• MeSH
• biologie MeSH
• lékařská genetika MeSH
• molekulární medicína MeSH

• Konspekt
• Lékařské vědy. Lékařství
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• NLK Obory
• biologie
• NLK Publikační typ
• učebnice vysokých škol

Nádory ledvin jsou dle současných histopatologických kritérií děleny na řadu podtypů, ale po této stratifikace není u podtypů biologické chování a zejména reakce na moderní a drahou biologickou léčbu cílenou na angiogenezi nádorů stejná. Nejsme tedy schopni predikovat reakci na tuto léčbu a podáváme ji často zbytečně. Cílem práce je stanovit genetické změny u vybraných typů nádorů (zejména méně obvyklých s potenciálně maligním chováním) s cílem predikovat odpověď na léčbu. Metodika práce bude následující: U vybraných nádorů ledvin léčených chirurgicky (a tím se získaným histologickým materiálem) ve FN Plzeň od roku 2003 (od kdy rutinně zamražuje části tumorů) do 2013 s maligním průběhem bude provedeno molekulárně-genetické vyšetření (FISH, array CGH) pro detekci VEGF, VEGFr, onkogenů a tumorsupresorových genů (VHL atd.). Vše bude srovnáno dle možností s efektem biologické léčby (inhibitory tyrosinkinázy, m-TOR inhibitory).; Kidney tumours are devided according to the contemporary histopathological criteria on many subtypes, but according to this stratification their biological behavior and especially reaction to a modern and expensive biological therapy targeted at the angiogenesis of tumours is not similar. We are not able to predict the reaction to this therapy and we give it often uselessly. The aim of the study is to determine genetic changes in selected types of tumour (especially less common ones wih potentially malignant behaviour) and to predict the response to the therapy. The methodical procedure: There will be performed molecular-genetic examinations (FISH, array CGH) for detection of VEGF, VEGFr, oncogenes and tumour- suppressor genes (VHL, etc.) in selected kidney tumours treated surgically (and thereby gained histological material) at University hospital Pilsen from 2003 (from which we routinely freeze samples of tumours) to 2013 with malignant progress. Everything will be compared with the effect of biolog

• MeSH
• biologická terapie MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• exprese genu genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• karcinom z renálních buněk diagnóza   genetika   klasifikace   MeSH
• látky indukující angiogenezi analýza   MeSH
• mezioborová komunikace MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• nádory ledvin diagnóza   genetika   klasifikace   MeSH
• prognóza MeSH
• receptory vaskulárního endoteliálního růstového faktoru analýza   MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• nefrologie
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• chromozomy MeSH
• cytogenetika MeSH
• genomika MeSH
• terminologie jako téma MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína.
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• kolektivní monografie

• Publikační typ
• monografie MeSH

Využití čipových technologií,cytogenetiky a molekulární genetiky pro studium genových a chromozomových změn v nádorovém genomu jedinců s MGUS, AMM, SMM a PCL s cílem porozumět roli genetických změn a aberací při progresi/relapsu a selhání léčby: a)cytogeneticky, metodami FISH a arrayCGH s vysokým rozlišením vyšetřovat genom nemocných s MGUS, AMM, SMM a PCL; b)metodou arrayCGH analyzovat DNA izolovanou z CD138+ plazmocytů s cílem určit nebalancované a kryptické změny; c)studovat aberace chromozomu X, především geny UTX a NUDT11 a chromozomu 1; d)analýza t(4;14) s vyhodnocením počtu kopií a lokalizací genů MMSET a FGFR3; e)analyzovat výskyt aberací genu c-Myc; f)vytypovat znaky podskupiny MGUS s „vysokým rizikem“ maligní transformace v MM; g)analyzovat vztah genových a chromozomových změn se stratifikací MM dle ISS, stupněm/trváním léčebné odezvy, s hladinami NF-kappaB, HGF, osteopontinu, syndecanu-1,DKK-1, poměru RANKL/OPG, MIP-1alfa, ICTP v séru a HLC a vyčlenit „vysoce rizikové“podskupiny MM.; The use of chip technologies, cytogenetic and molecular cytogenetic methods for a study of genetic and chromosomal changes in the cancer genome of individuals with MGUS, AMM, SMM and PCL aimed at understanding the role of genetic changes and aberrations in progression/relapse and treatment failure: a) cytogenetic study of the genome of patients using FISH and high-resolution arrayCGH; b) array CGH analysis of DNA isolated from CD138+ plasma cells aimed at determination of unbalanced and cryptic changes; c) study of aberrations of the X chromosome, mainly UTX and NUDT11 genes, and chromosome 1; d) analysis of t(4;14) and assessment of the MMSET and FGFR3 genes; e) analysis of the frequency of c-Myc gene aberrations; f) identification of features of the MGUS subgroup with high risk of malignant transformation; g)relationship of genetic and chromosomal changes with ISS MM stratification levels of NF-kappaB,DKK-1,RANKL/OPG,MIP-1alpha and HLC pairs.

• MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• cytogenetika MeSH
• lidské chromozomy X MeSH
• lidské chromozomy, pár 1 MeSH
• mnohočetný myelom diagnóza   terapie   MeSH
• monoklonální gamapatie nejasného významu MeSH
• nádorový supresorový protein p53 MeSH
• prognóza MeSH
• recidiva MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• spektrální karyotypizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Genetickou podstatu autismu dnes nejlépe vystihuje model mnoha vzácných variant se silným účinkem. Předmětem projektu je hledání těchto genetických defektů. U zhruba 100 vybraných nepříbuzných pacientů bude provedena analýza mikrodelecí a mikroduplikací (CNV) na SNP arrayích. Nálezy budou bioinformaticky posouzeny a potenciálně zajímavé aberace budou ověřeny a jejich dědičnost bude stanovena nezávislými metodami (MLPA, FISH, array CGH apod.). U 15-20 vybraných nepříbuzných pacientů budou sekvenovány exomy metodami next-generation sequencing. Oba typy analýz poskytnou po odfiltrování běžných polymorfismů dva typy variant: 1) varianty již asociované s autismem, které budou v dané rodině klinicky využitelné, a korelace genotypu s fenotypem přispěje k poznání důsledků těchto vzácných variant, a 2) varianty s nejasným významem, které budou prioritizovány a dále studovány, nebudou bezprostředně klinicky využitelné, ale některé z nich budou moci poukázat na dosud neodhalené geny účastnící se rozvoje autismu.; The genetic basis of autism is best described by the model of multiple rare variants of strong effect. The goal of the project is to identify these defects. About 100 selected unrelated patients will be tested for microdeletions and microduplications (CNVs) using SNP arrays. The findings will be assessed bioinformatically and interesting aberrations will be confirmed and their inheritance independently tested (using MLPA, FISH, array CGH etc.). In about 15-20 unrelated patients exomes will be sequenced using next-generation sequencing. Both analyses will yield, after filtering-out of common polymorphism, two types of variants: 1) clinically usable variants associated with autism (their genotype-phenotype correlation will contribute to the understanding of the effects of these rare variants); and 2) variants of unclear significance, which will be prioritised and further studied - these variants will not be clinically usable, but some of them might point to yet unknown genes playing a role in autism.

• MeSH
• cytogenetické vyšetření MeSH
• exom genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické asociační studie MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• poruchy autistického spektra genetika   MeSH
• rodokmen MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• variabilita počtu kopií segmentů DNA MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• genetika, lékařská genetika
• psychiatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Akutní lymfoblastická leukémie u dětí je léčena kombinovanou chemoterapií, která zahrnuje enzym L-Asparaginázu. Cytotoxický efekt L-Asparaginázy spočívá ve schopnosti depletovat extracelulární asparagin. Leukemické buňky jsou na depleci exogenního asparaginu velmi citlivé pravděpodobně proto, že mají sníženou aktivitu enzymu asparagin syntetázy, která tyto aminokyseliny syntetizuje. Ačkoliv je procento pacientů dosahujících kompletní remise vysoké, relapsy a s nimi související rezistence na terapii zůstávají stále závažným problémem. Dosavadní studie ukazují, že mechanizmus vzniku rezistence na L-Asparaginázu je nezávislý na expresi genu pro asparagin syntetázu. High-throughput metody (microarray, protein bead array a CGH array) nám umožní identifikovat nové geny a také odhalit dráhy, které se účastní vzniku rezistence. Charakterizace nových genů by mohla vést k objasnění procesů vedoucích ke vzniku rezistence na toto chemoterapeutikum a k potenciální stratifikaci pacientů v rámci terapie.; Childhood acute lymphoblastic leukaemia is treated using combined chemotherapy involving L-asparaginase. The cytotoxic effect of L-asparaginase rests on its ability to deplete extracellular asparagine. Leukaemic cells are very sensitive to the depletion of exogenous asparagine, probably due to the reduced activity of asparagine synthetase. Although many patients reach total remission, relapse and resistance to therapy remain a problem. The existing studies show that the mechanism of the development of resistance to L-asparaginase is independent on the expression of the gene for asparagine synthetase. High throughput methods, such as MicroArray, protein bead and CGH array, will enable us to identify new genes and pathways involved in the development of resistance. Characterisation of new genes might clarify the processes resulting in the development of the resistance and to a possible stratification of patients for the purposes of therapy.

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie terapie   MeSH
• asparaginasa MeSH
• dítě MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• molekulární biologie MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• recidiva MeSH
• TOR serin-threoninkinasy MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• pediatrie
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Studium genetických změn v buňkách nádorového genomu nemocných s DLBCL metodami arrayCGH, Q-RT-PCR a imunohistochemie. Doplnění o výsledky klasické cytogenetiky a molekulární cytogenetiky k získání komplexního pohledu na chromosomové a genové změny. a) Na základě předběžných výsledků laboratorně a klinicky detailně analyzovat kandidátní oblasti a geny v nich lokalizované: chromosom 2p a geny REL a BCL11A, chromosom 9p a gen JAK2, chromosom 3 a gen FOXP1, chromosom 8 a gen CMYC, chromosom 18q a gen BCL2.b) Pomocí Q-RT-PCR určit expresi vybraných genů a porovnat se změnami genových kopií. c) Doplnit genetická vyšetření imunohistochemickou detekcí vybraných proteinů a dalších markerů, ke zpřesnění prognostické stratifikace a zařazení heterogenních podskupin DLBCL. d) Na základě komplexnosti vyšetření získat výsledky, které dovolí přesnější stratifikaci nemocných do prognostických podskupin a využítí těchto poznatků pro rutinní klinickou praxi včetně cílené léčby.; The study of genetic changes in cells of the tumor genome of patients with DLBCL using the array CGH, Q-RT-PCR and immunohistochemistry methods to acquire a comprehensive view of genetic changes. a) Based on preliminary results, to perform detailed laboratory and clinical analyses of candidate regions and genes located in them: chromosome 2p and the REL and BCL11A genes, chromosome 9p and the JAK2 gene, chromosome 3 and the FOXP1 gene, chromosome 8 and the CMYC gene, and chromosome 18q and the BCL2 gene. b) To use Q-RT-PCR to determine expression of selected genes and compare this with copy number changes. c) To complete genetic tests with immunohistochemical detection of selected proteins and other markers to refine prognostic stratification and definition of heterogeneous subtypes of DLBCL. d) Based on the comprehensive examinations, to acquire results enabling more precise stratification of patients and the application of these findings in routine clinical practice including targeted therapy.

• MeSH
• cílená genová oprava MeSH
• difúzní velkobuněčný B-lymfom genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• imunohistochemie MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• prognóza MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

1. Centrozomové amplifikace se nachází v maligních plazmatických buňkách a pravděpodobně i v prekurzorech v MM. 2. Tento projekt se věnuje genové analýze (Array-CGH) s detailní expresní analýzou vybraných strukturálních a funkčních genů, které se účastnímitotické disrupce klonálních buněk v MM (RT-PCR). 3. Tento projekt použije RT-PCR a IF barvení pro nalezení nových prognostických markerů, které budou důležité pro diagnózu, klasifikaci a predikci MM.; 1. Centrosome amplification presents in malignant plasma cells and probably in their precursors in multiple myeloma. 2. This project is aimed on gene analysis (Array-CGH) with detailed expression analysis of chosen structural and functional genes, involved in mitotic disruption in clonal cells in MM (RT-PCR). 3. It aims to find by RT-PCR and IF staining new prognostic markers which will be important for diagnosis, classification and prediction of MM development.

• MeSH
• B-lymfocyty MeSH
• centrozom ultrastruktura   MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• mitóza genetika   MeSH
• mnohočetný myelom MeSH
• prognóza MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

1. U cervikálních prekancerózních lézí a karcinomu děložního hrdla byly opakovaně zjištěny specifické genetické abnormality (amplifikace genů hTERC, MYCC), které lze považovat za důležité genetické markery predikující maligní transformaci a progresi onemocnění. 2. V projeku budou vyšetřeny tyto chromozomové abnormality u souboru pacientek z MOÚ v Brně s histologicky potvrzenými prekancerózními "high grade" lézemi pomocí techniky FISH. 3. Výsledky by měly sloužit jako pomocný nástroj ke zjištění, které vzorky obsahují vysoce rizikovou infekci HPV a chromozomové aberace spojené s potenciálem progrese a rakovinného bujení. 4. Pomocí techniky array-CGH budou vyšetřeny vzorky karcinomu děložního hrdla. Cílem je zjištování nových a upřesnění stávajících oblastí amplifikací a delecí genů souvisejících se vznikem tohoto onemocnění.; 1. In cervical precancerous lesion and cervical carcinoma were repeatedly diagnosed specific genetic abnormalities (hTERC and MYCC genes amplifications), which can be considered as important genetic markers predicting malignant transformation and progression of the disease. 2. In this project these chromosomal abnormalities will be examined in group of patients from MMCI Brno with histologically confirmed ?high-grade? precancerous lesions using the FISH technique. 3. The results should serve as a supporting tool for determination of samples containing highly risking HPV infection and chromosomal aberrations linked to potential progression and tumor proliferation. 4. Samples of cervical carcinoma will be examined by the array-CGH technique . The aim isto find new and to confirm known areas of amplifications and deletions of genes linked to the initiation of this disease.

• MeSH
• amplifikace genu MeSH
• časná detekce nádoru MeSH
• cytogenetické vyšetření MeSH
• dysplazie děložního hrdla diagnóza   MeSH
• geny myc MeSH
• nádory děložního čípku diagnóza   MeSH
• prekancerózy diagnóza   MeSH
• progrese nemoci MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• onkologie
• gynekologie a porodnictví
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR