Utilization of nucleic acids (NAs) in nanotechnologies and nanotechnology-related applications is a growing field with broad application potential, ranging from biosensing up to targeted cell delivery. Computer simulations are useful techniques that can aid design and speed up development in this field. This review focuses on computer simulations of hybrid nanomaterials composed of NAs and other components. Current state-of-the-art molecular dynamics simulations, empirical force fields (FFs), and coarse-grained approaches for the description of deoxyribonucleic acid and ribonucleic acid are critically discussed. Challenges in combining biomacromolecular and nanomaterial FFs are emphasized. Recent applications of simulations for modeling NAs and their interactions with nano- and biomaterials are overviewed in the fields of sensing applications, targeted delivery, and NA templated materials. Future perspectives of development are also highlighted.

Institute of Biophysics of the Czech Academy of Sciences v v i Královopolská 135 Brno 612 65 Czech Republic

IT4Innovations VŠB Technical University of Ostrava 17 listopadu 2172 15 Ostrava Poruba 708 00 Czech Republic

Regional Center of Advanced Technologies and Materials The Czech Advanced Technology and Research Institute Palacký University Olomouc Šlechtitelů 27 Olomouc 779 00 Czech Republic

See more in PubMed

P. W. K. Rothemund, Nature 2006, 440, 297.

N. C. Seeman, Nature 2003, 421, 427.

N. C. Seeman, H. F. Sleiman, Nat. Rev. Mater. 2018, 3, 17068.

Y. Ke, L. L. Ong, W. M. Shih, P. Yin, Science 2012, 338, 1177.

F. A. Aldaye, A. L. Palmer, H. F. Sleiman, Science 2008, 321, 1795.

L. Jaeger, Nucleic Acids Res. 2001, 29, 455.

A. C. Dock-Bregeon, B. Chevrier, A. Podjarny, J. Johnson, J. S. de Bear, G. R. Gough, P. T. Gilham, D. Moras, J. Mol. Biol. 1989, 209, 459.

H. R. Drew, R. M. Wing, T. Takano, C. Broka, S. Tanaka, K. Itakura, R. E. Dickerson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1981, 78, 2179.

J. A. Holland, M. R. Hansen, Z. Du, D. W. Hoffman, RNA 1999, 5, 257.

B. L. Golden, A. R. Gooding, E. R. Podell, T. R. Cech, Science 1998, 282, 259.

R. M. Voorhees, A. Weixlbaumer, D. Loakes, A. C. Kelley, V. Ramakrishnan, Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16, 528.

G. W. Collie, S. M. Haider, S. Neidle, G. N. Parkinson, Nucleic Acids Res. 2010, 38, 5569.

S. Nozinovic, B. Fürtig, H. R. A. Jonker, C. Richter, H. Schwalbe, Nucleic Acids Res. 2010, 38, 683.

K. Y. Chang, I. Tinoco, J. Mol. Biol. 1997, 269, 52.

A. Kuglstatter, C. Oubridge, K. Nagai, Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 740.

S. Arshavsky-Graham, C. Heuer, X. Jiang, E. Segal, Eng. Life Sci 2022, 22, 319.

W. B. Sherman, N. C. Seeman, Nano Lett. 2004, 4, 1203.

J. S. Shin, N. A. Pierce, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10834.

L. Qian, E. Winfree, Science 2011, 332, 1196.

K. Lund, A. J. Manzo, N. Dabby, N. Michelotti, A. Johnson-Buck, J. Nangreave, S. Taylor, R. Pei, M. N. Stojanovic, N. G. Walter, E. Winfree, H. Yan, Nature 2010, 465, 206.

S. M. Douglas, I. Bachelet, G. M. Church, Science 2012, 335, 831.

J. Li, A. Johnson-Buck, Y. R. Yang, W. M. Shih, H. Yan, N. G. Walter, Nat. Nanotechnol. 2018, 13, 723.

G. Varani, W. H. McClain, EMBO Rep. 2000, 1, 18.

N. B. Leontis, J. Stombaugh, E. Westhof, Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3497.

D. M. J. Lilley, Trends Biochem. Sci. 2003, 28, 495.

E. F. Khisamutdinov, D. L. Jasinski, H. Li, K. Zhang, W. Chiu, P. Guo, Adv. Mater. 2016, 28, 10079.

D. L. Jasinski, E. F. Khisamutdinov, Y. L. Lyubchenko, P. Guo, ACS Nano 2014, 8, 7620.

E. F. Khisamutdinov, H. Li, D. L. Jasinski, J. Chen, J. Fu, P. Guo, Nucleic Acids Res. 2014, 42, 9996.

E. F. Khisamutdinov, M. N. H. Bui, D. Jasinski, Z. Zhao, Z. Cui, P. Guo, Methods Mol. Biol. 2015, 1316, 181.

W. W. Grabow, Z. Zhuang, Z. N. Swank, J. E. Shea, L. Jaeger, J. Mol. Biol. 2012, 424, 54.

O. J. Plescia, N. C. Palczuk, E. Cora-Figueroa, A. Mukherjee, W. Braun, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1965, 54, 1281.

S. J. Sharp, J. Schaack, L. Cooley, D. J. Burke, D. Soil, Crit. Rev. Biochem. 1985, 19, 107.

K. A. Afonin, N. B. Leontis, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16131.

A. Lescoute, E. Westhof, RNA 2006, 12, 83.

L. Huang, D. M. J. Lilley, J. Mol. Biol. 2016, 428, 790.

I. V. Novikova, B. H. Hassan, M. G. Mirzoyan, N. B. Leontis, Nucleic Acids Res. 2011, 39, 2903.

D. Ray, H. Kazan, K. B. Cook, M. T. Weirauch, H. S. Najafabadi, X. Li, S. Gueroussov, M. Albu, H. Zheng, A. Yang, H. Na, M. Irimia, L. H. Matzat, R. K. Dale, S. A. Smith, C. A. Yarosh, S. M. Kelly, B. Nabet, D. Mecenas, W. Li, R. S. Laishram, M. Qiao, H. D. Lipshitz, F. Piano, A. H. Corbett, R. P. Carstens, B. J. Frey, R. A. Anderson, K. W. Lynch, L. O. F. Penalva, et al., Nature 2013, 499, 172.

H. Ohno, T. Kobayashi, R. Kabata, K. Endo, T. Iwasa, S. H. Yoshimura, K. Takeyasu, T. Inoue, H. Saito, Nat. Nanotechnol. 2011, 6, 116.

D. Varshney, J. Spiegel, K. Zyner, D. Tannahill, S. Balasubramanian, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2020, 21, 459.

D. W. Staple, S. E. Butcher, PLoS Biol. 2005, 3, 213.

H. Ohno, H. Saito, in Progress in Molecular Biology and Translational Science, Vol. 139, Academic Press, Cambridge, MA, USA 2016, pp. 165-185.

D. Liu, C. W. Geary, G. Chen, Y. Shao, M. Li, C. Mao, E. S. Andersen, J. A. Piccirilli, P. W. K. Rothemund, Y. Weizmann, Nat. Chem. 2020, 12, 249.

C. Hao, X. Li, C. Tian, W. Jiang, G. Wang, C. Mao, Nat. Commun. 2014, 5, 3890.

P. Guo, C. Zhang, C. Chen, K. Garver, M. Trottier, Mol. Cell 1998, 2, 149.

Y. Shu, F. Haque, D. Shu, W. Li, Z. Zhu, M. Kotb, Y. Lyubchenko, P. Guo, RNA 2013, 19, 767.

K. Kruger, P. J. Grabowski, A. J. Zaug, J. Sands, D. E. Gottschling, T. R. Cech, Cell 1982, 31, 147.

R. L. Coppins, K. B. Hall, E. A. Groisman, Curr. Opin. Microbiol. 2007, 10, 176.

C. Tuerk, L. Gold, Science 1990, 249, 505.

A. D. Ellington, J. W. Szostak, Nature 1992, 355, 850.

R. W. Carthew, E. J. Sontheimer, Cell 2009, 136, 642.

A. Oguro, T. Ohtsu, Y. Nakamura, Anal. Biochem. 2009, 388, 102.

A. H. S. Hall, J. Wan, E. E. Shaughnessy, B. R. Shaw, K. A. Alexander, Nucleic Acids Res. 2004, 32, 5991.

X. Xia, X. Piao, D. Bong, J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 7265.

A. Sheikh, S. Md, P. Kesharwani, Biomed. Pharmacother. 2022, 146, 112530.

J. Liu, S. Guo, M. Cinier, L. S. Shlyakhtenko, Y. Shu, C. Chen, G. Shen, P. Guo, ACS Nano 2011, 5, 237.

D. W. Binzel, E. F. Khisamutdinov, P. Guo, Biochemistry 2014, 53, 2221.

F. Eckstein, Nucleic Acid Ther. 2014, 24, 374.

A. F. De Fazio, D. Misatziou, Y. R. Baker, O. L. Muskens, T. Brown, A. G. Kanaras, Chem. Soc. Rev. 2021, 50, 13410.

P. W. Rose, B. Beran, C. Bi, W. F. Bluhm, D. Dimitropoulos, D. S. Goodsell, A. Prlic, M. Quesada, G. B. Quinn, J. D. Westbrook, J. Young, B. Yukich, C. Zardecki, H. M. Berman, P. E. Bourne, Nucleic Acids Res. 2011, 39, D392.

Q. Zhao, Z. Zhao, X. Fan, Z. Yuan, Q. Mao, Y. Yao, PLoS Comput. Biol. 2021, 17, e1009291.

Z. Miao, E. Westhof, Annu. Rev. Biophys. 2017, 46, 483.

J. Fallmann, S. Will, J. Engelhardt, B. Grüning, R. Backofen, P. F. Stadler, J. Biotechnol. 2017, 261, 97.

J. Šponer, K. E. Riley, P. Hobza, Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2595.

M. A. Ditzler, M. Otyepka, J. Šponer, N. G. Walter, Acc. Chem. Res. 2010, 43, 40.

P. Banáš, P. Jurečka, N. G. Walter, J. Šponer, M. Otyepka, Methods 2009, 49, 202.

D. H. Turner, D. H. Mathews, Nucleic Acids Res. 2010, 38, D280.

I. L. Hofacker, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3429.

R. Lorenz, S. H. Bernhart, C. Höner zu Siederdissen, H. Tafer, C. Flamm, P. F. Stadler, I. L. Hofacker, Algorithms Mol. Biol. 2011, 6, 26.

M. Zuker, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3406.

J. S. Reuter, D. H. Mathews, BMC Bioinformatics 2010, 11, 129.

S. Zakov, Y. Goldberg, M. Elhadad, M. Ziv-Ukelson, J. Comput. Biol. 2011, 18, 1525.

E. Rivas, R. Lang, S. R. Eddy, RNA 2012, 18, 193.

J. Singh, J. Hanson, K. Paliwal, Y. Zhou, Nat. Commun. 2019, 10, 5407.

K. Sato, M. Akiyama, Y. Sakakibara, Nat. Commun. 2021, 12, 941.

L. Fu, Y. Cao, J. Wu, Q. Peng, Q. Nie, X. Xie, Nucleic Acids Res. 2022, 50, 14.

X. Chen, Y. Li, R. Umarov, X. Gao, L. Song, in Proceedings of the 8th International Conference on Learning Representations, ICLR 2020, Addis Ababa, Ethiopia 2020.

M. Andronescu, A. Condon, H. H. Hoos, D. H. Mathews, K. P. Murphy, RNA 2010, 16, 2304.

B. Yu, Y. Lu, Q. C. Zhang, L. Hou, Quant. Biol. 2020, 8, 109.

S. Sharma, F. Ding, N. V. Dokholyan, Bioinformatics 2008, 24, 1951.

A. Krokhotin, K. Houlihan, N. V. Dokholyan, Bioinformatics 2015, 31, 2891.

M. J. Boniecki, G. Lach, W. K. Dawson, K. Tomala, P. Lukasz, T. Soltysinski, K. M. Rother, J. M. Bujnicki, Nucleic Acids Res. 2016, 44, e63.

M. A. Jonikas, R. J. Radmer, A. Laederach, R. Das, S. Pearlman, D. Herschlag, R. B. Altman, RNA 2009, 15, 189.

M. Rother, K. Rother, T. Puton, J. M. Bujnicki, Nucleic Acids Res. 2011, 39, 4007.

S. C. Flores, R. B. Altman, RNA 2010, 16, 1769.

M. Popenda, M. Szachniuk, M. Antczak, K. J. Purzycka, P. Lukasiak, N. Bartol, J. Blazewicz, R. W. Adamiak, Nucleic Acids Res. 2012, 40, e112.

Y. Zhao, Y. Huang, Z. Gong, Y. Wang, J. Man, Y. Xiao, Sci. Rep. 2012, 2, 734.

X. Xu, C. Zhao, S.-J. Chen, J. Struct. Biol. 2019, 207, 235.

J. P. Bida, L. J. Maher, RNA 2012, 18, 385.

R. Das, D. Baker, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 14664.

J. Wang, K. Mao, Y. Zhao, C. Zeng, J. Xiang, Y. Zhang, Y. Xiao, Nucleic Acids Res. 2017, 45, 6299.

E. De Leonardis, B. Lutz, S. Ratz, S. Cocco, R. Monasson, A. Schug, M. Weigt, Nucleic Acids Res. 2015, 43, gkv932.

C. Weinreb, A. J. Riesselman, J. B. Ingraham, T. Gross, C. Sander, D. S. Marks, Cell 2016, 165, 963.

J. A. Cruz, M.-F. Blanchet, M. Boniecki, J. M. Bujnicki, S.-J. Chen, S. Cao, R. Das, F. Ding, N. V. Dokholyan, S. C. Flores, L. Huang, C. A. Lavender, V. Lisi, F. Major, K. Mikolajczak, D. J. Patel, A. Philips, T. Puton, J. Santalucia, F. Sijenyi, T. Hermann, K. Rother, M. Rother, A. Serganov, M. Skorupski, T. Soltysinski, P. Sripakdeevong, I. Tuszynska, K. M. Weeks, C. Waldsich, et al., RNA 2012, 18, 610.

Z. Miao, R. W. Adamiak, M.-F. Blanchet, M. Boniecki, J. M. Bujnicki, S.-J. Chen, C. Cheng, G. Chojnowski, F.-C. Chou, P. Cordero, J. A. Cruz, A. R. Ferré-D'Amaré, R. Das, F. Ding, N. V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, W. Kladwang, A. Krokhotin, G. Lach, M. Magnus, F. Major, T. H. Mann, B. Masquida, D. Matelska, M. Meyer, A. Peselis, M. Popenda, K. J. Purzycka, A. Serganov, J. Stasiewicz, et al., RNA 2015, 21, 1066.

Z. Miao, R. W. Adamiak, M. Antczak, R. T. Batey, A. J. Becka, M. Biesiada, M. J. Boniecki, J. M. Bujnicki, S.-J. Chen, C. Y. Cheng, F.-C. Chou, A. R. Ferré-D'Amaré, R. Das, W. K. Dawson, F. Ding, N. V. Dokholyan, S. Dunin-Horkawicz, C. Geniesse, K. Kappel, W. Kladwang, A. Krokhotin, G. E. Łach, F. Major, T. H. Mann, M. Magnus, K. Pachulska-Wieczorek, D. J. Patel, J. A. Piccirilli, M. Popenda, K. J. Purzycka, et al., RNA 2017, 23, 655.

Z. Miao, R. W. Adamiak, M. Antczak, M. J. Boniecki, J. Bujnicki, S. Chen, C. Y. Cheng, Y. Cheng, F.-C. Chou, R. Das, N. V. Dokholyan, F. Ding, C. Geniesse, Y. Jiang, A. Joshi, A. Krokhotin, M. Magnus, O. Mailhot, F. Major, T. H. Mann, P. Piątkowski, R. Pluta, M. Popenda, J. Sarzynska, L. Sun, M. Szachniuk, S. Tian, J. Wang, J. Wang, A. M. Watkins, et al., RNA 2020, 26, 982.

J. Šponer, G. Bussi, M. Krepl, P. Banáš, S. Bottaro, R. A. Cunha, A. Gil-Ley, G. Pinamonti, S. Poblete, P. Jurečka, N. G. Walter, M. Otyepka, Chem. Rev. 2018, 118, 4177.

C. Maffeo, J. Yoo, J. Comer, D. B. Wells, B. Luan, A. Aksimentiev, J. Phys.: Condens. Matter 2014, 26, 413101.

W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.

C. I. Bayly, P. Cieplak, W. D. Cornell, P. A. Kollman, J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.

E. Vanquelef, S. Simon, G. Marquant, E. Garcia, G. Klimerak, J. C. Delepine, P. Cieplak, F.-Y. Dupradeau, Nucleic Acids Res. 2011, 39, W511.

P. Hobza, J. Šponer, Chem. Rev. 1999, 99, 3247.

J. Šponer, J. Leszczyński, P. Hobza, J. Phys. Chem. 1996, 100, 5590.

P. Banáš, A. Mládek, M. Otyepka, M. Zgarbová, P. Jurečka, D. Svozil, F. Lankaš, J. Šponer, J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2448.

H. Kruse, P. Banáš, J. Šponer, J. Chem. Theory Comput. 2019, 15, 95.

F. Häse, M. Zacharias, Nucleic Acids Res. 2016, 44, 7100.

A. A. Chen, A. E. Garcia, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2013, 110, 16820.

C. Bergonzo, N. M. Henriksen, D. R. Roe, T. E. Cheatham, RNA 2015, 21, 1578.

C. Maffeo, B. Luan, A. Aksimentiev, Nucleic Acids Res. 2012, 40, 3812.

P. S. Nerenberg, T. Head-Gordon, Curr. Opin. Struct. Biol. 2018, 49, 129.

C. A. Reynolds, J. W. Essex, W. G. Richards, J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9075.

J. Sponer, M. Sabat, L. Gorb, J. Leszczynski, B. Lippert, P. Hobza, J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7535.

J. C. Bowman, T. K. Lenz, N. V Hud, L. D. Williams, Curr. Opin. Struct. Biol. 2012, 22, 262.

P. Li, K. M. Merz, Chem. Rev. 2017, 117, 1564.

T. E. Cheatham, P. Cieplak, P. A. Kollman, J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845.

J. Wang, P. Cieplak, P. A. Kollman, J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.

I. Yildirim, S. D. Kennedy, H. A. Stern, J. M. Hart, R. Kierzek, D. H. Turner, J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 172.

M. Zgarbová, F. J. Luque, J. Šponer, T. E. Cheatham, M. Otyepka, P. Jurečka, J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2339.

M. Zgarbová, J. Šponer, M. Otyepka, T. E. Cheatham, R. Galindo-Murillo, P. Jurečka, J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 5723.

I. Ivani, P. D. Dans, A. Noy, A. Pérez, I. Faustino, A. Hospital, J. Walther, P. Andrio, R. Goñi, A. Balaceanu, G. Portella, F. Battistini, J. L. Gelpí, C. González, M. Vendruscolo, C. A. Laughton, S. A. Harris, D. A. Case, M. Orozco, Nat. Methods 2016, 13, 55.

A. H. Aytenfisu, A. Spasic, A. Grossfield, H. A. Stern, D. H. Mathews, J. Chem. Theory Comput. 2017, 13, 900.

M. Zgarbová, J. Šponer, P. Jurečka, J. Chem. Theory Comput. 2021, 17, 6292.

A. D. MacKerell, J. Wiorkiewicz-Kuczera, M. Karplus, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946.

A. Pérez, I. Marchán, D. Svozil, J. Sponer, T. E. Cheatham, C. A. Laughton, M. Orozco, Biophys. J. 2007, 92, 3817.

P. Banáš, D. Hollas, M. Zgarbová, P. Jurečka, M. Orozco, T. E. Cheatham, J. Šponer, M. Otyepka, J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3836.

I. Yildirim, H. A. Stern, S. D. Kennedy, J. D. Tubbs, D. H. Turner, J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1520.

M. Zgarbová, M. Otyepka, J. Šponer, A. Mládek, P. Banáš, T. E. Cheatham, P. Jurečka, J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2886.

E. J. Denning, U. D. Priyakumar, L. Nilsson, A. D. Mackerell, J. Comput. Chem. 2011, 32, 1929.

M. Krepl, M. Zgarbová, P. Stadlbauer, M. Otyepka, P. Banáš, J. Koča, T. E. Cheatham, P. Jurečka, J. Šponer, J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2506.

K. Hart, N. Foloppe, C. M. Baker, E. J. Denning, L. Nilsson, A. D. MacKerell, J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 348.

P. Kührová, V. Mlýnský, M. Zgarbová, M. Krepl, G. Bussi, R. B. Best, M. Otyepka, J. Šponer, P. Banáš, J. Chem. Theory Comput. 2019, 15, 3288.

D. Tan, S. Piana, R. M. Dirks, D. E. Shaw, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2018, 115, E1346.

K. Liebl, M. Zacharias, J. Chem. Theory Comput. 2021, 17, 7096.

M. R. Tucker, S. Piana, D. Tan, M. V. LeVine, D. E. Shaw, J. Phys. Chem. B 2022, 126, 4442.

J. Yoo, A. Aksimentiev, J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 430.

C. Yang, M. Lim, E. Kim, Y. Pak, J. Chem. Theory Comput. 2017, 13, 395.

J. Yoo, A. Aksimentiev, Phys. Chem. Chem. Phys. 2018, 20, 8432.

T. Fröhlking, V. Mlýnský, M. Janeček, P. Kührová, M. Krepl, P. Banáš, J. Šponer, G. Bussi, J. Chem. Theory Comput. 2022, 18, 4490.

V. Mlýnský, M. Janeček, P. Kührová, T. Fröhlking, M. Otyepka, G. Bussi, P. Banáš, J. Šponer, J. Chem. Theory Comput. 2022, 18, 2642.

J. Šponer, B. Islam, P. Stadlbauer, S. Haider, Annu. Rep. Med. Chem. 2020, 54, 197.

K. Gkionis, H. Kruse, J. A. Platts, A. Mládek, J. Koča, J. Šponer, J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1326.

M. Havrila, P. Stadlbauer, B. Islam, M. Otyepka, J. Šponer, J. Chem. Theory Comput. 2017, 13, 3911.

A. Savelyev, A. D. MacKerell, J. Comput. Chem. 2014, 35, 1219.

J. A. Lemkul, A. D. MacKerell, J. Comput. Chem. 2018, 39, 2624.

C. Zhang, C. Lu, Z. Jing, C. Wu, J.-P. Piquemal, J. W. Ponder, P. Ren, J. Chem. Theory Comput. 2018, 14, 2084.

P. Cieplak, F.-Y. Dupradeau, Y. Duan, J. Wang, J. Phys.: Condens. Matter 2009, 21, 333102.

T. A. Halgren, W. Damm, Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 236.

Z. Jing, C. Liu, S. Y. Cheng, R. Qi, B. D. Walker, J.-P. Piquemal, P. Ren, Annu. Rev. Biophys. 2019, 48, 371.

N. Gresh, G. A. Cisneros, T. A. Darden, J.-P. Piquemal, J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1960.

V. Mlýnský, P. Banáš, J. Šponer, M. W. van der Kamp, A. J. Mulholland, M. Otyepka, J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1608.

P. Pokorná, H. Kruse, M. Krepl, J. Šponer, J. Chem. Theory Comput. 2018, 14, 5419.

J. A. Lemkul, A. Savelyev, A. D. MacKerell, J. Phys. Chem. Lett. 2014, 5, 2077.

J. Sponer, H. A. Gabb, J. Leszczynski, P. Hobza, Biophys. J. 1997, 73, 76.

A. M. Salsbury, J. A. Lemkul, J. Phys. Chem. B 2019, 123, 148.

A. M. Salsbury, T. J. Dean, J. A. Lemkul, J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 3430.

Y. Luo, W. Jiang, H. Yu, A. D. MacKerell, B. Roux, Faraday Discuss. 2013, 160, 135.

M. Pykal, M. Langer, B. Blahová Prudilová, P. Banáš, M. Otyepka, J. Phys. Chem. C 2019, 123, 9799.

A. M. Salsbury, H. M. Michel, J. A. Lemkul, ACS Omega 2022, 7, 23368.

T. A. Ho, A. Striolo, J. Chem. Phys. 2013, 138, 054117.

L. B. Wright, P. M. Rodger, S. Corni, T. R. Walsh, J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1616.

P. Kührová, R. B. Best, S. Bottaro, G. Bussi, J. Šponer, M. Otyepka, P. Banáš, J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 4534.

R. Galindo-Murillo, J. C. Robertson, M. Zgarbová, J. Šponer, M. Otyepka, P. Jurečka, T. E. Cheatham, J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 4114.

A. Fakharzadeh, J. Zhang, C. Roland, C. Sagui, Nucleic Acids Res. 2022, 50, 4860.

C. R. Simmons, T. MacCulloch, M. Krepl, M. Matthies, A. Buchberger, I. Crawford, J. Šponer, P. Šulc, N. Stephanopoulos, H. Yan, Nat. Commun. 2022, 13, 3112.

C. Bergonzo, T. E. Cheatham, J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 3969.

X. Zhu, P. E. M. Lopes, A. D. Mackerell, Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2012, 2, 167.

P. Hobza, M. Kabeláč, J. Šponer, P. Mejzlík, J. Vondrášek, J. Comput. Chem. 1997, 18, 1136.

A. MacKerell, N. Banavali, J. Comput. Chem. 2000, 21, 105.

V. Minhas, T. Sun, A. Mirzoev, N. Korolev, A. P. Lyubartsev, L. Nordenskiöld, J. Phys. Chem. B 2020, 124, 38.

E. Fadrná, N. Špačková, J. Sarzyñska, J. Koča, M. Orozco, T. E. Cheatham, T. Kulinski, J. Šponer, J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2514.

J. A. Lemkul, Nucleic Acids Res. 2020, 48, 561.

V. Mlýnský, P. Banáš, D. Hollas, K. Réblová, N. G. Walter, J. Šponer, M. Otyepka, J. Phys. Chem. B 2010, 114, 6642.

M. Zgarbová, F. J. Luque, J. Šponer, M. Otyepka, P. Jurečka, J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3232.

J. S. Richardson, B. Schneider, L. W. Murray, G. J. Kapral, R. M. Immormino, J. J. Headd, D. C. Richardson, D. Ham, E. Hershkovits, L. D. Williams, K. S. Keating, A. M. Pyle, D. Micallef, J. Westbrook, H. M. Berman, RNA 2008, 14, 465.

V. Mlýnský, P. Kührová, M. Zgarbová, P. Jurečka, N. G. Walter, M. Otyepka, J. Šponer, P. Banáš, J. Phys. Chem. B 2015, 119, 4220.

J. Šponer, A. Mládek, J. E. Šponer, D. Svozil, M. Zgarbová, P. Banáš, P. Jurečka, M. Otyepka, Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 15257.

J. Zhao, S. D. Kennedy, D. H. Turner, J. Chem. Theory Comput. 2022, 18, 1241.

D. E. Condon, S. D. Kennedy, B. C. Mort, R. Kierzek, I. Yildirim, D. H. Turner, J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 2729.

K. K. Grotz, M. F. Nueesch, E. D. Holmstrom, M. Heinz, L. S. Stelzl, B. Schuler, G. Hummer, J. Phys. Chem. B 2018, 122, 11626.

P. Banáš, P. Sklenovský, J. E. Wedekind, J. Šponer, M. Otyepka, J. Phys. Chem. B 2012, 116, 12721.

I. Faustino, A. Pérez, M. Orozco, Biophys. J. 2010, 99, 1876.

I. Beššeová, P. Banáš, P. Kührová, P. Košinová, M. Otyepka, J. Šponer, J. Phys. Chem. B 2012, 116, 9899.

M. Havrila, M. Zgarbová, P. Jurečka, P. Banáš, M. Krepl, M. Otyepka, J. Šponer, J. Phys. Chem. B 2015, 119, 15176.

J. Li, S. J. Chen, Front. Mol. Biosci. 2021, 8, 20.

B. E. K. Snodin, F. Randisi, M. Mosayebi, P. Šulc, J. S. Schreck, F. Romano, T. E. Ouldridge, R. Tsukanov, E. Nir, A. A. Louis, J. P. K. Doye, J. Chem. Phys. 2015, 142, 234901.

E. Benson, M. Lolaico, Y. Tarasov, A. Gådin, B. Högberg, ACS Nano 2019, 13, 12591.

M. C. Engel, D. M. Smith, M. A. Jobst, M. Sajfutdinow, T. Liedl, F. Romano, L. Rovigatti, A. A. Louis, J. P. K. Doye, ACS Nano 2018, 12, 6734.

T. Sun, V. Minhas, N. Korolev, A. Mirzoev, A. P. Lyubartsev, L. Nordenskiöld, Front. Mol. Biosci. 2021, 8, 645527.

S. J. Marrink, H. J. Risselada, S. Yefimov, D. P. Tieleman, A. H. de Vries, J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812.

J. J. Uusitalo, H. I. Ingólfsson, P. Akhshi, D. P. Tieleman, S. J. Marrink, J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 3932.

J. J. Uusitalo, H. I. Ingólfsson, S. J. Marrink, I. Faustino, Biophys. J. 2017, 113, 246.

R. Alessandri, F. Grünewald, S. J. Marrink, Adv. Mater. 2021, 33, 2008635.

P. C. T. Souza, R. Alessandri, J. Barnoud, I. Faustino, F. Grunewald, I. Patmanidis, S. Thallmair, I. Faustino, F. Grünewald, I. Patmanidis, H. Abdizadeh, B. M. H. Bruininks, T. A. Wassenaar, P. C. Kroon, J. Melcr, V. Nieto, V. Corradi, H. M. Khan, J. Domański, M. Javanainen, H. Martinez-Seara, N. Reuter, R. B. Best, I. Vattulainen, L. Monticelli, X. Periole, D. P. Tieleman, A. H. de Vries, S. J. Marrink, Nat. Methods 2021, 18, 382.

M. Tsanai, P. W. J. M. Frederix, C. F. E. Schroer, P. C. T. Souza, S. J. Marrink, Chem. Sci. 2021, 12, 8521.

S. M. Dibrov, J. McLean, J. Parsons, T. Hermann, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108, 6405.

P. Šulc, F. Romano, T. E. Ouldridge, J. P. K. Doye, A. A. Louis, J. Chem. Phys. 2014, 140, 235102.

S. J. Chen, K. A. Dill, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 646.

M. A. Ditzler, D. Rueda, J. Mo, K. Håkansson, N. G. Walter, Nucleic Acids Res. 2008, 36, 7088.

J. Rinnenthal, J. Buck, J. Ferner, A. Wacker, B. Fürtig, H. Schwalbe, Acc. Chem. Res. 2011, 44, 1292.

K. E. Watters, E. J. Strobel, A. M. Yu, J. T. Lis, J. B. Lucks, Nat. Struct. Mol. Biol. 2016, 23, 1124.

H. M. Al-Hashimi, N. G. Walter, Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 321.

J. D. Stephenson, J. C. Kenyon, M. F. Symmons, A. M. L. Lever, Methods 2016, 103, 57.

B. Islam, P. Stadlbauer, A. Gil-Ley, G. Pérez-Hernández, S. Haider, S. Neidle, G. Bussi, P. Banas, M. Otyepka, J. Sponer, J. Chem. Theory Comput. 2017, 13, 2458.

P. Auffinger, T. E. Cheatham, A. C. Vaiana, J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1851.

I. S. Joung, T. E. CheathamIII, J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9020.

Y. Sugita, Y. Okamoto, Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.

L. Wang, R. A. Friesner, B. J. Berne, J. Phys. Chem. B 2011, 115, 9431.

H. Fukunishi, O. Watanabe, S. Takada, J. Chem. Phys. 2002, 116, 9058.

G. M. Torrie, J. P. Valleau, J. Comput. Phys. 1977, 23, 187.

S. Kumar, J. M. Rosenberg, D. Bouzida, R. H. Swendsen, P. A. Kollman, J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011.

A. Laio, M. Parrinello, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 12562.

A. Barducci, G. Bussi, M. Parrinello, Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 020603.

D. M. Zuckerman, Annu. Rev. Biophys. 2011, 40, 41.

A. Grossfield, P. N. Patrone, D. R. Roe, A. J. Schultz, D. Siderius, D. M. Zuckerman, Living J. Comput. Mol. Sci. 2019, 1, 5067.

R. Appadurai, J. Nagesh, A. Srivastava, Nat. Commun. 2021, 12, 958.

F. Di Palma, S. Bottaro, G. Bussi, BMC Bioinformatics 2015, 16, S6.

G. Bussi, F. L. Gervasio, A. Laio, M. Parrinello, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13435.

V. Mlýnský, G. Bussi, Curr. Opin. Struct. Biol. 2018, 49, 63.

H. Sun, J. Ren, X. Qu, Acc. Chem. Res. 2016, 49, 461.

S. P. Surwade, S. Zhao, H. Liu, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 11868.

Z. Wang, Y. Lu, J. Mater. Chem. 2009, 19, 1788.

Z. Lin, L. C. Beltrán, Z. A. De Los Santos, Y. Li, T. Adel, J. A. Fagan, A. R. Hight Walker, E. H. Egelman, M. Zheng, Science 2022, 377, 535.

V. Georgakilas, J. A. Perman, J. Tuček, R. Zbořil, Chem. Rev. 2015, 115, 4744.

S. Gowtham, R. H. Scheicher, R. Ahuja, R. Pandey, S. P. Karna, Phys. Rev. B 2007, 76, 033401.

S. Gowtham, R. H. Scheicher, R. Pandey, S. P. Karna, R. Ahuja, Nanotechnology 2008, 19, 125701.

A. Das, A. K. Sood, P. K. Maiti, M. Das, R. Varadarajan, C. N. R. Rao, Chem. Phys. Lett. 2008, 453, 266.

J. Antony, S. Grimme, Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2722.

B. Akdim, R. Pachter, P. N. Day, S. S. Kim, R. R. Naik, Nanotechnology 2012, 23, 165703.

M. Chehel Amirani, T. Tang, J. Biomol. Struct. Dyn. 2015, 33, 1567.

V. Spiwok, P. Hobza, J. Řezáč, J. Phys. Chem. C 2011, 115, 19455.

P. Jurečka, J. Šponer, J. Černý, P. Hobza, Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985.

R. R. Johnson, A. T. C. Johnson, M. L. Klein, Small 2010, 6, 31.

J. A. Harrison, J. D. Schall, S. Maskey, P. T. Mikulski, M. T. Knippenberg, B. H. Morrow, Appl. Phys. Rev. 2018, 5, 031104.

M. Pykal, P. Jurečka, F. Karlický, M. Otyepka, Phys. Chem. Chem. Phys. 2016, 18, 6351.

A. Cheng, W. A. Steele, J. Chem. Phys. 1990, 92, 3858.

P. Lazar, F. Karlický, P. Jurečka, M. Kocman, E. Otyepková, K. Šafářová, M. Otyepka, J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 6372.

P. Lazar, E. Otyepková, M. Pykal, K. Čépe, M. Otyepka, Nanoscale 2018, 10, 8979.

M. Langer, M. Paloncýová, M. Medveď, M. Pykal, D. Nachtigallová, B. Shi, A. J. A. Aquino, H. Lischka, M. Otyepka, Appl. Mater. Today 2021, 22, 100924.

M. Paloncýová, M. Langer, M. Otyepka, J. Chem. Theory Comput. 2018, 14, 2076.

Q. Li, J. P. Froning, M. Pykal, S. Zhang, Z. Wang, M. Vondrák, P. Banáš, K. Čépe, P. Jurečka, J. Šponer, R. Zbořil, M. Dong, M. Otyepka, 2D Mater. 2018, 5, 031006.

H. Gao, Y. Kong, D. Cui, C. S. Ozkan, Nano Lett. 2003, 3, 471.

R. R. Johnson, A. T. C. Johnson, M. L. Klein, Nano Lett. 2008, 8, 69.

D. Roxbury, J. Mittal, A. Jagota, Nano Lett. 2012, 12, 1464.

H. Gao, Y. Kong, Annu. Rev. Mater. Res. 2004, 34, 123.

S. Muraru, C. G. Samoila, E. I. Slusanschi, J. S. Burns, M. Ionita, Coatings 2020, 10, 289.

X. Zhao, A. Striolo, P. T. Cummings, Biophys. J. 2005, 89, 3856.

X. Zhao, J. K. Johnson, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10438.

M. Kabeláč, O. Kroutil, M. Předota, F. Lankaš, M. Šíp, Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 4217.

X. Zhao, J. Phys. Chem. C 2011, 115, 6181.

O.-S. Lee, G. C. Schatz, J. Phys. Chem. C 2009, 113, 15941.

O.-S. Lee, G. C. Schatz, J. Phys. Chem. C 2009, 113, 2316.

T. J. Schmitt, J. B. Rogers, T. A. Knotts, J. Chem. Phys. 2013, 138, 035102.

K.-Y. Wong, B. M. Pettitt, Biopolymers 2004, 73, 570.

J. Czescik, S. Zamolo, T. Darbre, R. Rigo, C. Sissi, A. Pecina, L. Riccardi, M. De Vivo, F. Mancin, P. Scrimin, Angew. Chem., Int. Ed. 2021, 60, 1423.

M. Rosa, S. Corni, R. Di Felice, J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1707.

J. Ambia-Garrido, A. Vainrub, B. M. Pettitt, Comput. Phys. Commun. 2010, 181, 2001.

Y. Ding, J. Mittal, J. Chem. Phys. 2014, 141, 184901.

M. Ha, A. Hajibabaei, S. Pourasad, K. S. Kim, ACS Phys. Chem. Au 2022, 2, 260.

A. Hajibabaei, K. S. Kim, J. Phys. Chem. Lett. 2021, 12, 8115.

D. A. Potoyan, A. Savelyev, G. A. Papoian, Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2013, 3, 69.

M. Fyta, S. Melchionna, S. Succi, J. Polym. Sci., Part B: Polym. Phys. 2011, 49, 985.

S. Dey, C. Fan, K. V. Gothelf, J. Li, C. Lin, L. Liu, N. Liu, M. A. D. Nijenhuis, B. Saccà, F. C. Simmel, H. Yan, P. Zhan, Nat. Rev. Methods Primers 2021, 1, 13.

H. Jabbari, M. Aminpour, C. Montemagno, ACS Comb. Sci. 2015, 17, 535.

B. Song, G. Cuniberti, S. Sanvito, H. Fang, Appl. Phys. Lett. 2012, 100, 063101.

S. D. Dabhi, B. Roondhe, P. K. Jha, Phys. Chem. Chem. Phys. 2018, 20, 8943.

M. Cha, S. Jung, M.-H. Cha, G. Kim, J. Ihm, J. Lee, Nano Lett. 2009, 9, 1345.

A. D. Bobadilla, J. M. Seminario, J. Phys. Chem. C 2011, 115, 3466.

J. D. Gouveia, G. Novell-Leruth, F. Viñes, F. Illas, J. R. B. Gomes, Appl. Surf. Sci. 2021, 544, 148946.

C. L. Manzanares-Palenzuela, A. M. Pourrahimi, J. Gonzalez-Julian, Z. Sofer, M. Pykal, M. Otyepka, M. Pumera, Chem. Sci. 2019, 10, 10010.

Y. Lu, B. R. Goldsmith, N. J. Kybert, A. T. C. Johnson, Appl. Phys. Lett. 2010, 97, 083107.

T. Cholko, S. Kaushik, C. E. A. Chang, Phys. Chem. Chem. Phys. 2019, 21, 16367.

K. Xu, Z. Lin, C. Merlet, P. Taberna, L. Miao, J. Jiang, P. Simon, ChemSusChem 2018, 11, 1892.

J. Wang, Small 2005, 1, 1036.

H. Wang, R. Yang, L. Yang, W. Tan, ACS Nano 2009, 3, 2451.

H. Cathcart, V. Nicolosi, J. M. Hughes, W. J. Blau, J. M. Kelly, S. J. Quinn, J. N. Coleman, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 12734.

U. Sahin, K. Karikó, Ö. Türeci, Nat. Rev. Drug Discovery 2014, 13, 759.

N. Pardi, M. J. Hogan, F. W. Porter, D. Weissman, Nat. Rev. Drug Discovery 2018, 17, 261.

C. J. Dickson, B. D. Madej, Å. A. Skjevik, R. M. Betz, K. Teigen, I. R. Gould, R. C. Walker, J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 865.

C. J. Dickson, R. C. Walker, I. R. Gould, J. Chem. Theory Comput. 2022, 18, 1726.

C. J. Dickson, L. Rosso, R. M. Betz, R. C. Walker, I. R. Gould, Soft Matter 2012, 8, 9617.

J. P. M. Jämbeck, A. P. Lyubartsev, J. Phys. Chem. B 2012, 116, 3164.

J. Wang, R. M. Wolf, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, D. A. Case, J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157.

S. E. Feller, D. Yin, R. W. Pastor, A. D. MacKerell, Biophys. J. 1997, 73, 2269.

S. E. Feller, A. D. MacKerell, J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7510.

J. B. Klauda, B. R. Brooks, A. D. MacKerell, R. M. Venable, R. W. Pastor, J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5300.

J. B. Klauda, R. W. Pastor, B. R. Brooks, J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15684.

J. B. Klauda, R. M. Venable, J. A. Freites, J. W. O'Connor, D. J. Tobias, C. Mondragon-Ramirez, I. Vorobyov, A. D. MacKerell, R. W. Pastor, J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7830.

K. Vanommeslaeghe, E. Hatcher, C. Acharya, S. Kundu, S. Zhong, J. Shim, E. Darian, J. Comput. Chem. 2010, 31, 671.

J. Chowdhary, E. Harder, P. E. M. Lopes, L. Huang, A. D. MacKerell, B. B. Roux, J. Phys. Chem. B 2013, 117, 9142.

V. M. Anisimov, G. Lamoureux, I. V. Vorobyov, N. Huang, B. Roux, A. D. MacKerell, J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 153.

A. Sandoval-Perez, K. Pluhackova, R. A. Böckmann, J. Chem. Theory Comput. 2017, 13, 2310.

M. Paloncýová, G. Fabre, R. H. Devane, P. Trouillas, K. Berka, M. Otyepka, J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 4143.

H. Lopez, E. G. Brandt, A. Mirzoev, D. Zhurkin, A. Lyubartsev, V. Lobaskin, in Modelling the Toxicity of Nanoparticles, Vol. 947, Springer, Cham 2017, pp. 173-206.

Y.-R. Yuan, Y. Pei, H.-Y. Chen, T. Tuschl, D. J. Patel, Structure 2006, 14, 1557.

I. Basu, P. K. Maiti, Langmuir 2021, 37, 266.

J. A. Maier, C. Martinez, K. Kasavajhala, L. Wickstrom, K. E. Hauser, C. Simmerling, J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 3696.

M. Breton, L. Delemotte, A. Silve, L. M. Mir, M. Tarek, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 13938.

J. Hénin, W. Shinoda, M. L. Klein, J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7008.

M. Ramezanpour, M. L. Schmidt, I. Bodnariuc, J. A. Kulkarni, S. S. W. Leung, P. R. Cullis, J. L. Thewalt, D. P. Tieleman, Nanoscale 2019, 11, 14141.

M. Paloncýová, P. Čechová, M. Šrejber, P. Kührová, M. Otyepka, J. Phys. Chem. Lett. 2021, 12, 11199.

A. K. K. Leung, I. M. Hafez, S. Baoukina, N. M. Belliveau, I. V. Zhigaltsev, E. Afshinmanesh, D. P. Tieleman, C. L. Hansen, M. J. Hope, P. R. Cullis, J. Phys. Chem. C 2012, 116, 18440.

B. M. H. Bruininks, P. C. T. Souza, H. Ingolfsson, S. J. Marrink, eLife 2020, 9, e52012.

V. Marquez-Miranda, I. Araya-Duran, F. D. Gonzalez-Nilo, Curr. Pharm. Des. 2017, 23, 3062.

M. A. Deriu, N. Tsapis, M. Noiray, G. Grasso, N. El Brahmi, S. Mignani, J. P. Majoral, E. Fattal, A. Danani, Nanoscale 2018, 10, 10952.

V. Hornak, R. Abel, A. Okur, B. Strockbine, A. Roitberg, C. Simmerling, Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 65, 712.

K. Lindorff-Larsen, S. Piana, K. Palmo, P. Maragakis, J. L. Klepeis, R. O. Dror, D. E. Shaw, Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010, 78, 1950.

K. Lindorff-Larsen, P. Maragakis, S. Piana, M. P. Eastwood, R. O. Dror, D. E. Shaw, PLoS One 2012, 7, 32131.

F. Stojceski, G. Grasso, L. Pallante, A. Danani, ACS Omega 2020, 5, 2978.

V. Márquez-Miranda, I. Araya-Durán, M. B. Camarada, J. Comer, J. A. Valencia-Gallegos, F. D. González-Nilo, Sci. Rep. 2016, 6, 29436.

Z. Hejdankova, V. Vanek, F. Sedlak, J. Prochazka, A. Diederichs, S. Kereïche, B. Novotna, M. Budesinsky, G. Birkus, K. Grantz Saskova, P. Cigler, Adv. Funct. Mater. 2021, 31, 2101391.

L. Sukeník, L. Mukhamedova, M. Procházková, K. Škubník, P. Plevka, R. Vácha, ACS Nano 2021, 15, 19233.

K. Škubník, L. Sukeník, D. Buchta, T. Füzik, M. Procházková, J. Moravcová, L. Šmerdová, A. Přidal, R. Vácha, P. Plevka, Sci. Adv. 2021, 7, eabd7130.

D. Buchta, T. Füzik, D. Hrebík, Y. Levdansky, L. Sukeník, L. Mukhamedova, J. Moravcová, R. Vácha, P. Plevka, Nat. Commun. 2019, 10, 1138.

M. R. Jones, N. C. Seeman, C. A. Mirkin, Science 2015, 347, 1260901.

G. Roelfes, B. L. Feringa, Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 3230.

S. M. D. Watson, A. R. Pike, J. Pate, A. Houlton, B. R. Horrocks, Nanoscale 2014, 6, 4027.

M. Fossépré, M. E. Trévisan, V. Cyriaque, R. Wattiez, D. Beljonne, S. Richeter, S. Clément, M. Surin, ACS Appl. Bio Mater. 2019, 2, 2125.

P. Chidchob, H. F. Sleiman, Curr. Opin. Chem. Biol. 2018, 46, 63.

F. Hong, F. Zhang, Y. Liu, H. Yan, Chem. Rev. 2017, 117, 12584.

M. Surin, S. Ulrich, ChemistryOpen 2020, 9, 480.

M. van Galen, R. Higler, J. Sprakel, Sci. Adv. 2019, 5, eaaw3353.

C. Maffeo, J. Yoo, A. Aksimentiev, Nucleic Acids Res. 2016, 44, 3013.

D.-N. Kim, F. Kilchherr, H. Dietz, M. Bathe, Nucleic Acids Res. 2012, 40, 2862.

C. Maffeo, A. Aksimentiev, Nucleic Acids Res. 2020, 48, 5135.

J. Y. Lee, J. G. Lee, G. Yun, C. Lee, Y. J. Kim, K. S. Kim, T. H. Kim, D. N. Kim, ACS Nano 2021, 15, 1002.

M. S. Jones, B. Ashwood, A. Tokmakoff, A. L. Ferguson, J. Am. Chem. Soc. 2021, 143, 17395.

J. L. Mergny, D. Sen, Chem. Rev. 2019, 119, 6290.

L. Stefan, D. Monchaud, Nat. Rev. Chem. 2019, 3, 650.

P. Travascio, Y. Li, D. Sen, Chem. Biol. 1998, 5, 505.

X. Cheng, X. Liu, T. Bing, Z. Cao, D. Shangguan, Biochemistry 2009, 48, 7817.

L. Ma, J. Liu, iScience 2020, 23, 100815.

P. Stadlbauer, B. Islam, M. Otyepka, J. Chen, D. Monchaud, J. Zhou, J. L. Mergny, J. Šponer, J. Chem. Theory Comput. 2021, 17, 1883.

M. Linares, H. Sun, M. Biler, J. Andréasson, P. Norman, Phys. Chem. Chem. Phys. 2019, 21, 3637.

N. Holmgaard List, J. Knoops, J. Rubio-Magnieto, J. Idé, D. Beljonne, P. Norman, M. Surin, M. Linares, J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 14947.

P. G. A. Janssen, S. Jabbari-Farouji, M. Surin, X. Vila, J. C. Gielen, T. F. A. de Greef, M. R. J. Vos, P. H. H. Bomans, N. A. J. M. Sommerdijk, P. C. M. Christianen, P. Leclère, R. Lazzaroni, P. van der Schoot, E. W. Meijer, A. P. H. J. Schenning, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 1222.

M. Surin, P. G. A. Janssen, R. Lazzaroni, P. Leclère, E. W. Meijer, A. P. H. J. Schenning, Adv. Mater. 2009, 21, 1126.

J. Rubio-Magnieto, M. Kumar, P. Brocorens, J. Idé, S. J. George, R. Lazzaroni, M. Surin, Chem. Commun. 2016, 52, 13873.

M. Nakamura, Y. Shimomura, Y. Ohtoshi, K. Sasa, H. Hayashi, H. Nakano, K. Yamana, Org. Biomol. Chem. 2007, 5, 1945.

A. Alenaizan, K. Fauché, R. Krishnamurthy, C. D. Sherrill, Chem. - Eur. J. 2021, 27, 4043.

C. Lachance-Brais, C. D. Hennecker, A. Alenaizan, X. Luo, V. Toader, M. Taing, C. D. Sherrill, A. K. Mittermaier, H. F. Sleiman, J. Am. Chem. Soc. 2021, 143, 19824.

J. Gorman, S. R. E. Orsborne, A. Sridhar, R. Pandya, P. Budden, A. Ohmann, N. A. Panjwani, Y. Liu, J. L. Greenfield, S. Dowland, V. Gray, S. T. J. Ryan, S. De Ornellas, A. H. El-Sagheer, T. Brown, J. R. Nitschke, J. Behrends, U. F. Keyser, A. Rao, R. Collepardo-Guevara, E. Stulz, R. H. Friend, F. Auras, J. Am. Chem. Soc. 2022, 144, 368.

J. Yoo, A. Aksimentiev, J. Phys. Chem. Lett. 2015, 6, 4680.

K. Göpfrich, C. Y. Li, I. Mames, S. P. Bhamidimarri, M. Ricci, J. Yoo, A. Mames, A. Ohmann, M. Winterhalter, E. Stulz, A. Aksimentiev, U. F. Keyser, Nano Lett. 2016, 16, 4665.

A. Ohmann, C. Li, C. Maffeo, K. Al Nahas, K. N. Baumann, K. Göpfrich, J. Yoo, U. F. Keyser, A. Aksimentiev, Nat. Commun. 2018, 9, 2426.

Can We Ever Develop an Ideal RNA Force Field? Lessons Learned from Simulations of the UUCG RNA Tetraloop and Other Systems

How Binding Site Flexibility Promotes RNA Scanning by TbRGG2 RRM: A Molecular Dynamics Simulation Study