Streptococcus pyogenes způsobuje rozličná lidská onemocnění od nekomplikovaných infekcí dýchacích cest a kůže až po vážná invazivní onemocnění, která mohou být doprovázena syndromem toxického šoku. Významnými faktory virulence vedle M proteinu kódovaného genem emm jsou pyrogenní exotoxiny, které se považují za superantigeny. V Národní referenční laboratoři pro streptokokové nákazy byly nově zavedeny bioinformatické nástroje pro zpracování dat z celogenomové sekvenace S. pyogenes. Použitím programu SRST2 a platformy BV-BRC byla analyzována WGS data 10 kmenů S. pyogenes izolovaných od pacientů s invazivním onemocněním a byly stanoveny emm typy, sekvenční typy a profily genů kódujících superantigeny. K sestavení sekvencí genomů z krátkých čtení byla zvolena assembly pipeline Unicycler s de novo assemblerem SPAdes.

Streptococcus pyogenes causes a variety of human diseases ranging from uncomplicated respiratory tract and skin infections to severe invasive diseases possibly involving toxic shock syndrome. Besides the emm gene-encoded M protein, important virulence factors are pyrogenic exotoxins, referred to as superantigens. The National Reference Laboratory for Streptococcal Infections has newly introduced bioinformatics tools for processing S. pyogenes whole genome sequencing data. Using the SRST2 software and BV-BRC platform, WGS data of 10 S. pyogenes isolates from patients with invasive disease were analysed, and emm type, sequence type, and superantigen encoding gene profiles were determined. The Unicycler assembly pipeline with the SPAdes de novo assembler was used to assemble genome sequences from short reads.

• MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• klinické laboratorní techniky metody   MeSH
• lidé MeSH
• sekvenování celého genomu metody   MeSH
• Streptococcus pyogenes genetika   izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• superantigeny * analýza   genetika   izolace a purifikace   klasifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

• MeSH
• biologické toxiny MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• lidé MeSH
• Staphylococcus aureus * patogenita   MeSH
• Streptococcus pyogenes * genetika   patogenita   MeSH
• superantigeny MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• zprávy MeSH

Streptococcus pyogenes je patogen způsobující především hnisavé infekce faryngu a kůže, může však vyvolat i systémové infekce, které mohou být doprovázeny streptokokovým syndromem toxického šoku. Významnými faktory virulence produkovanými tímto agens jsou pyrogenní exotoxiny, tzv. superantigeny. Vyvolávají hyperstimulaci imunitního systému s masivní sekrecí prozánětlivých cytokinů, která může vyústit až v poškození tkání a selhání orgánů. Hlavním faktorem virulence S. pyogenes je M protein kódovaný genem emm, na jehož základě jsou kmeny členěny do emm typů. V Národní referenční laboratoři pro streptokokové nákazy bylo analyzováno celkem 27 klinických izolátů S. pyogenes z let 2018–2020, které patřily k 11 různým emm typům. Zjišťována byla přítomnost genů kódujících superantigeny – speA, speC, speG, speH, speI, speJ, speK, speL, speM, ssa a smeZ – pomocí polymerázové řetězové reakce v reálném čase (RT-PCR). Napříč analyzovanými kmeny byly identifikovány všechny testované geny kódující superantigeny. Počet superantigenů nesených izoláty se pohyboval mezi 0–6 geny. Jelikož nosičství konkrétních superantigenů je spojeno s emm typy, sledování distribuce superantigenů přináší cenná epidemiologická data o subtypech S. pyogenes v rámci emm typů.

Streptococcus pyogenes is a pathogen which causes mainly suppurative infections of the pharynx and skin but may also be involved in systemic infections, possibly accompanied by streptococcal toxic shock syndrome. Important virulence factors produced by this agent are pyrogenic exotoxins, the so-called superantigens. They induce hyperstimulation of the immune system with massive secretion of anti-inflammatory cytokines, which may even result in tissue damage and/or organ failure. The major virulence factor of S. pyogenes is M protein encoded by the emm gene, used as the basis for emm typing. The National Reference Laboratory for Streptococcal Infections analysed 27 clinical isolates of S. pyogenes from 2018–2020 assigned to 11 emm types. The real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) was used to detect the genes encoding superantigens – speA, speC, speG, speH, speI, speJ, speK, speL, speM, ssa, and smeZ. All the genes listed above were revealed across the study strains. The number of superantigens carried by the study isolates ranged from zero to six. As the carriage of specific superantigens is associated with emm types, the monitoring of superantigen distribution provides valuable epidemiological data on S. pyogenes subtypes within emm types.

• MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• Streptococcus pyogenes * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• superantigeny izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (SDSE), belonging to the group C and G streptococci, are human pathogens reported to cause clinical manifestations similar to infections caused by Streptococcus pyogenes. To scrutinize the distribution of gene coding for S. pyogenes virulence factors in SDSE, 255 isolates were collected from humans infected with SDSE in Vellore, a region in southern India, with high incidence of SDSE infections. Initial evaluation indicated SDSE isolates comprising of 82.35% group G and 17.64% group C. A multiplex PCR system was used to detect 21 gene encoding virulence-associated factors of S. pyogenes, like superantigens, DNases, proteinases, and other immune modulatory toxins. As validated by DNA sequencing of the PCR products, sequences homologous to speC, speG, speH, speI, speL, ssa and smeZ of the family of superantigen coding genes and for DNases like sdaD and sdc were detected in the SDSE collection. Furthermore, there was high abundance (48.12% in group G and 86.6% in group C SDSE) of scpA, the gene coding for C5a peptidase in these isolates. Higher abundance of S. pyogenes virulence factor genes was observed in SDSE of Lancefield group C as compared to group G, even though the incidence rates in former were lower. This study not only substantiates detection of S. pyogenes virulence factor genes in whole genome sequenced SDSE but also makes significant contribution towards the understanding of SDSE and its increasing virulence potential.

• MeSH
• bakteriální geny genetika   MeSH
• DNA bakterií genetika   MeSH
• faktory virulence genetika   MeSH
• genom bakteriální MeSH
• lidé MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• multiplexová polymerázová řetězová reakce MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• Streptococcus pyogenes genetika   MeSH
• Streptococcus genetika   izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• streptokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• superantigeny genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Indie MeSH

Streptococcus pyogenes (S.pyogenes), streptokok skupiny A je výhradně lidský patogen. Je původcem nejen fokálních pyogenních infekcí v různých lokalizacích, ale i invazivních infekcí. Také může způsobit sterilní post-streptokokové následky, vznikající pravděpodobně na autoimunitním podkladě.V patogenezi onemocnění vyvolaných S. pyogenes se uplatňuje řada bakteriálních buněčných i extracelulárníchkomponent. Jedním z klíčových faktorů virulence je kromě pyrogenních exotoxinů také povrchový M proteinovýantigen, kódovaný emm genem. Tento M protein, je odpovědný za schopnosti bakterie bránit se fagocytóze, což jedůležitý mechanismus virulence této bakterie.NRL pro streptokokové nákazy (NRL/STR) je jedinou laboratoří v ČR, která provádí typizace kmenů S. pyogenesod roku 2003 pro regionální laboratoře a klinická pracoviště v ČR. Od té doby bylo provedeno více než 900 emmtypizací. Do NRL/STR se zasílá materiál, převážně hemokultury, od pacientů ve velmi závažných stavech.V období let 2012–2016 bylo v NRL pro streptokokové nákazy vyšetřeno celkem 341 zolátů Streptococcus pyo-genes. Bylo zjištěno 52 různých emm typů. V tomto období prevaloval typ emm1 (25,51 %), který převažoval jižv letech 2011–2012 (publikováno ve Zprávách CEM v roce 2014). Následovaný typ byl emm28 (12,61 %) a typemm89 (11,44 %).

Streptococcus pyogenes (S. pyogenes), a group A streptococcus, is a strict human pathogen. It is the cause of focalpyogenic infections in various anatomical sites as well as of invasive infections. It may also lead to sterile post-streptococcal consequences, developing probably on an autoimmune basis.A range of bacterial cellular and extracellular components are involved in the pathogenesis of these diseases.Apart from pyrogenic exotoxins, one of the key virulence factors is surface M protein antigen encoded by the emmgene. This M protein confers to the bacterium the ability to escape phagocytosis, which is an important mecha-nism of virulence for S. pyogenes.The National Reference Laboratory for Streptococcal Infections (NRL/STR) is the only laboratory in the CzechRepublic to perform typing of S. pyogenes strains for regional laboratories and clinical care settings since 2003.More than 900 strains have been analysed by emm typing since then. Specimens, mostly blood cultures, frompatients with very severe conditions have been referred to the NRL/STR.In 2012-2016, the NRL/STR analysed 341 S. pyogenes isolates. They were assigned to 52 different emm types,most often to emm1 (25.51%), which prevailed in 2011-2012 (as reported in Zprávy CEM in 2014), followed byemm28 (12.61%) and emm89 (11.44%).

• MeSH
• genotypizační techniky MeSH
• lidé MeSH
• molekulární typizace metody   MeSH
• proteiny vnější bakteriální membrány genetika   MeSH
• rozložení podle pohlaví MeSH
• Streptococcus pyogenes * genetika   klasifikace   patogenita   MeSH
• streptokokové infekce diagnóza   epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• techniky typizace bakterií metody   MeSH
• věkové rozložení MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Cieľ práce: Analýza dát výskytu závažných infekcií spôsobených streptokokmui skupiny A, emm typizácia izolovaných kmeňov a sledovanie rezistencie na vybrané antibiotiká. Materiál a metodika: V rokoch 2012 a 2013 bolo izolovaných 43 kmeňov S. pyogenes pri závažných infekciách. Najčastejšie boli kmene S. pyogenes izolované z rán a abscesov (36 pacientov), nasledovali izolácie z hemokultúr (5 pacientov), spúta (1 pacient), pitevného materiálu (1 pacient). Diskovou difúznou metódou stanovená rezistencia na vybrané antibiotiká (penicilín, erytromycín, klindamycín, spiramycín, tetracyklín) a určená hladina minimálnej inhibičnej koncentrácie (MIC). Výsledky: V rokoch 2012 a 2013 bol zaznamenaný zvýšený výskyt závažných streptokokových infekcií – 27, resp. 16 prípadov. Bola sledovaná rezistencia na makrolidy – 18, 5%, resp. 12,5 %; na tetracyklín – 25, 9%, resp. 20 %. Najčastejšie bol u izolovaných kmeňov S. pyogenes potvrdený emm typ 1. Boli sledované rizikové faktory vzniku streptokokovej infekcie, najčastejšie bolo potvrdené poranenie – 7, resp. 2 pacienti. Pacienti boli najčastejšie liečení betalakátovými antibiotikami (penicilín, ampicilín). V roku 2012 skončili 2 prípady letálne. Záver: Práca popisuje prípady závažných streptokokových infekcií v nemocničnej praxi. Bol zaznamenaný zvýšený výskyt S. pyogenes v nemocnici, tiež bola zistená zvýšená rezistencia na erytromycín a tetracyklín. Je potrebné sledovať trendy rezistencie na antibiotiká a výskyt emm typov izolovaných kmeňov. Spolupráca laboratórnych a klinických odborov pri riešení prevencie a liečby predovšetkým invazívnych streptokokových infekcií je dôležitá pre zníženie rizika ich výskytu.

Aim of the study: Data analysis of the occurrence of severe infections caused by A-group of streptococci, emm typing of the isolated strains, and survey of resistance to the selected antibiotics. Material and methods: During the years 2012 and 2013, forty-three S. pyogenes strains were isolated from severe infections. The S. pyogenes strains were most frequently isolated from wounds and abscesses (36 patients), followed by isolations from haemocultures (5 patients), sputum (1 patient), autopsy samples (1 patient). The antimicrobial susceptibility to the selected antibiotics (penicillin, erythromycin, clindamycin, spiramycin, tetracycline) was detected by the disk-diffuse method, and the minimal inhibitory concentrations (MICs) were measured as well. Results: During the years 2012 and 2013, an increase of occurrence of severe streptococcal infections was detected: 27 and 16 cases, respectively. Resistance to macrolides was detected in 18, 5 % and 12, 5 %, to tetracyclines in 25, 9 % and 20 %, respectively. The emm type 1 was the most frequently detected in the isolated S. pyogenes strains. The risk factors for streptococcal infection development were followed up; injury was the most frequently detected – in 7 and 2 patients, respectively. The patients were most frequently treated by betalactam antibiotics (penicillin, ampicillin). In the year 2012, two cases were lethal. Conclusion: This study describes the cases of invasive Group A Streptococcal (GAS) infection as seen in hospital clinical practice. We detected an increased occurrence of S. pyogenes in the hospital; an increased resistance to erythromycin and tetracycline was detected as well. It is necessary to monitor the trends of antimicrobial resistance and the occurrence of emm types of isolated strains. Cooperation of the laboratory and clinical settings in the prevention and the therapy of streptococcal infections, first of all of the invasive ones, is important for the risk decrease of their occurrence.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální genetika MeSH
• mladý dospělý MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• statistika jako téma MeSH
• Streptococcus pyogenes * genetika   izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• streptokokové infekce * epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH

The purpose of this study is to determine the effect of the corresponding nucleotides from Streptococcus pyogenes on the has promoter strength in highly encapsulated strain S. equi subsp. zooepidemicus (SEZ) and detect an empowering mutations in SEZ. Eight different strains of SEZ carrying nucleotide mutations in the -73 to -38 region upstream of the has promoter were constructed. The significant activity decrease to 36-1% was observed after the introduction of mutations in the promoter region from -44 to -38 site. The exception was observed in mutation in -49 site when no significant decrease was observed. When nucleotides TTT were used in positions -73 the promoter became weaker, whereas no significant effect was observed after using nucleotides CCC (96%). Unfortunately, introduction of these mutations into chromosome SEZ has no empowering effect. Six strains, which carried nucleotide sequences of different lengths upstream from the transcription start of hasA promoter, were constructed to determine the minimum upstream region required for the maximum transcription efficiency of the has operon. No change of the activity of the has promoter constructs containing as few as 101 nucleotides upstream from the transcription start point was observed.

• MeSH
• bakteriální geny genetika   MeSH
• bakteriální proteiny MeSH
• glukuronidasa MeSH
• klonování DNA MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• mutace genetika   MeSH
• mutageneze MeSH
• operon MeSH
• plazmidy MeSH
• promotorové oblasti (genetika) genetika   MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sekvenční seřazení MeSH
• Streptococcus equi genetika   MeSH
• Streptococcus pyogenes genetika   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

An unusual emm53, T-28/T-non-typeable, iMLS(B) phenotype clone represented a substantial proportion (28.6%) of invasive erythromycin-resistant group A streptococcus (GAS) isolates in the Czech Republic during 2003. Clonal analysis of emm53 isolates between 2001 and 2004 revealed four pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) patterns and two emm subtypes. Isolates produced identical PFGE patterns regardless of their invasiveness and/or tetracycline resistance. Multilocus sequence typing classified all isolates as ST340. An ST5 (emm83) isolate, a potential ancestor of ST340, was isolated in the Czech Republic from an impetigo patient in 1988. The Czech emm53/ST340 isolates shared only three of seven alleles with the original Lancefield emm53/ST11 isolate.

• MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• erythromycin farmakologie   MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• novorozenec MeSH
• předškolní dítě MeSH
• pulzní gelová elektroforéza MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Streptococcus pyogenes genetika   klasifikace   účinky léků   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• novorozenec MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• antibiotická rezistence MeSH
• dezinficiencia farmakologie   MeSH
• dítě MeSH
• DNA bakterií genetika   izolace a purifikace   MeSH
• dospělí MeSH
• fasciitida nekrotizující epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• senioři MeSH
• Streptococcus pyogenes genetika   izolace a purifikace   účinky léků   MeSH
• streptokokové infekce epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH