BACKGROUND: In order to gain insight into the contribution of DNA methylation to disease progression of chronic lymphocytic leukemia (CLL), using 450K Illumina arrays, we determined the DNA methylation profiles in paired pre-treatment/relapse samples from 34 CLL patients treated with chemoimmunotherapy, mostly (n = 31) with the fludarabine-cyclophosphamide-rituximab (FCR) regimen. RESULTS: The extent of identified changes in CLL cells versus memory B cells from healthy donors was termed "epigenetic burden" (EB) whereas the number of changes between the pre-treatment versus the relapse sample was termed "relapse changes" (RC). Significant (p < 0.05) associations were identified between (i) high EB and short time-to-first-treatment (TTFT); and, (ii) few RCs and short time-to-relapse. Both the EB and the RC clustered in specific genomic regions and chromatin states, including regulatory regions containing binding sites of transcription factors implicated in B cell and CLL biology. CONCLUSIONS: Overall, we show that DNA methylation in CLL follows different dynamics in response to chemoimmunotherapy. These epigenetic alterations were linked with specific clinical and biological features.
- MeSH
- chronická lymfatická leukemie farmakoterapie genetika MeSH
- cyklofosfamid farmakologie terapeutické užití MeSH
- dospělí MeSH
- epigeneze genetická účinky léků MeSH
- genové regulační sítě účinky léků MeSH
- imunoterapie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- longitudinální studie MeSH
- metylace DNA účinky léků MeSH
- progrese nemoci MeSH
- rituximab farmakologie terapeutické užití MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
- senioři MeSH
- vidarabin analogy a deriváty farmakologie terapeutické užití MeSH
- výsledek terapie MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
