Spinocelulární karcinomy hlavy a krku (HNSCC) jsou pátým nejčastějším solidním nádorem. Prozatím bohužel nebylo dosaženo zlepšení v přežívání pacientů s HNSCC, což je důsledek nedostatku markerů terapeutické odpovědi a vzniku rezistence k léčbě. Rezistence může být významně podpořena fibroblasty asociovanými s nádorem (CAF), které vylučují faktory umožňující přežívání nádorových buněk. Mnohé jsou obsaženy v exosomech. Exosomy uvolňované z CAFs v nádorovém mikroprostředí mohou zvyšovat invazivní chování nádorových buněk a jejich rezistenci. Uvnitř exosomů byla prokázána přítomnost mnoha typů RNA. V tomto projektu chceme prozkoumat obsah RNA v exosomech produkovaných CAF pomocí sekvenování nové generace. Chceme testovat význam exosomálních RNA jako biomarkerů pro klinicky relevantní charakteristiky pacientů s HNSCC indikovaných pro chirurgický zákrok a adjuvantní chemoterapii. Dále bychom chtěli sestavit panel exozomálních RNA, které lze detekovat v žilní krvi pacientů, které reflektují přítomnost maligního tumoru a fenotypu rezistentního k terapii.; Head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) are the fifth most common solid cancer. Unfortunately, no significant improvement has been achieved in HNSCC patient survival due to unpredictable therapy response and therapy resistance which may be significantly supported by cancer-associated fibroblasts (CAFs). CAFs can promote HNSCC by secreting factors with pro-survival effect. Many of these factors may be contained in exosomes. Exosomes released from CAFs in the tumour microenvironment may increase the invasive behaviour of cancer cells and therapy resistance. The presence of many types of RNA within exosomes has been proven. We want to investigate the RNA cargo within CAFs-derived exosomes by using Next-Gen Sequencing. We will test exosomal RNA as biomarkers for clinically relevant characteristics of HNSCC patients indicated for curative surgery and adjuvant chemotherapy. We will compile a panel of exosomal RNAs which can be detected in the venous blood of HNSCC patients and reflect the presence of a malignant tumour and treatment-resistant phenotype.

• Keywords
• sekvenování nové generace, Spinocelulární karcinomy v oblasti hlavy a krku, exosomes, Exosomy, head and neck cancer, fibroblasty asociované s nádorem, kódující a nekódující RNA, cancer-associated fibroblasts, coding and non-coding RNA, Next-Gen Sequencing,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Publikace se zaměřuje na různé aspekty melanomu, včetně mikroprostředí, rezistence a terapie. Určeno odborné veřejnosti.; Publikace mapuje problematiku melanomu od vzniku melanocytů z buněk neurální lišty, vliv embryonálního prostředí na melanocyty a nádorové melanocyty až po vznik melanomu.

• MeSH
• Melanoma MeSH
• Tumor Microenvironment MeSH
• Publication type
• Monograph MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie

• MeSH
• Biology MeSH
• Genetics, Medical MeSH
• Molecular Medicine MeSH

• Conspectus
• Lékařské vědy. Lékařství
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• NML Fields
• biologie
• NML Publication type
• učebnice vysokých škol

Imunoterapie představuje v současné době nejvíce se rozvíjející léčebnou modalitu v onkologii. Efekt checkpoint inhibitorů není omezen na typ nádoru, ale je patrný v celém spektru solidních nádorů (maligní melanom, nádory plic, tumor ledviny, nádory močového měchýře, nádory hlavy a krku, jícnu, žaludku, MSI tumory atd.). Mechanismus účinku imunoterapie spočívá v ovlivnění interakce mezi vlastními imunitními buňkami pacienta a buňkami nádoru. Podle typu nádoru je účinná ale jen u 20-40% pacientů. Proto je zásadně nutné hledat potenciální biomarkery, které by mohly pomoci predikovat odpověď na léčbu imunoterapií. Cílem projektu je na základě genomové analýzy, proteomiky, hodnocení nádorové tkáně, jejího mikroprostředí a imunoprofilu stanovit komplexní profil různých solidních nádorů a korelovat ho s odpovědí na léčbu. Nedílnou součástí je hledání zástupného markeru z periferní krve, který by byl spojen s odpovědí na léčbu a eventuálně umožnil monitoraci efektu terapie během léčby.; Immunotherapy is currently the most evolving treatment modality in oncology. The checkpoint inhibitors efficacy is not limited to the tumor tissue-type, but is evident in the broad range of solid tumors (malignant melanoma, lung, kidney, bladder, head and neck, esophageal, stomach cancer, MSI tumors etc.). Its mechanism of action is to influence the interaction between the patient's own immune system and the tumor. Depending on the type of tumor, immunotherapy is effective only in 20-40% of patients. Therefore, it is crucial to seek for potential biomarkers that could help to predict the response to immunotherapy treatment. The aim of our project is to determine the complex profile of various solid tumors based on genomic analysis, proteomics, evaluation of tumor tissue, its microenvironment and immuneprofile and to correlate it with the response to treatment. An integral part of the research is searching for a peripheral blood surrogate marker associated with treatment response and eventually allowing the monitoring of the therapy efficacy during the treatment.

• Keywords
• biomarker, biomarker, imunoterapie, immunotherapy, prognostic factors, checkpoint inhibitory, prognostické faktory, imunoprofil, checkpoint inhibitors, immunoprofiling, solid tumors, solidní nádory,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

V posledních letech došlo v oblasti protinádorové imunoterapie k mnoha pokrokům a u některých solidních tumorů a hematoonkologických malignit k zavedení této terapie do terapeutických protokolů. Tumor infiltrující T lymfocyty (TILs) existují v závislosti na typu signálů vycházejících z nádorového mikroprostředí v různých funkčních stavech. Nejčastějším typem protinádorové imunoterapie je cílení na inhibiční molekuly imunitních kontrolních bodů jako je např. PD-1 exprimovaný na CD8+ T lymfocytech. Anti PD-1 protilátky jsou účinné v léčbě nemalobuněčných karcinomů plic (NSCLC), renálních karcinomů nebo melanomů. Až u 60-70 % případů se však vyvine rezistence. Selhání imunoterapie se přičítá mnoha faktorům, např. nízké antigenicitě nádorových buněk, lokální imunosupresi či heterogenitě nádoru. V poslední době se zdůrazňuje role dalšího faktoru, ovlivňujícího efekt imunoterapie a chemoterapie: mikrobiota, zejména mikrobiom GIT, mají na imunitní systém silný modulační efekt. Je tedy pravděpodobné, že dysbióza nebo antibiotická léčba mohou rezistenci na protinádorovou léčbu ovlivnit.; During the recent years, cancer immunotherapy has been rediscovered and in some cases of solid and haematological tumours also successfully implemented into the therapeutic strategy. Tumour infiltrating T lymphocytes exists in different functional status, according to different signals arising from tumour microenvironment. The most widely used therapy is targeting immune checkpoint inhibitors like PD-1 expressed on CD8+ T lymphocytes. Anti PD-1 antibodies are effective against non-small cell lung cancer (NSCLC), renal cell carcinoma or advanced melanoma. However, primary resistance was observed in 60-70% of cases. Failure of anticancer therapy is due to many factors as poor intrinsic antigenicity of tumour cells, local immunosuppression or heterogeneity of cancer clones. Recent studies highlighted another key player involved in efficacy of cancer immunotherapy and chemotherapy: microbiota, particularly gut microbioma have strong modulatory effect to immune system. Therefore, dysbiosis or concomitant antibiotic treatment could also influence primary resistance in cancer patients.

• Keywords
• mikrobiom, antibiotika, antibiotics, imunoterapie, immunotherapy, microbioma, probiotika, Probiotics, tumor infiltrující lymfocyty, tumor infiltrating lymphocytes, non small cell lung cancer, nemalobuněčný karcinom plic,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Nekanonické struktury DNA vyskytující se v regulačních oblastech lidského genomu, jako jsou DNA i-motivy, DNA G-kvadruplexy a dvou-řetězcové úseky DNA obsahující nepárující se báze či abazická místa, jsou důležitými cíli pro vývoj protinádorových léčiv. Současné postupy pro identifikaci cílových struktur DNA a vývoj DNA vazebných ligandů (léčiv) nezohledňují vliv specifického vnitrobuněčného prostředí nádorových buněk a neumožňují jednoznačně určit, zda-li je léčivem vyvolaný fenotyp následkem přímé interakce ligandu s vybranou cílovou strukturou DNA. Tyto nedostatky v procesu identifikace cílů protinádorové terapie a vývoje příslušných léčiv mají za následek: i) vysoký podíl potenciálních léčiv, které neuspějí v preklinických testech, ii) nežádoucí vedlejší účinky již zavedených léčiv v klinické praxi a iii) klinické projevy necitlivosti/resistence rakovinných buněk k danému léčivu.; Non-canonical DNA structures in regulatory regions of the human genome, such as DNA i-motifs, DNA G-quadruplexes, and mismatch/abasic sites containing double stranded DNAs, are important therapeutic targets for design and development of anti-cancer drugs. Currently established procedures for the identification of DNA targets and development of DNA-binding ligands/drugs are either based on data that abstracts from the influence of the specific intracellular microenvironment of cancer cells or on data that do not connect the ligand-induced biological phenotype to the direct action of the ligand on the desired DNA target. These shortcomings in the process of the therapeutic target identification as well as in the process of the drug development constitute significant source of bias being in part responsible for: i) high failure-rate of potential drugs in pre-clinical trials, ii) undesirable side-affects of drugs encountered in clinical practice, and iii) clinical manifestations of cancer cells’ drug insensitivity/resistance.

• Keywords
• non-B DNA, in-cell NMR spectroscopy, léčiva vazající DNA, interakce léčivo-DNA in vivo, DNA binding drugs, non-B DNA, in-cell NMR spectroscopy, DNA-ligand interactions in vivo,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Extramedulární relaps (EM) mnohočetného myelomu se stává další překážkou na cestě k lepší kvalitě života u pacientů s mnohočetným myelomem (MM). EM je spojen s agresivním průběhem onemocnění a kratším přežitím. Podstatou EM je schopnost plazmatických buněk vycestovat z kostní dřeně a jejich buď částečná, nebo úplná nezávislost na mikroprostředí kostní dřeně. Tento grant se zaměří na objasnění faktorů spojených s nezávislostí plazmatických buněk na prostředí kostní dřeně a dále na roli nádorového mikroprostředí MM v tomto procesu. Hlavní úlohou je objasnit podstatu vzniku EM a najít jeho možné léčebné cíle.; Extramedullary relapse (EM) of multiple myeloma is becoming another obstacle on the way towards improvement of quality of life of multiple myeloma (MM) patients. EM is characterized by aggressive disease course and shorter survival. EM is caused by the ability of plasma cells to migrate out of the bone marrow and their partial or complete independence from the bone marrow microenvironment. This grant aims to clarify factors coupled with independence of these cells from the bone marrow microenvironment and the role of the MM tumor microenvironment in this process. The aim is to clarify EM pathogenesis and to find its possible druggable targets.

• MeSH
• Cytokines MeSH
• Exosomes MeSH
• Neoplasm Metastasis MeSH
• MicroRNAs MeSH
• Multiple Myeloma complications   MeSH
• Tumor Microenvironment MeSH
• Plasma Cells MeSH
• Recurrence MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Buňky v mikroprostředí nádorů (TME) mohou aktivovat v nádorových buňkách rezistenci a to zejména pokud jsou poškozeny chemoterapií. V tomto projektu se zaměříme na odolnost proti cisplatině, kterou TME uděluje nádorovým buňkám. Buněčná linie FaDu bude kultivována s primárními buněčnými liniemi pocházejícími z nádorové tkáně jednotlivých pacientů s karcinomem hlavy a krku (HNSCC). Bude posuzován vliv kokultivace na rezistenci, invazivitu a migrační kapacitu nádorových buněk. Na základě těchto experimentů navrhneme protokol pro detekci „podporujícího“ nádorového stromatu u jednotlivých HNSCC pacientů, což je důležitý krok v personalizované medicíně HNSCC. U skupin primárních buněčných linií dobře podporujících/nepodporujících chemorezistenci bude poté provedena analýzy buněčné tuhosti (mikroskopie atomárních sil), analýza genové exprese (technologie mikroarray) a změn v profilech aminokyselin (ionexová chromatografie). Hlavním cílem je vybrat spolehlivé markery přítomnosti stromatu podporujícího nádor, které by mohly být detekovány v biologických vzorcích pacientů s HNSCC.; Tumour microenvironment (TME) can activate protecting signalling pathways in tumour cells, especially when TME cells are damaged by chemotherapy. In this project, we will focus on cisplatin resistance conferred to cancer cells by TME. FaDu cells will be co-cultured with primary cell lines derived from tumour tissue of individual head and neck cancer (HNSCC) patients. Effect of co-culture on resistance, invasiveness, and migratory capacity of cancer cells will be assessed. Based on those, we will propose a protocol for detection of tumour-supporting stroma in individual HNSCC patients, which is an important step in personalized medicine of HNSCC. Group of cultures well-supporting and non-supporting chemoresistance will be then analysed for differences in cell stiffness (assessed by atomic force microscopy) and for changes in gene expression (microarray technology) and amino acid profiles (ion-exchange liquid chromatograph). The main aim is to select reliable markers of tumour-supporting stroma detectable in biological samples of HNSCC patients.

• MeSH
• Drug Resistance, Neoplasm MeSH
• Cisplatin MeSH
• Precision Medicine MeSH
• Coculture Techniques MeSH
• Microarray Analysis MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• Cell Line, Tumor MeSH
• Tumor Microenvironment MeSH
• Head and Neck Neoplasms MeSH
• Carcinoma, Squamous Cell MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• farmacie a farmakologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Triple negativní karcinom prsu (TNBC) je pozoruhodně heterogenní subtyp karcinomu prsu charakteristický relativně špatnou prognózou, zejména díky agresivnímu klinickému projevu a nedostatku vhodných molekulárních cílů pro účinnou terapii. V předkládanm projektu bude vyvinuta technologická platforma pro komplexní vyšetření heterogenity TNBC. Bude použit přístup zahrnující víceparametrové analýzy jednotlivých buněk - inovativní metodu hmotnostní cytometrie a konvenční průtokovou cytometrii a separaci. Průtoková cytometrie umožní určit buněčné složení nádoru a heterogenitu nádorové i stromální složky tkáně. Kombinace této nativní analýzy s buněčnou separací umožní izolovat definované buněčné populace a provést analýzu jejich transkriptomu. Dále bude pomocí hmotnostní cytometrie komplexně popsáno mikroprostředí nádoru a analyzovány unikátní fenotypy společně s analýzou jejich signálních drah. Tento přístup umožní identifikovat nové buněčné fenotypy/biomarkery zodpovědné za rozvoj onemocnění a rezistenci vůči terapii, což je základním předpokladem k dosažení lepších léčebných výsledků.; Triple-negative breast cancer (TNBC) is remarkably heterogeneous subtype of breast cancer, with relatively poor outcome due to aggressive clinical behavior and lack of characterized molecular targets for therapy. We will develop a technological platform for complex investigation of the heterogeneity of TNBC. The approach will incorporate multiparametric single cell analysis-innovative single cell mass cytometry and conventional flow cytometry combined with cell sorting. Combination of such analysis with cell sorting will enable to isolate defined subpopulations of cancer cells and analyze their transcriptome. Multiparametric flow cytometry will allow us to determine cellular composition of tumor and heterogeneity of both cancer and stromal compartment. Single cell mass cytometry will be used to determine complexity of tumor microenvironment and to analyze complex signaling pathways in cancer cells. This will allow us to identify phenotypes of the cells responsible for disease progression and therapy resistance, which is an essential condition to achieve better treatment outcomes.

• MeSH
• Phenotype MeSH
• Genetic Heterogeneity MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• Tumor Microenvironment MeSH
• Flow Cytometry MeSH
• Gene Expression Profiling MeSH
• Triple Negative Breast Neoplasms diagnosis   MeSH
• Check Tag
• Female MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR