Gates of enzymes

. 2013 Aug 14 ; 113 (8) : 5871-923. [epub] 20130425

Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium print-electronic

Typ dokumentu časopisecké články, práce podpořená grantem, přehledy

Perzistentní odkaz   https://www.medvik.cz/link/pmid23617803

Zobrazit více v PubMed

Jiang L.; Althoff E. A.; Clemente F. R.; Doyle L.; Röthlisberger D.; Zanghellini A.; Gallaher J. L.; Betker J. L.; Tanaka F.; Barbas C. F.; Hilvert D.; Houk K. N.; Stoddard B. L.; Baker D. Science 2008, 319, 1387. PubMed PMC

Röthlisberger D.; Khersonsky O.; Wollacott A. M.; Jiang L.; DeChancie J.; Betker J.; Gallaher J. L.; Althoff E. A.; Zanghellini A.; Dym O.; Albeck S.; Houk K. N.; Tawfik D. S.; Baker D. Nature 2008, 453, 190. PubMed

Nanda V.; Koder R. L. Nat. Chem. 2010, 2, 15. PubMed PMC

Richter F.; Leaver-Fay A.; Khare S. D.; Bjelic S.; Baker D. PLoS One 2011, 6, e19230. PubMed PMC

Kamerlin S. C. L.; Warshel A. Proteins 2010, 78, 1339. PubMed PMC

Schwartz S. D.; Schramm V. L. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 551. PubMed PMC

Henzler-Wildman K.; Kern D. Nature 2007, 450, 964. PubMed

Henzler-Wildman K. A.; Thai V.; Lei M.; Ott M.; Wolf-Watz M.; Fenn T.; Pozharski E.; Wilson M. A.; Petsko G. A.; Karplus M.; Hübner C. G.; Kern D. Nature 2007, 450, 838. PubMed

Lee J.; Goodey N. M. Chem. Rev. 2011, 111, 7595. PubMed

Lüdemann S. K.; Lounnas V.; Wade R. C. J. Chem. Biol. 2000, 303, 797. PubMed

Csermely P.; Palotai R.; Nussinov R. Trends Biochem. Sci. 2010, 35, 539. PubMed PMC

McCammon J. A.; Northrup S. H. Nature 1981, 293, 316. PubMed

Zhou H.-X.; Wlodek S. T.; McCammon J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 9280. PubMed PMC

Zhou H. X.; McCammon J. A. Trends Biochem. Sci. 2010, 35, 179. PubMed PMC

McCammon J. A. BMC Biophys. 2011, 4, 4. PubMed PMC

Cojocaru V.; Winn P. J.; Wade R. C. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1770, 390. PubMed

Fischer E. Ber. Dtsch. Chem. Ges. 1894, 27, 2985.

Koshland D. E. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1958, 44, 98. PubMed PMC

Tsai C. J.; Kumar S.; Ma B.; Nussinov R. Protein Sci. 1999, 8, 1181. PubMed PMC

Prokop Z.; Gora A.; Brezovsky J.; Chaloupkova R.; Stepankova V.; Damborsky J. Engineering of protein tunnels: Keyhole-lock-key model for catalysis by the enzymes with buried active sites. In Protein Engineering Handbook; Lutz S., Bornscheuer U. T., Eds.; Wiley-VCH: Weinheim, 2012; p 421.

Liebgott P. P.; Leroux F.; Burlat B.; Dementin S.; Baffert C.; Lautier T.; Fourmond V.; Ceccaldi P.; Cavazza C.; Meynial-Salles I.; Soucaille P.; Fontecilla-Camps J. C.; Guigliarelli B.; Bertrand P.; Rousset M.; Leger C. Nat. Chem. Biol. 2010, 6, 63. PubMed

Volbeda A.; Martin L.; Cavazza C.; Matho M.; Faber B. W.; Roseboom W.; Albracht S. P.; Garcin E.; Rousset M.; Fontecilla-Camps J. C. J. Biol. Inorg. Chem. 2005, 10, 239. PubMed

Amara P.; Andreoletti P.; Jouve H. M.; Field M. J. Protein Sci. 2001, 10, 1927. PubMed PMC

Kalko S. G.; Gelpí J. L.; Fita I.; Orozco M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9665. PubMed

Winn P. J.; Ludemann S. K.; Gauges R.; Lounnas V.; Wade R. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5361. PubMed PMC

Kotik M.; Stepanek V.; Kyslik P.; Maresova H. J. Biotechnol. 2007, 132, 8. PubMed

Ko T. P.; Chen Y. K.; Robinson H.; Tsai P. C.; Gao Y. G.; Chen A. P. C.; Liang P. H.; Wang A. H. J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 47474. PubMed

Szabo A.; Shoup D.; Northrup S. H.; McCammon J. A. J. Chem. Phys. 1982, 77, 4484.

Zhou H. X.; Szabo A. Biophys. J. 1996, 71, 2440. PubMed PMC

Zhou H.-X. J. Chem. Phys. 1998, 108, 8146.

Xin Y.; Gadda G.; Hamelberg D. Biochemistry 2009, 48, 9599. PubMed

Kramers H. A. Physica 1940, 7, 284.

Case D. Computer 1993, 26, 47.

Smith B. B. Biochem. Educ. 1989, 17, 220.

Bui J. M.; Henchman R. H.; McCammon J. A. Biophys. J. 2003, 85, 2267. PubMed PMC

Fan Y.; Lund L.; Shao Q.; Gao Y. Q.; Raushel F. M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 10211. PubMed PMC

Couture J.-F.; Legrand P.; Cantin L.; Labrie F.; Luu-The V.; Breton R. J. Mol. Biol. 2004, 339, 89. PubMed

Amaro R. E.; Myers R. S.; Davisson V. J.; Luthey-Schulten Z. A. Biophys. J. 2005, 89, 475. PubMed PMC

Badet B.; Vermoote P.; Haumont P. Y.; Lederer F.; LeGoffic F. Biochemistry 1987, 26, 1940. PubMed

Lund L.; Fan Y.; Shao Q.; Gao Y. Q.; Raushel F. M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 3870. PubMed PMC

Miles B. W.; Raushel F. M. Biochemistry 2000, 39, 5051. PubMed

Li K. K.; Beeson; Ghiviriga I.; Richards N. G. J. Biochemistry 2007, 46, 4840. PubMed

Myers R. S.; Amaro R. E.; Luthey-Schulten Z. A.; Davisson V. J. Biochemistry 2005, 44, 11974. PubMed

Meyer M. E.; Gutierrez J. A.; Raushel F. M.; Richards N. G. J. Biochemistry 2010, 49, 9391. PubMed PMC

Floquet N.; Mouilleron S.; Daher R.; Maigret B.; Badet B.; Badet-Denisot M. A. FEBS Lett. 2007, 581, 2981. PubMed

Van den Heuvel R. H. .; Svergun D. I.; Petoukhov M. V.; Coda A.; Curti B.; Ravasio S.; Vanoni M. A.; Mattevi A. J. Chem. Biol. 2003, 330, 113. PubMed

Brzovic P. S.; Sawa Y.; Hyde C. C.; Miles E. W.; Dunn M. F. J. Biol. Chem. 1992, 267, 13028. PubMed

Darnault C.; Volbeda A.; Kim E. J.; Legrand P.; Vernède X.; Lindahl P. A.; Fontecilla-Camps J. C. Nat. Struct. Mol. Biol. 2003, 10, 271. PubMed

Von Ossowski I.; Ståhlberg J.; Koivula A.; Piens K.; Becker D.; Boer H.; Harle R.; Harris M.; Divne C.; Mahdi S.; Zhao Y.; Driguez H.; Claeyssens M.; Sinnott M. L.; Teeri T. T. J. Mol. Biol. 2003, 333, 817. PubMed

Mouilleron S.; Badet-Denisot M.-A.; Badet B.; Golinelli-Pimpaneau B. Arch. Biochem. Biophys. 2011, 505, 1. PubMed

Doig A. J. Biophys. Chem. 1996, 61, 131. PubMed

Endrizzi J. A.; Kim H.; Anderson P. M.; Baldwin E. P. Biochemistry 2005, 44, 13491. PubMed PMC

Sazinsky M. H.; Lippard S. J. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 5814. PubMed

Zhang L.; Liu W.; Hu T.; Du L.; Luo C.; Chen K.; Shen X.; Jiang H. J. Biol. Chem. 2008, 283, 5370. PubMed

Oprea T. I.; Hummer G.; García A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 2133. PubMed PMC

Fishelovitch D.; Shaik S.; Wolfson H. J.; Nussinov R. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 5964. PubMed PMC

Lario P. I.; Sampson N.; Vrielink A. J. Mol. Biol. 2003, 326, 1635. PubMed

Fishelovitch D.; Shaik S.; Wolfson H. J.; Nussinov R. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13018. PubMed PMC

Zawaira A.; Coulson L.; Gallotta M.; Karimanzira O.; Blackburn J. J. Struct. Biol. 2011, 173, 282. PubMed

Niu C.; Xu Y.; Xu Y.; Luo X.; Duan W.; Silman I.; Sussman J. L.; Zhu W.; Chen K.; Shen J.; Jiang H. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 23730. PubMed

Lountos G. T.; Mitchell K. H.; Studts J. M.; Fox B. G.; Orville A. M. Biochemistry 2005, 44, 7131. PubMed

Vanoni M. A.; Curti B. Arch. Biochem. Biophys. 2005, 433, 193. PubMed

Xu L.; Zhao W.; Wang X. Eur. Biophys. J. 2010, 39, 327. PubMed

Xu Y.; Colletier J.-P.; Weik M.; Jiang H.; Moult J.; Silman I.; Sussman J. L. Biophys. J. 2008, 95, 2500. PubMed PMC

Wester M. R.; Johnson E. F.; Marques-Soares C.; Dansette P. M.; Mansuy D.; Stout C. D. Biochemistry 2003, 42, 6370. PubMed

Sevostyanova A.; Belogurov G. A.; Mooney R. A.; Landick R.; Artsimovitch I. Mol. Cell. 2011, 43, 253. PubMed PMC

Tan X.; Loke H.-K.; Fitch S.; Lindahl P. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 5833. PubMed

Biswal B. K.; Morisseau C.; Garen G.; Cherney M. M.; Garen C.; Niu C.; Hammock B. D.; James M. N. G. J. Mol. Biol. 2008, 381, 897. PubMed PMC

Da Silva Giotto M. T.; Garratt R. C.; Oliva G.; Mascarenhas Y. P.; Giglio J. R.; Cintra A. C. O.; De Azevedo W. F.; Arni R. K.; Ward R. J. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1998, 30, 442. PubMed

Park E.; Rho Y. M.; Koh O.-J.; Ahn S. W.; Seong I. S.; Song J.-J.; Bang O.; Seol J. H.; Wang J.; Eom S. H.; Chung C. H. J. Biol. Chem. 2005, 280, 22892. PubMed

Rhee S.; Parris K. D.; Ahmed S. A.; Miles E. W.; Davies D. R. Biochemistry 1996, 35, 4211. PubMed

Oakley A. J.; Klvana M.; Otyepka M.; Nagata Y.; Wilce M. C. J.; Damborsky J. Biochemistry 2004, 43, 870. PubMed

Pawelek P. D.; Cheah J.; Coulombe R.; Macheroux P.; Ghisla S.; Vrielink A. EMBO J. 2000, 19, 4204. PubMed PMC

Sazinsky M. H.; Bard J.; Di Donato A.; Lippard S. J. J. Biol. Chem. 2004, 279, 30600. PubMed

Fiorucci S.; Golebiowski J.; Cabrol-Bass D.; Antonczak S. Proteins 2006, 64, 845. PubMed

Eisenmesser E. Z.; Bosco D. A.; Akke M.; Kern D. Science 2002, 295, 1520. PubMed

Rozovsky S.; Jogl G.; Tong L.; McDermott A. E. J. Mol. Biol. 2001, 310, 271. PubMed

Massi F.; Wang C.; Palmer A. G. III Biochemistry 2006, 45, 10787. PubMed

Katoh E.; Louis J. M.; Yamazaki T.; Gronenborn A. M.; Torchia D. A.; Ishima R. Protein Sci. 2003, 12, 1376. PubMed PMC

Osborne M. J.; Schnell J.; Benkovic S. J.; Dyson H. J.; Wright P. E. Biochemistry 2001, 40, 9846. PubMed

Boroujerdi A. F. B.; Young J. K. Biopolymers 2009, 91, 140. PubMed

Brezovsky J.; Chovancova E.; Gora A.; Pavelka A.; Biedermannova L.; Damborsky J. Biotechnol. Adv. 2013, 31, 38. PubMed

Chovancova E.; Pavelka A.; Benes P.; Strnad O.; Brezovsky J.; Kozilkova B.; Gora A.; Sustr V.; Klvana M.; Medek P.; Biedermannova L.; Sochor J.; Damborsky J. PLoS Comput. Biol. 2012, 8, e1002708. PubMed PMC

Petrek M.; Kosinova P.; Koca J.; Otyepka M. Structure 2007, 15, 1357. PubMed

Yaffe E.; Fishelovitch D.; Wolfson H. J.; Halperin D.; Nussinov R. Proteins 2008, 73, 72. PubMed PMC

Lafaquiere V.; Barbe S.; Puech-Guenot S.; Guieysse D.; Cortes J.; Monsan P.; Simeon T.; Andre I.; Remaud-Simeon M. ChemBioChem 2009, 10, 2760. PubMed

Tina K. G.; Bhadra R.; Srinivasan N. Nucleic Acids Res. 2007, 35, W473. PubMed PMC

Arroyo-Mañez P.; Bikiel D. E.; Boechi L.; Capece L.; Di Lella S.; Estrin D. A.; Martí M. A.; Moreno D. M.; Nadra A. D.; Petruk A. A. Biochim. Biophys. Acta: Proteins Proteomics 2011, 1814, 1054. PubMed

Chang C.-E.; Shen T.; Trylska J.; Tozzini V.; McCammon J. A. Biophys. J. 2006, 90, 3880. PubMed PMC

Schleinkofer K.; Sudarko; Winn P. J.; Ludemann S. K.; Wade R. C. EMBO Rep. 2005, 6, 584. PubMed PMC

Murray L. J.; García-Serres R.; McCormick M. S.; Davydov R.; Naik S. G.; Kim S.-H.; Hoffman B. M.; Huynh B. H.; Lippard S. J. Biochemistry 2007, 46, 14795. PubMed PMC

Sciara G.; Kendrew S. G.; Miele A. E.; Marsh N. G.; Federici L.; Malatesta F.; Schimperna G.; Savino C.; Vallone B. EMBO J. 2003, 22, 205. PubMed PMC

Rowlett R. S. Biochim. Biophys. Acta 2010, 1804, 362. PubMed

Kohls D.; Sulea T.; Purisima E. O.; MacKenzie R. E.; Vrielink A. Structure 2000, 8, 35. PubMed

Abe I.; Morita H. Nat. Prod. Rep. 2010, 27, 809. PubMed

Manjasetty B. A.; Powlowski J.; Vrielink A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 6992. PubMed PMC

Toth K.; Sedlak E.; Sprinzl M.; Zoldak G. Biochim. Biophys. Acta 2008, 1784, 789. PubMed

Hiromoto T.; Fujiwara S.; Hosokawa K.; Yamaguchi H. J. Chem. Biol. 2006, 364, 878. PubMed

Vrielink A.; Ghisla S. FEBS J. 2009, 276, 6826. PubMed

Xu Q.; Eguchi T.; Mathews I. I.; Rife C. L.; Chiu H.-J.; Farr C. L.; Feuerhelm J.; Jaroszewski L.; Klock H. E.; Knuth M. W.; Miller M. D.; Weekes D.; Elsliger M.-A.; Deacon A. M.; Godzik A.; Lesley S. A.; Wilson I. A. J. Mol. Biol. 2010, 404, 403. PubMed PMC

Vardar G.; Wood T. K. J. Bacteriol. 2005, 187, 1511. PubMed PMC

Ruvinov S. B.; Yang X. J.; Parris K. D.; Banik U.; Ahmed S. A.; Miles E. W.; Sackett D. L. J. Biol. Chem. 1995, 270, 6357. PubMed

Thoden J. B.; Huang X.; Raushel F. M.; Holden H. M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 39722. PubMed

Huang X.; Raushel F. M. Biochemistry 2000, 39, 3240. PubMed

Brouk M.; Derry N. L.; Shainsky J.; Zelas Z. B. B.; Boyko Y.; Dabush K.; Fishman A. J. Mol. Catal. B: Enzym. 2010, 66, 72.

Morita H.; Kondo S.; Oguro S.; Noguchi H.; Sugio S.; Abe I.; Kohno T. Chem. Biol. 2007, 14, 359. PubMed

Schmitt J.; Brocca S.; Schmid R. D.; Pleiss J. Protein Eng. 2002, 15, 595. PubMed

Chaloupkova R.; Sykorova J.; Prokop Z.; Jesenska A.; Monincova M.; Pavlova M.; Tsuda M.; Nagata Y.; Damborsky J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 52622. PubMed

Pavlova M.; Klvana M.; Prokop Z.; Chaloupkova R.; Banas P.; Otyepka M.; Wade R. C.; Tsuda M.; Nagata Y.; Damborsky J. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 727. PubMed

Klvana M.; Pavlova M.; Koudelakova T.; Chaloupkova R.; Dvorak P.; Prokop Z.; Stsiapanava A.; Kuty M.; Kuta-Smatanova I.; Dohnalek J.; Kulhanek P.; Wade R. C.; Damborsky J. J. Mol. Biol. 2009, 392, 1339. PubMed

Li Q.-A.; Mavrodi D. V.; Thomashow L. S.; Roessle M.; Blankenfeldt W. J. Biol. Chem. 2011, 286, 18213. PubMed PMC

Carere J.; Baker P.; Seah S. Y. K. Biochemistry 2011, 50, 8407. PubMed

Wang J.; Ortiz-Maldonado M.; Entsch B.; Massey V.; Ballou D.; Gatti D. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 608. PubMed PMC

Faerman C.; Ripoll D.; Bon S.; Le Feuvre Y.; Morel N.; Massoulie J.; Sussman J. L.; Silman I. FEBS Lett. 1996, 386, 65. PubMed

Alisaraie L.; Fels G. J. Mol. Model. 2006, 12, 348. PubMed

Wlodek S. T.; Clark T. W.; Scott L. R.; McCammon J. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9513.

Xu Y.; Shen J.; Luo X.; Silman I.; Sussman J. L.; Chen K.; Jiang H. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 11340. PubMed

Rydberg E. H.; Brumshtein B.; Greenblatt H. M.; Wong D. M.; Shaya D.; Williams L. D.; Carlier P. R.; Pang Y.-P.; Silman I.; Sussman J. L. J. Med. Chem. 2006, 49, 5491. PubMed

Tai K.; Shen T.; Börjesson U.; Philippopoulos M.; McCammon J. A. Biophys. J. 2001, 81, 715. PubMed PMC

Sanson B.; Colletier J.-P.; Xu Y.; Lang P. T.; Jiang H.; Silman I.; Sussman J. L.; Weik M. Protein Sci. 2011, 20, 1114. PubMed PMC

Greenblatt H. M.; Guillou C.; Guénard D.; Argaman A.; Botti S.; Badet B.; Thal C.; Silman I.; Sussman J. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15405. PubMed

Harel M.; Schalk I.; Ehret-Sabatier L.; Bouet F.; Goeldner M.; Hirth C.; Axelsen P. H.; Silman I.; Sussman J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9031. PubMed PMC

Dvir H.; Jiang H. L.; Wong D. M.; Harel M.; Chetrit M.; He X. C.; Jin G. Y.; Yu G. L.; Tang X. C.; Silman I.; Bai D. L.; Sussman J. L. Biochemistry 2002, 41, 10810. PubMed

Harmat V.; Domokos K.; Menyhard D. K.; Palló A.; Szeltner Z.; Szamosi I.; Beke-Somfai T.; Náray-Szabó G.; Polgár L. J. Biol. Chem. 2011, 286, 1987. PubMed PMC

Papaleo E.; Renzetti G.; Tiberti M. PLoS One 2012, 7, e35686. PubMed PMC

Santos C. R.; Tonoli C. C. C.; Trindade D. M.; Betzel C.; Takata H.; Kuriki T.; Kanai T.; Imanaka T.; Arni R. K.; Murakami M. T. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2011, 79, 547. PubMed

Tesson A. R.; Soper T. S.; Ciustea M.; Richards N. G. Arch. Biochem. Biophys. 2003, 413, 23. PubMed

Larsen T. M.; Boehlein S. K.; Schuster S. M.; Richards N. G. J.; Thoden J. B.; Holden H. M.; Rayment I. Biochemistry 1999, 38, 16146. PubMed

Wang J.; Song J. J.; Franklin M. C.; Kamtekar S.; Im Y. J.; Rho S. H.; Seong I. S.; Lee C. S.; Chung C. H.; Eom S. H. Structure 2001, 9, 177. PubMed

Wang J.; Song J. J.; Seong I. S.; Franklin M. C.; Kamtekar S.; Eom S. H.; Chung C. H. Structure 2001, 9, 1107. PubMed

Kim J.; Raushel F. M. Biochemistry 2004, 43, 5334. PubMed

Kim J.; Raushel F. M. Arch. Biochem. Biophys. 2004, 425, 33. PubMed

Huang X.; Raushel F. M. Biochemistry 2000, 39, 3240. PubMed

Holden H. M.; Thoden J. B.; Raushel F. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 679. PubMed

Tan X.; Volbeda A.; Fontecilla-Camps J. C.; Lindahl P. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2006, 11, 371. PubMed

Tan X.; Lindahl P. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2008, 13, 771. PubMed

Volbeda A.; Fontecilla-Camps J. C. J. Biol. Inorg. Chem. 2004, 9, 525. PubMed

Teng Y.-B.; Jiang Y.-L.; He Y.-X.; He W.-W.; Lian F.-M.; Chen Y.; Zhou C.-Z. BMC Struct. Biol. 2009, 9, 67. PubMed PMC

Wierdl M.; Morton C. L.; Nguyen N. K.; Redinbo M. R.; Potter P. M. Biochemistry 2004, 43, 1874. PubMed

Yu X.; Sigler S. C.; Hossain D.; Wierdl M.; Gwaltney S. R.; Potter P. M.; Wadkins R. M. J. Mol. Model. 2011, 18, 2869. PubMed PMC

Varrot A.; Hastrup S.; Schülein M.; Davies G. J. Biochem. J. 1999, 337, 297. PubMed PMC

Schülein M. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1543, 239. PubMed

Koivula A.; Kinnari T.; Harjunpää V.; Ruohonen L.; Teleman A.; Drakenberg T.; Rouvinen J.; Jones T. A.; Teeri T. T. FEBS Lett. 1998, 429, 341. PubMed

De Groeve M. R. M.; Remmery L.; Van Hoorebeke A.; Stout J.; Desmet T.; Savvides S. N.; Soetaert W. Biotechnol. Bioeng. 2010, 107, 413. PubMed

Fushinobu S.; Mertz B.; Hill A. D.; Hidaka M.; Kitaoka M.; Reilly P. J. Carbohydr. Res. 2008, 343, 1023. PubMed

Morita H.; Wanibuchi K.; Nii H.; Kato R.; Sugio S.; Abe I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 19778. PubMed PMC

Podzelinska K.; Latimer R.; Bhattacharya A.; Vining L. C.; Zechel D. L.; Jia Z. J. Mol. Biol. 2010, 397, 316. PubMed

Chen L.; Lyubimov A. Y.; Brammer L.; Vrielink A.; Sampson N. S. Biochemistry 2008, 47, 5368. PubMed PMC

Coulombe R.; Yue K. Q.; Ghisla S.; Vrielink A. J. Biol. Chem. 2001, 276, 30435. PubMed

Piubelli L.; Pedotti M.; Molla G.; Feindler-Boeckh S.; Ghisla S.; Pilone M. S.; Pollegioni L. J. Biol. Chem. 2008, 283, 24738. PubMed PMC

Huang W.; Boju L.; Tkalec L.; Su H.; Yang H. O.; Gunay N. S.; Linhardt R. J.; Kim Y. S.; Matte A.; Cygler M. Biochemistry 2001, 40, 2359. PubMed

Johnson B. J.; Cohen J.; Welford R. W.; Pearson A. R.; Schulten K.; Klinman J. P.; Wilmot C. M. J. Biol. Chem. 2007, 282, 17767. PubMed PMC

Wilmot C. M.; Saysell C. G.; Blessington A.; Conn D. A.; Kurtis C. R.; McPherson M. J.; Knowles P. F.; Phillips S. E. V. FEBS Lett. 2004, 576, 301. PubMed

Wilmot C. M.; Murray J. M.; Alton G.; Parsons M. R.; Convery M. A.; Blakeley V.; Corner A. S.; Palcic M. M.; Knowles P. F.; McPherson M. J.; Phillips S. E. Biochemistry 1997, 36, 1608. PubMed

Mouilleron S.; Golinelli-Pimpaneau B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 653. PubMed

Endrizzi J. A.; Kim H.; Anderson P. M.; Baldwin E. P. Biochemistry 2004, 43, 6447. PubMed PMC

Goto M.; Omi R.; Nakagawa N.; Miyahara I.; Hirotsu K. Structure 2004, 12, 1413. PubMed

Khan K. K.; He Y. Q.; Domanski T. L.; Halpert J. R. Mol. Pharmacol. 2002, 61, 495. PubMed

Wade R. C.; Winn P. J.; Schlichting I.; Sudarko J. Inorg. Biochem. 2004, 98, 1175. PubMed

Bhabha G.; Lee J.; Ekiert D. C.; Gam J.; Wilson I. A.; Dyson H. J.; Benkovic S. J.; Wright P. E. Science 2011, 332, 234. PubMed PMC

Luo J.; Bruice T. C. J. Biomol. Struct. Dyn. 2009, 27, 245. PubMed

Swanwick R. S.; Shrimpton P. J.; Allemann R. K. Biochemistry 2004, 43, 4119. PubMed

Zou J.; Hallberg B. M.; Bergfors T.; Oesch F.; Arand M.; Mowbray S. L.; Jones T. A. Structure 2000, 8, 111. PubMed

Kimber M. S.; Martin F.; Lu Y.; Houston S.; Vedadi M.; Dharamsi A.; Fiebig K. M.; Schmid M.; Rock C. O. J. Biol. Chem. 2004, 279, 52593. PubMed

Swarnamukhi P. L.; Sharma S. K.; Bajaj P.; Surolia N.; Surolia A.; Suguna K. FEBS Lett. 2006, 580, 2653. PubMed

Mouilleron S.; Badet-Denisot M.-A.; Golinelli-Pimpaneau B. J. Biol. Chem. 2006, 281, 4404. PubMed

Teplyakov A.; Obmolova G.; Badet B.; Badet-Denisot M. A. J. Mol. Biol. 2001, 313, 1093. PubMed

Dossena L.; Curti B.; Vanoni M. A. Biochemistry 2007, 46, 4473. PubMed

Kim J. H.; Krahn J. M.; Tomchick D. R.; Smith J. L.; Zalkin H. J. Biol. Chem. 1996, 271, 15549. PubMed

Krahn J. M.; Kim J. H.; Burns M. R.; Parry R. J.; Zalkin H.; Smith J. L. Biochemistry 1997, 36, 11061. PubMed

Biedermannova L.; Prokop Z.; Gora A.; Chovancova E.; Kovacs M.; Damborsky J.; Wade R. C. J. Biol. Chem. 2012, 287, 29062. PubMed PMC

Kalyaanamoorthy S.; Chen Y.-P. P. J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 589. PubMed

Haider S.; Joseph C. G.; Neidle S.; Fierke C. A.; Fuchter M. J. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2011, 21, 2129. PubMed PMC

Hornak V.; Okur A.; Rizzo R. C.; Simmerling C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 915. PubMed PMC

Hornak V.; Okur A.; Rizzo R. C.; Simmerling C. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2812. PubMed PMC

Liu F.; Kovalevsky A. Y.; Louis J. M.; Boross P. I.; Wang Y.-F.; Harrison R. W.; Weber I. T. J. Chem. Biol. 2006, 358, 1191. PubMed

Torbeev V. Y.; Raghuraman H.; Mandal K.; Senapati S.; Perozo E.; Kent S. B. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 131, 884. PubMed

Nicolet Y.; Cavazza C.; Fontecilla-Camps J. C. J. Inorg. Biochem. 2002, 91, 1. PubMed

Cohen J.; Kim K.; King P.; Seibert M.; Schulten K. Structure 2005, 13, 1321. PubMed

Cohen J.; Kim K.; Posewitz M.; Ghirardi M. L.; Schulten K.; Seibert M.; King P. Biochem. Soc. Trans. 2005, 33, 80. PubMed PMC

Omi R.; Mizuguchi H.; Goto M.; Miyahara I.; Hayashi H.; Kagamiyama H.; Hirotsu K. J. Biochem. 2002, 132, 759. PubMed

Chaudhuri B. N.; Lange S. C.; Myers R. S.; Chittur S. V.; Davisson V. J.; Smith J. L. Structure 2001, 9, 987. PubMed

Amaro R.; Luthey-Schulten Z. Chem. Phys. 2004, 307, 147.

Myers R. S.; Jensen J. R.; Deras I. L.; Smith J. L.; Davisson V. J. Biochemistry 2003, 42, 7013. PubMed

Douangamath A.; Walker M.; Beismann-Driemeyer S.; Vega-Fernandez M. C.; Sterner R.; Wilmanns M. Structure 2002, 10, 185. PubMed

Chaudhuri B. N.; Lange S. C.; Myers R. S.; Davisson V. J.; Smith J. L. Biochemistry 2003, 42, 7003. PubMed

Josephine H. R.; Ravichandran K. R.; Hedstrom L. Biochemistry 2010, 49, 10674. PubMed PMC

Johansson P.; Wiltschi B.; Kumari P.; Kessler B.; Vonrhein C.; Vonck J.; Oesterhelt D.; Grininger M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 12803. PubMed PMC

Moustafa I. M.; Foster S.; Lyubimov A. Y.; Vrielink A. J. Mol. Biol. 2006, 364, 991. PubMed PMC

Qian Z.; Horton J. R.; Cheng X.; Lutz S. J. Mol. Biol. 2009, 393, 191. PubMed PMC

Uppenberg J.; Ohrner N.; Norin M.; Hult K.; Kleywegt G. J.; Patkar S.; Waagen V.; Anthonsen T.; Jones T. A. Biochemistry 1995, 34, 16838. PubMed

Magnusson A. O.; Rotticci-Mulder J. C.; Santagostino A.; Hult K. ChemBioChem 2005, 6, 1051. PubMed

Cha S.-S.; An Y. J.; Lee C. R.; Lee H. S.; Kim Y.-G.; Kim S. J.; Kwon K. K.; De Donatis G. M.; Lee J.-H.; Maurizi M. R.; Kang S. G. EMBO J. 2010, 29, 3520. PubMed PMC

Klimacek M.; Brunsteiner M.; Nidetzky B. J. Biol. Chem. 2012, 287, 6655. PubMed PMC

Murray L. J.; Lippard S. J. Acc. Chem. Res. 2007, 40, 466. PubMed

Son S.-Y.; Ma J.; Kondou Y.; Yoshimura M.; Yamashita E.; Tsukihara T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 5739. PubMed PMC

Wang J.; Harris J.; Mousseau D. D.; Edmondson D. E. FEBS J. 2009, 276, 4569. PubMed PMC

Milczek E. M.; Binda C.; Rovida S.; Mattevi A.; Edmondson D. E. FEBS J. 2011, 278, 4860. PubMed PMC

Hritz J.; Zoldak G.; Sedlak E. Proteins 2006, 64, 465. PubMed

Feldman-Salit A.; Wirtz M.; Lenherr E. D.; Throm C.; Hothorn M.; Scheffzek K.; Hell R.; Wade R. C. Structure 2012, 20, 292. PubMed

Oliaro-Bosso S.; Caron G.; Taramino S.; Ermondi G.; Viola F.; Balliano G. PLoS One 2011, 6, e22134. PubMed PMC

Arni R. K.; Ward R. J.; Gutierrez J. M.; Tulinsky A. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1995, 51, 311. PubMed

Ullah A.; Souza T. A. C. B.; Betzel C.; Murakami M. T.; Arni R. K. Int. J. Biol. Macromol. 2012, 51, 209. PubMed

Goldstein R.; Cheng J.; Stec B.; Roberts M. F. Biochemistry 2012, 51, 2579. PubMed PMC

Scoble J.; McAlister A. D.; Fulton Z.; Troy S.; Byres E.; Vivian J. P.; Brammananth R.; Wilce M. C. J.; Le Nours J.; Zaker-Tabrizi L.; Coppel R. L.; Crellin P. K.; Rossjohn J.; Beddoe T. J. Mol. Biol. 2010, 398, 26. PubMed

Jeudy S.; Monchois V.; Maza C.; Claverie J.-M.; Abergel C. Proteins 2006, 62, 302. PubMed

Leitgeb S.; Petschacher B.; Wilson D. K.; Nidetzky B. FEBS Lett. 2005, 579, 763. PubMed

Kozma E.; Brown E.; Ellis E. M.; Lapthorn A. J. J. Biol. Chem. 2002, 277, 16285. PubMed

Xia L.; Ruppert M.; Wang M.; Panjikar S.; Lin H.; Rajendran C.; Barleben L.; Stöckigt J. ACS Chem. Biol. 2012, 7, 226. PubMed

Labonté P.; Axelrod V.; Agarwal A.; Aulabaugh A.; Amin A.; Mak P. J. Biol. Chem. 2002, 277, 38838. PubMed

Tagami S.; Sekine S.; Kumarevel T.; Hino N.; Murayama Y.; Kamegamori S.; Yamamoto M.; Sakamoto K.; Yokoyama S. Nature 2010, 468, 978. PubMed

McCormick M. S.; Sazinsky M. H.; Condon K. L.; Lippard S. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15108. PubMed PMC

Notomista E.; Cafaro V.; Bozza G.; Di Donato A. Appl. Environ. Microbiol. 2009, 75, 823. PubMed PMC

Wang Y.; Berlow R. B.; Loria J. P. Biochemistry 2009, 48, 4548. PubMed PMC

Malabanan M. M.; Amyes T. L.; Richard J. P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2010, 20, 702. PubMed PMC

Wierenga R. K.; Kapetaniou E. G.; Venkatesan R. Cell. Mol. Life Sci. 2010, 67, 3961. PubMed PMC

Schmitt E.; Panvert M.; Blanquet S.; Mechulam Y. Structure 2005, 13, 1421. PubMed

Wu J.; Bu W.; Sheppard K.; Kitabatake M.; Kwon S.-T.; Söll D.; Smith J. L. J. Mol. Biol. 2009, 391, 703. PubMed PMC

Oshikane H.; Sheppard K.; Fukai S.; Nakamura Y.; Ishitani R.; Numata T.; Sherrer R. L.; Feng L.; Schmitt E.; Panvert M.; Blanquet S.; Mechulam Y.; Söll D.; Nureki O. Science 2006, 312, 1950. PubMed

Pompliano D. L.; Peyman A.; Knowles J. R. Biochemistry 1990, 29, 3186. PubMed

Dierkers A. T.; Niks D.; Schlichting I.; Dunn M. F. Biochemistry 2009, 48, 10997. PubMed PMC

Najít záznam

Citační ukazatele

Možnosti archivace