský výzkum organizace a řízení MeSH
- databáze genetické MeSH
- databáze jako téma * organizace a řízení MeSH
- interinstitucionální vztahy MeSH
- laboratorní medicína * organizace a řízení MeSH
- lidé MeSH
- odběr biologického vzorku metody MeSH
- systémy řízení databází MeSH
- ukládání a vyhledávání informací metody MeSH
- výzkum organizace a řízení MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- databáze MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- MeSH
- biopsie metody trendy MeSH
- hematologické nádory MeSH
- laboratorní medicína metody organizace a řízení trendy MeSH
- lidé MeSH
- soudní patologie metody organizace a řízení trendy MeSH
- společnosti lékařské MeSH
- vládní organizace MeSH
- výchova a vzdělávání metody organizace a řízení trendy MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- rozhovory MeSH
- Geografické názvy
- Slovenská republika MeSH
- MeSH
- chybná diagnóza MeSH
- laboratorní medicína metody organizace a řízení zákonodárství a právo MeSH
- lidé MeSH
- mezioborová komunikace MeSH
- pitva metody zákonodárství a právo MeSH
- soudní lékařství metody organizace a řízení zákonodárství a právo MeSH
- soudní patologie metody organizace a řízení zákonodárství a právo MeSH
- úrazy a nehody MeSH
- vražda MeSH
- zákonodárství jako téma MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
- MeSH
- akademie a ústavy organizace a řízení MeSH
- biopsie metody využití MeSH
- elektronová mikroskopie využití MeSH
- histologické techniky metody MeSH
- imunohistochemie metody využití MeSH
- laboratorní medicína * metody organizace a řízení MeSH
- lidé MeSH
- nemocnice fakultní organizace a řízení MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
