• MeSH
• gastrointestinální nemoci mikrobiologie   MeSH
• mikrobiota MeSH
• střevní mikroflóra MeSH
• střevní sliznice MeSH
• Publikační typ
• sborníky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie

• MeSH
• metabolom MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• mikrobiota * MeSH
• střevní mikroflóra MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• kolektivní monografie

O léčbě nehojících se ran se diskutuje celá staletí jak mezi zdravotníky, tak i samotnými laiky. Aktuálně se více orientujeme i na celkové psychosomatické nastavení organizmu. Pozornost v léčbě ran směřuje především k vlhkému hojení a současně k možnostem celkového přenastavení imunitního systému, zejména v souvislosti s dosud známými poznatky o vzájemných vlivech mikrobiomu a emocí.

The treatment of non-healing wounds has been debated for centuries, both among medical professionals and laymen themselves. We are currently focusing more on the overall psychosomatic setting of the organism. Attention in the treatment of wounds is directed mainly to moist healing and at the same time to the possibilities of a general readjustment of the immune system, especially in connection with the hitherto known knowledge about the mutual effects of the microbiome and emotions.

• MeSH
• chronická nemoc klasifikace   ošetřování   psychologie   rehabilitace   terapie   MeSH
• emoce MeSH
• hojení ran fyziologie   imunologie   MeSH
• psychosomatické poruchy MeSH
• střevní mikroflóra fyziologie   imunologie   MeSH
• výsledek terapie MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

• MeSH
• mikrobiologické jevy * MeSH
• mikrobiologie životního prostředí * MeSH
• Publikační typ
• periodika MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• environmentální vědy

Úsilí o nalezení účinného preventivního nástroje diabetu 1. typu (T1D) dosud selhává. Kazuistická sdělení ukazují, že bezlepková dieta (GFD) může vést ke kompletní remisi diabetu 1. typu v období bezprostředně po jeho manifestaci, účinnost GFD na zmírnění průběhu autoimunitní inzulitídy byla prokázána též na myším modelu. Primárním cílem projektu je prokázat, zda GFD zahájená bezprostředně po manifestaci T1D ovlivní reziduální kapacitu beta buněk v porovnání s kontrolní skupinou. Testovanou hypotézou je možnost prezervace beta buněk (vyjádřená pomocí poklesu AUC C-peptidu při testu smíšenou stravou) zavedením GFD. Sekundárními cíli je posouzení efektu GFD na imunitní systém a na střevní mikrobiom. Vliv specifické kombinace mikrobiálního osídlení střeva bude následně testován na modelu germ-free NOD myší. Průkaz účinnosti GFD na kapacitu reziduálních beta buněk by otevřel nové možnosti prevence T1D.; An effective prevention from T1D is presently unknown. The primary objective of this study is to test whether gluten-free diet (GFD) instituted in children shortly after T1D onset can decelerate the decline in beta cell function as compared to age and gender-matched controls. Our hypothesis is that GFD since diabetes onset will help preserve the beta cell mass and function, which will be observable by a reduction in C-peptide AUC decline in mixed-meal tolerance test relative to the normal diet group. Secondary objectives are: 1) to investigate whether GFD modifies the immune parameters; 2) to assess the differences in fecal microbiome between children on normal diet and children on GFD, 3) to investigate the effect of gut microbiome transfer from children on GFD with the extremes of beta-cell loss to germ-free NOD mice in an attempt to replicate the difference in response to GFD observed in humans. The identification of a nutritional factor in T1D would - upon proper replication in other studies - open avenues towards implementing a simple and well established T1D intervention.

• MeSH
• beta-buňky MeSH
• bezlepková dieta MeSH
• diabetes mellitus 1. typu dietoterapie   prevence a kontrola   MeSH
• dítě MeSH
• experimentální diabetes mellitus MeSH
• gnotobiologické modely MeSH
• imunita MeSH
• lidé MeSH
• myši inbrední NOD MeSH
• střevní mikroflóra MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• hodnotící studie MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• pediatrie
• diabetologie
• nutriční terapie, dietoterapie a výživa
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Cílem projektu je posoudit využitelnost vysokoúčinných metod paralelního sekvenování (HTS – high-throughput sequencing) jako nástroje pro komplexní charakterizaci dynamiky mikrobiomu dutiny ústní a tím pro včasnou diagnózu rizika i nástupu parodontitidy a pro sledování postupu léčby. V dlouhodobé studii, sledující dynamiku změn složení orálního mikrobiomu v již ustaveném souboru 20 původně zdravých osob i kontrolní skupiny pacientů s chronickou parodontitidou, bude podrobně zdokumentována transformace „zdravého“ bakteriálního biofilmu na parodontální v průběhu celkem sedmiletého monitorovacího období. Na souboru 60 pacientů s agresivní parodontitidou léčených dvěma různými standartními postupy bude HTS využita pro monitorování orálního mikrobiomu v průběhu vlastní terapie i v následném období. Porovnání výstupů obou experimentů poskytne informaci, zda a jak se liší kompozice subgingiválního biofilmu u chronické a agresivní parodontitidy. Pro uživatelská medicínská pracoviště bude vypracován komplexní metodický postup pro včasnou diagnózu i monitorování průběhu léčby.; The aim of the project is to evaluate the applicability of high throughput sequencing (HTS) as a tool for complex characterization of oral microbiome dynamics and thus for early diagnosis of risk and onset of periodontitis and for monitoring of treatment. The 7-year long-term study exploring the dynamics of changes in the oral microbiome composition in already established group of 20 initially healthy subjects and a control group of patients with chronic periodontitis will document in detail the transformation of "healthy" bacterial biofilm into the periodontal one. The HTS will be employed also for monitoring of oral microbiome during and after the therapy of a group of 60 patients with aggressive periodontitis treated by either of two standard procedures. Comparison of outputs of both experiments will reveal, whether the composition of subgingival biofilm differs in chronic and aggressive periodontitis. The complex methodological procedure for HTS integration into system of early diagnosis and treatment of patients with periodontitis will be developed.

• MeSH
• agresivní parodontitida mikrobiologie   MeSH
• biofilmy MeSH
• chronická parodontitida mikrobiologie   MeSH
• mikrobiota MeSH
• stomatologie MeSH
• ústa mikrobiologie   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH

• Konspekt
• Stomatologie
• NLK Obory
• zubní lékařství
• genetika, lékařská genetika
• bakteriologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Přes obrovské úsilí věnované vývoji molekulárních prediktivních a prognostických modelů kolorektálního karcinomu (CRC) mají tyto jen okrajově lepší výsledky než standardně klinicky používané rizikové faktory. Důvodem je nádorová heterogenita na jedné straně a neschopnost molekulárního profilování popsat další důležité faktory, jako je mikroprostředí nádoru, včetně střevní mikroflóry. Jsme přesvědčeni, že mikroflóra a její interakce s imunitním systémem zůstává jedním z chybějících kousků v puzzle heterogenity CRC. V tomto projektu budeme prospektivně sbírat vzorky pacientů s kolorektálním karcinomem stadia II a III a charakterizovat je z pohledu molekulární patologie, imunitního profilu a složení střevní mikroflóry. Výsledky povedou k identifikaci vysoce rizikových mikrobiálně-imunitně-molekulárních CRC patofenotypů, které přispějí k významnému vylepšení klasifikace CRC a k objevu nových, nebo vylepšení stávajících prediktivních a prognostických ukazetelů.; Despite an enormous effort, the current molecular predictive and prognostic classifiers of colorectal cancer (CRC) are only marginally better than standard clinical risk factors. The reasons why lie in the tumour heterogeneity on one side and on inability of tumour molecular profiling to capture several other aspects that might be equally important, such as tumour microenvironment, including gut microbiota. We believe that microbiota and its interaction with immune system remains one of the missing pieces in the puzzle of CRC heterogeneity characterization. In this project, samples from patients with primary CRC will be assessed from different perspectives (tumour molecular pathology, stroma, immune cells, microbiota). The results will lead to identification of high-risk microbial-immune-molecular CRC pathophenotypes, which will contribute to a significant refinement of colorectal carcinoma classification and to the discovery of new / improvement of existing predictive and prognostic markers.

• MeSH
• Bacteria MeSH
• fenotyp MeSH
• imunita MeSH
• kolorektální nádory diagnóza   imunologie   mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• nádorové mikroprostředí MeSH
• rizikové faktory MeSH
• střevní mikroflóra MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• koloproktologie
• onkologie
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Hostitelský mikrobiom spolu s genetickou predispozicí jedince jsou důležitými faktory v etiopatogenezi refluxní choroby jícnu (GERD), která významně zvyšuje riziko rozvoje ezofagitidy (RE), Barrettova jícnu (BE) a adenokarcinomu ezofagu (EAC). Cílem projektu je determinace markerů na úrovni mikrobiomu, genů hostitele a jejich interakcí pro časnější diagnostiku a predikci rozvoje BE a EAC. Projekt obsahuje 3 části: (1) analýzu metagenomu a metatranskriptomu v několika lokalitách gastrointestinálního traktu (GIT) u pacientů s GERD, (2) analýzu hostitelského exomu a transkriptomu ve tkáni jícnu u pacientů s BE/EAC, a (3) analýzu genetického profilu pacientů s GERD a jeho komplikacemi. Mutace v exomu/genomu pacienta a míra exprese genů ve tkáni jícnu budou korelovány s mikrobiomem a jeho funkční aktivitou v GITu a klinickým nálezem doplněným o in vivo endomikroskopii. Na základě získaných dat se pokusíme navrhnout modifikaci standardního režimu péče o pacienty s GERD s cílem předejít pokročilým a ireverzibilním změnám snižujícím kvalitu života pacientů, resp. ohrožujících je na životě.; Along with individual's genetic predisposition, host microbiome is an important factor in etiopathogenesis of gastroesophageal reflux disease (GERD), increasing significantly risk of developing esophagitis (RE), Barrett's esophagus (BE), and esophageal adenocarcinoma (EAC). The project aim is to determine markers at the level of microbiome, host genes and their interactions for earlier diagnosis/prediction of BE and EAC The project includes analyses of (1) metagenome and metatranscriptome at several sites of gastrointestinal tract (GIT) in GERD patients, (2) host exome and transcriptome in esophageal tissue in patients with BE/EAC, and (3) genetic profile of GERD patients. Mutations in patient ́s exome/genome and gene expression levels in esophagus tissue will be correlated with microbiome and its functional activity in the GIT and clinical finding with in vivo endomicroscopy. Based on the obtained data, we will propose modification of the standard care regime for GERD patients to avoid progressive/irreversible changes reducing patients ́ life quality or even threating their lives.

• Klíčová slova
• sekvenování nové generace, mikrobiom, microbiome, Genetická predispozice, Genetic predisposition, In vivo diagnostika, refluxní choroba jícnu, Barrettův jícen, adenokarcinom jícnu, in vitro diagnostika, Barrett's esophagus, in vitro diagnostics, Next-generation sequencing, Esophageal adenocarcinoma, in vivo diagnostics, metatranskriptom, metatranscriptome, esophageal reflux disease,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Psoriáza je chronické autoimunitní kožní onemocnění neznámé etiologie, které je spojeno s dysregulací buněk imunitního systému a hyperproliferací keratinocytů. Psoriázou jsou postižena 2-3 % populace a na jejím vzniku se výrazně podílí faktory životního prostředí. Předpokládáme, že složení kožního mikrobiomu je jedním z důležitých faktorů pro vznik i progresi psoriázy. Naším hlavním cílem je nalézt nové biomarkery psoriázy, které by bylo možné využít v preventivní medicíně a skríningu. Budeme hledat specifické bakterie, které psoriázu přímo ovlivňují nebo by mohly být přímo využity v sekundarní prevenci a dosud nebyly popsány. Kromě toho budeme sledovat, jak změny ve složení kožní mikrobioty u léčených a neléčených pacientů s psoriázou ovlivňují patogenezi tohoto onemocnění. Dále budeme sledovat, zda je porušení střevní bariéry příčinou chronického systémového zánětu u pacientů s psoriázou. Pochopení vztahu mezi mikrobem a hostitelem nám umožní lépe porozumět patogenezi psoriázy, odhalit rizikové faktory a vyvinout nové preventivní postupy.; Affecting 2-3% of population, psoriasis is a chronic, autoimmune skin disease that involves dysregulated interplay between immune cells, keratinocytes and environmental triggers. We hypothesize that skin microbiome composition is the crucial aspect for psoriasis induction and perpetuation. Our main goal is to find new markers associated with psoriasis that could be included in preventive medical care and screening. We will search for bacterial species, which contribute to the disease or which could be used in the secondary prevention and which has not been characterized yet. Our next goal is to find out the alterations in microbiome in skin affected by psoriasis and in unaffected areas in patients after local and systemic treatment. Moreover, we will study intestinal barrier disruption as possible cause of systemic low-grade inflammation in psoriasis. Elucidation of the host-microbe interactions could help us to better understand the pathogenesis, discover the risk factors and provide new approaches in the prevention of psoriasis.

• MeSH
• antibakteriální látky MeSH
• Bacteria MeSH
• biologické markery MeSH
• idiopatické střevní záněty MeSH
• intestinální absorpce MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• kůže MeSH
• mikrobiota MeSH
• psoriáza diagnóza   prevence a kontrola   MeSH
• rizikové faktory MeSH
• sekundární prevence MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• dermatovenerologie
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• diagnóza MeSH
• genetika člověka MeSH
• genomika MeSH
• mikrobiota MeSH
• mitochondriální DNA MeSH

• Konspekt
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• kolektivní monografie