Zavedení nové "čipové" technologie, array-CGH, pro diagnostiku genových změn u nemocných s akutní leukémií(AL). Použití techniky array-CGH pro vyšetření nemocných s akutní myeloidní a lymfoblastickou leukémií s cytogeneticky normálním karyotypem pro přesné určení amplifikací a delecí 300 vybraných genů umístěných na hybridizačním skle GenoSensor Array 300. Využití výsledků array-CGH pro subklasicikaci akutních leukémií a určení nových genů, zahrnutých do maligní transfornace. Určení prognostického významu nalezených genových změn.; The introduction of new microarray technology ( array-CGH) for determination of human DNA for changes in copy number of specific sequences in patients with acute leukemia. Use of array-CGH technique in patients suffering from acute myeloid and lymphoblastic leukemia with normal karyotype obtained by cytogenetics for precise identification od deletions and amplifications of 300 target clone DNA arrayed in target spots on Ge Application of Array-CGH result for sub classification of acute leukemias and determination of new genes involved in malignant transformation in acute leukemia. Determination of prognostic importance of identified gene changes.

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie MeSH
• akutní myeloidní leukemie MeSH
• amplifikace genu MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• chromozomální delece MeSH
• cytogenetické vyšetření metody   využití   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• DNA nádorová analýza   MeSH
• hybridizace genetická MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   MeSH
• karyotypizace MeSH
• mikročipová analýza metody   využití   MeSH
• software MeSH
• tumor supresorové geny MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

I.Použití metody array komparativní genomové hybridizace (array-CGH) pro určení změn počtu kopií DNA u nemocných s chronickou B lymfocytární leukemií (B-CLL). II. Použití specifických microarray (především pro chromosom 14) a FISH pro přesné mapování genových změn s cílem určit jejich roli v maligní transformaci. III. Pomocí molekulárně genetických metod určit mutační stav variabilní oblasti těžkého řetězce imunoglobulinu, frekvenci a vztah k nebalancovaným změnám na chromosomu 14. Využít Q-RT-PCR k určení abnormální exprese nově detekovaných genových změn. IV. Pokusit se určit prognostický význam nově určených změn a využít výsledky pro klinickou stratifikaci nemocných.; I. The utilization of array comparative genomic hybridization (array-CGH) for determination of DNA copy number changes in patients with chronic B lymphocytic leukemia (B-CLL). II. The utilization of specific microarray (especially chromosome 14) and FISHto map new cryptic aberrations. III. By using molecular genetic techniques to define mutation status of variable immunoglobulin heavy chain gene, its frequency and correlation with chromosomal aberrations. To utilize Q-RT-PCR for determination of gene expression. IV. To try to determine prognostic importance of new genetic changes.

• MeSH
• chromozomální poruchy MeSH
• chronická lymfatická leukemie diagnóza   MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• genová přestavba B-lymfocytů MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Předmětem řešení navrhovaného projektu je studium genetických změn, s významem pro diagnózu i prognózu, především u vybraných dětských nádorů měkkých tkání a kostí. Pro určování chromosomálních a genových změn použijeme techniku klasické cytogenetiky a molekulárně cytogenetické techniky FISH a M-FISH a nejmodernější techniku arrayCGH v kombinaci, dle potřeby, s CGH. Výsledky budou korelovány s klinickými daty nemocných a s výsledky histopatologické diagnózy. Stanovení chromosomálních i genových změn přispěje ke zpřesnění diagnózy a k hlubšímu poznání podstaty nenáhodných změn v nádorových buňkách.; The object of the proposed project is the analysis of genetic changes, contributing to diagnosis and/or prognosis, especially in pediatric bone and soft tissue tumors. In order to analyse chromosomal and genetic changes, we will apply classical cytogenetics and molecular cytogenetics (FISH,M-FISH) and a most recent technology, arrayCGH, in combination, where necessary, with CGH. The results will be correlated with clinical data and histopathologic morphologic analysis. The aim is a better definition ofnon-random changes in cancer cells.

• MeSH
• cytogenetika MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   využití   MeSH
• dítě MeSH
• nádory kostí diagnóza   MeSH
• nádory měkkých tkání diagnóza   MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• spektrální karyotypizace metody   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• cytologie, klinická cytologie
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• pediatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

1. U cervikálních prekancerózních lézí a karcinomu děložního hrdla byly opakovaně zjištěny specifické genetické abnormality (amplifikace genů hTERC, MYCC), které lze považovat za důležité genetické markery predikující maligní transformaci a progresi onemocnění. 2. V projeku budou vyšetřeny tyto chromozomové abnormality u souboru pacientek z MOÚ v Brně s histologicky potvrzenými prekancerózními "high grade" lézemi pomocí techniky FISH. 3. Výsledky by měly sloužit jako pomocný nástroj ke zjištění, které vzorky obsahují vysoce rizikovou infekci HPV a chromozomové aberace spojené s potenciálem progrese a rakovinného bujení. 4. Pomocí techniky array-CGH budou vyšetřeny vzorky karcinomu děložního hrdla. Cílem je zjištování nových a upřesnění stávajících oblastí amplifikací a delecí genů souvisejících se vznikem tohoto onemocnění.; 1. In cervical precancerous lesion and cervical carcinoma were repeatedly diagnosed specific genetic abnormalities (hTERC and MYCC genes amplifications), which can be considered as important genetic markers predicting malignant transformation and progression of the disease. 2. In this project these chromosomal abnormalities will be examined in group of patients from MMCI Brno with histologically confirmed ?high-grade? precancerous lesions using the FISH technique. 3. The results should serve as a supporting tool for determination of samples containing highly risking HPV infection and chromosomal aberrations linked to potential progression and tumor proliferation. 4. Samples of cervical carcinoma will be examined by the array-CGH technique . The aim isto find new and to confirm known areas of amplifications and deletions of genes linked to the initiation of this disease.

• MeSH
• amplifikace genu MeSH
• časná detekce nádoru MeSH
• cytogenetické vyšetření MeSH
• dysplazie děložního hrdla diagnóza   MeSH
• geny myc MeSH
• nádory děložního čípku diagnóza   MeSH
• prekancerózy diagnóza   MeSH
• progrese nemoci MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• onkologie
• gynekologie a porodnictví
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Komplexní genetická analýza u pacientů s mentální retardací a/nebo dysmorfiemi - celogenomové cytogenetické a molekulárně genetické vyšetření (CGH, MLPA), analýza kandidátních chromozomálních oblastí (FISH, RealTime PCR) a mutační analýza vybraných genů(HRM, sekvenace). Sestavení nejvhodnějšího diagnostického postupu pro vyšetření pacientů s mentální retardací a/nebo dysmorfiemi.; Complex genetic analysis of patients with mental retardation and/or dysmorphias - the whole-genome cytogenetic and molecular genetic procedures (CGH, MLPA) in order to detect cryptic rearrangements, targeted examination of suspected chromosomal regions (FISH, RealTime PCR) and mutation analysis of selected genes (HRM, sequencing). Establisment of proper diagnostic procedure for investigation of patients with mental retardation and/or dysmorphias.

• MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• chromozomální poruchy diagnóza   genetika   MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• mentální retardace MeSH
• prenatální diagnóza MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• neurologie
• psychiatrie
• pediatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Genetickou podstatu autismu dnes nejlépe vystihuje model mnoha vzácných variant se silným účinkem. Předmětem projektu je hledání těchto genetických defektů. U zhruba 100 vybraných nepříbuzných pacientů bude provedena analýza mikrodelecí a mikroduplikací (CNV) na SNP arrayích. Nálezy budou bioinformaticky posouzeny a potenciálně zajímavé aberace budou ověřeny a jejich dědičnost bude stanovena nezávislými metodami (MLPA, FISH, array CGH apod.). U 15-20 vybraných nepříbuzných pacientů budou sekvenovány exomy metodami next-generation sequencing. Oba typy analýz poskytnou po odfiltrování běžných polymorfismů dva typy variant: 1) varianty již asociované s autismem, které budou v dané rodině klinicky využitelné, a korelace genotypu s fenotypem přispěje k poznání důsledků těchto vzácných variant, a 2) varianty s nejasným významem, které budou prioritizovány a dále studovány, nebudou bezprostředně klinicky využitelné, ale některé z nich budou moci poukázat na dosud neodhalené geny účastnící se rozvoje autismu.; The genetic basis of autism is best described by the model of multiple rare variants of strong effect. The goal of the project is to identify these defects. About 100 selected unrelated patients will be tested for microdeletions and microduplications (CNVs) using SNP arrays. The findings will be assessed bioinformatically and interesting aberrations will be confirmed and their inheritance independently tested (using MLPA, FISH, array CGH etc.). In about 15-20 unrelated patients exomes will be sequenced using next-generation sequencing. Both analyses will yield, after filtering-out of common polymorphism, two types of variants: 1) clinically usable variants associated with autism (their genotype-phenotype correlation will contribute to the understanding of the effects of these rare variants); and 2) variants of unclear significance, which will be prioritised and further studied - these variants will not be clinically usable, but some of them might point to yet unknown genes playing a role in autism.

• MeSH
• cytogenetické vyšetření MeSH
• exom genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické asociační studie MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• poruchy autistického spektra genetika   MeSH
• rodokmen MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• variabilita počtu kopií segmentů DNA MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• genetika, lékařská genetika
• psychiatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Využití čipových technologií,cytogenetiky a molekulární genetiky pro studium genových a chromozomových změn v nádorovém genomu jedinců s MGUS, AMM, SMM a PCL s cílem porozumět roli genetických změn a aberací při progresi/relapsu a selhání léčby: a)cytogeneticky, metodami FISH a arrayCGH s vysokým rozlišením vyšetřovat genom nemocných s MGUS, AMM, SMM a PCL; b)metodou arrayCGH analyzovat DNA izolovanou z CD138+ plazmocytů s cílem určit nebalancované a kryptické změny; c)studovat aberace chromozomu X, především geny UTX a NUDT11 a chromozomu 1; d)analýza t(4;14) s vyhodnocením počtu kopií a lokalizací genů MMSET a FGFR3; e)analyzovat výskyt aberací genu c-Myc; f)vytypovat znaky podskupiny MGUS s „vysokým rizikem“ maligní transformace v MM; g)analyzovat vztah genových a chromozomových změn se stratifikací MM dle ISS, stupněm/trváním léčebné odezvy, s hladinami NF-kappaB, HGF, osteopontinu, syndecanu-1,DKK-1, poměru RANKL/OPG, MIP-1alfa, ICTP v séru a HLC a vyčlenit „vysoce rizikové“podskupiny MM.; The use of chip technologies, cytogenetic and molecular cytogenetic methods for a study of genetic and chromosomal changes in the cancer genome of individuals with MGUS, AMM, SMM and PCL aimed at understanding the role of genetic changes and aberrations in progression/relapse and treatment failure: a) cytogenetic study of the genome of patients using FISH and high-resolution arrayCGH; b) array CGH analysis of DNA isolated from CD138+ plasma cells aimed at determination of unbalanced and cryptic changes; c) study of aberrations of the X chromosome, mainly UTX and NUDT11 genes, and chromosome 1; d) analysis of t(4;14) and assessment of the MMSET and FGFR3 genes; e) analysis of the frequency of c-Myc gene aberrations; f) identification of features of the MGUS subgroup with high risk of malignant transformation; g)relationship of genetic and chromosomal changes with ISS MM stratification levels of NF-kappaB,DKK-1,RANKL/OPG,MIP-1alpha and HLC pairs.

• MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• cytogenetika MeSH
• lidské chromozomy X MeSH
• lidské chromozomy, pár 1 MeSH
• mnohočetný myelom diagnóza   terapie   MeSH
• monoklonální gamapatie nejasného významu MeSH
• nádorový supresorový protein p53 MeSH
• prognóza MeSH
• recidiva MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• spektrální karyotypizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Studium genetických změn v buňkách nádorového genomu nemocných s DLBCL metodami arrayCGH, Q-RT-PCR a imunohistochemie. Doplnění o výsledky klasické cytogenetiky a molekulární cytogenetiky k získání komplexního pohledu na chromosomové a genové změny. a) Na základě předběžných výsledků laboratorně a klinicky detailně analyzovat kandidátní oblasti a geny v nich lokalizované: chromosom 2p a geny REL a BCL11A, chromosom 9p a gen JAK2, chromosom 3 a gen FOXP1, chromosom 8 a gen CMYC, chromosom 18q a gen BCL2.b) Pomocí Q-RT-PCR určit expresi vybraných genů a porovnat se změnami genových kopií. c) Doplnit genetická vyšetření imunohistochemickou detekcí vybraných proteinů a dalších markerů, ke zpřesnění prognostické stratifikace a zařazení heterogenních podskupin DLBCL. d) Na základě komplexnosti vyšetření získat výsledky, které dovolí přesnější stratifikaci nemocných do prognostických podskupin a využítí těchto poznatků pro rutinní klinickou praxi včetně cílené léčby.; The study of genetic changes in cells of the tumor genome of patients with DLBCL using the array CGH, Q-RT-PCR and immunohistochemistry methods to acquire a comprehensive view of genetic changes. a) Based on preliminary results, to perform detailed laboratory and clinical analyses of candidate regions and genes located in them: chromosome 2p and the REL and BCL11A genes, chromosome 9p and the JAK2 gene, chromosome 3 and the FOXP1 gene, chromosome 8 and the CMYC gene, and chromosome 18q and the BCL2 gene. b) To use Q-RT-PCR to determine expression of selected genes and compare this with copy number changes. c) To complete genetic tests with immunohistochemical detection of selected proteins and other markers to refine prognostic stratification and definition of heterogeneous subtypes of DLBCL. d) Based on the comprehensive examinations, to acquire results enabling more precise stratification of patients and the application of these findings in routine clinical practice including targeted therapy.

• MeSH
• cílená genová oprava MeSH
• difúzní velkobuněčný B-lymfom genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• imunohistochemie MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• prognóza MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Nádory ledvin jsou dle současných histopatologických kritérií děleny na řadu podtypů, ale po této stratifikace není u podtypů biologické chování a zejména reakce na moderní a drahou biologickou léčbu cílenou na angiogenezi nádorů stejná. Nejsme tedy schopni predikovat reakci na tuto léčbu a podáváme ji často zbytečně. Cílem práce je stanovit genetické změny u vybraných typů nádorů (zejména méně obvyklých s potenciálně maligním chováním) s cílem predikovat odpověď na léčbu. Metodika práce bude následující: U vybraných nádorů ledvin léčených chirurgicky (a tím se získaným histologickým materiálem) ve FN Plzeň od roku 2003 (od kdy rutinně zamražuje části tumorů) do 2013 s maligním průběhem bude provedeno molekulárně-genetické vyšetření (FISH, array CGH) pro detekci VEGF, VEGFr, onkogenů a tumorsupresorových genů (VHL atd.). Vše bude srovnáno dle možností s efektem biologické léčby (inhibitory tyrosinkinázy, m-TOR inhibitory).; Kidney tumours are devided according to the contemporary histopathological criteria on many subtypes, but according to this stratification their biological behavior and especially reaction to a modern and expensive biological therapy targeted at the angiogenesis of tumours is not similar. We are not able to predict the reaction to this therapy and we give it often uselessly. The aim of the study is to determine genetic changes in selected types of tumour (especially less common ones wih potentially malignant behaviour) and to predict the response to the therapy. The methodical procedure: There will be performed molecular-genetic examinations (FISH, array CGH) for detection of VEGF, VEGFr, oncogenes and tumour- suppressor genes (VHL, etc.) in selected kidney tumours treated surgically (and thereby gained histological material) at University hospital Pilsen from 2003 (from which we routinely freeze samples of tumours) to 2013 with malignant progress. Everything will be compared with the effect of biolog

• MeSH
• biologická terapie MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• exprese genu genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• karcinom z renálních buněk diagnóza   genetika   klasifikace   MeSH
• látky indukující angiogenezi analýza   MeSH
• mezioborová komunikace MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• nádory ledvin diagnóza   genetika   klasifikace   MeSH
• prognóza MeSH
• receptory vaskulárního endoteliálního růstového faktoru analýza   MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• nefrologie
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• biotechnologie MeSH
• cytogenetika MeSH
• genom MeSH
• mapování chromozomů MeSH
• molekulární biologie metody   MeSH

• Konspekt
• Výchova a vzdělávání
• NLK Obory
• zdravotní výchova
• biologie
• NLK Publikační typ
• učebnice vysokých škol