- MeSH
- darování oocytu MeSH
- dospělí MeSH
- genetické nemoci vrozené * diagnóza klasifikace patofyziologie MeSH
- infertilita MeSH
- lidé MeSH
- náhradní matky MeSH
- preimplantační diagnóza MeSH
- primární ovariální insuficience genetika MeSH
- telomerasa fyziologie genetika MeSH
- telomery * fyziologie genetika MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
Cíl studie: Zhodnocení kaskádového vyšetření metodami kvantitativní fluorescenční PCR (QF-PCR – quantitative fluorescence PCR) a SNP array (single nucleotide polymorphism array) při identifikaci chromozomálních abnormalit u potracených plodů. Soubor a metodika: V průběhu let 2018–2020 bylo v laboratořích Gennetu zpracováno 1 094 vzorků potracených plodů. Standardní schéma kaskádového vyšetření zahrnovalo screening základních aneuploidií metodou QF-PCR setem Omnibor (STR markery 13, 18, 21, X a Y), setem SAB-nadstavba I (STR markery 2, 7, 15, 16, 22), setem SAB-nadstavba II (od listopadu 2019, STR markery 4, 6, 14) a následně vyšetření metodou SNP array (Illumina). U všech vzorků bylo provedeno ověření/vyloučení maternální kontaminace. Výsledky: Po vyloučení maternální kontaminace (32 % vzorků) bylo metodou QF-PCR vyšetřeno 742 vzorků, 469 (63,2 %) z nich mělo negativní nález a 273 (36,8 %) patologický nález. Vzorky 469 plodů s negativním QF-PCR nálezem byly následně vyšetřeny metodou SNP array. Normální ženský/mužský profil byl potvrzen u 402 plodů (85,7 %), chromozomální aneuploidie a velké chromozomální aberace (delece/duplikace > 10 Mb) u 51 vzorků (10,9 %). U 16 (3,4 %) vyšetřených plodů byla nalezena mikrodelece nebo mikroduplikace, ve dvou případech se jednalo o patogenní mikrodelece a ve 14 o variantu nejasného významu bez přímé souvislosti s abortem. Byl potvrzen statisticky významný vyšší záchyt chromozomálních aberací u plodů žen s věkem > 35 let. Mezi skupinami vyšetřených abortů u gravidit po spontánní koncepci a po in vitro fertilizaci nebyl prokázán statisticky významný rozdíl. Závěr: Kaskádovým vyšetřením metodami QF-PCR a SNP array byla objasněna genetická příčina u 43 % všech vyšetřených abortů. Záchyt chromozomálních abnormalit u časných abortů v I. trimestru byl 50,4 %.
Objective: The evaluation of quantitative fluorescence PCR (QF-PCR) and single nucleotide polymorphism array (SNP array) analysis for the identification of chromosomal abnormalities in products of conception (POC). Materials and methods: A total of 1,094 POC samples were processed at Gennet in the years 2018–2020. Chromosomal aneuploidies were tested by QF-PCR using a Omnibor set (STR markers 13, 18, 21, X a Y), SAB-I set (STR markers 2, 7, 15, 16, 22), SAB-II set (from November 2019, STR markers 4, 6, 14) followed by SNP array analysis (Illumina) on samples with a negative QF-PCR result. All POC samples were tested for maternal contamination. Results: After exclusion of maternal contamination (32% samples) the total number of 742 POC samples were tested by QF-PCR. Chromosomal aneuploidies were found in 273 POC samples (36.8%). Then, 469 QF-PCR negative POC samples were tested by SNP array analysis. Normal female/male profile was confirmed in 402 samples (85.7%) and chromosomal aneuploidies and chromosomal aberrations (deletion/duplication > 10 Mb) in 51 samples (10.9%). Microdeletion/microduplication was found in 16 POC samples (3.4%), two were classified as pathogenic variants and 14 as variants of unknown significance. In a group of women > 35 years of age, statistically significant increase of the chromosomal abnormalities was confirmed. No statistically significant difference between the in vitro fertilization group and the group of spontaneous conception was found. Conclusion: The application of the molecular work-up based on the stepwise use of QF-PCR and SNP array clarifies the cause of the abortion in 43% POC samples. The overall detection rate in the I. trimester was 50.4%.
Cíl studie: Retrospektivní analýza přínosu jednotlivých segmentů screeningu vrozených vad s využitím vyšetření volné DNA v mateřské plazmě (NIPT) a vytvoření modelu kontingentního NIPT screeningu na základě výsledku kombinovaného testu v I. trimestru (FTS). Materiál a metody: Z celkem 460 prenatálních nálezů v období 2017 – 2019 jsme u 161 trizomií č. 21 (T21) a 53 trizomií č. 18 (T18) hodnotili podíl výsledků FTS, NIPT, integrovaného testu a ultrazvukových (UZ) nálezů ve II. trimestru na indikacích. Výsledky 24 052 FTS ve stejném období jsme rozdělili do tří kontingentů: 1) s rizikem > 1/100, ultrazvukovým nálezem nebo atypií markerů (vysoké riziko - indikace invazivního vyšetření), 2) s rizikem v rozmezí 1/100 – 1/500 (intermediární riziko - indikace NIPT) a 3) s rizikem v rozmezí 1/501 – 1/2 500 (střední riziko - indikace integrovaného testu). Výsledky: U 161 případů T21 bylo 85 % diagnóz indikováno vysokým rizikem FTS, 7,5 % pozitivním výsledkem NIPT, 4,5 % výsledkem integrovaného testu a 3 % ultrazvukovým nálezem. Z 53 případů T18 byl FTS indikací u 77 %, výsledek NIPT u 6 %, integrovaný test u 2 % a ultrazvukový nález u 15 %. 3,8 % výsledků FTS bylo v kontingentu s vysokým rizikem, 9,4 % s intermediárním rizikem a 25 % se středním rizikem. Více než 25 % ze všech 460 prenatálních nálezů by nebylo možno NIPT zachytit. Závěr: FTS a ultrazvuk v I. a II. trimestru s následným invazivním vyšetřením těhotných s vysokým rizikem zůstávají základními nástroji prenatální diagnostiky i v případě plošné implementace NIPT v současném standardu. Naše výsledky mohou pomoci pro nastavení plošného kontingentního NIPT screeningu u nás.
Aim of the study: Analysis of the contribution of segments of antenatal screening using non-invasive testing of free DNA in maternal plasma (NIPT). Creating a model of contingent NIPT screening using results of combined first trimester screening (FTS).Material and methods: From total 460 prenatal findings in 2017 – 2019 the contribution of FTS, NIPT and 2nd trimester results to indication of diagnosis of 161 trisomies No. 21 (T21) and 53 trisomies No. 18 (T18) was assessed. The results of 24,052 FTS in the same period were sorted into three contingents: 1) combined risk > 1/100, ultrasound finding or marker atypia (high risk – idicated to invasive procedure), 2) risk 1/100 – 1/500 (intermediate risk indicated to NIPT) and 3) risk 1/501 – 1/2,500 (medium risk indicated to integrated test).Results: In 161 cases of T21 85% were indicated by FTS results, 7.5% by NIPT, 4.5% by integrated test and 3% by ultrasound. In 53 cases of T18 FTS results indicated 77%, NIPT 6%, integrated test 2% and ultrasound 15% cases. 3.8% those screened got into the high risk contingent, 9.4% into the intermediate contingent and 25% into medium risk contingent. More than 25% from all 460 prenatal findings could not be diagnosed by NIPT.Conclusion: FTS and ultrasound in 1st and 2nd trimesters followed by invasive procedure at high risk mothers remain the basic tools of prenatal diagnosis even in the age of widespread implementation of standard NIPT. Our results can help plan whole-population contingent NIPT screening.
Cíl: Cílem práce je shrnutí zkušeností s rozšířeným testováním nosičství autosomálně recesivně dědičných chorob v rámci prekoncepční péče především u párů s poruchami plodnosti nebo opakovanými těhotenskými ztrátami. Metody: CarrierTest je na našem pracovišti vyvinutý test založený na amplikonovém sekvenování kritických oblastí 77 genů k detekci 835 patogenních mutací způsobujících více než 61 dědičných chorob a stavů. Výsledky: Ve sledovaném období jsme vyšetřili celkem 10 752 jedinců z vyšetřovaných párů. Celkem bylo zjištěno 3899 případů nosičství patogenních variant, nejčastěji v genech: GJB2 (4,9 % osob), CFTR (3,6 %), SERPINA1 (2,6 %), DHCR7 (2,6 %), SMN1 (2,5 %), PAH (2,3 %), NBN (1,8 %), CYP21A2 (3,3 %), ATP7B (1,2 %), PMM2 (1,1 %), ACADVL (1,1 %) a ACADM (1 %). U 67 párů (1,25 %) bylo prokázáno vysoké riziko závažného autosomálně recesivního onemocnění, nejčastěji se jednalo u obou partnerů o nosičství mutací genů: GJB2 (18×), CFTR (13×), SMN1 (6×), CYP21A2 (6×),SERPINA1 (3×), PAH (3×), MEFV (3×), DHCR7 (2×), PMM2 (2×), ACADVL (2×), ACADM (2×), HEXA (2×) a ARSA (2×). Závěr: Výsledek CarrierTestu dává párům informaci o rizicích pro jejich potomky. Závažnost nálezů a zjištěných rizik se liší u jednotlivých genů i u různých mutací v těchto genech. Výsledky tedy musí být posouzeny a sděleny klinickým genetikem tak, aby se páry mohly rozhodnout o vhodném dalším postupu. Možná preventivní opatření zahrnují preimplantační genetické testování, prenatální diagnostiku, ale i postnatální diagnostiku (včetně novorozeneckého screeningu) s následující včasnou léčbou.
Objective: To evaluate the introduction of expanded carrier screening for disorders with autosomal recessive inheritance within the frame of preconception care particularly in couples with infertility or recurrent pregnancy loss.Methods: CarrierTest is a custom designed test based on amplicon sequencing of target regions in 77 genes for detection of 835 pathogenic mutations causing more than 61 inherited disorders.Results: We have examined 10752 individuals from the investigated couples during the period considered. In total we have detected 3899 pathogenic variants, most often in following genes: GJB2 (in 4.9% of individuals), CFTR (3.6%), SERPINA1 (2.6%), DHCR7 (2.6%), SMN1 (2.5%), PAH (2.3%), NBN (1.8%), CYP21A2 (3.3%), ATP7B (1.2%), PMM2 (1.1%), ACADVL (1.1%)and ACADM (1%). We have found a high risk of autosomal recessive disorder in 67 couples (1.25%), most often both partners were carriers of mutations in GJB2 (18×), CFTR (13×), SMN1 (6×),CYP21A2 (6×), SERPINA1 (3×), PAH (3×), MEFV (3×), DHCR7 (2×), PMM2 (2×), ACADVL (2×), ACADM (2×), HEXA (2×) and ARSA (2×). Conclusion: Results of CarrierTest provide the couples with information about the risk for their offspring. The severity of the risk differs depending on the gene and exact mutations. The findings thus must be assessed and communicated by a clinical geneticist so that couples can make informed decisions about further actions. The available preventive measures include preimplantation genetic testing, prenatal diagnosis as well as postnatal diagnosis (including prenatal screening) for early treatment.
Klinická genetika v 21. století je spojena s preventivní, predikční, terapeutickou a reprodukční aplikací genomiky. Jejím základem je stanovení individuálního germinálního genomu a sledování dynamické a tkáňově specifické regulace jeho aktivity (epigenomika, transkriptomika) a translace (proteomika, metabolomika), které mohou být ovlivněné získanými somatickými mutacemi a zevním prostředím. Tento "multiomický“ přístup je základnou jak pro populační preventivní programy, tak pro precizní medicínu umožňující individuální preventivní a terapeutický přístup. Kromě preventivní informace (včetně zabránění přenosu klinicky významné varianty pomocí preimplantační a prenatální diagnostiky nebo genomové editace) a využití v precizní léčbě může genomická informace fatálně ovlivnit život nositele. I když se zásadně změní požadavky na klinickou erudici klinických genetiků, vždy musejí být zachovány zásady genetické konzultace: nedirektivnost, respektování práva odmítnout informaci a zachování lékařského tajemství.
Clinical genetics in the 21st century is associated with the prevention, prediction, therapeutic and reproductive application of genomics. Its basis is the determination of the individual germinal genome and the monitoring of dynamic and tissue-specific regulation of its activity (epigenomics, transcriptomics) and translation (proteomics, metabolomics) influenced by acquired somatic mutations and environment. This "multi-omic" approach is the basis for both population preventive programs and precise medicine, allowing individual preventive and therapeutic approaches. In addition to preventive information (including the prevention of transmission of clinically relevant variants by preimplantation and prenatal diagnostics or genome editing) and use in precision treatment, genomic information may have a fatal impact on life. While the requirements of erudition are fundamentally altered, the principles of genetic counselling must always be respected: non-directiveness, respecting the right to refuse information and preserving medical secret.
- MeSH
- farmakogenetika MeSH
- genetická terapie MeSH
- genom lidský MeSH
- genomika MeSH
- lékařská genetika * MeSH
- lidé MeSH
- projekt Lidský genom MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- MeSH
- lidé MeSH
- odběr choriových klků * statistika a číselné údaje škodlivé účinky MeSH
- prenatální diagnóza metody MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- rizikové faktory MeSH
- samovolný potrat etiologie MeSH
- těhotenství MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- pozorovací studie MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
