Drug resistance, acquired as a result of clonal evolution and selection, is a limiting factor of the efficacy of chemotherapy. Genomic alterations in solid cancers can be characterized by deep sequencing of cell-free tumor DNA (ctDNA) released into plasma from cancer cells, representing a non-invasive approach to monitor patients reaction to therapy. In this project, we will track genomic evolution of cancer in relation to the specific therapy by a whole exome sequencing of cfDNA isolated from advanced colon cancer patients. The main aim is to identify mutations in all DNA repair genes associated with chemoresistance. We will compare obtained outcomes in pre- and post-treatment plasma samples in good and non-responders to chemotherapy. The presence of mutations will by independently validated on a larger set of patients. Identified mutations associated with treatment response will be comprehensively tested for their functionality and impact on migration, apoptosis, and proliferation. The significance of the project lays on improvement of the therapy efficacy in colon cancer patien...

Rezistence na leky, vznikající v důsledku evoluce a selekce klonu nádorových buněk, je limitujícím faktorem pro účinnost protinádorové terapie. Z cirkulující nádorové ctDNA vyskytující se v plasmě lze metodou sekvenace zjišťovat genomické změny u solidních nádorů. Takovýto přístup umožňuje neinvazivní vyšetření pacienta. V předkládaném projektu budeme pomoci exomové sekvenace ctDNA sledovat genomickou evoluci buněk nádorů tračníka ve vztahu k léčbě. Hlavním záměrem je identifikovat mutace spjaté s rezistencí vůči chemoterapeutikům v genech DNA opravy. Porovnáme výsledky získané z párových vzorků plasmy odebraných před a po léčbě u pacientu se špatnou nebo dobrou odpovědí na chemoterapii. Nalezené mutace budou následně ověřeny na větším souboru pacientu. Mutace asociované s odpovědi na léčbu budou dále komplexně zkoumány z hlediska jejich vztahu a účinku na migraci, apoptózu a proliferaci nádorových buněk. Nejvýznamnějším přínosem projektu je možnost zlepšení účinnosti terapie u pacientů s nádory tračníka.

• MeSH
• chemorezistence genetika   MeSH
• genomika metody   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory tračníku diagnóza   farmakoterapie   genetika   MeSH
• oprava DNA genetika   účinky léků   MeSH
• sekvenování exomu metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The development of colon cancer (CC) is accompanied with complex changes of cellular lipids and/or their metabolism, and it is associated with further modulations of cell behaviour by both dietary and endogenous lipid compounds. However, complex studies analysing the CC cellular lipidome, and identifying relationships of these lipid molecules and currently used tumour biomarkers in CC, are largely missing. The proposed project intends to employ a combination of tumour patient sample screening and experimental work in vitro, in order to identify and further characterize predictive, diagnostic and/or therapeutic power of lipid biomarkers in CC, using the currently available advanced lipidomic and biomathematical techniques. Based on the identified changes in lipid composition, and/or proteins involved in regulation of lipid transport/metabolism, the project will provide unique information about lipid-related CC tumour markers and potential therapeutic targets. This may help to improve CC diagnostics or therapeutic tools in clinical practice.

Vývoj nádorů kolonu je doprovázen komplexními změnami buněčných lipidů a jejich metabolismu a je spojen s dalšími modulacemi chování buněk působením dietetických i endogenních lipidových složek. Zcela však chybí komplexní studie analyzující buněčný lipidom a identifikující vztahy lipidových molekul a běžně užívaných markerů nádorů kolonu. Kombinace analýz vzorků z nádorových pacientů a experimentální práce in vitro, plánovaná v projektu, směřuje k identifikaci a další charakterizaci prediktivního, diagnostického a terapeutického významu lipidových biomarkerů u nádorů kolonu. Využity budou pokročilé lipidomické a biomatematické přístupy. Identifikace změn ve složení lipidů, nebo v proteinech regulujících transport a metabolismus lipidů, poskytnou unikátní informace o lipidových nádorových markerech spojených s nádory kolonu i potenciálních terapeutických cílech. To pomůže zlepšit diagnostiku i terapeutické přístupy v klinické praxi.

• MeSH
• epitelové buňky chemie   MeSH
• lidé MeSH
• lipidomika MeSH
• lipidy chemie   MeSH
• mastné kyseliny chemie   MeSH
• metabolismus lipidů MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory tračníku diagnóza   MeSH
• výpočetní biologie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• biochemie
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Multicenter (four sites in the Czech Republic) prospective study focused on comparing efficiency of colonic capsule endoscopy and colonoscopy in detection of colorectal polyps and cancers in individuals with average risk of colorectal cancer. In years 2010 ? 2014, 232 people will be examined, first by colonic capsule and afterwards by conventional colonoscopy. Besides the total number of detected polyps and cancers, the sensitivity and specificity in certain subgroups (size and characteristic) of polypswill be observed and the bowel preparation and acceptability of the examinations will be evaluated. One of the goals of the study is to verify whether capsule colonoscopy could be useful in colorectal cancer screening in population with high prevalenceof this disease.

Multicentrická (čtyři pracoviště v ČR) prospektivní studie je zaměřena na porovnání záchytu polypů a karcinomů při kolonické kapslové endoskopii v porovnání s konvenční kolonoskopií u osob s průměrným rizikem kolorektálního karcinomu. V letech 2010 ? 2014 bude vyšetřeno 232 jedinců, kteří podstoupí vyšetření kolonickou kapslí a následně konvenční kolonoskopií, která bude provedena bez znalosti výsledku předchozího vyšetření. Kromě hlavních ukazatelů (polypy, karcinomy) bude sledována senzitivita a specificita u jednotlivých podskupin (dle typu a velikosti léze): polypy velikosti <6mm, ?6mm, ? 10mm; adenomy ?6mm, ?10mm; pokročilé adenomy (?10mm nebo s vilózní strukturou nebo dysplázií těžkého stupně) jakékoliv velikosti, ?6mm, ?10mm, úroveň střevní přípravy (hodnocená ve čtyřech předem definovaných stupních) a tolerance vyšetření. Jedním z cílů je objasnit, zda může být kapslová kolonoskopie využívána ve screeningu kolorektálního karcinomu v populaci s vysokou prevalencí tohoto onemocnění.

• MeSH
• kapslová endoskopie metody   MeSH
• klinické křížové studie MeSH
• kolonoskopie metody   MeSH
• multicentrické studie jako téma MeSH
• nádory rekta diagnóza   prevence a kontrola   MeSH
• nádory tračníku diagnóza   prevence a kontrola   MeSH
• nemoci trávicího systému diagnóza   MeSH
• polypy tlustého střeva diagnóza   MeSH
• prospektivní studie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• časná detekce nádoru MeSH
• kolorektální nádory diagnóza   prevence a kontrola   MeSH
• nádory tračníku diagnóza   prevence a kontrola   MeSH
• plošný screening MeSH
• programy Healthy People MeSH
• Publikační typ
• informační letáky pro pacienty MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie

• MeSH
• časná detekce nádoru MeSH
• nádory tračníku diagnóza   prevence a kontrola   MeSH
• primární prevence MeSH
• Publikační typ
• informační letáky pro pacienty MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie

• MeSH
• časná detekce nádoru MeSH
• management nemoci MeSH
• nádory rekta diagnóza   terapie   MeSH
• nádory tračníku diagnóza   terapie   MeSH
• Publikační typ
• kongresy MeSH
• sborníky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• gastroenterologie