Enterovirus is suspected from participation in the type 1 diabetes aetiology, yet available studies are mostly limited to Caucasian populations living in the temperate climate. Nothing is known on populations living in the sub-Saharan tropical climate, although the diabetes seasonal patterns follow alternations of humid and dry seasons, and are thus suggestive of infection components in the aetiology. We aim to perform a case-control association study on enterovirus and other prevalent enteric viruses in 150 Nigerian children with recent-onset type 1 diabetes, and 300 matched controls. First, mass sequencing of faecal virome will establish virus repertoires in a subset of the group, and then prevalent viruses will be detected using real-time PCR from stool and blood of all subjects. Genetic factors will be explored by genotyping the HLA-DQ, IFIH1, PTPN22 and INS genes. Regression methods will be used for assessing the determinants of diabetes risk. The project will also create the first Nigerian type 1 diabetes sample repository and will involve rich technology transfers to Niger.

Enterovirus je podezírán z podílu na etiologii diabetu 1. typu, ale dostupné studie se omezují zejména na europoidní populace mírného pásu. Nic není známo o černošských populacích žijících v subsaharském tropickém klimatu, ačkoli tamní sezónnost manifestace diabetu během sušších a deštivých částí roku naznačuje podíl infekční složky na etiologii onemocnění. Provedeme studii případů a kontrol, kde vyšetříme enteroviry a další prevalentní enterické viry u 150 čerstvě manifestovaných diabetických dětí a 300 spárovaných kontrol. Nejprve stanovíme nejčastější virové druhy pomocí paralelní sekvenace viromu u podskupiny vzorků stolic, poté u všech dětí provedeme PCR detekce z krve a stolice na tyto prevalentní druhy. Z genetických faktorů vyšetříme geny HLA-DQ, IFIH1, PTPN22 a INS. K stanovení determinant rizika diabetu 1. typu užijeme regresních metod. Vedlejším výsledkem projektu bude první nigerijská sbírka vzorků diabetických dětí a přenos technologií do Nigérie.

• MeSH
• diabetes mellitus 1. typu etiologie   genetika   MeSH
• dítě MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické testování MeSH
• Picornaviridae MeSH
• pikornavirové infekce MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• rizikové faktory MeSH
• sekvenční analýza MeSH
• střevní mikroflóra MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• Geografické názvy
• subsaharská Afrika MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• pediatrie
• diabetologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Type 1 diabetes arises from autoimmune insulitis that is initiated in genetically predisposed individuals by yet unknown environmental triggers. Enteroviruses belong to the suspected agents. The project utilizes samples from the Norwegian newborn "MIDIA"cohort that consists of children selected at birth based on their highest HLA-encoded genetic risk of type 1 diabetes. We propose a nested case-control study where cases are children with islet autoimmunity (two or more autoantibodies), and controls arematched 2:1 by place and time of birth. The tested exposure will be the occurrence of enterovirus and parechovirus in blood and stool; effort will be made towards complex genetic characteristics of the virus present in blood, including regions outside the VP1, utilizing the synchronous stool samples. The expected outcomes are improvements in the environmental factors in pathogenesis of type 1 diabetes.

Diabetes 1. typu vzniká následkem autoimunitní inzulitídy, která je iniciována u geneticky predisponovaných jedinců dosud neznámými vlivy prostředí. Za podezřelé jsou považovány zejména enteroviry z rodiny pikornavirů. Projekt využívá vzorků z norské novorozenecké kohorty 'MIDIA', kterou tvoří jedinci vybraní na základě nejvyššího genetického rizika diabetu 1. typu. Podstatou je provedení vnořené ('nested') studie případů a kontrol, kde případy budou prediabetické děti (dvě a více autoprotilátek) a kontroly budou dva jedinci k případu strukturálně vyrovnaní ('matched') podle místa a doby narození. Vyšetřovanou expozicí bude výskyt enteroviru a parechoviru v krvi a stolici, přičemž vyvineme úsilí o jeho charakterizaci zejména mimo oblasti VP1, včetně pokusu o celogenomovou sekvenaci viru přímo z extrahované RNA bez nutnosti jeho izolace na buněčné kultuře. Očekávaným výsledkem je zlepšení znalostí o negenetických vlivech v patogenezi diabetu 1. typu, a to publikované v mezinárodním odborném tisku.

• MeSH
• diabetes mellitus 1. typu etiologie   genetika   patofyziologie   MeSH
• enterovirové infekce diagnóza   MeSH
• feces MeSH
• genetické asociační studie MeSH
• infekce RNA viry diagnóza   MeSH
• insulinové protilátky MeSH
• kohortové studie MeSH
• krev MeSH
• Langerhansovy ostrůvky imunologie   MeSH
• novorozenec MeSH
• Parechovirus MeSH
• pikornavirové infekce diagnóza   MeSH
• prediabetes MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• Check Tag
• novorozenec MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• pediatrie
• diabetologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• biologické markery analýza   krev   moč   MeSH
• diagnostické techniky gastrointestinální MeSH
• Hepacivirus genetika   MeSH
• hepatitida A diagnóza   farmakoterapie   prevence a kontrola   terapie   MeSH
• hepatitida B diagnóza   farmakoterapie   prevence a kontrola   terapie   MeSH
• hepatitida C - protilátky imunologie   MeSH
• hepatitida C diagnóza   farmakoterapie   prevence a kontrola   terapie   MeSH
• hepatitida diagnóza   klasifikace   virologie   MeSH
• jaterní testy MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• metody pro podporu rozhodování MeSH
• prevalence MeSH
• vakcína proti hepatitidě A MeSH
• vakcína proti hepatitidě B MeSH
• virus hepatitidy A genetika   MeSH
• virus hepatitidy B genetika   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• virologie
• chemie, klinická chemie
• NLK Publikační typ
• studie

• MeSH
• chronická nemoc MeSH
• hepatitida B diagnóza   terapie   virologie   MeSH
• hepatitida C diagnóza   terapie   virologie   MeSH
• Hepatovirus imunologie   patogenita   MeSH
• imunoterapie MeSH
• selhání jater virologie   MeSH
• transplantace jater imunologie   MeSH
• vakcíny MeSH
• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH
• sborníky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• virologie
• hepatologie

• MeSH
• bronchiální astma komplikace   prevence a kontrola   terapie   MeSH
• Rhinovirus MeSH
• virové nemoci prevence a kontrola   MeSH
• Publikační typ
• letáky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• virologie
• pneumologie a ftizeologie

• MeSH
• infekce dýchací soustavy virologie   diagnóza   MeSH
• předškolní dítě MeSH
• Rhinovirus patogenita   MeSH
• Check Tag
• předškolní dítě MeSH
• Publikační typ
• kongresy MeSH

• Konspekt
• Virologie
• NLK Obory
• virologie
• pneumologie a ftizeologie

• MeSH
• laboratorní infekce prevence a kontrola   MeSH
• očkovací programy MeSH
• omezování biologických rizik MeSH
• poliomyelitida prevence a kontrola   MeSH
• poliovirové vakcíny MeSH
• Poliovirus MeSH
• řízení bezpečnosti MeSH
• Publikační typ
• kongresy MeSH

• Konspekt
• Lékařské vědy. Lékařství
• NLK Obory
• veřejné zdravotnictví
• infekční lékařství

• MeSH
• laboratorní infekce MeSH
• očkovací programy MeSH
• omezování biologických rizik MeSH
• poliomyelitida prevence a kontrola   MeSH
• Poliovirus MeSH
• řízení bezpečnosti MeSH
• Publikační typ
• kongresy MeSH

• Konspekt
• Veřejné zdraví a hygiena
• NLK Obory
• veřejné zdravotnictví

• MeSH
• hepatitida A MeSH
• hepatitida B MeSH
• hepatitida C MeSH
• virus hepatitidy A MeSH
• virus hepatitidy B MeSH
• Publikační typ
• vysokoškolské kvalifikační práce MeSH

• Konspekt
• Virologie
• NLK Obory
• virologie

• MeSH
• laboratorní infekce prevence a kontrola   MeSH
• poliomyelitida prevence a kontrola   MeSH
• Poliovirus MeSH
• řízení bezpečnosti MeSH
• Geografické názvy
• Evropa MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• epidemiologie
• NLK Publikační typ
• publikace WHO