This review deals with techniques and methods used in the study of the function and development of microorganisms occurring in soil with emphasis on the contributions of Czech Academician Ivan Málek and his coworkers or fellows (Jiří Macura, František Kunc) to the development of basic techniques used in soil microbiology. Early studies, including batch cultivation and respirometric techniques, as well as later developments of percolation and continuous-flow methods of cultivation of soil microorganisms are discussed. Recent developments in the application of analytical chemistry (HPLC or GC) and of molecular biological techniques to ecological questions that have revolutionized concepts in soil microbiology and microbial ecology are also briefly mentioned, including denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE), temperature gradient gel electrophoresis (TGGE), phospholipid fatty acid analysis (PLFA) and others. The shift of soil microbiology from the study of individual microorganisms to entire microbial communities, including nonculturable species, is briefly discussed.

• MeSH
• Bacteria genetika   růst a vývoj   metabolismus   MeSH
• bakteriologické techniky přístrojové vybavení   metody   MeSH
• biologické markery MeSH
• fermentace MeSH
• půda analýza   MeSH
• půdní mikrobiologie * MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH
• Názvy látek
• biologické markery MeSH
• půda MeSH

The bromoxynil-degrading soil microorganism Agrobacterium radiobacter was used for degradation of the herbicide under nonsterile batch and continuous conditions. From four types of carrier particles, beech shavings showed the best stability of the bacterial biofilm, bromoxynil concentration in a column reactor decreasing to 65% after 5 d. The efficacy of degradation was enhanced by addition of ferrous, cobaltous or cupric ions.

• MeSH
• bakteriální adheze MeSH
• biodegradace MeSH
• biofilmy * MeSH
• bioreaktory MeSH
• herbicidy metabolismus   MeSH
• imobilizované buňky MeSH
• nitrily metabolismus   MeSH
• povrchové vlastnosti MeSH
• Rhizobium metabolismus   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• srovnávací studie MeSH
• Názvy látek
• bromoxynil MeSH Prohlížeč
• herbicidy MeSH
• nitrily MeSH

3-Chloropyrocatechol is formed as a result of oxidation of 2-chlorobenzoate by Pseudomonas stutzeri. 2-Chloro-cis,cis-muconic acid is the product of oxidation of 3-chloropyrocatechol. A catabolic pathway for the degradation of 2-chlorobenzoate by a newly isolated strain of P. stutzeri is proposed.

• MeSH
• adipáty metabolismus   MeSH
• aerobióza MeSH
• bakteriální proteiny metabolismus   MeSH
• biodegradace MeSH
• chlorbenzoáty metabolismus   MeSH
• dioxygenasy * MeSH
• katechol-1,2-dioxygenasa MeSH
• katecholy metabolismus   MeSH
• kyselina sorbová analogy a deriváty   metabolismus   MeSH
• látky znečišťující životní prostředí metabolismus   MeSH
• oxidace-redukce MeSH
• oxygenasy metabolismus   MeSH
• polychlorované bifenyly metabolismus   MeSH
• Pseudomonas izolace a purifikace   metabolismus   MeSH
• rezidua pesticidů metabolismus   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Názvy látek
• 2-chlorobenzoic acid MeSH Prohlížeč
• 2-chloromuconic acid MeSH Prohlížeč
• 3-chlorocatechol MeSH Prohlížeč
• adipáty MeSH
• bakteriální proteiny MeSH
• benzoate 1,2-dioxygenase MeSH Prohlížeč
• chlorbenzoáty MeSH
• dioxygenasy * MeSH
• katechol-1,2-dioxygenasa MeSH
• katecholy MeSH
• kyselina sorbová MeSH
• látky znečišťující životní prostředí MeSH
• oxygenasy MeSH
• polychlorované bifenyly MeSH
• rezidua pesticidů MeSH