Myelodysplastic syndrome is characterized by a high heterogeneity of clinical course and an increased risk of development of acute myeloid leukemia. We assume that so far unexplained mechanism of the disease, leukemia transformation and a large number of mutations detected recently may be related to a decreased function of DNA repair systems, which under physiological conditions form an effective protective barrier against malignant transformation of cells. The project will monitor changes in 84 genes involved in DNA repair mechanisms at the level of genome, transcriptome and proteome, and reparative cell activity using in vitro assays. Due to clonal character of the disease, the changes will be observed mainly in pluripotent hematopoietic CD34+ bone marrow cells. Data obtained using modern molecular genetic techniques such as targeted next generation sequencing will be closely correlated with clinical data of the patients.The proposed project aims to identify new molecular biomarkers involved in the formation and progression of the disease and found new potential therapeutic targ...

Myelodysplastický syndrom (MDS) se vyznačuje vysokou heterogenitou klinického průběhu a sklonem k rozvoji akutní myeloidní leukémie. Nabízí se, že za dosud neobjasněným mechanismem vzniku nemoci, leukemickou transformací a velkým počtem mutací detekovaný v nedávné době by mohla být snížená funkce DNA reparačních systémů, které za fyziologických podmínek tvoří účinnou protektivní bariéru proti malignizaci buněk. V rámci projektu chceme sledovat změny na úrovni genomu, transkriptomu a proteomu v 84 genech zapojených do mechanismů reparace DNA a detekovat reparační aktivitu buněk pomocí in vitro testů. Vzhledem k tomu, že onemocnění má klonální charakter, budou změny sledovány hlavně na úrovni CD34+ pluripotentních hematopoetických buněk kostní dřeně. Data získána pomocí moderních technik molekulární genetiky jako např. cíleného sekvenování nové generace budou podrobně korelována s klinickými daty pacientů. Navrhovaný projekt si klade za cíl identifikovat nové molekulární biomarkery podílející se na vzniku a progresi onemocnění a nalézt nové potencionální terapeutické cíle.

• MeSH
• azacytidin terapeutické užití   MeSH
• biologické markery MeSH
• genom lidský genetika   MeSH
• lidé MeSH
• myelodysplastické syndromy farmakoterapie   genetika   MeSH
• nádorová transformace buněk genetika   MeSH
• oprava DNA genetika   MeSH
• prognóza MeSH
• transformace genetická MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• angiologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

This project significantly extends the current public XGENE.ORG web tool in order to facilitate integrated knowledge discovery from raw mRNA, miRNA and methylation data with concurrent utilization of the structured genomic background knowledge. There are two main project outputs: the tool (and the methodology behind it) itself and the particular results reached in cooperation with clinical and biological departments working in the fields of myelodysplastic syndrome and germ cell tumors. The solution is based on relational learning algorithms, stochastic optimization, statistics and development of web applications. The tool outputs namely 1) biologically understandable patterns having a form of sets or annotated networks of specific related elements such as genes, proteins, miRNA sequences or methylation islands interconnected with particular subsets of biological samples under study and 2) predictive models classifying samples characterized by measurable molecular markers with unknown phenotypes.

Projekt významně funkčně rozšiřuje stávající podobu veřejného XGENE.ORG web nástroje s cílem umožnit kombinaci a souhrnné vyhodnocení uživatelských mRNA, miRNA a metylačních dat se současným využitím všech vhodných zdrojů strukturované genomické znalosti. Kromě nástroje budou výstupem i výsledky dosažené ve spolupráci s konkrétními pracovišti zabývajícími se myelodysplastickým syndromem a tumory zárodečných buněk. Jádrem řešení budou pokročilé algoritmy relačního strojového učení a stochastické optimalizace, statistické metody a moderní metody pro tvorbu webových aplikací. Konkrétními výstupy nástroje budou 1) biologicky snadno popsatelné vzory ve tvaru množiny nebo anotované sítě specifických příbuzných elementů typu gen, bílkovina, miRNA sekvence nebo metylační ostrůvek spojených s konkrétní charakteristickou množinou biologických vzorků a 2) prediktivní modely určující neznámý fenotyp vzorku se známými hodnotami měřitelných molekulárních markerů.

• MeSH
• data mining MeSH
• databáze jako téma MeSH
• exprese genu MeSH
• genetická transkripce MeSH
• germinální a embryonální nádory MeSH
• informační systémy MeSH
• messenger RNA MeSH
• metylace MeSH
• mikro RNA MeSH
• myelodysplastické syndromy MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• počítačové systémy MeSH
• ukládání a vyhledávání informací MeSH
• využití lékařské informatiky MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• biologie
• lékařská informatika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Patients with MDS are treated by hypomethylating agents, of which they benefit significantly. However, only half of the patients respond positively to the treatment. Using RNA and DNA microarrays, we will attempt to define a gene profile, which will predict which patients will likely respond to treatment with demethylation agents. We plan to analyze CD34 + cells before and during treatment with azacitidine. We will characterize expression (mRNA and microRNA) and DNA methylation profiles of the cells from patients who respond or do not respond to the treatment. We will integrate all the observed experimental data and correlate with clinical responses to demethylation treatment. In data analysis, we will use the standard statistical methods and predictive classifiers expressing a causal association between the measured variables and diagnosis and clinical symptoms. In this study, we will apply modern methods of molecular genetics as a tool for personalizing treatment for patients with MDS.

Pacientům ze střední a vysoce rizikové skupiny myelodysplastického syndromu je podávána hypometylační léčba (především azacitidin), z které pacienti významně profitují. Pouze však polovina pacientů na léčbu pozitivně reaguje. S použitím RNA a DNA mikročipů chceme sestavit genový profil, který by predikoval úspěšnost demetylační léčby. Plánujeme vyšetřovat CD34+ progenitorové hematopoetické buňky pacientů před a v průběhu léčby azacitidinem. Vytvořit celogenomové expresní (mRNA i microRNA ) a DNA metylační profily pacientů, kteří reagují či nereagují na léčbu. Všechna zjištěná experimentální data vzájemně propojit a korelovat s odpovědí na demetylační léčbu. Při vyhodnocení chceme použít klasické statistické metody a také prediktivní klasifikátory vyjadřující kauzální vztah mezi měřenými příznaky a diagnózou. V této studii bychom chtěli využít moderní metody molekulární genetiky jako nástroje pro individualizaci léčby pacientů s MDS.

• MeSH
• antigeny CD34 MeSH
• azacytidin MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• messenger RNA analýza   MeSH
• metylace DNA MeSH
• mikro RNA analýza   MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• myelodysplastické syndromy MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Annotation 1: The aim of the project is determination of SNP and DNA methylation profiles in MDS patients. Annotation 2: We will use Illumina microarrays, "Cancer SNP Panel" for detection of 1421 SNPs located in 408 genes and "Methylation Cancer Panel" for detection of 1505 CpG loci in 807 genes.

Anotace I. Předmětem předkládaného projektu je vytvoření SNP a DNA methylačního profilu pacientů s myelodysplastickým syndromem. Anotace II. K vytvoření profilů bude použita mikročipová technologie firmy Illumina, konkrétně "Cancer SNP Panel" pro detekci1421 jednonukleotidových polymorfismů nacházejících se v 408 genech a "Methylation Cancer Panel" pro detekci 1505 CpG lokusů vybraných z 807 genů.

• MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• metylace DNA MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• myelodysplastické syndromy klasifikace   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

1. Analysis of gene expression profile in MDS patients using cDNA microarray assay . Investigation of mutation status of proliferation genes and by determination of methylation status of differentiation genes. 2. Comparison of results obtained by gene expression profiling with results of clonality assay, measurement of telomere length and with karyotype analysis using molecular cytogenetics methods as well as with clinical data. 3. Determination of valid prognostic factors on the base of results of molecular genetics methods contributing to identification of a subgroup of risk patients with early MDS and potentially adverse outcome which should be indicated for stem cell transplantation. 4. Usefulness of a complex of molecular genetics methods for evaluation of clonal remission after chemotherapy or after administration of drugs targeting methylation status of differentiation genes or activity of proliferation genes.

1. Analýza genového expresního profilu u nemocných s MDS pomocí biočipů, sledování mutačního stavu proliferačních genů a stupně metylace promotorů diferenciačních genů. 2. Porovnání nálezů získaných při vyšetření genového expresního profilu s vyšetřenímstupně klonality, délky telomér, s analýzou karyotypu pomocí metod molekulární cytogentiky a s klinickými daty. 3. Určení prognostických faktorů na molekulárně genetické úrovni, jež by pomohly identifikovat u časných fází MDS rizikové nemocné s potenciálně nepříznivou prognosou a indikovaných k transplantaci krvetvorných buněk. 4. Využití komplexu molekulárně genetických metodik k hodnocení klonální remise po chemoterapii či po podání látek cíleně ovlivňujicích stupeń metylace diferenciačních genů a aktivitu proliferačních genů.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• DNA sondy MeSH
• exprese genu MeSH
• geny ras MeSH
• karyotypizace MeSH
• klonální delece MeSH
• metylace DNA MeSH
• myelodysplastické syndromy MeSH
• prognóza MeSH
• telomery MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Investigation of clonality in granulocytes CD 14+ monocytes and CD+ lympocytes isolated from bone marrow of patients with different stages of myelodysplastic syndrome using detection of X- chromosome inactivation pattern with HUMARA. Determination of therole of clonality detection in MDS patients by correlation of the results of clonality assay with karyotype investigation using FISH, with the rate of apoptosis of cell subpopulations and with CFU-GM in vitro growth. Analysis of repeated clonality investigation in the course of the disease for diagnosis, prognosis and treatment of MDS and evaluation of clonality as an early marker of disease progression, analysis of possible clonal proliferation of T lymphocyte subp.

Studium klonality na isolovaných subpopulacích granulocytů, CD14 positivních monocytů a CD3 positivních lymfocytů isolovaných z kostní dřeně nemocných s různými formami myelodysplastického syndromu metodikou polymorfismu délky restrikčních fragmentů genuUrčení role vyšetření klonality u nemocných s myelodysplastickým syndromem korelací výsledků vyšetření s cytogenetickými nálezy metodou FISH, se stupněm apoptosy jednotlivých buněčných subpopulací a s nálezy kultivace dřeňových buněk in vitro. Posouzenívýznamu vyšetření klonality v průběhu choroby pro diagnosu, prognosu a léčebné ovlivnění choroby, zejména jako časného ukazatele progrese onemocnění. Sledování klonálního charakteru subpopulace T mylfocytů ve vztahu k racionální indikaci imunos

• MeSH
• apoptóza MeSH
• buněčné klony MeSH
• hematopoetické kmenové buňky imunologie   MeSH
• myelodysplastické syndromy patologie   diagnóza   terapie   MeSH
• prognóza MeSH
• restrikční mapování využití   MeSH
• transplantace hematopoetických kmenových buněk MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The aim of the proposed project concerns searching for clonal hematopoiesis in patients with Myelodysplastic syndromes.

Cílem projektu je sledování vzniku klonální hematopoézy mononukleárů, granulocytů, B lymfocytů, T lymfocytů a CD34+ buněk u pacientů s MDS a přispět tak k objasnění vzniku maligní transformace krevních buněk. V klinické praxi pak určení klonality znamenáidentifikaci leukemického klonu.

• MeSH
• elektroforéza kapilární využití   metody   MeSH
• hematopoéza genetika   MeSH
• indukce remise MeSH
• myelodysplastické syndromy genetika   MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí využití   metody   MeSH
• polymorfismus genetický MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• biologie
• chemie, klinická chemie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Zlepšní prognosy nemocných s myelodysplastickým syndromem kombinací intensivní cytostatické léčby s následnou allogenní či autologní transplantací kostní dřeně. Zlepšení diagnostiky a posouzení kvality remise po léčbě pomocí molekulární analysy polymorfismu X chromosomu a cytogenetického vyšetření metodou FISH.

• MeSH
• autologní transplantace využití   metody   MeSH
• homologní transplantace využití   metody   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční využití   metody   MeSH
• myelodysplastické syndromy terapie   MeSH
• refrakterní anemie s nadbytkem blastů terapie   MeSH
• refrakterní anemie terapie   MeSH
• sideroblastická anemie terapie   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• transplantologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Náplní výzkumu je sledování pacientů léčených transplantací kostní dřeně v posttransplantačním období z hlediska přihojení transplantátu a jeho dalšího osudu pomocí analýzy vybraných úseků genomu /DNA/.

• MeSH
• transplantace kostní dřeně MeSH
• transplantační chiméra MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• transplantologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Vyšetření nemocných s maligním lymfomem a mnohočetným myelomem - z hlediska epidemiologického, monoklonální krvetvorby, cytogenetických změn, růstových charakteristik kostní dřeně, přítomnosti onkogenů - před, během a po terapii. XXX XXX XXX

• MeSH
• leukemie patologie   MeSH
• myelodysplastické syndromy patologie   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR