Vibrational optical activity (VOA) such as vibrational circular dichroism and Raman optical activity comprises developing spectroscopic techniques providing additional information on molecules. The information depends on theoretical modeling of the spectra. The review deals with the physics of the phenomena, their advantages and problems in experiments and spectral interpretation, applications and simulation methods. Application potentials in large, hydrated and flexible systems are documented on insuline, lactamide and a recently discovered natural molecule, "SynoxA". VOA is able to afford unique structural information; however, better instruments as well as more accurate simulations are still desirable.

• MeSH
• amidy MeSH
• cirkulární dichroismus * MeSH
• fyziologie buňky MeSH
• inzulin fyziologie   MeSH
• kvantová teorie MeSH
• molekulární struktura MeSH
• oxazolidinony MeSH
• počítačová simulace * MeSH
• Ramanova spektroskopie * MeSH
• rezonanční přenos fluorescenční energie MeSH
• simulace molekulární dynamiky MeSH
• spektrální analýza * MeSH
• vibrace MeSH
• zobrazování difuzních tenzorů MeSH

• MeSH
• počítačová simulace MeSH
• populační dynamika MeSH
• populační růst MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH

• Konspekt
• Demografie. Populace
• NLK Obory
• demografie

The review presents research activities aimed at better understanding of the effects of salt ions on biological processes (protein salting out/in, protein denaturation, enzymatic activity, processes in biological membranes, and radiation damage to DNA) using molecular simulations in close contact with the experiment.

• MeSH
• biochemické jevy fyziologie   genetika   MeSH
• biofyzikální jevy fyziologie   genetika   MeSH
• buněčná membrána * fyziologie   genetika   chemie   MeSH
• interakce elementárních částic MeSH
• ionizující záření MeSH
• iontová výměna * MeSH
• koncentrace vodíkových iontů MeSH
• molekulární modely MeSH
• peptidy * fyziologie   genetika   MeSH
• počítačová simulace MeSH
• poškození DNA účinky záření   MeSH
• simulace molekulární dynamiky * MeSH
• soli chemie   MeSH
• transport elektronů MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• acidobazická rovnováha MeSH
• infekce ošetřování   MeSH
• léčivé přípravky aplikace a dávkování   MeSH
• ošetřovatelská péče MeSH
• peroperační péče MeSH
• počítačová simulace MeSH
• vodní a elektrolytová rovnováha MeSH

• Konspekt
• Lékařské vědy. Lékařství
• NLK Obory
• lékařská informatika
• ošetřovatelství
• NLK Publikační typ
• software

• MeSH
• ganglia fyziologie   MeSH
• periferní nervy fyziologie   MeSH
• počítačová simulace MeSH

• MeSH
• biologické modely MeSH
• počítačová simulace využití   MeSH
• software trendy   MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Trojrozměrné struktury proteinů je možné předpovídat tak, že vezmeme denaturovaný protein a na počítači simulujeme proces jeho sbalení. Tento článek shrnuje úspěchy i úskalí tohoto postupu, zejména využití vysoce výkonných počítačů, projektů distribuovaných výpočtů, grafických karet a specializovaných počítačů.

The three-dimensional structure of a protein can be predicted by a simulation of its folding from fully denaturated state. This article review success stories as well as pitfalls of this approach, namely applications of high performance computers, distributed computing projects, graphical processing units and specialised hardware.

• MeSH
• počítačová simulace * MeSH
• sbalování proteinů * MeSH
• strukturní homologie proteinů MeSH

• MeSH
• biomedicínské technologie MeSH
• lékařská informatika MeSH
• počítačová simulace MeSH
• Publikační typ
• kongresy MeSH
• sborníky MeSH

• Konspekt
• Lékařské vědy. Lékařství
• NLK Obory
• lékařská informatika

• MeSH
• lékařská informatika MeSH

• Konspekt
• Lékařské vědy. Lékařství
• NLK Obory
• lékařská informatika

Nasal cavities are known to introduce antiresonances (dips) in the sound spectrum reducing the acoustic power of the voice. In this study, a three-dimensional (3D) finite element (FE) model of the vocal tract (VT) of one female subject was created for vowels [a:] and [i:] without and with a detailed model of nasal cavities based on CT (Computer Tomography) images. The 3D FE models were then used for analyzing the resonances, antiresonances and the acoustic pressure response spectra of the VT. The computed results were compared with the measurements of a VT model for the vowel [a:], obtained from the FE model by 3D printing. The nasality affects mainly the lowest formant frequency and decreases its peak level. The results confirm the main effect of nasalization, i.e., that sound pressure level decreases in the frequency region of the formants F1-F2 and emphasizes the frequency region of the formants F3-F5 around the singer's formant cluster. Additionally, many internal local resonances in the nasal and paranasal cavities were found in the 3D FE model. Their effect on the acoustic output was found to be minimal, but accelerometer measurements on the walls of the 3D-printed model suggested they could contribute to structure vibrations.

• MeSH
• akustika řeči MeSH
• fonetika MeSH
• hlas * MeSH
• kvalita hlasu * MeSH
• lidé MeSH
• nosní dutina diagnostické zobrazování   MeSH
• počítačová simulace MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH