Hrbáček J, Hanáček V, Tláskal V, Saláková M, Čermák P, Tachezy R, Zachoval R. Detekce mikrobiomu horních močových cest u pacientů s urolitiázou: studie proveditelnosti. Cíl: Zjistit, zda existuje mikrobiální osídlení horních močových cest (HMC) a pokud ano, tak liší-li se od mikrobiomu dolních močových cest (DMC). Materiál a metoda: Soubor tvoří pacienti podstupující endoskopický operační zákrok v anestezii pro litiázu HMC. Moč z močového měchýře byla odebrána aseptickou katetrizací, z HMC cystoskopicky zavedeným ureterálním katétrem. Po izolaci DNA byla bakteriální 16S rDNA sekvenována na platformě Illumina MiSeq a získaná data zpracována příslušnými bioinformatickými nástroji. Část izolované DNA byla využita k detekci virových nukleových kyselin pomocí kvantitativní polymerázové řetězové reakce (qPCR). Párové vzorky vždy z HMC a DMC byly porovnány z hlediska struktury bakteriálního společenstva a přítomnosti vybraných DNA virů. Výsledky: Zařazeno bylo devět pacientů (8 mužů a 1 žena) průměrného věku 49,7 let, z nichž u osmi byla provedena sekvenace bakteriálních nukleových kyselin a u sedmi qPCR na přítomnost sedmi běžných DNA virů. Bohatost a diverzita mikrobiomu (alfa diverzita) HMC a DMC nebyla statisticky významně odlišná. Struktura mikrobiálních komunit z HMC a DMC (beta diverzita) vykázala větší podobnost v rámci jednoho pacienta, než byla podobnost všech vzorků HMC, resp. všech vzorků DMC. Virová DNA byla detekována jak v HMC, tak v DMC. Závěr: Výsledky naší pilotní studie poukazují na přítomnost bakteriálního a virového osídlení horních močových cest u pacientů s urolitiázou.
Hrbáček J, Hanáček V, Tláskal V, Saláková M, Čermák P, Tachezy R, Zachoval R. Profiling upper urinary tract microbiota: a feasibility study in patients with urinary stone disease. Aim: To investigate the putative existence of upper urinary tract microbiota and if present, to compare the microbial communities from the kidney with those in the urinary bladder. Patients and Methods: Patients were undergoing endoscopic procedures under anesthesia for upper urinary tract stones. Bladder urine was obtained by aseptic catheterisation, renal urine samples were collected via ureteric catheter inserted into the renal pelvis under cystoscopic and radiographic guidance. Pairwise comparison of urine samples from the same individual were made with regard to their bacteriome and virome. Results: A total of nine patients (8 males, 1 female) provided both samples for analysis. Next-generation sequencing of the V4 hypervariable region of the 16S rDNA using primers 515F and 806R was performed on eight of them and quantitative polymerase chain reaction for the presence of viral nucleic acids of seven common DNA viruses was performed on seven of them. There were no significant differences in alpha diversity measures (number of OTUs, iChao1, ACE, Shannon and Simpson indices) of samples from the kidney and bladder from the same individual. Likewise, microbial communities from the upper and lower urinary tract within the same individual were more similar to each other than samples within the respective group (e.g. all kidney samples). Viral nucleic acids were detected in the upper as well as lower urinary tract. Conclusion: Upper urinary tracts seem to be inhabited by microbial communities whose composition resembles that of the lower urinary tract.
- Klíčová slova
- Human microbiome, upper urinary tract, virome, kidney, urinary bladder, Lidský mikrobiom, horní močový trakt, virom, ledvina, močový měchýř,
- MeSH
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologické techniky MeSH
- mikrobiota * MeSH
- močové ústrojí * mikrobiologie MeSH
- pilotní projekty MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- sekvenční analýza MeSH
- studie proveditelnosti MeSH
- urolitiáza mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
Předpoklad sterility zdravé moči byl v posledních letech vyvrácen průkazem existence močového mikrobiomu (MM). Rozšířená kvantitativní močová kultivace poskytuje inokulu delší čas k inkubaci za rozličných růstových podmínek a dokazuje přítomnost bakterií ve vzorcích hodnocených standardní kultivací jako negativní. Masivní paralelní sekvenování (NGS) s vysokou citlivostí detekuje bakteriální gen pro ribozomální 16S RNA a podle variabilních sekvencí tohoto genu lze daný mikroorganismus taxonomicky zařadit. Lidský MM tvoří převážně taxony spadající do kmenů Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes a Actinobacteria. U žen dominuje rod Lactobacillus, u mužů není rozdělení urotypů zatím zcela objasněno. Změny ve složení MM jsou dle dosavadních poznatků spojovány s funkčními poruchami urogenitálního traktu (symptomy dolních močových cest, urgentní inkontinence, neurogenní měchýř, chronická renální insuficience), syndromem chronické pánevní bolesti, intersticiální cystitidou a dokonce s nádory močového měchýře. MM může potenciálně plnit řadu úloh, které bude teprve třeba objasnit, a předpokládá se jeho diagnostické i terapeutické využití.
The assumption of healthy urine being sterile has been contradicted recently when the existence of urinary microbiota (UM) was revealed. Extended quantitative urine culture is based on longer incubation times in a wide selection of diverse growth conditions; bacteria are detected even in samples reported as negative by the standard urine culture protocol. Next‑generation sequencing helps with taxonomic assignment of prokaryotic DNA fragments according to the sequence in hypervariable regions of the 16S rRNA gene. Human UM is composed of the phyla Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes and Actinobacteria. Female UM is dominated by the genus Lactobacillus, male urotypes have not been assigned with certainty to date. Changes in UM have been associated with functional disorders of the genitourinary tract (lower urinary tract symptoms, urge urinary incontinence, neurogenic bladder dysfunction, chronic kidney disease), chronic pelvic pain syndrome, interstitial cystitis and even with urinary bladder cancer. UM may potentially play many a role; what they are is a matter of ongoing research. UM might be a useful tool in the diagnostics and therapy of disease.
- MeSH
- kultivační techniky MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiota * MeSH
- moč mikrobiologie MeSH
- urogenitální systém * mikrobiologie MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Gram negativní bakterie jsou nejčastější patogeny způsobující infekce močových cest Celosvětově dochází k nárůstu incidence rezistentních bakterií. Prevence a léčba infekcí způsobených rezistentními bakteriemi se stává závažným medicínským, sociálním a finančním problémem Jedním z největších problémů zůstávají nozokomiální infekce a infekce spojené s invazivními vstupy. Znalost mechanismu rezistence a lokální epidemiologické situace napomáhá ke správné volbě empirické antibiotické terapie v situaci, kdy nejsou k dispozici výsledky kultivačního vyšetření.
Gram-negative bacteria are the most common pathogens causing urinary tract infections. The incidence of bacterial resistance is increasing worldwide. Prevention and treatment of infections caused by resistant bacteria are becoming a vast medical, social and financial problem. The biggest problems are health care-associated infections and infections related to invasive lines. Knowledge of resistance mechanisms and local epidemiological situation help with effective initiation of empirical antibiotic therapy.
Cíl: Cílem této studie bylo zjistit výskyt a výsledky operačního řešení lokálních recidiv karcinomu ledviny na našem pracovišti. Materiál a metodika: Do studie byli zařazeni všichni pacienti operovaní a dispenzarizovaní pro zhoubný nádor ledviny od 01/2007 do 03/2020. Diagnóza lokální recidivy byla vyslovena při dispenzarizaci na základě radiologického nálezu. V době operace primárního nádoru byl hodnocen histologický typ, stupeň diferenciace, onkologické stadium, velikost a lokalizace nádoru. V době operace lokální recidivy byla hodnocena doba od operace primárního nádoru, histologický nález a lokalizace nádoru. Během dalšího sledování byl hodnocen onkologický stav pacientů. Výsledky: Ve sledovaném období podstoupilo operaci pro karcinom ledviny 908 pacientů. Pravidelně bylo dispenzarizováno 421 pacientů, z toho 276 pacientů po nefrektomii (NE) a 145 po parciální nefrektomii (PNE). U devíti pacientů se objevila suspektní lokální recidiva a u šesti z nich se recidiva potvrdila v histologickém nálezu. Technika primární operace byla u třech pacientů NE a třech PNE. K progresi onemocnění došlo u jednoho pacienta, zbylých pět pacientů je v kompletní remisi. Průměrná délka sledování po exstirpaci lokální recidivy byla 30,2 měsíců. Závěr: Studie potvrzuje, že lokální recidivy zhoubných nádoru ledvin jsou vzácné a jejich operační řešení přináší dobré výsledky.
Objective: The aim of this study is to find out the occurrence and the results of surgical treatment for local recurrence of renal cell carcinoma. Materials and methods: Our retrospective study includes all patients operated and followedup for local recurrence of renal cell carcinoma from January 2007 to March 2020. The diagnosis of local recurrence was based on CT scan at the follow-up. At the time of primary tumor surgery, the histological type, degree of differentiation, oncological stage, size and location of the tumor were analyzed. At the time of local recurrence surgery, the time since primary tumor surgery and histological findings were analyzed. During follow-up, the oncological condition of the patients was evaluated. Results: During the period 908 patients underwent surgery for renal cell carcinoma. 421 patients were followed-up, of which 276 underwent nephrectomy (NE) and 145 partial nephrectomy (PNE). Suspicious local recurrences occurred in nine patients and recurrence was confirmed in histological findings in six of them. The primary surgery technique was NE in three patients and PNE in three of them. After extirpation of local recurrence, relapse occurred in one patient, the remaining five patients are in complete remission. The mean time of follow-up after extirpation of local recurrence was 30.2 months. Conclusions: The study confirms that local recurrences of renal cell carcinoma are rare, and their surgical solution brings good results.
- MeSH
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- lokální recidiva nádoru * MeSH
- nádory ledvin * chirurgie MeSH
- nefrektomie MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- staging nádorů MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
Hlavní stanovisko práce: Při vhodném nastavení kritérií lze kombinaci MRI a PSA denzity bezpečně použít k rozhodnutí o neprovedení biopsie prostaty u pacientů s elevací PSA. Cíl: Cílem práce je vyhodnocení počtu ušetřených biopsií a záchytu nesignifikantního karcinomu prostaty (KP) oproti počtu nezachycených signifikantních karcinomů v závislosti na nastavení indikačních kritérií MRI a PSA denzity k neprovedení biopsie prostaty. Soubor pacientů a metoda: V průběžné analýze prospektivního souboru z období 2015–2017 byly vyhodnoceny výsledky 397 pacientů, kteří pro elevaci PSA podstoupili MRI s následnou cílenou MRI/TRUS fúzní biopsií prostaty a standardní systematickou biopsií prostaty. U 223 pacientů se jednalo o primobiopsii, u 174 pacientů se jednalo o rebiopsii. Byla vypočtena frekvence detekce klinicky signifikantního karcinomu a klinicky nesignifikantního karcinomu prostaty v podskupinách stratifikovaných dle skóre PIRADS a dle PSAD, jak samostatně, tak v kombinaci obou parametrů. Cílem bylo najít optimální mezní hodnotu PSAD v kombinaci s PIRADS skórem, potřebné k maximalizaci ušetřených biopsií a minimalizaci počtu nezachycených signifikantních karcinomů prostaty. Analýza byla provedena pro hodnoty PSAD v rozmezí 0,1–0,5 ng/ml2. Výsledky: Z hlediska diagnostiky signifikantního karcinomu se jako nejbezpečnější kritéria k neprovedení biopsie prostaty jeví PIRADS <3 a PSAD <0,2 ng/ml2. Při jejich současném užití je možné neprovést 21,5 % (48/223) biopsií, což vede k nediagnostikování 16,7 % (5/30) klinicky nesignifikantních KP a 3,7 % (3/82) signifikantních karcinomů ve skupině primobiopsií. Ve skupině rebiopsií je možné neprovést 12,6 % (22/174) biopsií, což vede k nediagnostikování 4,4 % (1/23) klinicky nesignifikantních KP a 6,9 % (4/58) signifikantních karcinomů. Závěr: Při vhodném nastavení kritérií lze kombinaci MRI a PSA denzity použít k rozhodnutí o neprovedení biopsie prostaty u pacientů s elevací PSA, a to zvláště u pacientů indikovaných k primobiopsii.
Major statement: The combination of MRI and PSA density can be safely used to decide whether or not to perform a prostate biopsy in patients with elevated PSA as long as appropriate PIRADS and PSAD thresholds are used. Aim: The aim of this prospective study was to show the benefits of PSA density and MRI in reduction of unnecessary biopsies without compromising detection of significant prostate cancer of patients in first biopsy and rebiopsy groups. Material and methods: MRI and MRI/TRUS fusion targeted biopsies with subsequent systematic biopsies were performed in 397 patients. First biopsy was carried out in 223 patients and rebiopsy in 174 patients. Detection rates of clinically significant an insignificant prostate cancer were stratified using the PIRADS score and the number of potentially avoided biopsies and missed significant prostate cancers were calculated. The percentage of avoided biopsies and missed cancers was also calculated using PSA density cut-off values from 0,1–0,5 ng/ml2. Results: The safest criteria for not performing biopsy were PIRADS < 3 and PSAD <0,2 ng/ml2. When applying these criteria in the first biopsy group, 21,52% (48/223) of biopsies could have been avoided, 16,67% (5/30) of clinically insignificant prostate cancer would not have been diagnosed, and 3,66 % (3/82) of clinically significant prostate cancers would have been missed. In the rebiopsy group 12,64% (22/174) of biopsies could have been avoided, 4,35% (1/23) of clinically insignificant prostate cancer would have not been diagnosed, and 6,9% (4/58) of clinically significant prostate cancers would have been missed. Conclusion: With appropriate criteria setting the combination of MRI and PSA density can be safely used to decide whether to perform prostate biopsy in patients with PSA elevations especially in the group without previous biopsy.
- MeSH
- biopsie metody MeSH
- karcinom diagnóza MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- magnetická rezonanční tomografie MeSH
- nádory prostaty * diagnóza MeSH
- prospektivní studie MeSH
- prostatický specifický antigen * analýza MeSH
- senioři MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Prevalence uropatogenů v moči a spektrum jejich rezistence – analýza dat z jednoho pracoviště. Cíle: Rezistence mikroorganizmů vůči antibiotikům patří mezi hlavní problémy současné medicíny, včetně oboru urologie. Polyrezistentní bakterie jsou dnes běžné jak v nemocničním prostředí, tak i v populaci. Cílem práce bylo zjistit prevalenci uropatogenních mikroorganizmů v močových nálezech na našem pracovišti a spektrum jejich antimikrobiálních rezistencí. Materiál a metody: Z elektronické databáze kultivačních výsledků Oddělení klinické mikrobiologie jsme shromáždili záznamy za rok 2017. Vyhodnotili jsme počty jednotlivých izolátů z moči a porovnávali zastoupení senzitivních a rezistentních forem bakterií v rámci jednotlivých rodů na používaná antibiotika. Výsledky: Od 1. 1. 2017 do 31. 12. 2017 bylo izolováno 2 036 individuálních uropatogenů. Nejčastějším mikroorganizmem se stala E. coli(n = 726; 35,7 %), dále Enterococcus sp. (n = 495; 24,3 %) a Klebsiella sp. (n = 206; 10,1 %). Až 57 % izolátů E. coli bylo rezistentní na ciprofloxacin, 36 % nebylo citlivých na kotrimoxazol. Klebsiella sp. Byla rezistentní zejména vůči ciprofloxacinu (58,4 %), přes čtvrtinu izolátů však také na amoxicillinklavulanát, cefalotin, cefuroxim, cefotaxim, ceftazidim, kotrimoxazol, ofloxacin, piperacilintazobaktam a tetracyklin. Zachytili jsme celkem 155 polyrezistentních baktérií. Většinou šlo o střevní gramnegativní tyče, jejichž rezistence byly podmíněny expresí beta laktamázy s rozšířeným spektrem (ESBL, n = 108). Žádná z gramnegativních tyček s výjimkou P. aeruginosa nebyla rezistentní vůči meropenemu a imipenemu. Nezaznamenali jsme výskyt S. aureus nebo Enterococcus sp., které by nebyly citlivé vůči vankomycinu. Závěr: Naše údaje o prevalenci a rezistencích izolovaných mikroorganizmů jsou srovnatelné s údaji v zahraniční literatuře a potvrzují vysokou míru rezistence vůči řadě běžně používaných antibiotik.
Introduction: Antibiotic resistance is a major issues in contemporary health care, including in the speciality of urology. Multi‑drug resistant bacteria are now commonplace not just in the hospital environment, but also in the community. The objective of thiswork was to investigate the prevalence of uropathogens and their resistance patterns in our department. Methods: Data on prevalence and antibiotic resistance of uropathogenic bacteria were extracted from the electronic database for the Department of Urology for the year 2017. Results: A total of 2036 individual uropathogens were detected between 1st January and 31st December 2017. E. coli was the most common(n = 726, 35.7 %), followed by Enterococcus sp. (n = 495, 24.3 %) and Klebsiella sp. (n = 206, 10.1 %). A half of E. Coli isolates were ciprofloxacin‑resistant and 36 % were co‑trimoxazol‑resistant. Klebsiella sp. were markedly resistant to ciprofloxacin (58.4 %), over a quarter were also resistant to amoxicillin‑clavulanate, cefalotin, cefuroxime, cefotaxime, ceftazidime, co‑trimoxazole, ofloxacin, piperacillin‑tazobactam and tetracycline. A total of 155 multi‑drug resistant pathogens were detected. Most of them belonged among extended‑spectrum beta‑lactamase (ESBL, n = 108) positive Enterobacteriaceae. No gram‑negative rod except Pseudomonas aeruginosa proved resistant to meropenem or imipenem. There was no vancomycin‑resistant isolates of S. aureus and Enterococcus sp. detected. Conclusion: Our data on prevalence and resistance of uropathogenic microorganisms are comparable to those from the literature in our geographic area. They confirm high rates of resistance to many commonly used antimicrobials.
- Klíčová slova
- uropatogenní bakterie,
- MeSH
- antibiotická rezistence účinky léků MeSH
- infekce močového ústrojí * farmakoterapie mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- uropatogenní Escherichia coli MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
INTRODUCTION: Concentration of urinary cell-free DNA (ucfDNA) belongs to potential bladder cancer markers, but the reported results are inconsistent due to the use of various non-standardised methodologies. The aim of the study was to standardise the methodology for ucfDNA quantification as a potential non-invasive tumour biomarker. MATERIAL AND METHODS: In total, 66 patients and 34 controls were enrolled into the study. Volumes of each urine portion (V) were recorded and ucfDNA concentrations (c) were measured using real-time PCR. Total amounts (TA) of ucfDNA were calculated and compared between patients and controls. Diagnostic accuracy of the TA of ucfDNA was determined. RESULTS: The calculation of TA of ucfDNA in the second urine portion was the most appropriate approach to ucfDNA quantification, as there was logarithmic dependence between the volume and the concentration of a urine portion (p = 0.0001). Using this methodology, we were able to discriminate between bladder cancer patients and subjects without bladder tumours (p = 0.0002) with area under the ROC curve of 0.725. Positive and negative predictive value of the test was 90 and 45%, respectively. CONCLUSION: Quantification of ucf DNA according to our modified method could provide a potential non-invasive biomarker for diagnosis of patients with bladder cancer.
- MeSH
- analýza moči normy MeSH
- bezbuněčný systém MeSH
- DNA analýza moč MeSH
- kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- nádorové biomarkery moč MeSH
- nádory močového měchýře diagnóza moč MeSH
- prediktivní hodnota testů MeSH
- reprodukovatelnost výsledků MeSH
- ROC křivka MeSH
- senioři MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- studie případů a kontrol MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- multicentrická studie MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
