Současně platná molekulárně genetická subklasifikace pacientů s diagnózou difuzního velkobuněčného B lymfom (DLBCL) do tří prognostických podskupin na základě expresního profilu je cílem mnoha genetických studií. V rutinní klinické praxi je však použití expresní čipové technologie pro většinu pracovišť nedostupné. Včetně potřebné technologie, je v některých případech pro molekulárně genetické laboratoře problémem získat kvalitní materiál, např. čerstvou tkáň, pro izolaci RNA k určení exprese genů. Jednou z možností je určovat expresi genů z RNA získané izolací z parafínových bločků. Cílem pilotní studie bylo provést izolaci RNA z archivovaných parafínových bločků z formalinem fixované tkáně (FFPE) nemocných s diagnózou DLBCL a ověřit možnost využití této RNA pro expresní analýzu 7 vybraných genů. Práce ukázala, že izolace RNA a určení exprese vybraných genů z archivovaného materiálu je možná, avšak naměřená relativní exprese některých genů vykazovala v našem souboru značně variabilní hodnoty pro využití pro jednoznačnou prognostickou klasifikaci. Potvrdili jsme, že při získání dostatečného množství materiálu je možné provést retrospektivní analýzy exprese vybraných genů, a že správná archivace i po 8 letech dovoluje molekulárně biologické analýzy.

The currently valid molecular genetic subclassification of patients with diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) into three prognostic subgroups based on expression profiling has been the objective of numerous genetic studies. In routine clinical practice, however, expression profiling technology remains unavailable for the most of centers. Apart from the technology, in some cases molecular genetic laboratories have problems obtaining high-quality material, i.e. fresh tissues, for RNA isolation to determine gene expression. One possibility is to determine the gene expression from RNA obtained by isolation from formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue. This pilot study aimed at isolating RNA from FFPE in patients diagnosed with DLBCL and verifying the potential use of such RNA for the expression analysis of 7 selected genes. Although the study showed that it is possible to isolate RNA and determine the expression of the selected genes from archival material, the values of relative expression of some genes in the set were too variable to be used for unambiguous prognostic classification. It was confirmed that retrospective analyses of selected genes may be performed with sufficient material obtained, and that properly archived blocks may be used for molecular biology analyses even after 8 years.

Hemato onkologická klinika FN a LF UP Olomouc

Ústav biologie LF UP Olomouc

Ústav klinické a molekulární patologie FN a LF UP Olomouc

Use of archival formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue samples for molecular genetic analysis in diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL)