Circulating tumor cells (CTCs) represent one of the promising diagnostic targets in monitoring of lung adenocarcinoma progression and malignant transformation. Here we propose a microfluidic chip (MLC Chip) which will enable to isolate (count) population of CTCs from peripheral blood sample of histologically proved adenocarcinoma stage IIb-IV patients and to sort them on their respective phenotype (epithelial/mesenchymal) on the level of the individual cells with the possibility of subsequent cell release for cultivation and/or gene expression profiling. The MLC Chip with filtration and single-cell sorting unit will be presented along with the novel types of binding proteins for EpCAM and N-Cadherin markers for CTCs on-chip capture. The overall goal is to evaluate the clinical relevance of different CTC phenotypes on early diagnostics of lung adenocarcinoma, correlate their occurrence with the carcinoma stage and progression, divide a population of patients in high/low risk groups, predict diagnosis and finally to adjust a medical treatment for individual patients.

Cirkulující nádorové buňky (CTC) jsou jedním z potenciálně významných diagnostických markerů pro monitorování metastatické progrese adenokarcinomu plic. Projekt je zaměřen na vývoj mikrofluidního čipu (MLC čip), který umožní izolovat (kvantifikovat) populace CTC buněk ve vzorku periferní krve pacientů s histologicky prokázaným adenokarcinomem plic fáze IIb-IV a rozdělit je dle jejich fenotypového projevu (epiteliální/mesenchymální) na úrovni jednotlivých buněk, s možností jejich následného uvolnění z čipu pro in vitro kultivaci, popř. analýzu genové exprese. MLC čip se bude skládat z filtrační a buněčné sortovací jednotky s imobilizovanými vazebnými proteiny pro zachycení buněk pomocí povrchových membránových markerů EpCAM a N-cadherinu. Hlavním cílem projektu je zhodnocení klinické relevance různých fenotypů CTC buněk na včasnou diagnostiku adenokarcinomu plic, korelovat je se stádiem onemocnění, rozdělit pacienty na high/low risk skupiny, predikovat diagnózu a ve výsledku uzpůsobit léčbu z hlediska individuálních potřeb pacienta.

• MeSH
• adenokarcinom plic diagnóza   MeSH
• adhezní molekula epiteliálních buněk MeSH
• fenotyp MeSH
• kadheriny MeSH
• laboratoř na čipu MeSH
• lidé MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádorové cirkulující buňky MeSH
• ribozomy MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• pneumologie a ftizeologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The incidence of prostate cancer (PCa) is increasing worldwide. The outcome largely depends on early diagnosis and the identification of favorable prognostic biomarkers. Understanding of the cancer markers and prognostic factors in the context of plasticity of cancer cells and tumor heterogeneity is essential for future effective therapy concerning malignant diseases. Here we plan to use our expertise in clinical urology, molecular pathology and cancer cell biology, and utilize clinical and experimental approaches that are already established or will be available in our and in the cooperating laboratories. The successful completion of this future work will reveal the relevancy of PCa biomarkers in the context of tumor plasticity and heterogeneity. Furthermore, the main output of the proposed project will contribute to the general knowledge of markers and prognostic factors of PCa. Our results could help to stratify indolent and aggressive PCa as well as to suggest novel innovative strategies for anticancer treatment that will benefit patients in the future.

Výskyt nádorového onemocnění prostaty (PCa) má celosvětově stoupající trend. Úspěšnost léčby ve velké míře závisí na včasné diagnóze a identifikaci vhodných prognostických biomarkerů. Studium nádorových markerů a prognostických faktorů v kontextu buněčné plasticity a heterogenity nádoru je esenciálním předpokladem jak pro identifikaci pacientů vyžadujících radikální léčbu, tak pro vývoj nových terapií. V tomto projektu plánujeme využít naší expertízy z oblasti klinické urologie, molekulární patologie a nádorové biologie a aplikovat klinické a experimentální přístupy, které jsou zavedeny na našich pracovištích a nebo budou dostupné v rámci kooperujících pracovišť. Úspěšné splnění plánovaných cílů povede k odhalení relevance biomarkerů PCa v kontextu buněčné plasticity a heterogenity tumoru. Hlavní výstup předkládaného projektu navíc přispěje k obecné znalosti znaků a prognostických faktorů PCa. Naše výsledky pomohou stratifikovat indolentní a agresivní typ PCa a naznačí možné inovativní strategie protinádorové léčby s vyšším benefitem pro pacienta.

• MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádorové cirkulující buňky MeSH
• nádorové kmenové buňky MeSH
• nádory prostaty diagnóza   patofyziologie   MeSH
• plasticita buňky MeSH
• prognóza MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• andrologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Multiple myeloma (MM) is the second most common hematooncological disease in the world characterized by multi-stage development. MM develops from monoclonal gammopathy of undetermined significance (MGUS) and may progress to aggressive form of MM - extramedullary relapse (EM). Circulating molecules of nucleic acids, such as long non-coding RNA (lncRNA) and cell-free DNA (cfDNA) have been described in peripheral blood. The project aims to monitor dynamics of these molecules with the presumption that their levels mirror MM progression. Specific cfDNA originate directly from tumor cells and may reflect the course of the disease. Long non-coding RNA may become easily accessible and minimally invasive markers of MGUS progression into MM as well as EM. We hypothesize that lncRNA may improve monitoring of these diseases.

Mnohočetný myelom (MM) je druhé nejčastější hematoonkologické onemocnění, jehož vývoj probíhá v několika fázích. Vyvíjí se ze stádia monoklonální gamapatie nejasného významu (MGUS) a může progradovat až do agresivní formy MM - extramedulárního relapsu (EM). V periferní krvi byly nalezeny cirkulující molekuly nukleových kyselin, jako jsou dlouhé nekódující molekuly RNA (lncRNA) a volně cirkulující molekuly DNA (cfDNA). Cílem projektu bude sledovat dynamiku těchto molekul s hypotézou, že jejich hladiny odráží progresi MM. Specifické cfDNA pocházejí přímo z nádorových buněk a mohou tedy odrážet průběh onemocnění. Dlouhé nekódující molekuly RNA se mohou stát snadno dostupnými a minimálně invazivními markery progrese MGUS do MM i EM a podle našich předpokladů mohou zlepšit monitorování těchto chorob.

• MeSH
• DNA nádorová MeSH
• mnohočetný myelom MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádorové cirkulující buňky MeSH
• RNA dlouhá nekódující MeSH
• staging nádorů MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• biochemie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Molecular profiles of subpopulations of tumor cells, CTC (circulating tumor cells (CTC) are means of identifying individual changes in cancerogenesis and sensitivity to treatment (so-called "real time" tumor biopsy). The aim is to divide the patients into prognostic groups according to the CTC examination and to identify specific biomarkers of resistance - chemoresistance in tumor cells (CTC) by means of qPCR and digital PCR. Quite innovative is the use of CTC-cultivation in vitro for determining further treatment in patients with colorectal cancer and pancreatic cancer.

Profily subpopulací cirkulujícíh nádorových buněk (circulating tumor cells (CTC) představují prostředek identifikace individuálních změn v kancerogenezi a citlivosti na léčbu (tzv. “real-time” nádorová biopsie). Cílem je pomocí identifikace CTC rozdělit pacienty s CRC a PAC do prognostických skupin. a dentifikovat specifické biomarkery rezistence - chemorezistence CTC pomocí qPCR a digitální PCR. Zcela inovativní je využití CTC- kultivace in vitro v určování další léčby u pacientů s karcinomem kolorekta a pankreatu.

• MeSH
• biopsie MeSH
• chemorezistence MeSH
• gastrointestinální nádory diagnóza   MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• kolorektální nádory diagnóza   MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• nádorové cirkulující buňky MeSH
• nádory slinivky břišní diagnóza   MeSH
• prognóza MeSH
• simulace molekulového dockingu MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The aim of the project is to detect circulating tumor cells (CTC) in peripheral blood of patients with metastatic prostate cancer before and during the cytotoxic therapy. Detection will be performed by the method of immunomagnetic separation and RNA isolation from this fraction. Then we will perform the cultivation of the detected cells including the cultivation in milieu of cytotoxic agents. In the next stage the genetic profile of the detected cells will be assessed (a panel of 24 genes) and a similar profile will be evaluated also in histological specimen of a primary tumor. Analysis results will be correlated to the clinical course of disease and the prognostic factors of treatment effect on CTC count decline and patients‘ survival will be determined.

Cílem projektu je detekovat cirkulující nádorové buňky (CTC) v periferní krvi u pacientů s metastatickým karcinomem prostaty před cytotoxickou léčbou a v jejím průběhu. Detekce bude provedena metodou imunomagnetické separace buněk a izolací RNA z této frakce. Dále proběhne kultivace části detekovaných buněk včetně kultivace v prostředí cytotoxických látek. V další fázi bude hodnocen genetický profil zjištěných buněk (stanovení panelu 24 genů) a obdobný profil také u histologického preparátu primárního tumoru. Výsledky analýz budou vztaženy na klinický průběh onemocnění a budou stanoveny prognostické faktory účinku léčby na pokles CTC a přežití pacientů.

• MeSH
• analýza přežití MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• exprese genu MeSH
• imunomagnetická separace MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• nádorové buněčné linie cytologie   MeSH
• nádorové cirkulující buňky MeSH
• nádory prostaty rezistentní na kastraci diagnóza   MeSH
• prognóza MeSH
• prostatický specifický antigen analýza   MeSH
• RNA analýza   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• andrologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Characterization of molecular changes in the population of circulating tumor cells (CTCs) in the connection to the applied therapy should be the ultimate goal of the proposed research project. Molecular gene expression profiling of CTCs, in metastatic ovarian cancer patients, could be one of the possible ways, how to identify all of the individual differences in the cancerogenesis and cancer therapy process (so called “real-time” tumor biopsy). Identification of biomarkers predicting resistance on the molecular level should bring us new valid information for oncotherapy individualization.

Charakterizace molekulárních změn v populaci cirkulujících nádorových buněk (CTC) v souvislosti s aplikovanou léčbou by měla být konečným cílem navrhovaného výzkumného projektu. Molekulární profilování genové exprese CTC u metastatických pacientek s karcinomem vaječníků, by mohlo být jedním z možných způsobů, jak popsat změny v kancerogenezi v průběhu terapeutického procesu, (tzv. "real-time" nádor biopsie). Identifikace biomarkerů na molekulární úrovni predikujích rezistenci k léčivům by měla přinést nové informace pro individualizaci onkoterapie.

• MeSH
• adherence k farmakoterapii MeSH
• exprese genu MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• karcinogeneze MeSH
• karcinom diagnóza   terapie   MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádorové cirkulující buňky MeSH
• nádory vaječníků diagnóza   terapie   MeSH
• ženy MeSH

• Konspekt
• Gynekologie. Porodnictví
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Multimarker real time RT-PCR enables quantitative detection of circulating melanoma cells in peripheral blood. The aim of the study is assessment of circulating tumor cells in patients treated with adjuvant interferon alfa therapy and vemurafenib treatment. The definition of therapy responders and non-responders according to the disease free interval and the level of circulating melanoma cells will provide important data also from the pharmacoeconomics point of view.

Cirkulující melanomové buňky v krvi pacientů představují riziko pro vznik vzdálených metastáz a špatnou prognózu. Metoda multimarkerové RT-PCR v reálném čase umožní kvantitativně stanovit jejich hladinu v periferní krvi. V předložené studii se zaměříme na stanovování hladin cirkulujících melanomových buněk v souvislosti s imunoterapií interferonem alfa a cílenou léčbou vemurafenibem. Výsledky mohou být podkladem pro posouzení úspěšnosti této finančně náročné léčby z farmakoekonomického pohledu.

• MeSH
• ekonomika farmaceutická MeSH
• imunoterapie MeSH
• interferon alfa MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• melanom MeSH
• messenger RNA MeSH
• nádorové cirkulující buňky MeSH
• protoonkogenní proteiny B-raf antagonisté a inhibitory   MeSH
• systémy cílené aplikace léků MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• dermatovenerologie
• molekulární biologie, molekulární medicína
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• adjuvantní chemoterapie MeSH
• analýza přežití MeSH
• androstenoly terapeutické užití   MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• deoxycytidin analogy a deriváty   terapeutické užití   MeSH
• fenylthiohydantoin analogy a deriváty   terapeutické užití   MeSH
• nádorové cirkulující buňky MeSH
• nádory močového měchýře farmakoterapie   MeSH
• nádory prostaty rezistentní na kastraci farmakoterapie   MeSH
• nádory prsu MeSH
• nádory vaječníků chirurgie   MeSH
• nádory závislé na hormonech MeSH
• neoadjuvantní terapie MeSH
• receptor erbB-2 MeSH
• vinca alkaloidy terapeutické užití   MeSH
• Publikační typ
• kongresy MeSH
• přednášky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie

The blood samples of women with diagnosis of breast cancer will be immunocytochemicaly analyzed for circulating tumor cells. Frequency of CTC will be compared with different breast cancer stages and with basic prognostic factors (node involvement, tumorgrade, expression of hormonal receptors and HER2/neu) at time of diagnosis, after primary treatment and every year. After three years of project the association between frequency of CTC, stage of the disease, type of treatment and clinical outcome of patients will be evaluated.

U všech pacientek podstupujících chirurgický výkon bude provedeno vyšetření na přítomnost CTC buněk. Bude porovnána frekvence výskytu CTC buněk podle nádorových stadií a bude porovnána s ostatními "klasickými" prognostickými a prediktivními faktory (velikost nádoru, postižení uzlin, grade, exprese hormonálních receptorů, stav angiogeneze primárního nádoru, exprese HER2/neu primárního nádoru). Obdobné vyšetření bude provedeno po skončení primární léčby a poté v ročních intervalech. Na konci projektu budevyhodnocen vztah mezi frekvencí CTC, stádiem nádoru, typem léčby a průběhem nemoci.

• MeSH
• biochemická analýza krve MeSH
• exprese genu MeSH
• extracelulární matrix MeSH
• leukocyty mononukleární MeSH
• mikrometastázy diagnóza   MeSH
• nádorové cirkulující buňky MeSH
• nádory prsu MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• prognóza MeSH
• sekundární prevence MeSH

• Konspekt
• Gynekologie. Porodnictví
• NLK Obory
• onkologie
• gynekologie a porodnictví
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The main goal of the project is to monitor disease progress in breast cancer patient by measuring the expression of disease marker genes MUC-1, EpCAM, and HER2/neu in circulating tumor cells (CTCs). Based on the number of CTCs in blood circulation and the level of marker gene expression we will monitor the dynamics of the disease and the effect of the chemotherapy the patient is given, which will allow us to optimize the treatment for every individual. This is expected to be one of the most important progresses in the therapy of cancer with major impact on the patient's health. The German company AdnaGen has developed a revolutionary approach for tumor diagnostics that sets new standard in cancer management by allowing for much earlier detection of tumor relapse with high accuracy, even in cases when conventional procedures do not identify metastasis. Their approach is based on collecting blood samples and enriching these for circulating tumor cells for subsequent gene expression analysis.

Předmětem návrhu projektu je sledování exprese genů (MUC-1, EpCAM, HER2/neu) v cirkulujících nádorových buňkách (CTC) u pacientek s rakovinou prsu. Na základě přítomnosti CTC v krvi a rozdílné expresi onkomarkerů na úrovni mRNA v těchto buňkách jsme schopni monitorovat dynamiku onemocnění v souvislosti s podávanou terapií a individuálně přistupovat k léčbě pacientky, což představuje zásadní pokrok v terapii nádorových onemocnění. Cílem je zavedení metody testování genové exprese CTC pomocí nového diagnostického systému AdnaGen - zavedení standardního operačního protokolu (SOP - standard operating procedure) pro časnou detekci metastatického onemocnění jako základu nových diadnostických a léčebných postupů.

• MeSH
• exprese genu MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádorové cirkulující buňky MeSH
• nádory prsu MeSH
• rozsev nádorových buněk MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR