Along with individual's genetic predisposition, host microbiome is an important factor in etiopathogenesis of gastroesophageal reflux disease (GERD), increasing significantly risk of developing esophagitis (RE), Barrett's esophagus (BE), and esophageal adenocarcinoma (EAC). The project aim is to determine markers at the level of microbiome, host genes and their interactions for earlier diagnosis/prediction of BE and EAC The project includes analyses of (1) metagenome and metatranscriptome at several sites of gastrointestinal tract (GIT) in GERD patients, (2) host exome and transcriptome in esophageal tissue in patients with BE/EAC, and (3) genetic profile of GERD patients. Mutations in patient ́s exome/genome and gene expression levels in esophagus tissue will be correlated with microbiome and its functional activity in the GIT and clinical finding with in vivo endomicroscopy. Based on the obtained data, we will propose modification of the standard care regime for GERD patients to avoid progressive/irreversible changes reducing patients ́ life quality or even threating their lives.

Hostitelský mikrobiom spolu s genetickou predispozicí jedince jsou důležitými faktory v etiopatogenezi refluxní choroby jícnu (GERD), která významně zvyšuje riziko rozvoje ezofagitidy (RE), Barrettova jícnu (BE) a adenokarcinomu ezofagu (EAC). Cílem projektu je determinace markerů na úrovni mikrobiomu, genů hostitele a jejich interakcí pro časnější diagnostiku a predikci rozvoje BE a EAC. Projekt obsahuje 3 části: (1) analýzu metagenomu a metatranskriptomu v několika lokalitách gastrointestinálního traktu (GIT) u pacientů s GERD, (2) analýzu hostitelského exomu a transkriptomu ve tkáni jícnu u pacientů s BE/EAC, a (3) analýzu genetického profilu pacientů s GERD a jeho komplikacemi. Mutace v exomu/genomu pacienta a míra exprese genů ve tkáni jícnu budou korelovány s mikrobiomem a jeho funkční aktivitou v GITu a klinickým nálezem doplněným o in vivo endomikroskopii. Na základě získaných dat se pokusíme navrhnout modifikaci standardního režimu péče o pacienty s GERD s cílem předejít pokročilým a ireverzibilním změnám snižujícím kvalitu života pacientů, resp. ohrožujících je na životě.

• Klíčová slova
• sekvenování nové generace, mikrobiom, microbiome, Genetická predispozice, Genetic predisposition, In vivo diagnostika, refluxní choroba jícnu, Barrettův jícen, adenokarcinom jícnu, in vitro diagnostika, Barrett's esophagus, in vitro diagnostics, Next-generation sequencing, Esophageal adenocarcinoma, in vivo diagnostics, metatranskriptom, metatranscriptome, esophageal reflux disease,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

With repeated FDG-PET/CT examinations carried out before, 14 days after the beginning and 4 weeks after the completion of neoadjuvant chemotherapy for adenocarcinoma of the esophagus or esophago-gastric junction, we will examine how correlates the decrease of tumor metabolic activity, expressed as a decrease of consumption of 18-FDG in tumor tissue (rated according to criteria PERCIST 1.0) early (14 days) after the start of neoadjuvant therapy with the degree of histopathologic tumor regression on the definitive histopathologic examination after operation that will follow the completion of neoadjuvant therapy. In the case of confirmation of the correlation, we set the threshold of decline of the tumor metabolic activity, through which we can distinguish with reasonable accuracy patients who will respond well to preoperative chemotherapy from patients resistant to these therapy early in the course of the treatment.

Pomocí opakovaného FDG-PET/CT vyšetření, provedeného před, 14 dnů po začátku a 4 týdny po ukončení neoadjuvantní chemoterapie u adenokarcinomu jícnu nebo EGJ budeme zjišťovat, jak koreluje pokles metabolické aktivity tumoru vyjádřený poklesem konzupce 18-FDG v nádorové tkáni (hodnoceným podle PERCIST 1.0 kriterií) včasně (14 dnů) po začátku neoadjuvantní léčby s mírou histopatologické regrese tumoru v definitivním histologickém resekčním preparátu po operaci, která bude následovat po ukončení neoadjuvantní léčby. V případě potvrzení předpokládané korelace stanovíme prahovou hodnotu poklesu metabolické aktivity tumoru, pomocí které s dostatečnou spolehlivostí můžeme včasně odlišit pacienty, kteří budou dobře reagovat na předoperační CHT od pacientů rezistentních na tuto léčbu.

• MeSH
• adenokarcinom farmakoterapie   MeSH
• fluorodeoxyglukosa F18 MeSH
• gastroezofageální junkce MeSH
• imunohistochemie MeSH
• nádory jícnu farmakoterapie   MeSH
• neoadjuvantní terapie MeSH
• počítačová rentgenová tomografie MeSH
• pozitronová emisní tomografie MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• prognóza MeSH
• staging nádorů MeSH
• výsledek terapie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• gastroenterologie
• farmakoterapie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR