Hrbáček J, Hanáček V, Tláskal V, Saláková M, Čermák P, Tachezy R, Zachoval R. Detekce mikrobiomu horních močových cest u pacientů s urolitiázou: studie proveditelnosti. Cíl: Zjistit, zda existuje mikrobiální osídlení horních močových cest (HMC) a pokud ano, tak liší-li se od mikrobiomu dolních močových cest (DMC). Materiál a metoda: Soubor tvoří pacienti podstupující endoskopický operační zákrok v anestezii pro litiázu HMC. Moč z močového měchýře byla odebrána aseptickou katetrizací, z HMC cystoskopicky zavedeným ureterálním katétrem. Po izolaci DNA byla bakteriální 16S rDNA sekvenována na platformě Illumina MiSeq a získaná data zpracována příslušnými bioinformatickými nástroji. Část izolované DNA byla využita k detekci virových nukleových kyselin pomocí kvantitativní polymerázové řetězové reakce (qPCR). Párové vzorky vždy z HMC a DMC byly porovnány z hlediska struktury bakteriálního společenstva a přítomnosti vybraných DNA virů. Výsledky: Zařazeno bylo devět pacientů (8 mužů a 1 žena) průměrného věku 49,7 let, z nichž u osmi byla provedena sekvenace bakteriálních nukleových kyselin a u sedmi qPCR na přítomnost sedmi běžných DNA virů. Bohatost a diverzita mikrobiomu (alfa diverzita) HMC a DMC nebyla statisticky významně odlišná. Struktura mikrobiálních komunit z HMC a DMC (beta diverzita) vykázala větší podobnost v rámci jednoho pacienta, než byla podobnost všech vzorků HMC, resp. všech vzorků DMC. Virová DNA byla detekována jak v HMC, tak v DMC. Závěr: Výsledky naší pilotní studie poukazují na přítomnost bakteriálního a virového osídlení horních močových cest u pacientů s urolitiázou.
Hrbáček J, Hanáček V, Tláskal V, Saláková M, Čermák P, Tachezy R, Zachoval R. Profiling upper urinary tract microbiota: a feasibility study in patients with urinary stone disease. Aim: To investigate the putative existence of upper urinary tract microbiota and if present, to compare the microbial communities from the kidney with those in the urinary bladder. Patients and Methods: Patients were undergoing endoscopic procedures under anesthesia for upper urinary tract stones. Bladder urine was obtained by aseptic catheterisation, renal urine samples were collected via ureteric catheter inserted into the renal pelvis under cystoscopic and radiographic guidance. Pairwise comparison of urine samples from the same individual were made with regard to their bacteriome and virome. Results: A total of nine patients (8 males, 1 female) provided both samples for analysis. Next-generation sequencing of the V4 hypervariable region of the 16S rDNA using primers 515F and 806R was performed on eight of them and quantitative polymerase chain reaction for the presence of viral nucleic acids of seven common DNA viruses was performed on seven of them. There were no significant differences in alpha diversity measures (number of OTUs, iChao1, ACE, Shannon and Simpson indices) of samples from the kidney and bladder from the same individual. Likewise, microbial communities from the upper and lower urinary tract within the same individual were more similar to each other than samples within the respective group (e.g. all kidney samples). Viral nucleic acids were detected in the upper as well as lower urinary tract. Conclusion: Upper urinary tracts seem to be inhabited by microbial communities whose composition resembles that of the lower urinary tract.
- Klíčová slova
- Human microbiome, upper urinary tract, virome, kidney, urinary bladder, Lidský mikrobiom, horní močový trakt, virom, ledvina, močový měchýř,
- MeSH
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologické techniky MeSH
- mikrobiota * MeSH
- močové ústrojí * mikrobiologie MeSH
- pilotní projekty MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- sekvenční analýza MeSH
- studie proveditelnosti MeSH
- urolitiáza mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
Head and neck squamous cell carcinomas (HNSCCs) belong to a group of diverse tumors, which can be induced by infection with human papillomavirus (HPV) or tobacco and alcohol consumption. The viral etiology of HNSCC relates to better clinical outcomes reflecting a different immune system response. Here, we retrospectively analyzed 97 tissue samples from oral and oropharyngeal carcinomas associated and non-associated with HPV infection using multispectral fluorescent immunohistochemistry. To evaluate the immune cell infiltration in tumor and stroma compartments, we designed four panels of four to five antibodies. We detected more T lymphocytes in the stroma, compared to the tumor parenchyma. In HPV positive (HPV+) in comparison to HPV negative (HPV-) tumors, higher counts of CD3+CD4+, CD3+CD8+, PD1+CD4+, PD1+CD8+ T cells, and ICOS- Treg cells were detected while more ICOS+ Treg cells and CTLA4+CD4+ T cells were observed in HPV- than in HPV+ tumors. The results of the univariate and multivariate analyses confirmed the predominant impact of HPV status on prognosis. More importantly, the number of CD8+PD-1+ T cells was identified as an independent factor, influencing the overall and/or disease-specific survival of patients with oral cavity or oropharyngeal carcinomas.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- MeSH
- DNA testy na papilomavirus metody MeSH
- klinické laboratorní techniky MeSH
- lidé MeSH
- lidské papilomaviry * izolace a purifikace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Lidské papilomaviry (HPV) vyvolávají ve většině případů bezpříznakové infekce, ale také řadu benigních onemocnění s vysokou morbiditou a řadu dalších premaligních onemocnění a karcinomů žen i mužů. K promoření populace dochází ihned po zahájení pohlavního života, ale důsledky perzistující infekce se mohou projevit až po dlouhé době. Proti infekci typu HPV, které vyvolávají 90 % benigních lézí a nádorových onemocnění, máme v rukou nástroj primární prevence, velmi účinné vakcíny. Řada studií ukázala účelnost těchto vakcín v prevenci snižování HPV-asociovaných onemocnění nejen u vakcinovaných jedinců, ale v dostatečně proočkovaných kohortách, i u jedinců věkově odpovídajících skupin. Jednoznačně nejvyšší účelnost vakcín je při jejich pohlavně neutrální plošné aplikaci. V klinické zkoušce bylo prokázáno, že 70% pohlavně neutrální vakcinace vede k eradikaci vakcinálních typů HPV, včetně nejvíce prevalentního typu HPV 16, který má nejvyšší reprodukční číslo. V České republice je situace z tohoto pohledu nadějná, ale zamezení snižování proočkovanosti dívek a další navyšování proočkovanosti chlapců jsou důležité a může k tomu přispět objasňování důležitosti vakcinace v dětském věku a zdůrazňování bezpečnosti těchto vakcín.
Although causing mostly asymptomatic infections, human papillomaviruses (HPV) can also be responsible for a number of benign diseases with high morbidity and other premalignant diseases and carcinomas in both women and men. The population comes into contact with HPV soon after sexual debut, and persistent infection can have late sequelae. Highly effective HPV vaccines are available as a primary prevention tool against HPV types responsible for 90 % of benign lesions and cancers. A number of studies have shown these vaccines to be effective in reducing HPV-associated diseases not only in the vaccinated individuals but also in other age-matched individuals from cohorts with high vaccine coverage. The highest protection is achieved by mass, gender neutral HPV vaccination campaigns. A clinical trial has found that a 70% gender neutral HPV vaccine coverage results in eradication of vaccine HPV types including the most prevalent HPV 16, which has the highest reproduction number. In the Czech Republic, the situation is promising from this perspective; however, it is vital to prevent vaccine coverage reduction in girls and to further increase the vaccine coverage in boys. Underlining the importance of childhood vaccination and the safety of HPV vaccines can be helpful in this regard.
Úvod: Infekce lidským papilomavirem (HPV) hraje důležitou roli v etiopatogenezi dlaždicobuněčných karcinomů orofaryngu. Průkaz HPV infekce u těchto nádorů je pozitivní prognostický marker. Exprese proteinu p16 je nepřímý marker aktivní HPV infekce, který je vyšetřován imunohistochemicky. Prognostický význam HPV/p16 pozitivity u karcinomů dutiny ústní, na rozdíl od karcinomů orofaryngu, není jasný. Některé studie prokazují dokonce horší prognózu pacientů s HPV/p16 pozitivním karcinomem dutiny ústní. Cílem naší studie je posouzení významu exprese p16 ve vztahu ke klinicko-patologickým parametrům a prognóze u pacientů s dlaždicobuněčnými karcinomy dutiny ústní. Metodika: Do retrospektivní studie bylo zařazeno 120 pacientů chirurgicky léčených pro karcinom dutiny ústní. Nejčastějšími anatomickými lokalizacemi karcinomů dutiny ústní bylo tělo jazyka (54; 45 % případů) a spodina dutiny ústní (35; 29,2 % případů). U všech nádorů byla imunohistochemicky stanovena exprese proteinu p16. Výsledky byly korelovány s klinickopatologickými ukazateli a statisticky zhodnoceny. Výsledky: Pozitivita exprese p16 byla prokázána u 10 (8,3 %) pacientů. V souboru byla exprese p16 prokázána jako nejvýznamnější faktor negativně ovlivňující přežití pacientů (p = 0,019). Přežití p16 pozitivních bylo podle Coxova modelu proporcionálních rizik 4krát horší v porovnání s p16 negativními pacienty. Dalšími faktory statisticky významně ovlivňující přežití byly: T status, N status a údaj o recidivě. Závěr: Exprese p16 má u karcinomů dutiny ústní bezesporu jiný význam než u nádorů orofaryngu. Zdá se, že p16 pozitivita je negativním prognostickým faktorem, nicméně význam přítomnosti HPV u nádorů mimo orofaryngeální lokalizaci zůstává nejasný.
Introduction: Human papillomavirus (HPV) infection plays an important role in the etiopathogenesis of oropharyngeal squamous cell carcinomas. HPV detection in these tumours is a positive prognostic marker. The p16 protein expression, which is detected immunohistochemically, is an indirect marker of active HPV infection. Unlike in oropharyngeal carcinoma, in oral carcinoma, the prognostic significance of HPV/p16 positivity is unclear. Some studies even show a worse prognosis in patients with HPV/p16 positive oral carcinoma. The aim of our study is to consider the significance of p16 protein expression in relation to clinicopathological parameters and prognosis in patients with oral squamous cell carcinomas. Methods: One hundred and twenty patients treated surgically for oral carcinoma were enrolled in the study. The most common anatomical sites of oral carcinoma were the tongue body (54; 45% of cases) and floor of mouth (35; 29.2% of cases). All tumours were analysed immunohistochemically for p16 protein expression. The results were correlated with the clinicopathological parameters and analysed statistically. Results: Ten patients (8.3%) tested positive for p16 expression. In the study cohort, p16 expression was identified as the most significant factor with a negative effect on survival (p=0.019). Based on the Cox proportional hazard model, the p16-positive patients had four times worse survival than the p16-negative ones. Other factors with a statistically significant effect on survival were T status, N status, and recurrence. Conclusion: The significance of p16 expression differs between oral and oropharyngeal carcinomas. The p16 positivity seems to be a negative prognostic factor in oral carcinomas. Nevertheless, the significance of HPV presence in tumours outside the oropharyngeal area remains unclear.
- Klíčová slova
- p16 exprese,
- MeSH
- infekce papilomavirem diagnóza MeSH
- lidé MeSH
- nádory úst * diagnóza etiologie patologie MeSH
- prognóza MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Cíl studie: Cílem studie bylo prokázat integraci 14 vysoce rizikových HPV do lidského genomu jako možného biomarkeru závažnosti a progrese cervikálních lézí. Takový "triage biomarker" by mohl pomoci při redukci počtu kolposkopických vyšetření, zamezit nadbytečné léčbě lézí, které spontánně regredují, a naopak by mohl cíleně indetifikovat léze, které potřebují léčbu. Typ studie: EXPL-HPV-002 byla prospektivní, otevřená studie s jednou větví prováděna ve dvou centrech v České republice. Název a sídlo pracovišť: Centrum ambulantní gynekologie a primární péče, Brno; Gynekologicko-porodnická klinika LF MU, Brno; Genotypizační centrální laboratoř: NRL pro papillomaviry a polyomaviry, IHBT, Praha; Histologické centralní čtení: Aeskulab, Praha; Molecular combing HPV test: Genomic Vision, Bagneux. Metodika: Od června 2016 do května 2018 bylo do studie zařazeno 688 žen ve věku 25–65 let s abnormálním PAP stěrem a provedenou kolposkopií. U 60 % žen byl prokázán vysoce rizikový HPV. Studie byla rozdělena na dvě části: 1. cross-sectional fáze, která zkoumala data získaná během první návštěvy (kolposkopie, histologie, PAP stěr na HPV genotypizaci a molekulární combing) s cílem prokázat vztah mezi HPV integrací ve srovnání s kolposkopickým nálezem a histologií; 2. longitudinální fáze studovala data získaná během kontrolních návštěv: cytologie v měsících 6, 18 a 30 a kolposkopie s histologií v měsících 12, 24 a 36. PAP stěr byl prováděn v měsících 12, 24 a 36 a na jeho podkladě byla provedena genotypizace a molekulární combing. HPV status byl analyzován ve srovnání s evolucí lézí, virovou clearance a HPV genotypizací. HPV genotypizace a molekulární combing byly provedeny v centrálních laboratořích. Histologická data byla ověřena centrálním čtením. Výsledky: První fáze studie je ukončena a ukazuje, že výsledky vyšetření HPV integrace do lidské DNA mohou signifikantně oddělit normální nálezy od cervikálních lézí nebo nádoru. Závěr: HPV integrace do lidského genomu monitorované Genomic Vision technologií je důvěryhodný biomarker, který může významně pomoci lékařům v jejich rozhodovacích algoritmech.
Objectives: The aim of the EXPL-HPV-002 study is to evaluate the integration of 14 high-risk HPV as a biomarker of the severity and the progression of cervical lesions. Such a „triage biomarker“ would help to reduce the number of unnecessary colposcopies, to avoid over- -treatment of lesions that spontaneously regress and to better target the lesions requiring treatment. Design: EXPL-HPV-002 is a prospective, open-label, single arm, GCP study conducted at 2 clinical sites in the Czech Republic. Settings: Investigations centers: Private Gynecology Center, Brno; Gynecological and Obstetrical Clinic, Brno; Genotyping central lab: NRL for Papillomaviruses and polyomaviruses, IHBT, Prague; Histology Central reading: Aeskulab Pathology, Prague; Molecular combing HPV test: Genomic Vision, Bagneux. Methods: From June 2016 to May 2018, 688 patients aged 25–65, referred to colposcopy after an abnormal Pap-smear, were enrolled in the study. Among them 60% were found HPV high-risk. The study is divided in two phases: 1. a cross-sectional phase using data collected at first visit (colposcopy images ± histology, pap-smear for HPV genotyping and molecular combing) to study the association between HPV integration status versus colposcopy and histology grades; 2. a longitudinal phase using data collected in follow-up visits: cytology at 6, 18 and 30 months and colposcopy ± histology at 12, 24 and 36 months. A pap-smear collected at 12, 24 and 36 months allows to perform genotyping and molecular combing. HPV integration status is analyzed in comparison with the evolution of lesions, viral clearance and HPV genotype. HPV genotyping and molecular combing were performed on pap-smear samples in central laboratories. Histology data were reviewed by central reading. Results: The transversal phase of the study is achieved and shows that the HPV integration into the human DNA, monitored by molecular combing, can significantly differentiate normal subjects from women with cervical lesions or cancer. Conclusion: HPV integration into the host genome, monitored by Genomic Vision‘s technology, is a reliable diagnostic biomarker that will greatly help clinicians to improve their medical decision tree.
- MeSH
- časná detekce nádoru metody MeSH
- DNA sondy HPV MeSH
- DNA virů analýza MeSH
- dospělí MeSH
- infekce papilomavirem diagnóza virologie MeSH
- kolposkopie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- nádorové biomarkery MeSH
- nádory děložního čípku * diagnóza prevence a kontrola virologie MeSH
- prospektivní studie MeSH
- průřezové studie MeSH
- senioři MeSH
- vaginální stěr MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
