The project proposed aims at studying expression of biotransformation enzymes in primary liver cancer, namely hepatocellular carcinoma (HCC). Hepatocytes constitute approx. 80% of liver cell population and form a major biotransformation organ of the human body. Biotransformation affects drug levels by their metabolic inactivation/activation. HCC, i.e. primary hepatocyte malignancy, threatens the patient not only by tumour growth - malignant hepatocytes lose their metabolic capacity, which can affect the efficiency and toxicity of pharmacotherapy (incl.chemotherapy and targeted therapy). It is known that enzyme expression vanishes in cultivated primary hepatocytes and hepatic cancer cell lines. However, the expression of biotransformation enzymes in HCC has not been described in Caucasian population and has never been studied in the context of clinical data and pharmacotherapy.

Předkládaný projekt se zabývá studiem exprese biotransformačních enzymů a mechanismů její deregulace u primárních jaterních malignit, zejména hepatocelulárního karcinomu (HCC). Hepatocyty tvoří asi 80% jaterní tkáně a vytvářejí tak nejvýznamnější biotransformační orgán lidského těla. Biotransformace definuje značnou část účinku léčiv rychlostí jejich metabolické inaktivace/aktivace. HCC ohrožuje pacienta nejen nádorovým bujením - maligní hepatocyty ztrácí metabolickou kapacitu, což může mít dopad na účinnost a toxicitu farmakoterapie (vč. chemoterapie či cílené léčby). Je všeobecně známo, že exprese biotransformačních enzymů u kultivovaných primárních hepatocytů a nádorových hepatických linií mizí a obdobnou situaci lze předpokládat v jaterních tumorech. Exprese biotransformačních enzymů v HCC nebyla dosud studována v kontextu klinických dat a farmakoterapie, a v evropské populaci dosud ani popsána.

• MeSH
• Biotransformation MeSH
• Epigenomics MeSH
• Pharmacogenetics MeSH
• Carcinoma, Hepatocellular genetics   metabolism   MeSH
• MicroRNAs MeSH
• Cytochrome P450 Family 2 MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• hepatologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Extramedullary relapse (EM) of multiple myeloma is becoming another obstacle on the way towards improvement of quality of life of multiple myeloma (MM) patients. EM is characterized by aggressive disease course and shorter survival. EM is caused by the ability of plasma cells to migrate out of the bone marrow and their partial or complete independence from the bone marrow microenvironment. This grant aims to clarify factors coupled with independence of these cells from the bone marrow microenvironment and the role of the MM tumor microenvironment in this process. The aim is to clarify EM pathogenesis and to find its possible druggable targets.

Extramedulární relaps (EM) mnohočetného myelomu se stává další překážkou na cestě k lepší kvalitě života u pacientů s mnohočetným myelomem (MM). EM je spojen s agresivním průběhem onemocnění a kratším přežitím. Podstatou EM je schopnost plazmatických buněk vycestovat z kostní dřeně a jejich buď částečná, nebo úplná nezávislost na mikroprostředí kostní dřeně. Tento grant se zaměří na objasnění faktorů spojených s nezávislostí plazmatických buněk na prostředí kostní dřeně a dále na roli nádorového mikroprostředí MM v tomto procesu. Hlavní úlohou je objasnit podstatu vzniku EM a najít jeho možné léčebné cíle.

• MeSH
• Cytokines MeSH
• Exosomes MeSH
• Neoplasm Metastasis MeSH
• MicroRNAs MeSH
• Multiple Myeloma complications   MeSH
• Tumor Microenvironment MeSH
• Plasma Cells MeSH
• Recurrence MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The primary objective is a clinical evaluation exploring the value of PET as a predictor of early histopatological response to preoperative chemotherapy in patients with locally advanced esophagogastric cancer. The multimodal treatment consisting of surgery, chemo- and radiotherapy is a standard treatment option in a locally advanced esophagogastric cancer. The prognostically unfavorable patient not responding to preoperative chemotherapy is treated with the same schedule after sugery irrespective of a histopathological response. Early identification of unfavorable group is needed for early change/intensification of treatment strategy. Metabolic non-response is associated with a poor prognosis and is a marker of low histopatological response. CZIBIT in non- randomized multicentric phase II trial exploring prospectively a predictive value of PET and retrospectively the predictive and prognostic significance of miRNA. The primary endpoint is to evaluate the role of PET in changing of preoperative treatment algorithm. The analysis of pharmacokinetics is planned in subgroup of patients.

Cílem grantu je klinické hodnocení zkoumající význam PET a miRNA jako prediktoru časné histopatologické odpovědi v rámci předoperační chemoterapie u pacientů s lokálně pokročilým adenokarcinomem žaludku a gastroesofageální junkce. Standardní léčba lokálně pokročilého adenokarcinomu žaludku a GEJ je komplexní, stávající z operace, chemoterapie a případně radioterapie. Prognosticky nepříznivá skupina pacientů neodpovídající na chemoterapii je pooperačně léčena stejným schématem bez ohledu na histopatologickou odpověď. Časná identifikace této skupiny pacientů je významná ke změně léčebné strategie a případné intenzifikaci léčby. Malá nebo žádná změna metabolické aktivity na PET je markerem špatné histopatologické odpovědi. CZIBIT je nerandomizovaná multicentrická studie fáze II zkoumající prospektivně přínos PET a retrospektivně přínos biomarkeru miRNA jako prediktoru histopatologické odpovědi a prognostického markeru. Primárním cílem studie je zhodnotit význam PET ve změně předoperačního léčebného algoritmu. U vybrané skupiny pacientů bude provedeno vyšetření farmakokinetiky.

• MeSH
• Chemoradiotherapy, Adjuvant methods   MeSH
• Esophagogastric Junction pathology   MeSH
• MicroRNAs analysis   MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• Esophageal Neoplasms therapy   MeSH
• Stomach Neoplasms therapy   MeSH
• Positron-Emission Tomography methods   MeSH
• Preoperative Care MeSH
• Neoplasm Grading MeSH
• Publication type
• Evaluation Study MeSH
• Clinical Trial, Phase II MeSH
• Multicenter Study MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• gastroenterologie
• radiologie, nukleární medicína a zobrazovací metody
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

A potential complication of abdominal aortic vascular surgery is an ischemia of intra-abdominal organs. Acute mesenteric ischemia (AMI) is one of the most serious conditions. Reported incidence for open abdominal aortic aneurysm (AAA) repair is 3 % for elective and up to 60 % for emergent procedures, with mortality up to 90 %. Early detection of AMI is essential for timely treatment, when AMI is still reversible. Clinical diagnosis of AMI is extremely difficult; there is no specific laboratory marker. Diagnostic imaging methods provide limited sensitivity and specificity. Angiography and colonoscopy are invasive, with limited availability and not always feasible. Ischemia modified albumin (IMA) and circulating microRNAs are new technologies potentially useful for early AMI detection. Blood level changes of these markers as a reaction to ischemic insults have already been described for other organs. We hypothesize that kinetic analysis of IMA and microRNA blood levels allows monitoring of tissue ischemia and potentially early AMI detection.

Potenciální komplikací angiochirurgických výkonů na břišní aortě je ischémie nitrobřišních orgánů. Akutní ischémie střeva (akutní mezenterická ischémie – AMI) je jednou z nejzávažnějších. Udávaná incidence AMI po otevřené resekci aneuryzmatu abdominální aorty (AAA) je 3 % pro elektivní a až 60 % pro výkony urgentní, s mortalitou až 90 %. Časná detekce AMI je naprosto esenciální pro zahájení léčby v době, kdy je stav ještě reverzibilní. Klinická diagnostika AMI je velice obtížná, specifický laboratorní marker neexistuje. Diagnostické zobrazovací metody jsou limitovány senzitivitou a specifitou. Angiografie a koloskopie jsou vyšetření invazivní, omezeně dostupná a ne vždy proveditelná. Ischémií modifikovaný albumin (IMA) a mikroRNA jsou nové technologie potenciálně vhodné k časné diagnostice AMI. Změny koncentrací těchto markerů v reakci na ischemické inzulty byly již popsány pro jiné orgány. Domníváme se, že kinetická analýza koncentrací IMA a cirkulujících mikroRNA umožňuje monitoring tkáňové ischémie po aortálních rekonstrukcích a potenciálně i časnou diagnostiku AMI.

• MeSH
• Aortic Aneurysm, Abdominal surgery   MeSH
• Aorta, Abdominal surgery   MeSH
• Biomarkers MeSH
• Circulating MicroRNA analysis   MeSH
• Serum Albumin, Human analysis   MeSH
• Mesenteric Ischemia diagnosis   MeSH
• Postoperative Complications diagnosis   MeSH
• Vascular Surgical Procedures adverse effects   MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• angiologie
• chirurgie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

We aim to study follicular lymphomas (FL) that experience transformation (tFL) or early progression, and the molec. pathways defining the aggressiveness of intra-clonal subpopulation of chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells. Our data suggest that the mechanisms for “aggressiveness” in FL and CLL are partially analogical, and involve (de)regulation of miRNAs. We plan to i) perform the first global miRNA expression profiling (Illumina) in paired samples of FL-tFL, and define their functional role. We observed that miR-150 is down-modulated in tFL, which leads to over-expression of FOXP1 transcription factor, and adverse outcome in FL. We will also test if tFL-associated miRNAs can be used as predictors of relapse, survival or transformation in FL. ii) in CLL we will study miRNAs and their targets in the proliferative intra-clonal subpopulation of cells that has interacted in the microenvironment, has active PI3K/BCR/MAPK signalling, and differential expression of multiple miRNAs (including miR-150). Additionally, we will test miRNAs as predictors of response to FCR therapy in CLL.

Plánujeme studovat folikulární lymfomy (FL), u nichž dojde k časnému relapsu nebo transformaci (tFL) a také molek. dráhy, které řídí chování „agresivní“ intra-klonální populace buněk chronické lymfatické leukémie (CLL). Naše předběžné výsledky naznačují, že mechanismy řídící “agresivitu” FL a CLL jsou částečně analogické a zahrnují (de)regulaci miRNA. Plánujeme: i) provést první komplexní expresní profilování miRNA u párových vzorků FL a tFL (Illumina) a definovat zde jejich biologickou funkci. Předběžná data ukazují, že miR-150 je sníženě exprimována u všech tFL. To vede k zvýšení exprese transkripčního faktoru FOXP1 a asociuje s agresivitou FL. Budeme také testovat využití tFL-asociovaných miRNA jako prediktorů časného relapsu, přežití či transformace FL ii) u CLL budeme studovat miRNA a jejich cíle v intra-klonální subpopulaci buněk, které recentně interagovaly v mikroprostředí a mají aktivní PI3K/BCR/MAPK signalizaci. Tyto buňky mají rozdílnou expresi množství miRNA (včetně miR-150). Navíc otestujeme využití vybraných miRNA jako prediktorů odpovědi na FCR léčbu u CLL.

• MeSH
• Leukemia, Lymphocytic, Chronic, B-Cell genetics   MeSH
• Lymphoma, Follicular genetics   MeSH
• MicroRNAs MeSH
• Gene Expression Profiling MeSH
• Transcription Factors MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Use of left-ventricular assist devices (LVADs) for partial or full support of failing heart have become an important and, at this time, also leading therapeutic option for patients with end-stage heart failure. Currently, LVADs are mostly used as a bridge to heart transplant, but the lack of donor organs, design advancements and increasing reliability of LVADs are widening possibilities of their long-term use. Studying long-term use of LVADs offers opportunity of complex understanding of vascular changes in patients with LVADs and their modification by different flow patterns. Thirty patients with LVADs with different flow types will be examined prospectively every 3 months for one year. Status of vasculature will be assessed from peripheral blood (microRNA, endothelial progenitor cells, microparticles), histological samples (morphological changes in aortic wall) and non-invasively (endothelial reactivity–EndoPat, ultrasound of great vessels). Ten healthy volunteers will be examined as controls. The null hypothesis is that there is no difference between studied groups in these gro...

Použití levostranných mechanických srdečních podpor (MSP) s kontinuálním tokem, pro částečnou nebo úplnou náhradu funkce selhaného srdce, je důležitou a v současnosti také jednou z hlavních léčebných modalit v terapii srdečního selhání. Dnes jsou MSP používány nejčastěji v indikaci „most k transplantaci srdce“, ale nedostatek dárcovských orgánů, pokroky v dizajnu a zvyšující se spolehlivost MSP umožňují jejich dlouhodobé použití. Studium dlouhodobého použití MSP nabízí příležitost ke komplexnímu porozumění vaskulárních změn u pacientů s MSP a vliv různých typů průtoku na tyto změny. Třicet pacientů s MSP s různým typem flow bude vyšetřeno každé tři měsíce po dobou jednoho roku. Stav vaskulatury bude stanoven z periferní krve (mikro RNA, endoteliální progenitorové buňky, mikročástice), z histologických vzorků (morfologické změny aortální stěny) a neinvazivně (endoteliální reaktivita – EndoPat, ultrazvuk velkých cév). Současně bude vyšetřeno 10 zdravých dobrovolníků. Nulovou hypotézou je, že nebude rozdílu mezi studovanými skupinami pacientů.

• MeSH
• Biomarkers MeSH
• Blood Vessels * physiopathology   MeSH
• Endothelial Progenitor Cells MeSH
• Control Groups MeSH
• Blood Circulation MeSH
• Humans MeSH
• MicroRNAs MeSH
• Heart-Assist Devices * MeSH
• Heart Disease Risk Factors MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Comparative Study MeSH

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Using expression profiling arrays we will identify intracellular (from endomyocardial biopsies) as well as circulating (from plasma, urine and peripheral blood mononuclear cells) miRNAs that will distinguish heart transplant patients with graft rejection from those without rejection; different miRNA profile during cellular and antibody-mediated rejection will be identified. We will further validate panel of miRNAs that will enable more comfort and non-invasive detection of both types of rejection without the need of economically and technically demanding invasive diagnostics.

S využitím expresního profilováni identifikujeme intracelulární (z endomyokardiálních biopsií) a cirkulující (z plasmy, moči a periferních mononukleárních buněk) miRNA, které rozliší pacienty po srdeční transplantaci prodělávající rejekci od jedinců bez rejekce; dále identifikujeme profil miRNA, který od sebe odliší buněčnou rejekci od rejekce zprostředkované protilátkami. Následně validujeme panel miRNA, který umožní komfortnější neinvazivní detekci obou typů rejekce srdečního štěpu, bez nutnosti ekonomicky i technicky náročné invazivní diagnostiky.

• MeSH
• Urinalysis methods   MeSH
• Blood Chemical Analysis methods   MeSH
• Biomarkers analysis   MeSH
• Biopsy methods   MeSH
• Circulating MicroRNA analysis   MeSH
• Humans MeSH
• MicroRNAs analysis   MeSH
• Graft Rejection diagnosis   MeSH
• Reproducibility of Results MeSH
• Sensitivity and Specificity MeSH
• Heart Transplantation MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing methods   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• transplantologie
• kardiologie
• biochemie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Although the spectrum of cancer biomarkers is constantly expanding, determining the morphology is a decisive criterion for diagnosis. Recent research in breast cancer has shown that the degree of differentiation is accompanied by changes in miRNA expression. However, nothing is known about relationship between the described changes and tumor morphology or whether these changes have an individual or general character. We suggest to compare the miRNA expression profiles from different parts of the same tumor which have different morphology as well as tumors with the same morphology from different patients and analyse whether specific miRNAs are released into blood. Microdissection of cells from paraffin blocks of TNBC and miRNA microarray analysis will be used. Tissue and serum levels of selected miRNAs will be monitored by qPCR in an extended validation set and their functions will be studied by experiments on cell lines. The project could contribute to the discovery of new principles governing morphogenesis in tumors as well as identify novel diagnostic and prognostic markers.

Přestože se spektrum biomarkerů užívaných v onkologii neustále rozšiřuje, zůstává stanovení morfologie nádorů rozhodujícím kritériem diagnostiky. U karcinomů prsu bylo nedávno zjištěno, že stupeň diferenciace je provázen změnami exprese miRNA. Není však nic známo o tom, zda popsané změny souvisí se změnou morfologie a zda mají individuální nebo obecný charakter. Cílem navrhovaného projektu je použít zatím unikátní přístup a srovnat expresní profil miRNA z různých částí téhož nádoru s rozdílnou morfologickou charakteristikou i nádorů se stejnou morfologií od různých pacientek a zároveň zjistit, zda je možné tyto specifické miRNA detekovat v krvi. Pro řešení navrhujeme použít mikrodisekční metody izolace buněk z parafínových bloků TNBC a mikročipovou analýzu miRNA. Tkáňové a sérové hladiny vybraných miRNA budou sledovány pomocí qPCR v rozšířeném validačním souboru a jejich funkce bude studována pomocí experimentů na buněčných liniích. Projekt by mohl přispět k odhalení nových principů řídících morfogenezi v nádorech a rovněž k identifikaci nových diagnostických a prognostických znaků.

• MeSH
• Early Detection of Cancer MeSH
• Gene Expression MeSH
• Humans MeSH
• MicroRNAs MeSH
• Microarray Analysis MeSH
• Microdissection MeSH
• Morphogenesis MeSH
• Biomarkers, Tumor analysis   MeSH
• Prognosis MeSH
• Triple Negative Breast Neoplasms diagnosis   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Female MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Over past decade, the crucial role of microRNAs (small RNA molecules of 20-22 nucleotides) as perspective biomarkers, main players of the cardiovascular disease or both, has become widely recognized. By controlling the post-transcriptional gene expression, several miRNAs have been shown to modulate the cholesterol metabolism, function of endothelial cells, vascular smooth muscle cells, and macrophages, thereby regulating the development and progression of atherosclerosis. Based on our pilot studies we intend to analyze (i) selected circulating microRNAs mostly involved in regulation of genes, (ii) their target proteins/clinical parameters and (iii) genetic polymorphisms related to atherosclerosis in patients with severe hypercholesterolemia under lipoprotein apheresis treatment. We expect that robust changes of lipid homeostasis, induced by lipoprotein apheresis, might bring further insights into the role of selected circulating microRNAs mostly involved in regulation of genes and their target proteins related to the crucial atherogenic mechanisms.

Během posledního desetiletí byla objasněna zásadní role mikroRNA (malé RNA s 20-22 nukleotidy) jako perspektivních biomarkerů a/nebo kauzálních faktorů kardiovaskulárních onemocnění. MikroRNA regulují posttranskripční expresi genů, a tím významně zasahují do metabolismu cholesterolu, funkce endoteliálních buněk, hladkých svalových buněk a makrofágů. Tím se podílejí na regulaci vzniku a progrese aterosklerózy. Na základě výsledků našich pilotních studií je záměrem předkládaného projektu analyzovat (i) vybrané cirkulující mikroRNA, které se podílejí na regulaci exprese genů, (ii) jejich cílových proteinů/klinických parametrů a (iii) genetické polymorfismy ve vztahu k ateroskleróze u pacientů se závažnou hypercholesterolémií, léčených lipoproteinovou aferézou. Předpokládáme, že robustní změny v homeostáze lipidů, navozené lipoproteinovou aferézou, umožní dále objasnit úlohu vybraných cirkulujících mikroRNA, účastnících se řízení exprese genů a tvorby cílových proteinů v procesu aterogeneze.

• MeSH
• Atherosclerosis etiology   complications   MeSH
• Biomarkers analysis   MeSH
• Gene Expression MeSH
• Hyperlipoproteinemia Type II diagnosis   drug therapy   MeSH
• Humans MeSH
• Lipoproteins, LDL therapeutic use   MeSH
• MicroRNAs analysis   adverse effects   MeSH
• Polymorphism, Genetic MeSH
• Blood Component Removal MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• genetika, lékařská genetika
• vnitřní lékařství
• kardiologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The project will study new diagnostic and predictive biomarkers in urinary exosomes in patients with immune-based kidney diseases (lupus nephrititis and ANCA-associated vasculitis) and IgA nephropathy, Urinary exosomes contain proteins and nucleic acids including microRNAs which specifically reflect physiological and pathological conditions of cells from distinct parts of the kidneys. Their proteomic analysis and expression analysis of microRNAs will be used to determine specific biomarkers. These biomarkers will be measured in patients during various stages of the disease and its treatment, in correlation with the kidney biopsy, response to the treatment and long-term outcome. The methodology and biomarkers are supposed to be used in clinical practice and analyzed also in relation to their pathophysiological significance.

Projekt je zaměřen na studium nových diagnostických a prediktivních biomarkerů v močových exosomech u pacientů s imunologicky podmíněnými onemocněními ledvin (lupusovou nefritidou a ANCA vaskulitidou) a IgA nefropatií. Močové exosomy obsahují bílkoviny a nukleové kyseliny včetně mikroRNA, které specificky odrážejí fyziologický a patologický stav buněk z jednotlivých částí ledvin. Na základě jejich proteomické analýzy a stanovení a kvantifikace mikroRNA budou stanoveny specifické biomarkery, kterou budou sledovány u pacientů, a to s ohledem na stadium jejich nemoci a jejich léčbu, v korelaci s bioptickým nálezem, odpovědí na léčbu a dlouhodobou prognózou. Metodika a biomarkery jsou určeny k využití v klinické praxi a byly by analyzovány i s ohledem na jejich patofyziologický význam.

• MeSH
• Anti-Neutrophil Cytoplasmic Antibody-Associated Vasculitis diagnosis   MeSH
• Biomarkers urine   MeSH
• Exosomes MeSH
• Glomerulonephritis, IGA diagnosis   MeSH
• Humans MeSH
• MicroRNAs MeSH
• Urine MeSH
• Lupus Nephritis diagnosis   MeSH
• Proteomics MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• nefrologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR