Ve 20. století a také na úsvitu století 21. vzniká dlouhá řada učebnic, které postupně pojímají histologii jako vědu dynamickou, morfofunkční, rozšířenou o výsledky elektronové a konfokální mikroskopie, jakož i histochemických a imunohistochemických metod, vědu, která je základním předpokladem pro porozumění pochodů patologických.Předložená příručka je velice stručným výtahem látky, který nemůže tyto učebnice nahrazovat, ale má usnadňovat studentům prvního ročníku studia všeobecného a zubního lékařství na lékařské fakultě opakování látky, probírané v přednáškách a v praktických cvičeních. Má být také základem pro studium mikroskopické anatomie.Tyto Základy histologie vznikly jako upravený a doplněný překlad autorovy starší anglické předlohy Outlines of Histology, opakovaně vydávané pro potřeby zahraničních studentů.

• Klíčová slova
• Ostatní lékařské obory,
• MeSH
• histologie MeSH

• NLK Obory
• histologie

Intrauterine or systemic inflammation occurs in ca. 20% of all pregnancies, and epidemiological observations indicate that they are associated with various neurodevelopmental disorders in the offspring, including autism spectrum disorders, cognitive delay, and schizophrenia. However, the underlying cellular and molecular mechanisms have not been fully elucidated. Recent research indicates that inflammatory cytokines (e.g. interferon gamma and interleukin 6) may modulate the expression and activity of key enzymes involved in placental tryptophan metabolism and hence production of neuroactive molecules (e.g. serotonin, melatonin, kynurenine, kynurenic acid and quinolinic acid). After release from the placenta into the foetal circulation, these neuroactive compounds may interfere with foetal brain development and programming. Thus, in the proposed project we aim to clarify links between prenatal inflammation, inflammatory cytokines, placental tryptophan metabolism and infant neurodevelopment, thereby identifying potential avenues for addressing neurological disorders in utero.

Nitroděložní či systémový mateřský zánět komplikuje zhruba 20% všech těhotenství. Epidemiologické studie naznačují, že mateřský zánět je zodpovědný za abnormální psychomotorický vývoj u potomků, včetně poruch autistického spektra, kognitivního zpoždění a schizofrenie. Buněčné/molekulární mechanismy tohoto fenoménu dosud nebyly plně objasněny. Recentní výzkumy naznačují, že prozánětlivé cytokiny (např. interferon gamma a interleukin 6) regulují expresi a aktivitu klíčových enzymů metabolismu tryptofanu v placentě a následně placentární produkci neuroaktivních metabolitů (např. serotonin, melatonin, kynurenin, kyselina kynurenová a kyselina chinolinová). Po uvolnění z placenty do fetálního oběhu mohou tyto metabolity ovlivnit vývoj a programování mozku plodu. V navrhovaném projektu se s pomocí řady experimentálních přístupů snažíme objasnit vazby mezi prenatálním zánětem, produkcí prozánětlivých cytokinů, placentárním metabolizmem tryptofanu a následným psychomotorickým vývojem kojenců s cílem identifikovat potenciální cesty k in utero prevenci rozvoje psychomotorických poruch u dětí.

• Klíčová slova
• pregnancy, zánět, inflammation, Metabolismus, Metabolism, tryptofan, tryptophan, Těhotenství, placenta, placenta, neurotoxicity, fetal development, neurotoxicita, vývoj plodu,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Ovarian cancer is a disease with a high proportion of hereditary form. In the preceding project analyzing a gene panel in ovarian cancer patients and population-matched controls, we identified the surprisingly low frequency of mutations in genes with known/anticipated predisposition to ovarian cancer in patients diagnosed with ovarian cancer before the age of 30. Whereas mutation frequency in 18 predisposition genes in these very young patients was 15,5%, mutation frequency in the whole cohort (median age 53,7 years) reached 34,7%. In the proposed project, we aim to perform exome/genome sequencing together with gene panel RNA sequencing in the well-characterized group of women diagnosed with ovarian cancer before the age of 30 and in non-cancer controls older 60 years. After prioritization and confirmation, identified alterations will be further analyzed in other high-risk ovarian cancer patients and in unselected controls. Possible clinical use or inclusion of further regions or gene(s) into diagnostic gene panels will be discussed in Medical Associations.

Karcinom ovaria je onemocnění s vysokým podílem hereditární formy. V předcházejícím projektu zabývajícím se analýzou panelu genů u pacientek s karcinomem ovaria a populačně specifických kontrol jsme u velmi mladých pacientek detekovali překvapivě nízkou frekvenci patogenních mutací v genech se známou/předpokládanou asociací s karcinomem ovaria. U pacientek s diagnózou karcinomu ovaria do 30 let byla frekvence mutací v 18 predispozičních genech 15,5%, zatímco frekvence mutací v celém souboru (medián věku 53,7 let) dosahovala 34,7%. V navrhovaném projektu plánujeme provést sekvenování exomu/genomu v dobře charakterizovaném souboru žen s diagnózou karcinomu ovaria do 30 let doplněné o analýzu panelu genů na úrovni RNA a u nenádorových kontrol starších 60 let. Nalezené alterace budou po prioritizaci a konfirmaci dále analyzovány u dalších vysoce rizikových podskupin pacientek s karcinomem ovaria a u neselektovaných kontrol. Možný klinický výstup projektu a případné zařazení dalších genů/oblastí do používaných diagnostických panelů bude diskutováno v odborných společnostech.

• Klíčová slova
• Ovarian cancer, DNA, DNA, RNA, RNA, nádorová predispozice, exom, exome, cancer predisposition, karcinom ovaria, next gen sekvenování, next gen sequencing,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Microenvironment plays a significant role in the lymphoma pathogenesis and prognosis. Since there is such a close interaction between the immune system and the intestinal microbiota, it is not surprising that some lymphomas such as mucosa-associated lymphoid tissue, i.e. MALT gastric lymphoma have been shown to be caused by the presence of certain specific bacteria. The main aim of this project is to gain new knowledge of the composition, influence and differences in microbiome in patients with intraocular, CNS and other types of lymphoma, and to define their relationship and molecular biological characteristics. To achieve these goals, analysis of tumour tissue, intraocular fluids, CSF, serum and microbiome of patients with lymphoma, and experimental murine model of lymphoma, will be used. The experimental results will be compared to those from clinical research of patients with lymphoma. The acquired data will contribute to the definition of new diagnostic and therapeutic strategies in human lymphoma.

Mikroprostředí hraje významnou roli v patogenezi lymfomu a jeho prognóze. Vzhledem k úzké interakci mezi imunitním systémem a střevní mikrobiotou není překvapením, že některé lymfomy (např. mucosa-associated lymphoid tissue- MALT lymfom žaludku ad.) jsou prokazatelně způsobeny přítomností specifických typů baktérií. Hlavním cílem navrhovaného projektu je získat nové poznatky o složení, vlivu a odlišnostech mikrobiomu u pacientů s nitroočním lymfomem, lymfomem CNS a s dalšími typy lymfomů, a popsat jejich vztah i vzhledem k jejich molekulárně genetické charakteristice. K dosažení těchto cílů bude využita analýza vlastní nádorové tkáně, nitroočních tekutin, likvoru, séra a mikrobiomu pacientů s lymfomem, a experimentální model nitroočního lymfomu u myši. Výsledky získané z pokusů na experimentálním modelu budou porovnány s klinickým výzkumem u pacientů. Získané poznatky přispějí k navržení nového diagnostického a léčebného protokolu lymfomu v humánní medicíně.

• Klíčová slova
• microRNA, microRNA, mikrobiom, microbiome, DLBCL, DLBCL, lymfom, lymphoma, mikrobiota, microbiota, vitreoretinální lymfom, MALT, CNS lymfom, vitreoretinal lymphoma, MALT, CNS lymphoma,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Patients with hereditary cancer syndromes represent a clinically important subgroup of oncology patients. Early identification of pathogenic germline mutations in tens of clinically relevant cancer predisposition genes influences treatment strategies in cancer patients and determinate cancer prevention in asymptomatic carriers. Next-gene sequencing (NGS)-based diagnostics enable identification of mutation carriers in a time- and cost-effective manners. However, it is restricted to individuals fulfilling genetic testing criteria. In pilot analysis, we revealed presence of mutations in clinically relevant genes in 8-10% of breast/colorectal patients not indicated for routine genetic testing. We aim to perform NGS analysis of >2,000 breast/colorectal cancer patients not indicated for genetic testing to evaluate clinicopathological characteristics of mutations carriers. Comparison of these characteristics between mutation carriers in patients eligible and not eligible for genetic testing will enable us to optimize genetic testing criteria.

Pacienti s dědičnými nádorovými syndromy tvoří významnou podskupinu onkologických nemocných. Časná identifikace příčinné mutace v některém z desítek národových predispozičních genů určuje léčbu u pacientů a nádorovou prevenci u asymptomatických nosičů. Diagnostika založená na sekvenování nové generace (NGS) umožňuje efektivní identifikaci příčinných mutací, avšak pouze u pacientů splňujících platná indikační kritéria genetického testování. Naše pilotní analýza však ukázala, že nosiči mutací v klinicky významných predispozičních genech pro vznik častých nádorů, jako je karcinom prsu nebo kolorekta, tvoří i přibližně 8-10% neindikovaných pacientů. Pro lepší charakterizaci nádorových fenotypů spojených s mutacemi v méně charakterizovaných středně penetrantních predispozičních genech provedeme NGS vyšetření nádorové predispozice u >2000 pacientů s karcinomem prsu nebo kolorekta, nesplňujících indikační kritéria. Jejich klinicko-patologické charakteristiky porovnáme s charakteristikami indikovaných pacientů, což umožní nastavení kritérií pro lepšení záchyt nosičů mutací.

• Klíčová slova
• NGS, NGS, Colorectal cancer, breast cancer, karcinom prsu, indikační kritéria, indication criteria, dědičná predispozice, hereditary predisposition, karcinom kolokrekta, klinicky relevnatní nádorové predispoziční geny, clinically relevnat cancer predisposition genes,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Next generation sequencing (NGS) and other new methods brought a large amount of data on tumour biology and facilitated the development of new methods for diagnostics and minimal residual disease (MRD) detection. The transfer of those methods into routine management is complicated by their numbers, costs and redundancy. In international cooperation we want to develop a tool for simultaneous detection of clonality, MRD and profile of immunoglobulin and T-cell receptor gene rearrangements in infiltrating physiological lymphocytes. The methodology will unite and simplify the current methods, while providing new data on immune response. We will validate the method on retrospective cohort of patients with anaplastic large cell lymphoma and prospectively on samples from children and adolescents with lymphoma. The utility in non-lymphoid malignancies will be tested in children with low-and high-grade gliomas. Next to the standardized methodology, the project will bring new information on the composition of infiltrating immune cells (mainly T lymphocytes) and a potential for immunotherapy.

Nové metody jako sekvenování nové generace (NGS) přinesly obrovské množství informací o nádorové biologii a umožnily vývoj nových metod pro diagnostiku a sledování zbytkové choroby (MRN). Transfer nových metod do praxe je komplikován jejich množstvím, finanční náročností i redundancí. V mezinárodní spolupráci chceme vyvinout nástroj na simultánní detekci klonality, MRN a profilu přestaveb genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory infiltrujících fyziologických lymfocytů. Postup bude sjednocovat a zjednodušovat stávající metodiky a zároveň poskytne nová data o imunitní odpovědi na nádor. Metodu chceme validovat na retrospektivní kohortě pacientů s anaplastickým velkobuněčným lymfomem a prospektivně na vzorcích dětských a adolescentních pacientů s lymfomy. Využití u jiných než lymfoidních malignit chceme testovat u dětí s mozkovými tumory (low- a high-grade gliomy). Výstupem projektu bude kromě standardizovaného metodického postupu prohloubení znalostí o složení a funkci infiltrujících imunitních buněk (především T lymfocytů) a zmapování prostoru pro cílení imunoterapie.

• Klíčová slova
• sekvenování nové generace, průtoková cytometrie, minimální reziduální nemoc, minimal residual disease, flow cytometry, lymfom, lymphoma, Next-generation sequencing, immune monitoring, cell-free DNA, tumor infiltrující lymfocyty, Immune checkpoints, imunomonitoring, imunitní kontrolní body, přestavby genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory, gamadelta T lymfocyty, immunoglobulin and T-cell rearrangement, gammadelta T lymphocytes, volná nádorová DNA, tumour infiltrating lymphocytes,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Targeted next gene sequencing enables to analyze hundreds of cancer predisposition genes in high-risk individuals. Identification of causal mutation has critical prognostic a predictive significance for the patient and their relatives. Supported by previous grant AZV 16-29959A (2016-19), we established a consortium of 9 Czech clinical laboratories unifying cancer predisposition analysis by CZECANCA (Czech cancer panel for clinical application) approach, developed joined database of over 6200 genotypes of analyzed patients, analyzed over 700 controls enabling to identify population-specific genetic background and prepared model systems for in vitro analyses of variants of uncertain significance in several genes. Proposed project aims to continue in these activities to comprehensively characterize genetic architecture of cancer predisposition in patients with various cancers in the Czech Republic, to identify clinically important population-specific mutations, and to elucidate cancer risks associated with mutations in poorly characterized predisposition genes.

Cílené sekvenování nové generace umožňuje analýzu stovek nádorových predispozičních genů u onkologicky nemocných s podezřením na výskyt dědičné formy onemocnění. Identifikace příčinných mutací má zásadní prognostický, ale i prediktivní význam u pacientů a jejich příbuzných. S podporou předchozího projektu AZV 16-29959A (2016-19) jsme ustanovili konsorcium 9 laboratoří unifikující vyšetření nádorové predispozice pomocí CZECANCA panelu, vytvořili jsme společnou databázi genotypů analyzovaných jednotným bioinformatickým postupem u >6200 vysoce rizikových onkologických pacientů, provedli jsme analýzu >700 vzorků nenádorových kontrol identifikující genetické pozadí v ČR a připravili jsme in vitro modelové systémy pro hodnocení variant nejasného významu. Cílem navazujícího projektu je pokračování těchto aktivit, umožňující zevrubnou charakterizaci architektury nádorové predispozice u různých typů nádorů v ČR, určení klinické významnosti populačně specifických variant, identifikaci rizik u doposud nejasně charakterizovaných predispozičních genů s cílem zlepšení péče o vysoce rizikové osoby.

• Klíčová slova
• NGS, NGS, bioinformatika, bioinformatics, nádorová predispozice, cancer predisposition, dědičné nádory, funkční analýzy, hereditary tumors, functional analyses,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Tumor microenvironment plays an important role in progression, metastasis and therapeutic resistance. Microenvironment of glioblastoma multiforme (GBM) often contains observable hypoxic regions contributing to malignant phenotype, resulting in poor patient survival prognosis and responsiveness to therapy. The proposed project will aim 1) to determine the expression patterns of markers of hypoxia and invasiveness contributing to GBM progression in tumor samples obtained from particular patients 2) retrospective and prospective analyses of clinical data (overall survival, progression-free survival, response rate) in selected GBM patients related to their previous therapy. The outcomes of the project include determination of expression of the above-mentioned molecules in GBM patients treated with different therapeutic protocols, definition of correlation between hypoxia and responsiveness of patients to the therapeutic protocols. Furthermore, amongst analyzed molecules the project seeks to identify potential biomarker(s) of GBM progression applicable in clinical diagnostics and therapy.

Mikroprostředí nádoru hraje důležitou roli v jeho progresi, metastazování a terapeutické rezistenci. Součástí mikroprostředí glioblastoma multiforme (GBM) jsou často pozorované hypoxické oblasti přispívající k vysoce malignímu fenotypu těchto nádorů, což zhoršuje jak prognózu přežití, tak odpovídavost na terapii. Projekt se bude zabývat 1) stanovením exprese vybraných hypoxických markerů a markerů invazivity v rámci relevantních signálních drah podílejících se na progresi GBM z odebraného vzorku u konkrétních pacientů, 2) retrospektivním a prospektivním zhodnocením klinických dat (overall survival, progression-free survival, response rate) vybraných pacientů s diagnózou GBM s ohledem na předchozí léčbu. Výstupem projektu bude stanovení přítomnosti a úrovně exprese výše uvedených molekul u GBM pacientů léčených odlišnými terapeutickými přístupy a určení korelace mezi signalizací indukovanou hypoxií a odpovídavostí pacientů na konkrétní terapeutické protokoly. Mezi stanovovanými molekulami identifikovat potenciální biomarker(y) progrese GBM použitelné v klinické diagnostice a praxi.

• Klíčová slova
• signalizace, diagnostika, mikroprostředí, microenvironment, diagnostics, Glioblastoma multiforme, signaling, hypoxie, Hypoxia, glioblastoma multiforme, invazivita, prognostické a prediktivní markery, invasiveness, prognostic and predictive markers,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Severe childhood epilepsies are extremely heterogenous disorders. As much as 30% is monogenic and further 30% are supposed to be polygenic in origin. The project is a continuation of our previous successful grant AZV 15-33041, in which we implemented a massively parallel sequencing (MPS) gene panel for patients with epilepsy into clinical practice. We showed that MPS gene panel is able to explain the cause of the disease in 30% of patients. However, in the remaining patients, there should be further testing, namely by whole-exome (WES), whole-genome (WGS) and long read sequencing (LRS). We plan to examine about 200 of already selected patients with undiagnosed genetic cause of severe epilepsy by WES. In those patients in which WES is not able to explain the genetic cause, about 40 patients will be further selected for WGS and even for LRS. The focus of the project will be on the advanced data analysis with combined omics tools. We expect to obtain important clinical (better care) and scientific results (novel variants, novel gene-disease associations, new disease mechanisms).

Závažné dětské epilepsie jsou heterogenní skupinou onemocnění, velká část má genetický původ. Až 30% je monogenně podmíněných a u dalších asi 30% jde o polygenní dědičnost. Navrhovaný projekt je pokračováním úspěšného grantu AZV 15-33041, v rámci kterého jsme zavedli do praxe masivně paralelní sekvenování (MPS) panelem genů pro pacienty s epilepsií. Toto vyšetření objasnilo příčinu nemoci asi u 30% z nich. Ale pro dvě třetiny pacientů, u kterých MPS panelu genů neobjasnilo příčinu obtíží, je žádoucí doplnit další vyšetření - a to celoexomové (WES), celogenomové sekvenování (WGS) a long read sequencing (LRS). V projektu proto plánujeme vyšetřit asi 200 již vybraných pacientů s neobjasněnou příčinou epilepsie pomocí WES, a následně bude ze skupiny exom negativních pacientů vybráno asi 40, u kterých provedeme a vyhodnotíme WGS, u části také LRS. Důraz je kladen zejména na pokročilou analýzu dat s využitím kombinace omických nástrojů. Očekáváme, že získáme důležité výsledky - jak klinicky (lepší péče), tak vědecky (nové varianty, nové asociace gen-nemoc, nové mechanizmy) a publikačně.

• Klíčová slova
• varianta, WES - celoexomové sekvenování, WGS - celogenomové sekvenování, LRS - sekvenování pomocí dlouhých čtení, MPS - masivně paralelní sekvenování, omické metody, variant, WES - whole exome sequencing, WGS - whole genome sequencing, LRS - long reads sequencing, MPS (massively parallel sequencing), OMICs methods,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Bacterial resistance increasingly limits antibiotic effectiveness, and concurrently significantly complicates antibiotic therapy of systemic infections, e.g. sepsis, resulting in higher morbidity and mortality of patients. A promising way to overcome this problem is a combination of classic antibiotics with silver nanoparticles (NPs). Thanks to non-specific activity of silver NPs, synergistic combination enables strong and effective antibacterial activity at low doses both of antibiotics and silver NPs and at the same time limits development of bacterial resistance. The aim of this project is in vitro and in vivo applied research focused on possible use of conventional antibiotics potentiated with silver NPs in therapy of systemic infection in clinically relevant large animal model of sepsis.

Bakteriální rezistence stále více limituje účinnost antibiotik a rovněž velmi výrazně komplikuje schopnost léčby závažných systémových infekcí, například sepsí, což způsobuje nárůst morbidity a mortality pacientů. Slibnou možností jak překonat tento problém je kombinace klasických antibiotik s nanočásticemi stříbra. Takováto synergická kombinace umožňuje díky nespecifické aktivitě nanostříbra vysoce efektivní antibakteriální účinnost za nízkých koncentrací jak antibiotika, tak i nanočástic stříbra a současně limituje vývoj bakteriální rezistence. Cílem tohoto projektu je in vitro a in vivo aplikovaný výzkum zaměřený na možnosti použití nanočásticemi stříbra potencovaných antibiotik v léčbě systémové infekce u klinicky relevantního modelu sepse na velkém zvířeti.

• Klíčová slova
• rezistence, resistance, sepse, sepsis, infekce, infection, bakterie, bacteria, Nanočástice, in vivo, in vitro, in vivo, in vitro, nanoparticle, Antibiotikum, Antibiotic, silver, antibacterial activity, synergy, stříbro, antibakteriální aktivita, synergie,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR