Next generation sequencing (NGS) has opened a unique possibility to sequence all rearrangements of immunoglobulin (Ig) and T-cell receptor (TR) genes in biologic samples. Several groups including ours already presented data on the usefulness of NGS Ig/TR detection for the assessment of minimal residual disease (MRD) in lymphoid malignancies and for the evaluation of the entire immune spectrum in various normal and pathologic conditions. However, despite many advantages, the methodology still suffers from serious flaws, which prevent the introduction of the method into routine diagnostics. The aim of this project is (i) to develop and standardise in international collaboration several types of NGS Ig/TR assays for MRD detection in lymphoproliferative neoplasms, (ii) to prospectively evaluate the feasibility and performance of the new NGS-based approach compared to current gold standard methods (quantitative PCR and flow cytometry) in a cohort of patients with acute lymphoblastic leukemia.

Díky sekvenování nové generace (NGS) je nyní možné sekvenovat všechny přestavby genů pro imunoglobuliny (Ig) a T-buněčné receptory (TR) v biologických vzorcích. Několik skupin, včetně naší, již prezentovalo výsledky dokládající využitelnost detekce Ig/TCR pro stanovení minimální reziduální nemoci (MRD) u lymfoidních malignit a pro hodnocení imunitního repertoáru za fyziologických I patologických podmínek. I přes neoddiskutovatelné výhody má NGS stále závažné nedostatky, které brání použití metody pro rutinní diagnostiku. Cílem tohoto projektu je (i) zavést a standardizovat v rámci mezinárodní spolupráce různé typy Ig/TCR systémů pro detekci MRD u lymfoproliferativních malignit, (ii) prospektivně zhodnotit proveditelnost a využitelnost nového přístupu založeného na NGS v porovnání se současnými standardně používanými metodami (kvantitativní PCR a průtoková cytometry) na kohortě pacientů s akutní lymfoblastickou leukémií.

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie diagnóza   genetika   MeSH
• genová přestavba MeSH
• imunoglobulin G genetika   MeSH
• lidé MeSH
• receptory antigenů T-buněk genetika   MeSH
• reziduální nádor diagnóza   genetika   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• alergologie a imunologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Conventional methods of detecting disease remission in cancers such as leukemia rely on microscopic analysis of tissue samples. Measurable (or minimal) residual disease (MRD) describes the presence of disease beyond the levels of sensitivity afforded by microscopy. Fast Facts: Measurable Residual Disease describes what is meant by MRD, the opportunities and challenges afforded by its identification and the advantages and disadvantages of the methods used for its detection. Specific examples are given to illustrate the implications of detecting MRD in different disease scenarios, with emphasis on acute myeloid and lymphoblastic leukemias. With the recognition and monitoring of MRD likely to play an increasingly important role in disease prognosis and subsequent treatment direction, this accessible resource is ideal for any healthcare professional wanting to know more about this exciting and fast-moving area.Table of Contents:• What is measurable residual disease?• How is MRD measured?• What is the significance of MRD?

• MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• reziduální nádor diagnóza   terapie   MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• NLK Obory
• onkologie

Risk of relapse adjusted intensity of treatment is a trend in pediatric acute lymphoblastic leukemia (ALL) therapy. Detection of minimal residual disease (MRD) is essential for the risk stratification. Surprisingly, some lower risk patients relapse despite low MRD levels in bone marrow (BM) at early time points of the treatment. We suggest their leukemic cells are more capable of migration into extramedullary compartments, escape from therapy and give rise to a relapse. Our project is aimed at identification of high risk patients using peripheral blood (PB) and cerebrospinal fluid (CSF) MRD monitoring. Two most up to date methods will be used and standardized for routine use: real-time quantitative PCR and flow cytometry. We want to assess the prognostic significance of PB and CSF leukemic involvement and determine time points in which BM sampling could be replaced by less traumatic PB sampling, eventually integrate an improved diagnostic scheme into the widely used pediatric ALL treatment protocol.

Současným trendem v léčbě dětské akutní lymfoblastické leukémie (ALL) je dávkování léčby podle rizika relapsu. Významným nástrojem rizikové stratifikace se stává detekce minimální reziduální nemoci (MRN). U části pacientů nižšího rizika ale i přes nízkouhladinu MRN v kostní dřeni (KD) v časných bodech léčby dochází k relapsu onemocnění. Předpokládáme, že leukemické buňky těchto pacientů mají zvýšenou schopnost migrovat do extramedulárních prostor, unikat léčbě a posléze dát vznik relapsu. V předkládaném projektu chceme k odhalení těchto pacientů použít detekci MRN v periferní krvi (PK) a mozkomíšním moku (CSF) pomocí dvou nejmodernějších technik - kvantitativní PCR a průtokové cytometrie (PC), které zároveň chceme standardizovat pro použití v této indikaci. Cílem je zhodnotit prognostický význam postižení daných kompartmentů, určit časové body, ve kterých by vyšetření PK mohlo nahradit pacienta zatěžující vyšetření KD, a případně začlenit nové metody do léčebného schématu dětské ALL.

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie terapie   MeSH
• akutní nemoc MeSH
• dítě MeSH
• kostní dřeň MeSH
• krev MeSH
• mozkomíšní mok MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• reziduální nádor diagnóza   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• biologie
• pediatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Evaluation of clinical use of minimal residual disease (MRD) detection in prospective controlled systems (blood and bone marrow) in a group of 100-120 patients with non-smallcellular lung cancer (NSCLC). Prospective comparison of MRD circulating markers´expression, bone marrow expression and reaction to local and systemic therapy in pacients with lung cancer. Monitoring of MRD in blood at 6month intervals and in bone marrow at one year intervals in correlation with clinical follow-up of patients and monitoring of the disease-free interval and overall survival. If dependency between MRD and patients´ prognosis is confirmed, MRD may be utilized in monitoring the effect of local and systemic therapy using specific markers (CEA, c-met messenger RNA, EGFRand VEGFR mRNA, mRNA telomerase, CC-20). Evaluation of possible utilisation of MRD in tailoring and monitoring response to local and systemic therapy in operable stage of NSCLC.

Vyhodnocení možnosti klinického využití detekce minimální reziduální nemoci (MRD) v prospektivně kontrolovatelných systémech, tedy periferní krvi a kostní dřeni, u 100-120 pacientů s nově diagnostikovaným nemalobuněčným plicním karcinomem, prospektivní porovnání exprese cirkulujících markerů MRD a markerů MRD v kostní dřeni s reakcí na lokální a systémovou terapii u nemocných c karcinomem plic a dále monitorování hladin markerů MRD v periferní krvi v půlročních a v kostní dřeni v ročních intervalech přisoučasné klinické dispenzarizaci a sledování času do progrese a celkového přežití s perspektivou využití pro monitoraci efektů lokální a systémové léčby NSCLC pomocí trendování sérových hladin vybraných markerů (karcinoembryonální antigen -CEA, c-met messenger RNA, EGFR a VEGFR mRNA, mRNA telomerázy, cytokeratin CK 20). Posouzení možnosti využití stanovení MRD k tailorování a monitorování odpovědi na lokální a systémovou terapii operabilních stadií nemalobuněčné rakoviny plic

• MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• erbB receptory MeSH
• karcinoembryonální antigen analýza   MeSH
• nádory plic terapie   MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic chirurgie   terapie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• protoonkogenní proteiny c-met MeSH
• receptory vaskulárního endoteliálního růstového faktoru MeSH
• reverzní transkriptasa MeSH
• reziduální nádor diagnóza   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• pneumologie a ftizeologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

New molecular markers for monitoring minimal residual disease in patients with acute myeloid leukemia (AML). Quantitative determination of gene expression, mutation, and methylation in samples from AML patients. Evaluation of correlation of results of gene expression, mutation and methylation with the course of patients? treatment. The individualization of treatment and increased rate of survival of AML patients.

Nové molekulární markery pro monitorování minimální reziduální nemoci pro pacienty s akutními myeloidními leukemiemi (AML). Kvantitativní stanovení exprese, mutací a metylací genů ve vzorcích pacinetů AML. Porovnání výsledků exprese, mutací a metylací genů s průběhem léčby pacientů. Individualizace léčby a zvýšení přežití nemocných AML.

• MeSH
• bcr-abl fúzové proteiny antagonisté a inhibitory   MeSH
• exprese genu MeSH
• individualizovaná medicína metody   MeSH
• metylace DNA MeSH
• mutace MeSH
• myelodysplastické syndromy diagnóza   MeSH
• myeloidní leukemie diagnóza   terapie   MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• progrese nemoci MeSH
• reziduální nádor diagnóza   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Annotation I: Validation of different markers for the detection of pancreatic tumours cells in detection of minimal residual disease for pancreatic cancer. Annotation II: Evaluation of the clinical importance of residual disease in pancreatic cancer by comparison of the measurement of minimal residual disease with the progression of disease, over-all and relapse free survival and from response to different treatment regimens.

Anotace I: Validizace zavedených a identifikace nových markerů nádorových buněk vhodných pro detekci minimální reziduální choroby u karcinomu pankreatu. Anotace II: Zhodnocení klinického významu stanovování minimální reziduální choroby u karcinomu pankreatu, zvláště pro diagnostiku, prognózu, zhodnocení účinnosti jednotlivých léčebných režimů a rozpoznání recidivy či progrese.

• MeSH
• analýza přežití MeSH
• lokální recidiva nádoru diagnóza   MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory slinivky břišní diagnóza   MeSH
• progrese nemoci MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• reziduální nádor diagnóza   chirurgie   krev   MeSH
• staging nádorů MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

New molecular markers of residual disease in acute myeloid leukemia patients and of disease progression in myelodysplastic patients, and prediction of STI-571 responsiveness in chronic myeloid leukemia patients at molecular level. Genes: Wt-1, Survivin and leukemia-associated antigens. Methods: Quantitative real-time polymerase chain reaction, Western blotting and short-term cultivation of leukemic cells in vitro.

Nové molekulární markery minimální reziduální nemoci pacientů s akutní myeloidní leukemií, progrese nemoci pacientů s myelodysplastickými syndromy a rezistence pacientů s chronickou myeloidní leukemií k inhibitoru STI-571. Geny Wt-1, Survivin a s leukemiemi asociovaných antigenů (LAA). Kvantitativní reverzní řetězová polymerázová reakce v reálném čase. Western blotting. Krátkodobá kultivace leukemických buněk in vitro.

• MeSH
• bcr-abl fúzové proteiny antagonisté a inhibitory   MeSH
• myelodysplastické syndromy diagnóza   MeSH
• myeloidní leukemie diagnóza   terapie   MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• progrese nemoci MeSH
• reziduální nádor diagnóza   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• biologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The detection of minimum residual disease concerning the operated on the colorectal carcinoma when determining the stage of disease and indicating treatment.

Detekce minimální reziduální choroby u operovaných s kolorektálním karcinomem a stanovení jejího významu pro diagnostiku a léčbu.

• MeSH
• imunohistochemie využití   MeSH
• kolorektální nádory sekundární   MeSH
• metastázy nádorů diagnóza   MeSH
• nádorové cirkulující buňky klasifikace   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• reziduální nádor diagnóza   terapie   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Treatment results of AHSCT in children with neuroblastoma,Ewing sarcoma and rhabdomyosarcoma can be deteriorated by retransplantation of residual tumor cell.The goal of our project is to increase safety of AHSCT following ways: a)more sensitive techniques of detection minimal residual disease (PGP9.5 and tyrosinehydroxylase,t(11;22),t(21;22) t(7;22),t(2;13),(q35;14). b)to improve ex vivo graft purging (mafosfamide)by including selective cytoprotective treatment.

Předpokládáme,že výsledky AHSCT u dětí s neuroblastomem,Ewingovým sarkomem a rabdomysarkomem jsou nepříznivě ovlivněnyvysokou příměsí nádorových buněk.Cílem projektu je zvýšit bezpečnost AHSCT a to dvojí cestou: a)citlivější detekcí (RT-PCR)minimální residuální choroby (PGP9.5 a tyrosin hydroxylázy,t(11;22),t(21;22),t(7;22) t(2;13),(q35;g35).b)purginem štěpu mafosfamidem se současnou kultivací kmenových buněk ex-vivo s cytoprotektivní látkou amifostinem.

• MeSH
• čištění kostní dřeně MeSH
• etoposid MeSH
• hematopoetické kmenové buňky účinky léků   MeSH
• reziduální nádor diagnóza   MeSH
• transplantace hematopoetických kmenových buněk MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The detection of residual disease after high-dose therapy in multiple myeloma by flow cytometry using specific antibodies against the palsma cells.

Detekce reziduální choroby mnohočetného myelomu po vysokodávkové chemoterapii pomocí průtokové cytometrie využívající specifických protilátek proti plazmatickým buňkách.

• MeSH
• fluorescenční protilátková technika MeSH
• mnohočetný myelom farmakoterapie   MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• prognóza MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• reziduální nádor diagnóza   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR