• MeSH
• biologie MeSH
• Publikační typ
• periodika MeSH

• Konspekt
• Biologické vědy
• NLK Obory
• biologie

The development of colon cancer (CC) is accompanied with complex changes of cellular lipids and/or their metabolism, and it is associated with further modulations of cell behaviour by both dietary and endogenous lipid compounds. However, complex studies analysing the CC cellular lipidome, and identifying relationships of these lipid molecules and currently used tumour biomarkers in CC, are largely missing. The proposed project intends to employ a combination of tumour patient sample screening and experimental work in vitro, in order to identify and further characterize predictive, diagnostic and/or therapeutic power of lipid biomarkers in CC, using the currently available advanced lipidomic and biomathematical techniques. Based on the identified changes in lipid composition, and/or proteins involved in regulation of lipid transport/metabolism, the project will provide unique information about lipid-related CC tumour markers and potential therapeutic targets. This may help to improve CC diagnostics or therapeutic tools in clinical practice.

Vývoj nádorů kolonu je doprovázen komplexními změnami buněčných lipidů a jejich metabolismu a je spojen s dalšími modulacemi chování buněk působením dietetických i endogenních lipidových složek. Zcela však chybí komplexní studie analyzující buněčný lipidom a identifikující vztahy lipidových molekul a běžně užívaných markerů nádorů kolonu. Kombinace analýz vzorků z nádorových pacientů a experimentální práce in vitro, plánovaná v projektu, směřuje k identifikaci a další charakterizaci prediktivního, diagnostického a terapeutického významu lipidových biomarkerů u nádorů kolonu. Využity budou pokročilé lipidomické a biomatematické přístupy. Identifikace změn ve složení lipidů, nebo v proteinech regulujících transport a metabolismus lipidů, poskytnou unikátní informace o lipidových nádorových markerech spojených s nádory kolonu i potenciálních terapeutických cílech. To pomůže zlepšit diagnostiku i terapeutické přístupy v klinické praxi.

• MeSH
• epitelové buňky chemie   MeSH
• lidé MeSH
• lipidomika MeSH
• lipidy chemie   MeSH
• mastné kyseliny chemie   MeSH
• metabolismus lipidů MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory tračníku diagnóza   MeSH
• výpočetní biologie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• biochemie
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Contemporary high-throughput genomic techniques including Next Generation Sequencing and Single Nucleotide Polymorphism analysis allow individual characterization of childhood patients suffering from selected haematopoietic disorders. Current project concentrates on three important subgroups of these disorders: i) children with high-risk acute lymphoblastic leukaemia (ALL) of the B cell precursors, so far poorly identified by current diagnostic algorithms, ii) refractory relapsing ALL cases and iii) children with haematopoietic disorders with familial background. The main objective is to develop a robust genomic approaches including bioinformatic analyses leading to the new algorithm of risk-stratification and targeted therapy. Newly discovered genetic aberrations will be validated, new potential drugable targets tested and results shared within existing international consortia.

Moderní genomické metody zahrnující sekvenování nové generace a analysu jednonukledotidových polymorfismů umožňují individuální charakterisaci dětských pacientů s určitými poruchami krvetvorby. Tento projekt je zaměřen na tři důležité podskupiny pacientů: i) děti s vysocerizikovou akutní lymfoblastickou leukemií z prekursorů B buněk, které jsou dosavadními postupy těžko identifikovatelné, ii) dětské pacunty s refrakterní recidivující ALL a iii) děti s poruchami krvetvorby dětského věku s vrozeným základem. Hlavním cílem je vyvinout robustní genomický postup včetně bioinformatických analys, který by vedl k novému diagnostickému algoritmu rizikové stratifikace a cílené léčbě. Nově objevené genetické aberace budou validovány, potenciálně lékově ovlivnitelné cíle testovány a sdíleny v rámci existujících mezinárodních konsorcií.

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie diagnóza   genetika   MeSH
• dítě MeSH
• genom lidský MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• krevní nemoci diagnóza   genetika   terapie   MeSH
• lidé MeSH
• výpočetní biologie metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• pediatrie
• hematologie a transfuzní lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most common adult leukemia in the West, biologically and clinically heterogeneous with varying clinical outcome, and currently incurable. Remarkably, highly similar, or stereotyped, B cell receptors can be identified in one out of three CLL patients – leading to their inclusion in subsets of cases, or CLL subsets, with intriguing homogeneity in clinical presentation and outcome as well as biological features. Our bioinformatics-heavy proposal is to design, populate, analyse, ‘equip’, and share the Encyclopedia of CLL Subsets. It has the ambition to guide research, development, and application of CLL subsets in a linkable and comparable way, becoming a much-needed reference point for the field. And by connecting new CLL cases to an encyclopedia rich with up-to-date knowledge, it will eventually enable personalised biomedical applications, such as the use of novel predictive biomarkers and treatment targets, and the design of effective therapy – with an impact on many tens of thousands of patients.

Chronická lymfatická leukémie (CLL) je nejběžnější formou leukemie u dospělé populace v západním světě. Jde o biologicky heterogenní onemocnění s různorodým klinickým dopadem, které je v dnešní době neléčitelné. Překvapivě, až u třetiny pacientů s CLL je možno identifikovat velice podobné B-buněčné receptory, které lze využít k rozdělení případů do podskupin (CLL podskupin). Případy mají v rámci jedné podskupiny nečekaně homogenní klinický průběh i biologické znaky. Majoritní častí naší bioinformatické práce by bylo navrhnout, zaplnit, analyzovat, „vybavit“ a sdílet encyklopedii CLL podskupin. Měla by za cíl komplexním a opakovatelným způsobem provázet vývojem, výzkumem a klinickou aplikací CLL podskupin, stala by se potřebným referenčním bodem v celém oboru. Díky možnosti porovnávání nových CLL případů s touto znalostní databází by encyklopedie našla využití v aplikacích personalizované medicíny, jako je návrh nových biomarkerů nebo výběr konkrétní efektivní léčby, což by mělo přímý dopad na desítky tisíc pacientů.

• MeSH
• chronická lymfatická leukemie diagnóza   klasifikace   MeSH
• databáze faktografické MeSH
• individualizovaná medicína metody   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• podskupiny B-lymfocytů MeSH
• prognóza MeSH
• výpočetní biologie metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• knihovnictví, informační věda a muzeologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Lysosomal storage disorders (LSD) are severe hereditary diseases caused by defect in the function of enzyme or noncatalytic protein due to mutation of the corresponding gene. Most of them are associated with a progressive neurodegeneration. Early diagnosis is of crucial importance for genetic counseling and prevention in families and in view of current and future therapeutic options. The project focuses primarily on the development of screening examinations in enzymology (dry blood spot analysis), in metabolomics/lipidomics (dry urine sample analysis) and on the molecular genetic analysis of GM1 and GM2 gangliosidoses and chitotriosidase deficiency. Advanced technology New Generation Sequencing (NGS) will be used for examination of 51 genes in screening study for neurodegenerative disorders with unclear etiology. Preparation of induced pluripotent cell lines (iPS) of LSD will provide a platform for research of the biology of these diseases and for testing therapeutic approaches.

Lysosomální střádavé choroby (LSD) jsou závažná dědičná onemocnění způsobená poruchou funkcí enzymových nebo nekatalytických proteinů v důsledku mutace v odpovídajícím genu. Většina z nich je spojena s progresivní neurodegenerací. Časná diagnostika zde má zásadní důležitost z hlediska genetického poradenství a prevence v rodinách a z hlediska současných i budoucích terapeutických možností. Projekt je zaměřen především na rozvoj screeningových vyšetření v enzymologii (analýza v suché krevní kapce), metabolomice/lipidomice (MS analýza v suchém vzorku moče), a na molekulárně genetické vyšetření GM1 a GM2 gangliosidos a deficitu chitotriosidasy. Pro screeningové vyšetření 51 genů u neurodegenerativních onemocnění s nejasnou etiologií bude využita moderní sekvenační technika New Generation Sequencing (NGS). Příprava indukovaných pluripotentních (iPS) buněčných modelů LSD poskytne další možnosti pro výzkum biologické podstaty těchto chorob i pro testování různých způsobů terapie.

• MeSH
• analýza moči metody   MeSH
• časná diagnóza MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• G(M1) gangliosid analýza   MeSH
• G(M2) gangliosid analýza   MeSH
• genetické poradenství MeSH
• genetické testování MeSH
• hexosaminidasy analýza   MeSH
• hmotnostní spektrometrie MeSH
• indukované pluripotentní kmenové buňky MeSH
• lyzozomální střádavé nemoci v nervovém systému diagnóza   MeSH
• metabolomika MeSH
• test suché kapky krve MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• neurologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR