Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
Nestr.
BCR-ABL1 fusion is a hallmark of chronic myeloid leukaemia (CML) and is present also in a subset of acute lymphoblastic leukaemia (ALL). Our previous studies and preliminary data suggest, that some cases diagnosed as ALL might be in fact CML in lymphoid blast crisis. In the proposed project we aim to disclose background of BCR-ABL1-positive childhood leukaemia at molecular and biological level, with a specific interest in differences between “typical ALL” and “possible CML” cases. For this purpose we will use genomic (SNP array, MLPA, whole exome sequencing), transcriptomic (expression profiling, RNAseq) and cytometric (Mass Cytometry) approaches. Moreover, employing monitoring of the treatment using various approaches including quantification of genomic fusion of BCR and ABL1 genes will help to establish the role of residual disease monitoring in this ALL subset and the optimal technique. The results could have an important implications for optimal treatment strategy, monitoring and for outcome of these leukaemias.
Fúzní gen BCR-ABL1 je charakteristickým znakem chronické myeloidní leukémie (CML) a je přítomen i u podskupiny akutních lymfoblastických leukémií (ALL). Naše předchozí studie a předběžné výsledky ukazují, že některé případy diagnostikované jako ALL mohou být ve skutečnosti CML v lymfoidní blastické krizi. V předkládaném projektu chceme objasnit pozadí BCR-ABL1-pozitivních dětských leukémií na buněčné a molekulární úrovni se zvláštím zaměřením na odlišnosti mezi případy “typické ALL” a “možné CML”. K tomu využijeme genomické (SNP array, MLPA, celoexomové sekvenování), transkriptomické (expresní profilování, celogenomové transkriptomové sekvenování) a cytometrické (“Mass Cytometry”) přístupy. Monitorování léčby různými metodami včetně kvantifikace genomické fúze mezi geny BCR a ABL1 navíc umožní stanovit úlohu sledování zbytkové nemoci u této podskupiny ALL a optimální techniku. Tyto výsledky mohou mít důležitý dopad na volbu optimálního terapeutického přístupu, monitorování a na léčebné výsledky těchto leukémií.
- MeSH
- akutní lymfatická leukemie diagnóza genetika MeSH
- bcr-abl fúzové proteiny analýza genetika škodlivé účinky MeSH
- chronická myeloidní leukemie diagnóza genetika MeSH
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- prognóza MeSH
- průtoková cytometrie metody MeSH
- reziduální nádor MeSH
- sekvenování celého genomu metody MeSH
- stanovení celkové genové exprese metody MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- pediatrie
- onkologie
- hematologie a transfuzní lékařství
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
Nestr.
Next generation sequencing (NGS) has opened a unique possibility to sequence all rearrangements of immunoglobulin (Ig) and T-cell receptor (TR) genes in biologic samples. Several groups including ours already presented data on the usefulness of NGS Ig/TR detection for the assessment of minimal residual disease (MRD) in lymphoid malignancies and for the evaluation of the entire immune spectrum in various normal and pathologic conditions. However, despite many advantages, the methodology still suffers from serious flaws, which prevent the introduction of the method into routine diagnostics. The aim of this project is (i) to develop and standardise in international collaboration several types of NGS Ig/TR assays for MRD detection in lymphoproliferative neoplasms, (ii) to prospectively evaluate the feasibility and performance of the new NGS-based approach compared to current gold standard methods (quantitative PCR and flow cytometry) in a cohort of patients with acute lymphoblastic leukemia.
Díky sekvenování nové generace (NGS) je nyní možné sekvenovat všechny přestavby genů pro imunoglobuliny (Ig) a T-buněčné receptory (TR) v biologických vzorcích. Několik skupin, včetně naší, již prezentovalo výsledky dokládající využitelnost detekce Ig/TCR pro stanovení minimální reziduální nemoci (MRD) u lymfoidních malignit a pro hodnocení imunitního repertoáru za fyziologických I patologických podmínek. I přes neoddiskutovatelné výhody má NGS stále závažné nedostatky, které brání použití metody pro rutinní diagnostiku. Cílem tohoto projektu je (i) zavést a standardizovat v rámci mezinárodní spolupráce různé typy Ig/TCR systémů pro detekci MRD u lymfoproliferativních malignit, (ii) prospektivně zhodnotit proveditelnost a využitelnost nového přístupu založeného na NGS v porovnání se současnými standardně používanými metodami (kvantitativní PCR a průtoková cytometry) na kohortě pacientů s akutní lymfoblastickou leukémií.
- MeSH
- akutní lymfatická leukemie diagnóza genetika MeSH
- genová přestavba MeSH
- imunoglobulin G genetika MeSH
- lidé MeSH
- receptory antigenů T-buněk genetika MeSH
- reziduální nádor diagnóza genetika MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- genetika, lékařská genetika
- onkologie
- alergologie a imunologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
Nestr.
Contemporary high-throughput genomic techniques including Next Generation Sequencing and Single Nucleotide Polymorphism analysis allow individual characterization of childhood patients suffering from selected haematopoietic disorders. Current project concentrates on three important subgroups of these disorders: i) children with high-risk acute lymphoblastic leukaemia (ALL) of the B cell precursors, so far poorly identified by current diagnostic algorithms, ii) refractory relapsing ALL cases and iii) children with haematopoietic disorders with familial background. The main objective is to develop a robust genomic approaches including bioinformatic analyses leading to the new algorithm of risk-stratification and targeted therapy. Newly discovered genetic aberrations will be validated, new potential drugable targets tested and results shared within existing international consortia.
Moderní genomické metody zahrnující sekvenování nové generace a analysu jednonukledotidových polymorfismů umožňují individuální charakterisaci dětských pacientů s určitými poruchami krvetvorby. Tento projekt je zaměřen na tři důležité podskupiny pacientů: i) děti s vysocerizikovou akutní lymfoblastickou leukemií z prekursorů B buněk, které jsou dosavadními postupy těžko identifikovatelné, ii) dětské pacunty s refrakterní recidivující ALL a iii) děti s poruchami krvetvorby dětského věku s vrozeným základem. Hlavním cílem je vyvinout robustní genomický postup včetně bioinformatických analys, který by vedl k novému diagnostickému algoritmu rizikové stratifikace a cílené léčbě. Nově objevené genetické aberace budou validovány, potenciálně lékově ovlivnitelné cíle testovány a sdíleny v rámci existujících mezinárodních konsorcií.
- MeSH
- akutní lymfatická leukemie diagnóza genetika MeSH
- dítě MeSH
- genom lidský MeSH
- individualizovaná medicína MeSH
- krevní nemoci diagnóza genetika terapie MeSH
- lidé MeSH
- výpočetní biologie metody MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- Konspekt
- Pediatrie
- NLK Obory
- pediatrie
- hematologie a transfuzní lékařství
- genetika, lékařská genetika
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : ilustrace, tabulky ; 30 cm
Next generation sequencing is a ground-breaking method resulting in hundreds of thousands to millions of sequences that becomes accessible in common laboratory practice. NGS offers an ideal tool for assessment of immunoglobulin (Ig) and T-cell receptor gene (TCR) rearrangement spectrum that would give complex information on representation and kinetics of lymphocyte clones with particular sequences of antigen receptors. In this project we want to validate the method for minimal residual disease (MRD) evaluation in lymphoid malignancies, assuming that NGS will outperform the current method of concrete clone quantification in every aspect, including costs. Concurrently with MRD, it will be possible to study restoring of Ig and TCR repertoire after initial chemotherapy and stem cell transplantation in childhood acute lymphoblastic leukemia and kinetics of particular non-malignant lymphocyte populations targeting infections, residual leukemic cells, or self-antigens in case of graft-versus-host disease
Sekvenování nové generace (NGS) je převratnou metodou s výstupem statisíců až milionů přečtených sekvencí, která začíná být dostupná v běžné laboratorní praxi. NGS se nabízí jako ideální metoda pro určení spektra přestaveb genů pro imunoglobuliny (Ig) a T-buněčné receptory (TCR), která přinese komplexní informaci o zastoupení a kinetice lymfocytárních klonů s konkrétními sekvencemi receptorů pro antigeny. V předkládaném projektu plánujeme tuto metodu validovat pro účely sledování minimální reziduální nemoci (MRN) u lymfoidních malignit s předpokladem, že NGS předčí stávající metodu kvantifikace konkrétního klonu ve všech aspektech, včetně finančního. Současně s MRN bude možno studovat obnovování repertoáru Ig a TCR po iniciální chemoterapii a po transplantaci hemopoetických progenitorů u dětské akutní lymfoblastické leukémie a kinetiku konkrétních populací nemaligních lymfocytů cílených proti infekcím, reziduálním leukemickým buňkám, případně vlastním antigenům v případě reakce štěpu proti hostiteli.
- MeSH
- akutní lymfatická leukemie diagnóza MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody trendy MeSH
- genetické testování MeSH
- imunoglobuliny analýza MeSH
- molekulární biologie MeSH
- protoonkogenní protein MLL MeSH
- receptory antigenů T-buněk analýza MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- Konspekt
- Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
- NLK Obory
- biologie
- alergologie a imunologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : ilustrace, tabulky ; 30 cm
The main aims of the project are —using both human cell lines and clinical samples— to dissect and unravel a role of proteins belonging to the translation initiation factor 4E family in initiation and relapse of the acute lymphoblastic leukemia (ALL) and to evaluate them as predictive markers and potential targets for therapy. We expect that obtained results will positively influence both diagnostics of ALL as well as preclinical and clinical research aimed to new molecular targets evaluation and new therapies development.
Hlavním cílem projektu je s využitím buněčných linií i klinických vzorků zkoumat a objasnit roli proteinů z rodiny translačního iniciačního faktoru eIF4E při vzniku a relapsu akutní lymfoblastické leukémie a zhodnotit vhodnost těchto proteinů jako potenciálních prediktivních ukazatelů a případných cílů pro léčbu. Předpokládáme, že získané výsledky a vyvinuté metodiky ovlivní jednak diagnostiku ALL, jednak preklinický a klinický výzkum zacílený na hledání nových molekulárních cílů a vývoj nových terapeutických strategií u ALL.
- MeSH
- akutní lymfatická leukemie diagnóza terapie MeSH
- bcr-abl fúzové proteiny MeSH
- diagnostické techniky molekulární MeSH
- eukaryotický iniciační faktor 4E analýza MeSH
- homeoboxové geny MeSH
- messenger RNA MeSH
- nádorové biomarkery analýza MeSH
- prediktivní hodnota testů MeSH
- ribavirin MeSH
- sirolimus analogy a deriváty MeSH
- TOR serin-threoninkinasy antagonisté a inhibitory MeSH
- transformace genetická MeSH
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
135 l. : il., tab. ; 30 cm
ALL is the most frequent malignant disease of childhood. Surviving of leukemic cells is dependent on the bone marrow microenvironment, therefore we will focus on the analysis of soluble proteins pattern in the bone marrow plasma of children with ALL. Soluble proteins pattern will be analyzed by proteomic methods. Proteins differently expressed in ALL and control bone marrow plasma will be verified by flow cytometry and enzyme-linked immunoanalysis investigation. Identified proteins can be used as diagnostic markers of leukemias with worse prognosis or as the potential therapeutic targets, if these proteins significantly support the surviving of leukemic cells.
ALL je nejčastějším maligním onemocněním dětí. Přežívání leukemických buněk je závislé na mikroprostředí kostní dřeně, proto se v našem projektu zaměříme na analýzu solibilních faktorů přítomných v plazmě kostní dřeně dětí s ALL. Složení kostní plazmy dětí s ALL a kontrolní skupiny budeme analyzovat pomocí proteomických technik jako je "protein array" a dvoudimenzionální elektroforéza. Rozdíly v zastoupení proteinů ověříme pomocí průtokové cytometrie a enzymové imunoanalýzy. Zjištěné proteiny z kostní plazmy mohou sloužit jako diagnostické znaky leukémií s horší prognózou, nebo jako potenciální terapeutické cíle, bude-li se jednat o molekuly významně podporující přežívání leukemických buněk.
- MeSH
- akutní lymfatická leukemie diagnóza MeSH
- akutní nemoc MeSH
- dítě MeSH
- krevní plazma MeSH
- prognóza MeSH
- proteomika MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- Konspekt
- Pediatrie
- NLK Obory
- pediatrie
- hematologie a transfuzní lékařství
- onkologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR