• MeSH
• RNA, Untranslated * MeSH
• Publication type
• Periodical MeSH

• Conspectus
• Chemie. Mineralogické vědy
• NML Fields
• chemie, klinická chemie
• genetika, lékařská genetika

• MeSH
• Gastrointestinal Neoplasms diagnosis   MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• RNA, Untranslated MeSH
• Gene Expression Profiling MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• gastroenterologie
• biologie
• NML Publication type
• studie

Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) regulují diferenciaci krevních buněk na mnoha úrovních a jejich abnormální exprese tak přispívá k různým hematopoetickým onemocněním. LncRNA se mohou ukázat jako významné diagnostické a prognostické markery přispívajícími k včasné detekci progrese MDS a zlepšení přežití pacientů, či se mohou v budoucnu stát potenciálními terapeutickými cíli. V navrhovaném projektu budou prováděna celogenomová vyšetření hladin lncRNAs u pacientů s MDS a srovnání expresních profilů mezi různými skupinami pacientů s cílem najít lncRNAs s výrazně odlišnými hladinami a potenciálním využitím v diagnostice MDS. Protože znalosti o jednotlivých lncRNA jsou často limitovány na pouhou anotaci transkriptu, budou v rámci projektu dále studovány příčiny, role a důsledky deregulovaných lncRNA pro patogenezi MDS pomocí experimentálních a výpočetních přístupů.; Long non-coding RNAs (lncRNAs) regulate hematopoietic lineage differentiation at almost every stage and their abnormal expression may contribute to various hematopoietic disorders. They may become useful diagnostic and prognostic markers contributing to detection of the MDS progression and increase of the patients' survival, and even potential therapeutic targets in future. In the proposed project, genome-wide screening of lncRNA levels in MDS patients will be employed to compare expression profiles between various risk groups of patients with the aim to find lncRNAs with significantly different levels and relevance to MDS diagnostics. Because the knowledge about individual lncRNAs is often limited to the simple transcript annotation, the causes, roles and consequences of deregulated lncRNAs in the pathogenesis of MDS will be studied by experimental and computational approaches.

• MeSH
• Gene Expression MeSH
• Myelodysplastic Syndromes diagnosis   genetics   MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• RNA, Long Noncoding genetics   adverse effects   MeSH
• Whole Genome Sequencing MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Multiformní glioblastom (GBM) je nejčastějším primárním nádorem mozku s mediánem přežití přibližně 13 měsíců od stanovení diagnózy. Ačkoliv se prognóza u jednotlivých pacientů značně liší, histopatologická vyšetření nejsou schopna individuální riziko předem odhadnout. Proto je velice důležité najít nové molekulární biomarkery umožňující predikovat u pacientů s GBM klinickou odpověď a pomoci tak více individualizovat jejich léčbu. Dlouhé nekódující RNA (lncRNAs) jsou relativně nově objevenou třídou nekódujících regulátorů genové exprese hrající významnou roli v nádorové biologii včetně GBM. Nedávné studie navíc naznačily, že specifická exprese některých lncRNAs se zdá být asociována se stupněm malignity gliomů, stejně tak jako s přežíváním pacientů s GBM. Specifické expresní profily lncRNAs v tkáni GBM by proto mohly představovat potenciální prognostické a prediktivní biomarkery. Pochopení mechanizmů, do nichž jsou tyto lncRNAs u GBM zapojeny, by mohlo vést k vývoji nových terapeutických strategií a zlepšení přežívání pacientů s GBM.; Glioblastoma multiforme (GBM) is the most frequent primary brain tumor with median survival approximately 13 months from diagnosis. The prognosis varies considerably from patient to patient, whereas the histopathological examination has no ability to estimate individual risk of GBM cases. Therefore, it is very important to find new powerful molecular biomarkers enabling prediction of clinical outcome and as a consequence more individualized approach to treatment of GBM patients. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are a relatively new class of non-coding gene regulators playing critical roles in tumor biology, including GBM. Recent studies suggest that specific expression patterns of lncRNAs seem to be associated with grade of glioma as well as with survival of GBM patients. Therefore, specific expression profiles of lncRNAs in tumor tissue indicate potential prognosis and prediction of therapeutic response in GBM. Moreover, understanding the mechanism of lncRNAs function may lead to the development of novel therapeutic strategies and improvement of survival in patients with GBM.

• MeSH
• Glioblastoma genetics   therapy   MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• Prognosis MeSH
• Gene Expression Regulation MeSH
• RNA, Long Noncoding therapeutic use   MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• molekulární biologie, molekulární medicína
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Renální buněčný karcinom (RCC) je nejčastějším nádorovým onemocněním ledvin. Přes značný pokrok v diagnostice je přibližně 20-30 % pacientů diagnostikováno ve stádiu metastatického onemocnění. Kromě toho u dalších 20 % pacientů dochází po nefrektomii k relapsu onemocnění. Mimo prognostické nomogramy založené na klinicko-patologických znacích nádorů není v současnosti žádná senzitivní molekulární biomarker schopný predikovat progresi onemocnění po nefrektomii. Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) hrají klíčové role jak v transkripčních, tak v post-transkripčních regulačních drahách. U mnoha nádorových onemocnění dochází k deregulaci lncRNA, kde mohou být tyto charakteristické expresní profily korelovány s klinicko-patologickými znaky. Zavedení molekulární taxonomie založené na expresi lncRNA by mohlo napomoci lepšímu poznání molekulárního pozadí RCC, včetně implikace v diagnostice a predikci prognózy RCC.; Renal cell carcinoma (RCC) is the most common cancer of adult kidney. Despite advances in diagnosis, about 20–30% of all patients are diagnosed with metastatic disease. In addition, another 20% of patients undergoing nephrectomy will have a relapse and develop metastatic disease during follow-up. Except for prognostic normograms based on clinic-pathological features of RCC with limited predictive power, there are no sensitive molecular biomarkers enabling prediction of relapse after nephrectomy. Long non-coding RNAs (lncRNAs) play key roles in transcriptional and post-transcriptional regulation. Deregulated levels of lncRNA were observed in tumor tissue of wide range of cancers, where can these expression profiles be correlated with clinical and pathological features of RCC. Development of lncRNA expression-based taxonomy will lead to better understanding of molecular basis of RCC and could be introduced in diagnosis and prognosis prediction.

• Keywords
• renální karcinom, diagnostika, dlouhé nekódující RNA, molekulární klasifikace, předpověď prognózy, renal carcinoma, long non-coding RNAs, molecular classification, diagnostics, prognosis prediction,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Plasmocelulární leukemie (PCL) je nejagresivnější formou monoklonálních gamapatií. Je to raritní onemocnění, s incidencí v Evropě jen zhruba 0,04 případů na 100 000 obyvatel za rok. Diagnostická kritéria PCL jsou založena na více než 20 % cirkulujících plazmatických buňkách v periferní krvi a jejich absolutním počtem vyšším než 2x109/l. Tyto hodnoty byly však nastaveny v roce 1974 a kvůli malému množství pacientů nebyly nikdy řádně validovány a mohou podhodnocovat opravdový počet pacientů s PCL. Je tedy možné, že nižší hladina plasmocytózy je dostatečná pro definici této choroby. Zároveň, nekódující molekuly RNA přímo regulují expresi genů, které mohou ovlivnit migraci plazmatických buněk z kostní dřeně do periferní krve. Tento grant se zaměří na redefinování diagnostických kritérií PCL na základě flowcytometrické analýzy cirkulujících plazmatických buněk, změn jejich hladin v závislosti na léčbě a na analýzu nekódujících molekul RNA.; Plasma cell leukemia (PCL) is the most aggressive form of monoclonal gammopathies. It is a rare disease with incidence in Europe of only 0.04 cases per 100 000 people per year. The PCL diagnostic criteria are based on more than 20% of plasma cells in peripheral blood and their absolute count greater than 2x109/L. However, these values were set in 1974; due to very small number of patients, they were not properly validated and may underestimate the real number of PCL patients. Thus, it is possible that lower degree of peripheral plasmocytosis is sufficient to define the disease. At the same time, the so-called non-coding RNA molecules directly regulate expression of genes; thus, the effect of these molecules on changes that allow cPC to migrate out of the bone marrow will be analyzed. This grant aims to redefine diagnostics criteria of PCL based on flowcytometric analysis of circulating plasma cells, changes in their amounts in connection to treatment and on analysis of non-coding RNA molecules.

• MeSH
• Gene Expression MeSH
• RNA, Untranslated MeSH
• Leukemia, Plasma Cell diagnosis   MeSH
• Flow Cytometry MeSH
• Liquid Biopsy MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Spinocelulární karcinomy hlavy a krku (HNSCC) jsou pátým nejčastějším solidním nádorem. Prozatím bohužel nebylo dosaženo zlepšení v přežívání pacientů s HNSCC, což je důsledek nedostatku markerů terapeutické odpovědi a vzniku rezistence k léčbě. Rezistence může být významně podpořena fibroblasty asociovanými s nádorem (CAF), které vylučují faktory umožňující přežívání nádorových buněk. Mnohé jsou obsaženy v exosomech. Exosomy uvolňované z CAFs v nádorovém mikroprostředí mohou zvyšovat invazivní chování nádorových buněk a jejich rezistenci. Uvnitř exosomů byla prokázána přítomnost mnoha typů RNA. V tomto projektu chceme prozkoumat obsah RNA v exosomech produkovaných CAF pomocí sekvenování nové generace. Chceme testovat význam exosomálních RNA jako biomarkerů pro klinicky relevantní charakteristiky pacientů s HNSCC indikovaných pro chirurgický zákrok a adjuvantní chemoterapii. Dále bychom chtěli sestavit panel exozomálních RNA, které lze detekovat v žilní krvi pacientů, které reflektují přítomnost maligního tumoru a fenotypu rezistentního k terapii.; Head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) are the fifth most common solid cancer. Unfortunately, no significant improvement has been achieved in HNSCC patient survival due to unpredictable therapy response and therapy resistance which may be significantly supported by cancer-associated fibroblasts (CAFs). CAFs can promote HNSCC by secreting factors with pro-survival effect. Many of these factors may be contained in exosomes. Exosomes released from CAFs in the tumour microenvironment may increase the invasive behaviour of cancer cells and therapy resistance. The presence of many types of RNA within exosomes has been proven. We want to investigate the RNA cargo within CAFs-derived exosomes by using Next-Gen Sequencing. We will test exosomal RNA as biomarkers for clinically relevant characteristics of HNSCC patients indicated for curative surgery and adjuvant chemotherapy. We will compile a panel of exosomal RNAs which can be detected in the venous blood of HNSCC patients and reflect the presence of a malignant tumour and treatment-resistant phenotype.

• Keywords
• sekvenování nové generace, Spinocelulární karcinomy v oblasti hlavy a krku, exosomes, Exosomy, head and neck cancer, fibroblasty asociované s nádorem, kódující a nekódující RNA, cancer-associated fibroblasts, coding and non-coding RNA, Next-Gen Sequencing,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Mnohočetný myelom (MM) je druhé nejčastější hematoonkologické onemocnění, jehož vývoj probíhá v několika fázích. Vyvíjí se ze stádia monoklonální gamapatie nejasného významu (MGUS) a může progradovat až do agresivní formy MM - extramedulárního relapsu (EM). V periferní krvi byly nalezeny cirkulující molekuly nukleových kyselin, jako jsou dlouhé nekódující molekuly RNA (lncRNA) a volně cirkulující molekuly DNA (cfDNA). Cílem projektu bude sledovat dynamiku těchto molekul s hypotézou, že jejich hladiny odráží progresi MM. Specifické cfDNA pocházejí přímo z nádorových buněk a mohou tedy odrážet průběh onemocnění. Dlouhé nekódující molekuly RNA se mohou stát snadno dostupnými a minimálně invazivními markery progrese MGUS do MM i EM a podle našich předpokladů mohou zlepšit monitorování těchto chorob.; Multiple myeloma (MM) is the second most common hematooncological disease in the world characterized by multi-stage development. MM develops from monoclonal gammopathy of undetermined significance (MGUS) and may progress to aggressive form of MM - extramedullary relapse (EM). Circulating molecules of nucleic acids, such as long non-coding RNA (lncRNA) and cell-free DNA (cfDNA) have been described in peripheral blood. The project aims to monitor dynamics of these molecules with the presumption that their levels mirror MM progression. Specific cfDNA originate directly from tumor cells and may reflect the course of the disease. Long non-coding RNA may become easily accessible and minimally invasive markers of MGUS progression into MM as well as EM. We hypothesize that lncRNA may improve monitoring of these diseases.

• MeSH
• DNA, Neoplasm MeSH
• Multiple Myeloma MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• Neoplastic Cells, Circulating MeSH
• RNA, Long Noncoding MeSH
• Neoplasm Staging MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• biochemie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Celkové přežití nemocných s radikálně operavaným kolorektálním karcinomem je i přes výrazné úspěchy moderní onkochirurgické léčby doplněné onkologickou adjuvantní léčbou zatíženo vysokým procentem nemocných s časnou recidivou, která zhoršuje kvalitu života a zkracuje celkové přežití nemocných. Recidiva souvisí s mikrometastatickým rozsevem malignity. Schopnost nádorového procesu vytvářet mikrometastatickou nemoc je možno obecně chápat jako klíč ke generalizaci procesu a tvorbě makroskopických vzdálených orgánových metastáz. Hlavním záměrem předkládaného projektu je hledat rozdíly v expresi genů hrajících roli při vývoji a vzniku metastatického procesu a identifikovat geny s rozdílným expresním profilem ve tkáních pacientů s dlouhodobou remisí a pacientů s časnou recidivou onemocnění. U vybraných genů provedeme mutační analýzu a všechna získaná data zkorelujeme s klinickým stavem pozorovaných pacientů.; The overall survival of the patients with the colorectal cancer after the radical surgery is despite of the improvement of the modern onco-surgical treatment, which is usualy combined with the oncological adjuvant treatment, still complicated with high portion of patients with the early reccurence, which worsen the quality of life and shorten the overall survival of patients. Reccurence is also connected with micrometastatic disease. The ability of the malignity to form the micrometastases should be considered as a key to the generalization of the disease with the macroscopic metastases in distant organs. The main aim of our project is to identify the differences in the expression of genes which are involved in the formation and development of the metastases and to identify genes with the different expression in the patients with the long disease free interval compared to the patients with the early reccurence. All results will be confronted with the clinical state of patients.

• MeSH
• Gene Expression MeSH
• Pharmacogenetics MeSH
• Fluorouracil MeSH
• Colorectal Surgery MeSH
• Colorectal Neoplasms MeSH
• Quality of Life MeSH
• Neoplasm Metastasis MeSH
• Neoplasm Micrometastasis MeSH
• Liver Neoplasms secondary   MeSH
• Prognosis MeSH
• Recurrence MeSH
• RNA, Long Noncoding MeSH
• Tetraspanins MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• gastroenterologie
• onkologie
• biologie
• chirurgie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Gliomy tvoří morfologicky a prognosticky různorodou skupinu čítající více než 60 % všech primárních nádorů mozku. Rovněž i terapie se u jednotlivých typů do značné míry liší a proto její indikace velmi záleží na diagnóze. Nicméně současné diagnostické přístupy jsou u gliomů v mnoha případech limitovány jednak jejich lokalizací a jednak jejich často pozorovanou buněčnou heterogenitou. Z těchto důvodu je tedy nyní vyvíjeno značné úsilí vytvořit nový vyšetřovací přístup, který by pomohl zpřesnit diagnózu. MikroRNA (miRNA) tvoří skupinu krátkých nekódujících RNA, které jsou zapojeny do patogeneze mnoha nádorových onemocnění včetně gliomů a jejichž exprese bývá velmi často tkáňově specifická. Pozměněné hladiny miRNA asociovanými s některými typy mozkových nádorů byly navíc již několikrát pozorovány v mozkomíšním moku (CSF). Tyto skutečnosti naznačují, že by analýza miRNA v CSF pacientů postižených gliomem mohla vést k vytvoření nové diagnostické platformy umožňující přesnější stanovení diagnózy (např. přítomnost gliomových buněk vyššího stupně) a následně zlepšení jejich přežívání.; Gliomas constitute a morphologically and prognostically diverse group of neoplasms that accounts for more than 60% of primary brain tumors. Similarly, therapy also differs among particular grades of gliomas and, thus, its indication depends on accurate diagnosis. Nevertheless, current diagnostic approaches are limited by localization and tissue heterogeneity of gliomas. These facts clearly demonstrate the need for developing of new powerful diagnostic approach, which will increase an accuracy of glioma diagnosis. MicroRNAs (miRNAs) are a class of small non-coding RNAs that are involved in the pathogenesis of many cancers including gliomas and their expression pattern is often tissue specific. Moreover, altered levels of brain tumor specific miRNAs have been observed also in cerebrospinal fluid (CSF). From this perspective, analysis of CSF miRNAs in glioma patients presents a promising diagnostic approach enabling more accurate diagnosis of heterogeneous gliomas, which in a consequence could improve the survival of glioma patients.

• MeSH
• Glioma diagnosis   MeSH
• MicroRNAs MeSH
• Cerebrospinal Fluid MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• Brain Neoplasms diagnosis   MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• neurologie
• biochemie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR