Mass of multiple myeloma aberrant cells represents at the time of diagnosis a mixture of multiple independent clones that vary in size with time. Population of aberrant cells of minimal residual disease (MRD) represents only a subset of clones from their complex pool, which survived the treatment. The reduction of the number of multiple myeloma clones is associated with decreased genetic variability. Decrease in intratumor heterogeneity after frontline therapy allows implementation of individualized therapy targeting residual clone. Genome wide sequencing combined with gene expression profiling of residual clone will enable to identify key set of mutations and/or affected pathways that can be eliminated by some of the novel targeted therapeutic agents.

Masa aberantních buněk mnohočetného myelomu je v době diagnózy složena ze směsi několika nezávislých klonů s proměnlivou velikostí v čase. Populace aberantních buněk minimální reziduální nemoci (MRN) představuje pouze podmnožinu klonů z původního množství, které přežily léčbu. Zmenšení počtu klonů mnohočetného myelomu je spojeno se snížením celkové genetické variability. Snížení heterogenity uvnitř nádoru po aplikaci primární terapie dovoluje zařazení individualizované léčby zacílené na zbytkový klon. Genomové sekvenování spolu s profilováním genové exprese ve zbytkovém klonu umožní identifikovat sadu klíčových mutací a/nebo poškozených metabolických drah, které mohou být odstraněny některou z nových cílených terapeutických látek.

• MeSH
• buněčné klony MeSH
• cílená molekulární terapie metody   MeSH
• genom lidský MeSH
• genomika metody   MeSH
• individualizovaná medicína metody   MeSH
• lidé MeSH
• mnohočetný myelom farmakoterapie   genetika   MeSH
• mutace MeSH
• průtoková cytometrie metody   MeSH
• reziduální nádor farmakoterapie   genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

BCR-ABL1 fusion is a hallmark of chronic myeloid leukaemia (CML) and is present also in a subset of acute lymphoblastic leukaemia (ALL). Our previous studies and preliminary data suggest, that some cases diagnosed as ALL might be in fact CML in lymphoid blast crisis. In the proposed project we aim to disclose background of BCR-ABL1-positive childhood leukaemia at molecular and biological level, with a specific interest in differences between “typical ALL” and “possible CML” cases. For this purpose we will use genomic (SNP array, MLPA, whole exome sequencing), transcriptomic (expression profiling, RNAseq) and cytometric (Mass Cytometry) approaches. Moreover, employing monitoring of the treatment using various approaches including quantification of genomic fusion of BCR and ABL1 genes will help to establish the role of residual disease monitoring in this ALL subset and the optimal technique. The results could have an important implications for optimal treatment strategy, monitoring and for outcome of these leukaemias.

Fúzní gen BCR-ABL1 je charakteristickým znakem chronické myeloidní leukémie (CML) a je přítomen i u podskupiny akutních lymfoblastických leukémií (ALL). Naše předchozí studie a předběžné výsledky ukazují, že některé případy diagnostikované jako ALL mohou být ve skutečnosti CML v lymfoidní blastické krizi. V předkládaném projektu chceme objasnit pozadí BCR-ABL1-pozitivních dětských leukémií na buněčné a molekulární úrovni se zvláštím zaměřením na odlišnosti mezi případy “typické ALL” a “možné CML”. K tomu využijeme genomické (SNP array, MLPA, celoexomové sekvenování), transkriptomické (expresní profilování, celogenomové transkriptomové sekvenování) a cytometrické (“Mass Cytometry”) přístupy. Monitorování léčby různými metodami včetně kvantifikace genomické fúze mezi geny BCR a ABL1 navíc umožní stanovit úlohu sledování zbytkové nemoci u této podskupiny ALL a optimální techniku. Tyto výsledky mohou mít důležitý dopad na volbu optimálního terapeutického přístupu, monitorování a na léčebné výsledky těchto leukémií.

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie diagnóza   genetika   MeSH
• bcr-abl fúzové proteiny analýza   genetika   škodlivé účinky   MeSH
• chronická myeloidní leukemie diagnóza   genetika   MeSH
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• prognóza MeSH
• průtoková cytometrie metody   MeSH
• reziduální nádor MeSH
• sekvenování celého genomu metody   MeSH
• stanovení celkové genové exprese metody   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• pediatrie
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Most of the currently routine coagulation tests and molecular biology is focused only on the part of the coagulation system or a single parameter. Despite advances in the diagnosis of disorders of blood clotting is still part of the patients in whom the clinical course of severe pregnancy complications does not correlate with the results of available tests. Expression of tissue factor and its inhibitor (TFPI), based on recent knowledge of its patofyziologického effect, a possible marker of pregnancy complications. Tissue factor (TF), plays an important role both in inflammation and thrombosis. Complexes of TF contribute to the initiation of inflammation cleavage protease activated receptors (PAR) and thereby increase the expression of TNF-, interleukins and adhesion molecules. in line with this hypothesis we assume that the TF might be involved in penetration between inflammation and thrombosis, which are responsible for complications in pregnancy.

Většina v současné době rutinně prováděných koagulačních a molekulárně biologických vyšetření je zaměřena vždy jen na část koagulačního systému nebo jeho jednotlivý parametr. I přes pokroky v diagnostice poruch krevního srážení stále zůstává část pacientek, u kterých závažný klinický průběh těhotenských komplikací nekoreluje s výsledky dostupných vyšetření. Exprese tkáňového faktoru a jeho inhibitoru (TFPI), na základě posledních znalostí jeho patofyziologického působení, je možným markerem vzniku těhotenských komplikací. Tkáňový faktor (TF), hlavní buněčný iniciátor aktivace koagulační proteázové kaskády, hraje důležitou roli jak u trombózy tak u zánětu. Komplexy TF přispívají k iniciaci zánětu štěpením proteázami aktivovaných receptorů (PAR), a tím zvyšují expresi TNF- , interleukinů a adhezivních molekul. V souladu s touto hypotézou předpokládáme, že TF by mohl být zapojen do pronikání mezi zánětem a trombózou, které jsou zodpovědné za komplikace v těhotenství.

• MeSH
• faktor VIIa MeSH
• hematologické komplikace těhotenství MeSH
• koagulační faktory MeSH
• preeklampsie prevence a kontrola   MeSH
• průtoková cytometrie metody   využití   MeSH
• tkáňový faktor analýza   MeSH
• ženy MeSH

• Konspekt
• Gynekologie. Porodnictví
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

We expect end up with standardized 8-color flow cytometry for diagnosing and disease monitoring of various hematological malignancies as currently is within the Euroflow project under the development. Uniformly performed diagnostics across the centers inCzechia will enable searching new prognostic correlations and computer assisted diagnostic evaluation. Important part of the project is the development of minimal residual disease detection on common basis which will also enable inter-laboratory standardization and quality data control. Four centers focused on different patients group agreed in participation in the project and all disease categories are covered within these center.

Projekt si klade za cíl zavést 8-mi barevnou standardizovanou cytometrickou diagnostiku hematologických malignit v návaznosti na evropský projekt Euroflow. Jednotně provedená diagnostika navíc umožní komputační zpracování dat a hledání prognostických vztahů v multicentrických souborech. Důležitou součástí projektu je vývoj jednotného postupu detekce odpovědi na léčbu (stanovení minimální reziduální nemoci), a zavedení metodiky externí kontroly kvality stanovení. Projekt je navržen jako projekt multicentrický se zastoupením 4 významných diagnostických center tak, aby bylo zajištěno dostatečné zastoupení všech klinických skupin hematologických malignit.

• MeSH
• hematologické nádory diagnóza   prevence a kontrola   MeSH
• imunofenotypizace MeSH
• metody pro podporu rozhodování MeSH
• plošný screening MeSH
• průtoková cytometrie metody   normy   přístrojové vybavení   trendy   MeSH
• referenční standardy MeSH
• reziduální nádor MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

This proposed project focuses on extramedullary relapse (EM) in patients with multiple myeloma. Currently, new effective drugs are used that seem to influence the occurence of this aggressive relapse. Our study will aim at characterization of plasmocytesfrom marrow as well as soft tissue lesions by cytogenetic and molecular biological methods. Retrospective analysis of EM occurence will be performed in various groups of patents and a change in the treatment protocol will be proposed.

Předkládaný projekt se zabývá extramedulárním relapsem (EM) u pacientů s mnohočetným myelomem. V současnosti jsou používány nové efektivní léky, které ovlivňují výskyt tohoto agresivního relapsu. Naše studie se zaměří na charakterizaci plasmocytů jak z dřeně, tak z měkkotkáňových ložisek cytogenetickými a molekulárně biologickými metodami. Bude provedena prospektivní analýza výskytu EM u různých skupin pacientů a bude navržena změna léčebného protokolu.

• MeSH
• analýza přežití MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• exprese genu MeSH
• fenotyp MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• incidence MeSH
• kostní dřeň MeSH
• kvalita života MeSH
• mnohočetný myelom diagnóza   etiologie   farmakoterapie   patofyziologie   terapie   MeSH
• plazmatické buňky cytologie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• prospektivní studie MeSH
• průtoková cytometrie metody   využití   MeSH
• recidiva MeSH
• výsledek terapie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The project aims to improve our understanding of novel mechanisms of the effects of platinum (Pt) cytostatics, PPAR? ligands and their combinations at both molecular and cellular level. We will analyze specific genes and proteins regulating cell cycle and apoptosis in cell lines derived from colon and prostate carcinoma (incl. both sensitive and resistant cells, specific transfectants and knock-outs). We expect a distinct expression in cells derived from tumour and normal tissues. The identified differences will be compared with clinical samples derived from patients with analogous tumours, in order to improve the interpretation of results. The goal is understanding of significant differences from the point of view of cytokinetics, interpretation of their importance for prediction of therapy with Pt cytostatics (incl. novel complexes) and analysis of the role of PPAR? ligands in these potential cooperative effect using up-to-date methods of molecular biology and analytical cytometry.

Projekt je zaměřen na poznání nových mechanismů účinků vybraných platinových (Pt) cytostatik, ligandů PPAR? a jejich kombinací na molekulární a buněčné úrovni. U buněčných linií odvozených z nádorů kolonu a prostaty (senzitivních i rezistentních včetně specifických transfektantů a ?knock-out? linií) budou analyzovány specifické geny a proteiny regulující buněčný cyklus a apoptózu. Očekáváme odlišnou expresi u buněčných populací odvozených z normálních a nádorových tkání. Zjištěné rozdíly budou srovnávány s výsledky klinických vzorků z pacientů s analogickými nádory, což přispěje k lepšímu pochopení a nové interpretaci výsledků. Cílem je postihnout podstatné rozdíly z hlediska cytokinetiky a pokusit se odvodit jejich význam pro predikci účinnosti léčbyPt cytostatiky (včetně nových vysoce účinných komplexů) a posoudit úlohu ligandů PPAR? (potenciální kooperativní efekt) v těchto procesech s využitím nejmodernějších metod molekulární biologie a analytické cytometrie.

• MeSH
• apoptóza MeSH
• buněčný cyklus MeSH
• cytostatické látky terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární biologie MeSH
• nádory prostaty farmakoterapie   MeSH
• nádory tračníku farmakoterapie   MeSH
• nádory farmakoterapie   MeSH
• platina terapeutické užití   MeSH
• PPAR gama terapeutické užití   MeSH
• průtoková cytometrie metody   využití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Farmacie. Farmakologie
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Diamond-Blackfan anaemia (DBA) is a rare inherited erythroid aplasia. The etiology was only partly elucidated in 1999 with the discovery of mutated ribosomal protein (RP) S19. DBA is the first known hematological disease caused by ribosomal protein mutations. Recent studies have found a relation between mutations in ribosomal protein genes and the tumor suppressor p53 stability that may be important in DBA pathogenesis. In the cohort of 30 paediatric DBA patients haematological and biochemical indiciesof anaemia will be assessed. Mutations of RP genes and proteins involved in ribosomal biogenesis, single nucleotide polymorphisms of NQO1 and MDM2 protein by sequencing and PCR method and expression of p53, p51 and hTERT using the method of flow cytometry wiill be examined with the aim to determine their influence on the disease etiology and phenotype. The aim of the project is identification of pathogenetic mechanism and creation of new diagnostic and treatment algorithms for DBA.

Diamondova-Blackfanova anémie (DBA) je vzácná vrozená aplazie erytropoézy. Etiologie byla částečně objasněna teprve v posledních letech. U 40-50% pacientů byly nalezeny mutace genů pro ribosomální proteiny (RP). Etiologie nemoci u ostatních pacientů neníjasná. Nejnověji je intenzivně zkoumán možný vliv změn exprese proteinu p53. Prognóza pacientů s těžkou anémií je nejistá, léčebné možnosti omezené. Bude vytvořena databáze pacientů s DBA v České republice, vyšetřeny základní charakteristiky anémie. Budou zkoumány SNP genů pro NQO1 a MDM2 pomocí PCR technik a sekvenování, exprese genů pro proteiny p53, p21, hTERT pomocí mnohobarevné průtokové cytometrie. U pacientů bez dosud známé mutace bude analyzována přítomnost mutací genů pro RP a jiné proteiny proteosyntetického aparátu metodou vysokokapacitního sekvenování. Smyslem projektu je identifikace patogenetických mechanizmů nemoci, upřesnění diagnostiky, hledání nových léčebných možností s cílem zlepšení kvality života pacientů a prognózy onemocnění.

• MeSH
• časná diagnóza MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   využití   MeSH
• Diamondova-Blackfanova anemie diagnóza   terapie   MeSH
• exprese genu MeSH
• geny p53 MeSH
• iniciace translace peptidového řetězce MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• kvalita života MeSH
• mutace MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• prognóza MeSH
• průtoková cytometrie metody   využití   MeSH
• registrace MeSH
• ribozomální proteiny MeSH
• vrozené, dědičné a novorozenecké nemoci a abnormality prevence a kontrola   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• genetika, lékařská genetika
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Development of a prognostic panel for patients with monoclonal gammopathy of unknown significance using conventional risk factors for malignant transformation as well as novel parameters based on genomic and flowcytometric analysis. Early identificationof patients at a high risk of malignant transformation into established cancer. Creation of a sensitive prediction tool for malignant transformation of MGUS as a first step towards prophylactic experimental treatment.

Vytvoření moderního prognostického panelu u pacientů s monoklonální gamapatií nejasného významu za použití konvenčních rizikových faktorů maligní transformace i nových genomických a flowcytometrických parametrů. Včasné odhalení rizika maligní transformace MGUS jako prekancerózy do plně rozvinutého nádorového onemocnění. Vytvoření citlivého prediktivního nástroje maligního zvratu MGUS jako prvního kroku pro preventivní experimentální léčbu.

• MeSH
• lehké řetězce imunoglobulinů analýza   MeSH
• monoklonální gamapatie nejasného významu MeSH
• nádorová transformace buněk MeSH
• prekancerózy diagnóza   prevence a kontrola   terapie   MeSH
• prognóza MeSH
• průtoková cytometrie metody   využití   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• radiologie, nukleární medicína a zobrazovací metody
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

This project concerns reprogramming somatic cells into pluripotent cells by micro RNA induction. Three cell lines will be transfected with miRNA. The success in reprogramming will be validated by reporter gene driven by pluripotent marker and by next validation of pluripotency will be done by microarrays. Neural differentiation will be performed according to standardized protocol.

Tento projekt se zabývá reprogramováním somatických buněk na buňky pluripotentní pomocí indukce microRNA. Celkem budou miRNA transfekovány 3 buněčné linie. Úspěšnost indukce bude hodnocena pomocí reportérového genu spojeného s pluripotentním promotorem.Pluripotence bude hodnocena také pomocí microarrays. Čistá populace pluripotentích buněk bude izolována pomací FACS. Nervová diferenciace bude prováděna pomocí standardizovaného protokolu.

• MeSH
• buněčná diferenciace MeSH
• embryonální kmenové buňky MeSH
• fibroblasty MeSH
• indukované pluripotentní kmenové buňky MeSH
• mikro RNA MeSH
• neurony MeSH
• průtoková cytometrie metody   využití   MeSH
• zubní dřeň MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• neurologie
• biologie
• cytologie, klinická cytologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Very little is known about the nature of prions in blood. Detection of pathological prion protein (PrPtse) in blood is complicated by the presence of substantial amount of cellular prion protein (PrPc) and by unavailability of PrPtse specific antibodies.Recently, a small number of antibodies that can discriminate between PrPc and PrPtse was developed. Two of these, V5B2 and 4C2, were made available to us by collaborating laboratories. We hypothesize that PrPtse may be preferentially present and concentrated on a minor population of blood cells and that the use of conformation specific antibodies may allow its detection. To test our hypothesis we plan to utilize quantitative multi-color flow cytometry to study PrPc / PrPtse expression on blood cells ofsymptomatic CJD patients. In addition we will evaluate the level of PrPc / PrPtse in plasma and cerebral spinal fluid by sandwich ELISA and blood levels of mRNA for selected potential markers of CJD using quantitative PCR.

Znalosti o původu a vlastnostech prionů v krvi jsou velmi omezené. Detekce patologického prionového proteinu (PrPtse) v krvi je komplikována přítomností normálního buněčného prionového proteinu (PrPc). Detekce PrPtse na krevních buňkách je omezena nedostupností protilátek schopných rozlišit mezi PrPc a PrPtse. Až v posledni době se podařilo připravit unikátní protilátky schopné specificky rozeznat PrPtse. Dvě z nich, V5B2 a 4C2, nám byly poskytnuty zahraničními spolupracovníky pro realizaci tohoto projektu. Předpokládáme, že PrPtse se v krvi koncentruje v malé specifické subpopulaci buněk. Použití konformačních protilátek by pak mělo umožnit jeho detekci. Pro ověření naší hypotézy plánujeme provést kvantitativní studii exprese PrPc / PrPtse na subpopulacích krevních buněk pacientů s CJN pomocí multibarevné průtokové cytometrie. Kromě toho budeme sledovat hladinu PrPc / PrPtse v plazmě a likvoru pomocí vysoce citlivé ELISA a vyšetříme krevní hladiny mRNA pro vybrané potenciální markery CJN.

• MeSH
• Creutzfeldtova-Jakobova nemoc krev   přenos   MeSH
• ELISA metody   využití   MeSH
• messenger RNA analýza   krev   MeSH
• monoklonální protilátky MeSH
• prionové nemoci diagnóza   prevence a kontrola   přenos   MeSH
• průtoková cytometrie metody   využití   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• neurologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR